Wallace Boden und seine Kollegen vom „Firehouse-51“-Department haben die katastrophale Explosion bei einem Wohnungsbrand noch nicht verarbeitet und trauern um Shay. Unterdessen sucht Matthew Casey nach Kelly Severide, der spurlos verschwunden ist. Newhouse hat überraschende Neuigkeiten über Mills’ Familie. Derweil treffen Herrmann und Otis eine wichtige Entscheidung über das „Molly’s“.
Lieutenant Severide ist ins „Firehouse 51“-Department zurückgekehrt. Doch allen ist bald klar, dass er noch längst nicht wieder der Alte ist. Er kann seine Trauer über Shays Tod nicht bewältigen. In der Zwischenzeit erfährt Mills mehr über die Familie seines Vaters. Herrmann trifft sich mit den potenziellen Investoren des „Molly’s“. Und Dawson kann es kaum erwarten, beim Austin Firehouse anzufangen. Da erhält sie einen überraschenden Vorschlag von Casey.
Bei einem schweren Unfall sind zwei Trucks des „Firehouse 51“ und der Feuerwache Austin zusammengestoßen. Cruz scheint schuld an dem Unfall zu sein. Die Sache könnte böse Folgen haben, denn möglicherweise wird Strafanzeige gegen ihn gestellt. In der Zwischenzeit haben Herrmann, Mouch und die Crew des „Molly’s“ Probleme mit ihrem Imbisstruck. Boden bastelt derweil an einem Plan, wie Dawson zu ihrem Abzeichen kommen könnte.
Severide wird in der U-Bahn in eine Schießerei verwickelt. Chief Boden nimmt den Vorfall zum Anlass, Severide seine Eskapaden vorzuhalten. Dawson absolviert ihren ersten Tag als Anwärterin im „Firehouse“, und Mills bereitet sich auf seine neue Aufgabe als Rettungssanitäter vor. Außerdem taucht der Ex-Verlobte von Sylvie Brett in der Stadt auf. Er will sie zurückgewinnen. Unterdessen herrscht im „Molly’s“ Aufregung. Ein Inspektor der Stadt besucht das Lokal, um die Imbisstrucks zu überprüfen.
Lieutenant Casey kann sich nicht auf die Arbeit konzentrieren. Er ist mit der bevorstehenden Scheidung seiner Schwester Christie beschäftigt. Ihr Mann verrät ihm, dass er eine Affäre mit seiner Sekretärin hat. Während sich Dawson und Mills auf ihre neuen Aufgaben im „Firehouse 51“ vorbereiten, überlegt Brett, ob es besser wäre, Chicago zu verlassen und wieder nach Indiana zurückzukehren, und Severide kriegt sein Alkoholproblem nicht in den Griff.
Sylvie Brett wächst über sich selbst hinaus und riskiert sogar ihr Leben, als es darum geht, einer Mutter in Not zu helfen. Als Casey seiner Schwester Christie beistehen will, sieht er sich mit seinem korrupten Schwager konfrontiert. In der Zwischenzeit bekommt Peter Mills eine kostenlose Nachhilfestunde von einem Detektiv ohne Lizenz, und Gabriela Dawson steigt ins Training mit Christopher Herrmann ein.
Die Kollegen vom „Firehouse 51“ können es kaum glauben, als sie erfahren, dass Severide in Las Vegas geheiratet hat. Bei einem Einsatz können die Feuerwehrleute den Besitzer des brennenden Gebäudes aus dem Keller befreien. Der Mann hält dabei eine Aktentasche fest umklammert und weigert sich, sie loszulassen. Als Severide zufällig einige Fotoaufnahmen von Kindern in dem Keller findet, beschleicht ihn ein schrecklicher Verdacht, und er schaltet Sergeant Voight und Detective Lindsey ein.
Im Firehouse 51 geht die Meldung eines Hubschrauberabsturzes ein. Das Unglück hat zahlreiche Verletzte gefordert und ein großes Chaos in ganz Chicago verursacht. Dawson findet heraus, dass eine ferngesteuerte Drohne den Absturz des Helikopters verursacht hat. Am Unfallort wird Brett von einem Mann bedroht. Währenddessen wird Dawsons und Caseys private Beziehung auf eine harte Probe gestellt, und Severides frische Romanze läuft ein wenig aus dem Ruder.
Das Team vom Firehouse 51 wird zu einem Verkehrsunfall gerufen. An einer belebten Kreuzung läuft aus einem Tanklaster Salzsäure aus. Dawson handelt ganz spontan, ohne Caseys Einverständnis abzuwarten. Das belastet auch ihr privates Verhältnis. In der Zwischenzeit erfährt Severide einiges über Bakers Vergangenheit. Mills und Brett versorgen den Sohn des Mafiabosses Papa Lullo, der fast ertrunken wäre. Doch der Teenager stirbt im Krankenhaus. Dafür macht Lullo Mills verantwortlich
Die Feuerwehrleute vom "Firehouse 51" retten ein Paar, das in einem brennenden Haus eingeschlossen war. Dieser Einsatz hat ein überraschendes Nachspiel. Das Verhältnis von Matthew Casey und Gabriela Dawson verschlechtert sich weiter, vor allem, weil Matthew sich nach einem feucht-fröhlichen Abend mit Kelly Severide nicht mehr an alles erinnern kann. Chief Walter Boden stellt sich währenddessen auf die Veränderung in seinem Familienleben ein.
Das "Firehouse 51"-Team erhält beunruhigende Nachrichten. Zwei Feuerwehrleute werden seit einem Routineeinsatz vermisst. Anscheinend sind sie entführt worden. Daraufhin startet die Polizei von Chicago eine Suchaktion. Währenddessen haben Matthew Casey (Jesse Spencer) und Gabriela Dawson (Monica Raymund) ziemliche Probleme, ihr Privat- und Berufsleben zu trennen. Außerdem erfahren Chief Walter Boden (Eamonn Walker) und Donna (Melissa Ponzio), dass ihr Neugeborenes gesundheitliche Probleme hat.
Severide (Taylor Kenney) und Dawson (Monica Raymund) decken einen überraschenden Zusammenhang zwischen dem Feuer in einem Lagerhaus und jenem Brand auf, dem Shay zum Opfer gefallen ist. Währenddessen bekommt Chief Boden (Eamonn Walker) Besuch von seinem Vater Wallace (Richard Roundtree). Die Besatzung von Firehouse-51 rückt näher zusammen, als Chaplain Orlovsky (Gordon Clapp) einem tragischen Verkehrsunfall zum Opfer fällt.
Immer mehr Hinweise im Zusammenhang mit dem Brand, bei dem Shay ums Leben gekommen ist, führen Severide und Dawson zu einem früheren Erzfeind. Sie finden heraus, dass der Brandstifter viele Menschen auf dem Gewissen hat. Zwischenzeitlich besucht Shays Schwester die Feuerwache, Cruz erlebt eine Überraschung mit Otis’ Großmutter, und Chief Boden versucht, seinem Vater zu helfen
Ein Eissturm zieht über Chicago hinweg. Mills und Brett sind mitten im Unwetter unterwegs auf der Suche nach einem vermissten Teenager. Ihre Kollegen kümmern sich derweil in der Feuerwache um ein Neugeborenes. Währenddessen bekommt Severide ein verlockendes Jobangebot, und Boden gerät in eine heftige Auseinandersetzung mit seinem Vater.
Nach dem Tod seines Vaters nimmt sich Boden eine Auszeit. Vertreten wird er von Pat Pridgen. Mit dessen Führungsstil kommen die Feuerwehrleute allerdings überhaupt nicht klar, und es dauert nicht lange, bis das "Firehouse 51"-Team seinen alten Chef schmerzlich vermisst. In der Zwischenzeit muss sich Severide mit einem ziemlich unwillkommenen Neuzugang in seinem Team arrangieren. Casey hat indes ein Date mit der hübschen Beth.
Mouch (Christian Stolte) erfährt, dass er aus einer Spermaspende einen Sohn im Teenageralter hat und dass seine Daten an diesen weitergegeben wurden. Er denkt darüber nach, sich mit seinem Sohn zu treffen. Der kommissarische Leiter der Feuerwache hat während eines Wohnungsbrands eine Fehlentscheidung getroffen und dadurch seine Kollegen gefährdet. Als es zu einer Untersuchung kommt, versucht er, Casey die Schuld in die Schuhe zu schieben. Währenddessen verabredet sich Dawson mit Brett und Cruz.
Scott Rice, ein alter Freund von Severide, hegt die Hoffnung, eine zweite Chance als Feuerwehrmann zu bekommen und beim Chicago Fire Department einzusteigen. Severide legt bei Chief Boden ein gutes Wort für Rice ein. Doch Casey und Otis haben ihre Zweifel an dessen Fähigkeiten. Mills tut alles dafür, wieder in den aktiven Dienst aufgenommen zu werden, während Brett und Dawson ihren Feierabend genießen.
Die Feuerwehrleute der Wache 51 löschen einen Wohnungsbrand und retten ein Kleinkind aus den Flammen. Bei der Untersuchung der Brandursache richtet sich der Verdacht gegen den Vater des Kindes. Herrmann (Robyn Coffin) findet heraus, dass es sich bei dem Mann um einen Crack-Junkie handelt, der sein Kind schwer vernachlässigt hat. Während Mills (Charlie Barnett) weiterhin um einen Platz in der Einheit kämpft, verschlechtert sich das Verhältnis zwischen Sylvie Brett (Kara Killmer) und Joe Cruz (Joe Minoso) zunehmend.
In einem Fabrikgebäude hat sich ein schrecklicher Chemieunfall ereignet. Das Team des "Firehouse 51" bringt die Verletzten ins Chicago Memorial. Dort spitzt sich die Situation zu, als ein Mann auftaucht, der eine Handgranate bei sich trägt. Er behauptet, eine tödliche Krankheit zu haben, die über die Luft übertragen wird. Der Mann zündet die Granate, bei deren Explosion wird Severide schwer verletzt. Während der Notoperation erinnert er sich an seine Zeit mit Shay.
Bei einem Einsatz des "Firehouse 51" Teams kämpft Mills, der sich mit dem Gedanken trägt, Chicago zu verlassen, verzweifelt um das Leben eines schwer verletzten Autofahrers. Casey baut unterdessen in seiner Freizeit einen Stripclub um, hat jedoch einige Vorbehalte gegen dessen Eigentümer Jack Nesbitt. Derweil bereiten Herrmann, Otis und Cruz ihr Team auf die Jugend-Eishockeymeisterschaft vor. Doch Herrmanns Entscheidungen könnten sich als schwere Belastung für die Mannschaft herausstellen.
Nach einem Wohnungsbrand lassen die Untersuchungen vermuten, dass es eine Verbindung zu einer Vergewaltigung und einem versuchten Mord gibt. Das ruft die New Yorker Ermittlerin Sergeant Olivia Benson auf den Plan, die sich seit zehn Jahren mit einem ähnlichen bisher ungelösten Fall herumschlägt. Währenddessen zweifelt das Team des „Firehouse 51“ an einem Kollegen und Dawson setzt ihr Leben aufs Spiel.
Sergeant Voight will, dass Casey verdeckt ermittelt um die bizarren Geschäfte von Jack Nesbitts aufdecken zu können. Unterdessen kommt es zu Spannungen im Team: Zwischen Otis und Severide gibt es Meinungsverschiedenheiten hinsichtlich der Integrität von Scott Rice.
Bei den verdeckten Ermittlungen zu den kuriosen Geschäften von Jack Nesbitts riskiert Casey sein Leben. Unterdessen greift Chief Boden im Team durch und versucht die Meinungsverschiedenheiten zu klären. Außerdem geraten einige Mitglieder der Einheit bei einem Lagerhallenbrand in Lebensgefahr. Obendrein erhält Dawson Informationen, die ihr Leben verändern.