Army Ranger Eric Carter hat bei einer verdeckten Operation im Jemen im Auftrag der Counter Terrorist Unit (CTU) den berüchtigten Terroristenführer Ibrahim Bin-Khalid getötet. Zurück in den USA hat er Schwierigkeit, ins normale Leben mit seiner Frau Nicole zurückzufinden. Da erreicht ihn eine schreckliche Nachricht: Bin-Kahlids Anhänger haben alle Mitglieder seiner Einheit ausfindig gemacht und wollen brutal Rache nehmen.
Army Ranger Eric Carter setzt alles daran die Anhänger des Top-Terroristen Ibrahim Bin-Khalid aufzuhalten. Als Carters ehemaliger Kamerad Ben Grimes Geld für eine Liste verlangt, die er aus Bin-Khalids Safe an sich genommen hat, muss Carter zu seinen Wurzeln zurückkehren, um den Betrag aufzutreiben. Unterdessen versucht Ex-CTU-Chefin Rebecca Ingram herauszufinden, wer die Ranger-Dokumente den Terroristen zugespielt hat.
Army Ranger Eric Carter kann aus der Polizeiwache entkommen und arangiert ein Treffen mit seinem ehemaligen Kameraden Ben Grimes, um von ihm die Liste von Top-Terrorist Ibrahim Bin-Khalid zu bekommen. Ex-CTU-Chefin Rebecca Ingram und ihr Mann, Präsidentschaftskandidat John Donovan, versuchen derweil die Quelle der Terroristen in den eigenen Reihen zu isolieren.
Sein ehemaliger Kamerad Ben Grimes bringt Army Ranger Eric Carter Informationen, die ihn möglicherweise zu den Terroristen führen könnten. Unterdessen isoliert Ex-CTU-Chefin Rebecca Ingram Nilaa Mizrani, die Wahlkampfmanagerin ihres Mannes Jon Donovan, um sie zu vehören.
Army Ranger Eric Carter und sein ehemaliger Kamerad Ben Grimes versuchen mit dem Anführer eines Schmugglerrings ins Geschäft zu kommen, um die gesuchten Terroristen ausfindig zu machen. Die Jagd nach der undichten Stelle in den Reihen der Regierung macht unterdessen Fortschritte.
Army Ranger Eric Carter und der CTU gelingt es mit einem Hinweis den Aufenthaltsort eines der Terroristen einzugrenzen. Unterdessen steht die junge Schläferzelle Amira kurz vor der Fertigstellung ihres Planes und vor einem Scheideweg.
Army Ranger Eric Carter bittet CTU-Analyst Andy Shalowitz um Hilfe um den entscheidenden Beweis wieder in ihre Hände zu bekommen. Unterdessen gerät Ex-CTU-Chefin Rebecca Ingram mit den regulären CTU-Verhörtechniken an ihre Grenzen und holt jemand von außen zur Unterstützung. Doch den verbindet mit der CTU eine zwiespältige Geschichte.
CTU-Chef Keith Mullins spürt mit der unfreiwilligen Unterstützung seines Analysten Andy Shalowitz Army Ranger Eric Carter auf. Aufgrund der fragwürdigen Verhörmethoden seiner Frau, der EX-CTU-Chefin Rebecca Ingram, beginnt Präsidentschaftskandidat John Donovan ihr Urteilsvermögen in Frage zu stellen.
Eine Bedrohung zwingt die Anti-Terror-Einheit CTU ihre Zentrale abzuriegeln. Unterdessen gerät Army Ranger Eric Carter in eine brenzlige Situation. Und Präsidentschaftskandidat John Donovan wendet sich vor einer großen Entscheidung seiner Kampagne wieder an seine Frau EX-CTU-Chefin Rebecca Ingram.
Ein Telefonanruf zwingt EX-CTU-Chefin Rebecca Ingram eine schwierige Entscheidung zwischen ihrer beruflichen Karriere und ihrem Privatleben zu treffen. Unterdessen verlangt Nicole eine Aussprache mit ihrem Mann Army Ranger Eric Carter über ihre Beziehung und seine Zukunft in der CTU.
Andy uncovers important information about a high-ranking government official, leading Carter and Donovan to team up and find out more. A reinforcement is brought into CTU to oversee operations.
In the season finale, Rebecca's deal to save Donovan doesn't go as planned. Meanwhile, CTU must rely on Carter to go out into the field and facilitate an important exchange.