Vizepräsidentin Natalie Maccabee hat kaum ihren neuen Posten angetreten, als sie von einem geheimen Agenten erfährt, der die USA vor allen Bedrohungen schützen soll und ausschließlich ihrem Kommando unterliegt. John Case, alias Agent X, ist athletisch, taff und arbeitet mit brutaler Präzision – Eigenschaften, die er dringend braucht als die Tochter von FBI-Director Stanton entführt wird.
Als tschetschenische Rebellen in den Besitz von Nuklearraketen gelangen, setzt Maccabee Geheimagent John Case darauf an, die Waffen sicherzustellen. Doch dazu braucht er die Hilfe von einer ehemaligen Komplizin von Johns Erzfeind Nicholas Volker. Indes zieht FBI-Director Stanton alle Mittel, um die Identität von Agent X aufzudecken.
John bricht das Protokoll der Agent-X-Organisation, um seine ehemalige Geliebte Pamela Richardson vor Mitgliedern einer Gruppe zu beschützen, die es auf den Präsidenten abgesehen haben. Natalie, Malcolm und Richter Thorne arbeiten indes daran, die Mitglieder der Verschwörung zu identifizieren.
Die Spur der Intrigen führt John in eine mexikanische Stadt, wo er in eine tödliche Fehde zwischen dem örtlichen Drogenboss El Diablo und der Polizei gerät. Natalie stellt indes erste Nachforschungen zu der Verbindung zwischen ihrem verstorbenen Ehemann Steven und der Verlobten ihres politischen Gegners Miles Latham, dem Sprecher des Repräsentantenhauses, an.
Ein hochrangiger Beamter der Regierung wird das Ziel eines Anschlags mit einer biologischen Waffe, überlebt den Angriff aber. John, Natalie und Malcolm ermitteln in dem Fall und befinden sich bald in einem Wettlauf gegen die Zeit. Sie sollen eine Gruppe Terroristen davon abhalten, das Virus flächendeckender freizusetzen.
John begleitet Natalie inkognito als Secret Service Agent zu heimlichen Friedensgesprächen zwischen der mexikanischen Regierung und marxistischen Aufständischen. Als ihr Hubschrauber von Johns Erzfeind, dem internationalen Meisterverbrecher Nicholas Volker, abgeschossen wird, strandet die Gruppe im absoluten Nichts und wird vom gefährlichsten Mann der Welt gejagt.
John konnte von Nicholas Volker gefangen genommen werden und wacht schließlich in einem Keller in Odessa auf. Der Meisterverbrecher stellt Malcolms wahre Absichten infrage und säht damit Zweifel bei John. In der Zwischenzeit versucht Malcolm verzweifelt, John zu retten - ein Versuch, der Volker unwissentlich in die Hände spielt.
Volker, der nun ein Gefangener der Bruderschaft ist, enthüllt, dass er einen Agenten geschickt hat, um dem Technikunternehmer Dante Kane eine hoch spezialisierte Waffe zu stehlen. Sofort macht sich John auf den Weg zu Kanes Privatinsel, um Volkers Agenten aufzuhalten. Zu seinem Entsetzen sind auf der Insel aber auch seine Gegnerin Olga Petrovka sowie seine Ex-Verlobte Pamela Richardson.
Volker kann Pamela entführen und erpresst John, im Gegenzug für Pamelas Leben ein Himmelfahrtskommando anzunehmen. Malcolm schließt sich indes mit seinem ehemaligen Mentor Mike Griffin zusammen, um Pamela zu finden und zu retten. Zur gleichen Zeit kämpft Natalie damit, die Organisation Agent X nach Volkers Angriffen zusammenzuhalten.
John und Olga nehmen die Identität zweier Agenten von Volker an, um ihn in Paris aufzuspüren. Ihre Nachforschungen führen sie schließlich in die Pariser Oper, wo Natalie, Eckhart und eine internationale Delegation eine private Ballet-Aufführung besuchen wollen. Volkers Masterplan wird klar, als er und seine Agenten den Saal stürmen und die Ehrengäste als Geiseln nehmen.