Nachdem der ehemalige Vize-Gefängnisdirektor E.B. Tiller ermordet in seinem Haus aufgefunden wurde, wird Detective Rebecca Madsen zu Rate gezogen. Am Tatort wird sie auf ein Foto aufmerksam, auf dem Tiller mit einem weiteren Mann zu sehen ist. Als das FBI plötzlich die Ermittlungen übernimmt, gelingt es Rebecca in letzter Sekunde, das Bild heimlich zu entwenden. Nicht nur die Tatsache, dass Rebeccas Großvater und ihr Ersatzonkel Ray Archer einst als Gefängniswächter auf Alcatraz gearbeitet haben, sondern auch ein Fingerabdruck auf dem Foto führen dazu, dass der Fall die Polizistin fesselt und sie beginnt, auf eigene Faust zu ermitteln. Der Fingerabdruck stammt nämlich von Jack Sylvane, einem ehemaligen Gefängnisinsassen, der jedoch angeblich bereits vor über 30 Jahren verstorben ist.
Wie aus dem Nichts taucht der Heckenschütze Ernest Cobb, der vor über 50 Jahren im Gefängnis auf Alcatraz gesessen hatte und nach dessen Schließung wie vom Erdboden verschluckt war, wieder in San Francisco auf und schlägt erneut zu. Dabei verfolgt er immer dieselbe Taktik: Alle drei Tage erschießt er aus einer großen Distanz drei Menschen, wobei unter seinen Opfern immer ein Mädchen im Alter von 15 bis 16 Jahren ist.
Als in Walnut Creek im US-Staat Kalifornien auf mysteriöse Weise der elfjährige Dylan entführt wird, ist den Ermittlern Rebecca Madsen und Dr. Soto sofort klar, dass ein weiterer ehemaliger Alcatraz-Insasse zurückgekehrt ist. Es handelt sich um den Kindermörder Kit Nelson, der 1958 nicht nur grausam seinen eigenen Bruder getötet hat, sondern auch für den Tod weiterer Jungen verantwortlich ist. Im Verlauf der Ermittlungen finden Madsen und Dr. Soto heraus, dass der geistesgestörte Nelson seine Opfer immer an einem Freitag entführt – so wie er es auch mit Dylan gemacht hat – und die Kinderleichen am darauffolgenden Sonntag in das Bett ihrer Mütter legt, sodass nicht mehr viel Zeit bleibt, bis Nelson ein weiteres Mal zuschlägt. Während Rebecca und Dr. Soto alles daran setzen, Dylan rechtzeitig zu finden, ist Hausers einziges Ziel, Nelson lebendig zu fassen und lässt dabei das Schicksal des Jungen vollkommen außer Acht. Rebecca und Dr. Soto können zwar jeden Schritt des Täters nachvollziehen, doch ihnen fehlt noch eine entscheidende Spur, um den Täter zu fassen. Auf einmal trifft Dr. Soto Nelson und das Kind in einem Schnellimbiss an, doch der Versuch, Dylan zu retten, scheitert und dem Mörder gelingt erneut die Flucht. Werden die Polizisten es schaffen, Dylan vor Sonntag zu befreien oder fällt Nelson ein weiteres Kind zum Opfer?
Detective Rebecca Madsen und der Alcatraz-Historiker Dr. Soto warten darauf, dass ein weiterer ehemaliger Gefängnisinsasse nach San Francisco zurückkehrt: Dieses Mal handelt es sich um Cal Sweeney, der damals wegen Bankraubs verhaftet wurde. Kaum ist er wieder aufgetaucht, schlägt er erneut zu: Er bricht ein Schließfach nach dem anderen auf und tötet jeden, der ihm in die Quere kommt. Doch was sucht er bloß? Um sicherzugehen, dass er dabei nicht von den Überwachungskameras gefilmt wird, fängt er mit verschiedenen Bankkauffrauen eine Affäre an, die die Kameras abschalten, damit ihre Vorgesetzten von ihren Liebeleien nichts mitbekommen. Zunächst haben Hauser und Rebecca nicht die geringste Ahnung, was Sweeney vorhat, doch schließlich werden sie auf ein Blumengeschäft aufmerksam, in dem er immer Sträuße für seine Liebhaberin bestellt und können dadurch herausfinden, in welcher Bank er als nächstes sein Unwesen treiben wird...
Nachdem in den vergangenen Wochen einige der ehemaligen Alcatraz-Insassen zurückgekehrt sind, taucht auf einmal ein früherer Gefängniswächter wieder in San Francisco auf: Guy Hastings. Als er auf der Alcatraz-Insel völlig unerwartet einen Ranger angreift, stellt sich der FBI-Agent Hauser die Frage, ob die Verschollenen – wie bisher angenommen – wiederkehren, um sich zu rächen oder, ob sie möglicherweise alle mit der gleichen Mission zurückgeschickt wurden. Da Hastings schon immer vermutet hat, dass Rebeccas Ersatzonkel Ray Archer und der einstige Gefangene Tommy Madsen, welcher Rebeccas Großvater war, eine besondere Verbindung zueinander hatten, sucht Hastings Archer auf und entführt ihn aus seiner Bar...
Als mitten in einem Park in San Francisco auf einmal mehrere Bomben explodieren, ist für Detective Rebecca Madsen und Dr. Soto klar, dass ein weiterer ehemaliger Alcatraz-Insasse zurückgekehrt sein muss. Der Kriegsveteran Paxton Petty wurde damals verhaftet, nachdem er auf öffentlichen Plätzen vier Bomben gelegt hatte, von denen bis heute jedoch nur drei gefunden wurden. Rebecca sieht im Park sogar noch einen Verdächtigen, doch durch einen hinterhältigen Trick gelingt ihm in letzter Sekunde die Flucht. Erst durch einen Erpresserbrief von Petty, dem ein Liedtext beiliegt, kommen die Ermittler dem Täter auf die Spur: Die Orte, an denen Petty die Bomben vergräbt, kommen alle in einem Lied vor, sodass die Polizisten ahnen, wo sie nach Petty suchen müssen. Während für Rebecca das Verhindern von weiteren Anschlägen Priorität hat, möchte Hauser herausfinden, wo die vierte Bombe versteckt ist. Zunächst läuft für die Ermittler alles nach Plan, bis Hauser Petty an einem Strand trifft und auf eine seiner Bomben tritt, die dadurch aktiviert wird. Wird Rebecca ihren Kollegen noch rechtzeitig finden oder konzentriert sie sich so sehr darauf, Petty am nächsten Tatort aufzuspüren, dass für Hauser jede Hilfe zu spät kommt?
Nachdem in einer Bar in Chinatown eine Gruppe junger Männer durch vergiftete Cocktails ums Leben gekommen ist, dauert es nicht lange, bis der Alcatraz-Historiker Dr. Soto diesen Fall mit einem ehemaligen Insassen in Verbindung bringt: Es handelt sich um Johnny McKee, der 1958 verhaftet wurde, da er an seiner Highschool mehr als 70 seiner Mitschüler durch Gift getötet hat. Hauser und Detective Madsen fehlen zunächst jegliche Hinweise über den Mörder, sodass sie einen weiteren Anschlag in einem Hotelswimmingpool nicht verhindern können. Die Ermittler finden jedoch heraus, dass McKee immer nach dem gleichen Muster vorgeht: Er ermordet ausschließlich Männer, die durch ihr gewalttätiges Verhalten auffallen und deshalb für McKee in die Kategorie „Schlägertypen“ fallen. Durch die Hilfe eines Verkäufers eines Chemikalienladens, bei dem McKee einige Substanzen gekauft hat, erhält Rebecca Madsen die Adresse des Verbrechers. Bei der Durchsuchung von McKees geheimem Labor stoßen Madsen und Dr. Soto auf einige Formeln, mit denen sie zunächst nichts anfangen können. Sie wissen zwar, dass diese der Schlüssel zu einem weiteren Anschlag sind, doch lösen sie das Rätsel rechtzeitig, bevor McKee erneut zuschlagen kann?
Die beiden Zwillingsbrüder Herman und Pinky Ames saßen wegen schweren Raubüberfalls 1960 im Gefängnis von Alcatraz. Als sie während ihrer Haft von Goldreserven aus dem Bürgerkrieg, die angeblich in den Katakomben von Alcatraz versteckt sein sollten, erfuhren, schmiedeten sie erneut Pläne: Sie verbündeten sich mit dem Wärter Donovan, mit dessen Hilfe sie zwei Schlüssel von den Türen der Katakomben nachmachen konnten. Der Gefängnisdirektor James schöpft jedoch Verdacht und stellt den Brüdern eine Falle, sodass sie die falschen Schlüssel stehlen und in einem unteririschen Tunnel gestellt werden können. 2012 schleusen sich die Brüder sowie der ehemalige Wärter Donovan bei einer Touristenführung in Alcatraz ein, denn sie haben ihren Plan, die Goldbarren zu finden, niemals verworfen. Im Gefängnis läuft ihnen prompt der Alcatraz-Historiker Dr. Soto in dieArme – gewaltsam zwingen sie ihn, ihnen bei der Suche zu helfen. Detective Rebecca Madsen und Hauser sind ihnen bereits dicht auf den Fersen und plötzlich kommt es zu einer Schießerei, bei der Rebecca Herman tötet. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, vor allem, weil für Pinky an oberster Priorität nicht mehr der Goldraub steht, sondern Rache an Rebecca zu nehmen …
Alcatraz ist berüchtigt dafür, dass dort die gefährlichsten Schwerverbrecher des Landes gefangen gehalten wurden. Beim ehemaligen Insassen Sonny Burnett handelt es sich allerdings eher um einen harmlosen Kidnapper, der im Gegensatz zu anderen Gefangenen nie zum Mörder wurde. Während seiner Haftstrafe verwandelte er sich jedoch in einen grausamen Schläger. Doch wäre er auch bereit zu morden? Völlig unverhofft taucht Burnett wieder in der Gegenwart auf und sucht unverzüglich seine Ex-Freundin Helen auf, um ihr vorzuwerfen, sie hätte ihn mit David, ihrem jetzigen Ehemann, betrogen. Als Burnett David entführt und in einem verlassenen Haus versteckt, gehen Detective Madsen und Hauser zunächst von einer Lösegelderpressung aus. Doch schnell wird klar, dass David nicht mehr am Leben ist und Burnett ein ganz anderes Motiv verfolgt: Rache. Unter einem Vorwand gelingt es ihm wenig später, Helens Tochter am Flughafen abzufangen und er begräbt sie bei lebendigem Leib in einer Kiste. Können die Ermittler den Verbrecher noch rechtzeitig aufspüren und die Stelle finden, an der das Mädchen begraben ist?
Als Detective Madsen und Dr. Diego Soto zu einem Golfplatz gerufen werden, wo die Leiche einer jungen Frau namens Megan gefunden wurde, stellen sie erneut eine Verbindung zu einem ehemaligen Alcatraz-Insassen her: Die Ermittler gehen davon aus, dass der Schwarze Clarence Montgomery, welcher 1958 wegen Mordes an seiner Freundin Kate verhaftet wurde, erneut zugeschlagen hat, da beide Leichen auf gleiche Weise positioniert wurden und sich die beiden Frauen zum Verwechseln ähnlich sehen. Die Gerichtsmedizinerin Nikki schließt jedoch aufgrund der Einstichverletzungen der Opfer aus, dass es sich um denselben Täter handelt. Zu Rebeccas und Dr. Diegos Überraschung scheint es, als sei in diesem Fall kein ehemaliger Insasse nach San Francisco zurückgekehrt, sodass sie den Fall an die öffentliche Polizei abgeben wollen. Doch dann finden sie plötzlich heraus, dass Clarence damals unschuldig war, er aber wohl für die Morde in der Gegenwart verantwortlich ist. Den Ermittlern fehlt jedoch jede Spur zu Clarence, sodass sie einen weiteren Mord an einer jungen Frau auf einer Verlobungsparty nicht verhindern können. Erst ein Partyservice, für den er arbeitet, führt Rebecca und Hauser zu dem Täter. Doch das Team steht vor einem weiteren Rätsel: Warum verwandelt sich ein Unschuldiger zu einem Mörder? Wurde er durch den Umgang mit den anderen gewalttätigen Insassen zu solch einem Monster oder steckt etwas ganz anderes dahinter?
Als Rebecca Madsen mit der Gerichtsmedizinerin Nikki um die Häuser zieht, werden die beiden auf einmal zu einem Tatort gerufen: Eine Musikstudentin wurde gefesselt und nachdem der Täter ihr ihre Haare abgeschnitten hatte, ertränkte er sie in der Badewanne. Rebecca versucht, den Fall mit einem ehemaligen Alcatraz-Insassen in Verbindung zu bringen und sucht vergeblich nach früheren Opfern, die – ähnlich wie die junge Frau in der Badewanne – musikalisch talentiert waren. Die Ermittlerin ahnt zu diesem Zeitpunkt nicht, dass sie auf der völlig falschen Fährte ist, denn nicht die Opfer, sondern der Mörder hat eine ganz besondere Beziehung zur Musik. Dieser Fehler wird Rebecca erst bewusst, als Porter erneut zugeschlägt. Daraufhin erzählt ihr der Alcatraz-Historiker Dr. Diego Soto von einem Insassen namens Webb Porter, der in seiner Kindheit von seiner Mutter misshandelt und immer wieder unter Wasser geduckt wurde. Wegen dieser schrecklichen Erfahrungen litt er an einem Tinitus, welcher auf Alcatraz mit einer Musiktherapie behandelt wurde. Als Rebecca und Soto Lucy auf einem Videoband aus den 60er Jahren mit Webb Porter erkennen und herausfinden, dass Lucy es war, die ihn damals behandelt hat, wird ihnen bewusst, dass Hauser ihnen etwas verschweigt und möglicherweise sogar gegen sie arbeitet. Werden Rebecca und Dr. Soto weiterhin mit Hauser kooperieren und spielt Lucy bei dem mysteriösen Geschehen um die ehemaligen Alcatraz-Insassen eine ganz Rolle, als bisher angenommen …
Als in San Francisco ein Geldtransporter überfallen wird und einer der Täter anschließend seine Komplizen erschießt, nehmen Detective Rebecca Madsen und Dr. Diego Soto unverzüglich die Ermittlungen auf. Durch die Aussage eines Überlebenden können sie den Fall mit dem ehemaligen Alcatraz-Insassen Garrett Stillman in Verbindung bringen. Dieser wurde 1960 vom Gefängnisdirektor James beauftragt, einen Bescheid für den Häftling Harlan Simmons auszutauschen, sodass dieser auf Bewährung freikam. Bei seiner Entlassung steckte James ihm einen Zettel mit einer Kontaktperson zu, die ihm angeblich bei seiner Resozialisierung helfen sollte. In Wahrheit hegte der Direktor jedoch eine ganz andere Absicht: Durch die Kontaktperson wurde ihm ermöglicht, Simmons jederzeit wiederfinden zu können. Zunächst gehen Madsen und Hauser davon aus, dass es Stillman beim Überfall auf das Geld abgesehen hat, doch als sie erfahren, dass der Geldtransporter gerade ausgerechnet auf dem Weg zu dem Bankier Harlan Simmons war, ahnen sie, dass etwas anderes dahinterstecken muss. Durch einen hinterlistigen Trick kann Stillman die Ermittler jedoch auf eine falsche Fährte leiten und zunächst entkommen, doch Dr. Soto gelingt es, an Stillmans Auto einen GPS-Sender anzubringen. Als sie ihn auf einem verlassenen Gelände stellen wollen, ist ihnen jemand zuvorgekommen: Stillman wurde erschossen und von einer geheimnisvollen Box, die er aus dem Geldtransporter gestohlen hat, fehlt jede Spur. Madsen wird bewusst, dass dieses Mal nicht nur ein ehemaliger Alcatraz-Insasse zurückgekehrt ist, sondern sie dem Handlanger, der für alle mysteriösen Verbrechen der letzten Zeit verantwortlich ist, ganz dicht auf den Fersen sind …
Der ehemalige Alcatraz-Insasse Tommy Madsen ist auf der Suche nach seinem einstigen Zellennachbarn Joe Limerick, da dieser einen mysteriösen Schlüssel mit sich führt. Limerick gelingt es zunächst, in einer Psychiatrie unterzutauchen, doch nachdem Madsen die Ärztin Georgia Bradley als Geisel genommen hat, kann er Limerick in der Nervenheilanstalt aufspüren. Dieser weigert sich allerdings, Madsen den Schlüssel zu übergeben und stürzt sich deshalb in den Tod. Während für Hauser der verschollene Schlüssel oberste Priorität hat, nimmt Detective Rebecca Madsen die Verfolgung von ihrem Großvater Tommy Madsen auf. Schließlich gelingt es Rebecca, ihn zu stellen, doch als sie ihn verhaftet, sticht er sie plötzlich nieder. Wird Rebecca durchkommen? Und was befindet sich in den Katakomben von Alcatraz? Wird Hauser nun endlich herausfinden, wer der Handlanger für all die Morde in den vergangenen Wochen ist und was mit den ehemaligen Alcatraz-Insassen wirklich geschah?