Nach einem schlimmen Autounfall wird Vaughn entführt. Sydney ist geschockt, als sie erfährt, dass er unter Verdacht steht, ein Doppelagent zu sein. Als er sie kontaktiert, muss sie sich fragen, wo ihre Loyalität liegt...
Nachdem Sydney eine der wichtigsten Personen in ihrem Leben verloren hat, versucht sie alles, um seinen Tod zu rächen und die ihre Sicherheit und die ihres Kindes wieder sicherzustellen...
Eine neue Agentin taucht auf und stielt ein höchst empfindliches Nervengas. APO verfolgt ihre Spuren bis nach Prag, wo Sydney eine Interessante Entdeckung machen...
Sydney und Rachel müssen alles aufs Spiel setzen, um an "Mockingbird" heran zu kommen während Gordon Dean weiterhin die Fäden in der Hand zu halten scheint...
Sydney und Tom finden heraus, dass Renée sie hintergangen hat, während Sloane extreme Wege gehen muss, um ein Heilmittel für Nadia zu finden ...
Sydney geleitet eine nervöse Rachel in ihre erste Solo-Mission, während Sloane vor eine Wahl gestellt wird, deren Ausgang seine komplette Zukunft beeinflussen könnte...
APO versucht heraus zu bekommen, für wen Gordon Dean wirklich arbeitet und was seine Ziele sind, wähend Sloane feststellen muss, dass ihn diese mysteriöse Gruppe vollkommen in der Hand hat...
Während Sidney und Rachel mit Julian Sark zusammen arbeiten müssen, um einen Bombenanschlag zu verhinden, müssen Jack und gute Bekannte um ihr Leben fürchten...
Sydney wird gefangen genommen und unter Drogen gesetzt, um bestimmte Informationen frei zu geben. In ihren Wahnvorstellungen erscheint ihr allerdings ein bekanntes Gesicht: Michael Vaughn...
Sydney sitzt in den Räumen der CIA fest. Ein Maulwurf, der für Prophet Five arbeitet, will damit verhindern, dass ihre Nachrichten die APO erreichen. Doch die Kollegen der Agentin schöpfen Verdacht und wollen sie befreien. Dabei geraten sie in eine Falle. Dank der Hilfe von Weiss können sie jedoch entkommen. Schließlich findet Jack heraus, wer Sydneys Einsatz sabotiert hat.
Die Geburt von Sydneys Kind steht kurz bevor. Da bekommt die Agentin unerwartet Besuch von ihrer Mutter Irina. Gemeinsam mit Jack reisen die beiden Frauen nach Vancouver, um dort nach Informationen über The Horizon zu suchen. Doch das Trio gerät in einen Hinterhalt. Während Jack den Kampf mit Kelly Peyton aufnimmt, setzen bei Sydney die Wehen ein.
Einen Monat nach der Geburt ihres Kindes beschließt Sydney (Jennifer Garner), eine Pause als Agentin einzulegen. Doch Anna Espinosa (Gina Torres) gelingt mit der Hilfe von Kelly Peyton (Amy Acker) die Flucht aus dem Gefängnis. Anna erkennt sofort, dass sie Sydney über deren Freunde aus der Reserve locken kann. Also entführt sie Will (Bradley Cooper). Sydney setzt alle Hebel in Bewegung, um ihren Freund zu retten. Allerdings verfolgt Prophet Five ein größeres Ziel. Dafür benötigen sie eine DNA-Probe von Sydney ...
Während die Bande beginnt mehr über die Prophet 5 zu lernen, ist Sloane beunruhigt erfahren zu müssen, dass das Prophet 5 Heilmittel für Nadia sie genauso wahrscheinlich zu töten könnte. Unterdessen, Devlin kehrt zurück, geht die Suche nach Anna Espinosa weiter. Rambaldi's prophetische Page 47 kommt wieder an die Oberfläche, und Sydney bietet Renée einen Job bei APO an.
Sloane (Ron Rifkin) arbeitet für Prophet Five. Doch diese Zusammenarbeit schadet ihm und ihn plagen schreckliche Visionen. Währenddessen wird in Renées (Élodie Bouchez) totem Körper ein Chip gefunden. Mit dessen Hilfe versucht Sydney (Jennifer Garner) Kontakt zu Vaughn (Michael Vartan) aufzunehmen ...
Sydney die sich als Anna ausgibt, bringt Peyton einen Mikrochip der eine versteckte Schaltung enthält. Inzwischen beendet Sloane die Übersetzung der Page 47 und berichtet, dass nur der Auserwählte der Kreis vervollständigen könne, was Sark und Sydney auf eine gefährliche Mission ins Gefängnis führt. Rachel entdeckt endlich Tom's Geheimnis, was wirklich mit seiner Frau geschah.
Im ersten Teil des Alias zwei Stunden Finales, nimmt "Reprisal" Sloane Marshall und Rachel als Geisel, um einen entscheidender Hinweis auf Rambaldi´s ultimatives Endspiel zu entdecken. Mit diesen Informationen versuchen Sydney, Vaughn und APO ihn zu stoppen.
Peyton erklärt Sloane, dass sie ein Abkommen für die Rambaldi sphere mit einem Verbündeten in China gebildet hat. Sloane arrangiert daraufhin das gestohlen Raketen nach Hong Kong gesendet werden. Sloane's Plan wird aber von den APO Mitgliedern aufgedeckt, die versuchen ihn zu stoppen, bevor er die Rambaldi sphere benutzen kann, um seinen Plan in die Tat umzusetzen. Aber all dies führt zu der lang erwarteten Konfrontation zwischen Sydney und Irina.