Max erzählt Ben und Gwen die Wahrheit über seine Vergangenheit. Er gesteht, dass er mal Mitarbeiter der Geheimorganisation "Die Klempner" war, die die Aufgabe hatte die Welt vor außerirdischen Gefahren zu schützen. Zusammen mit seinem damaligen Partner Phil besiegte er einst Vilgax. Ben ist fasziniert und glaubt bereits in den Fußstapfen seines Großvaters zu treten. Gleich darauf muss Ben gegen ein Alien kämpfen und begegnet zufällig Phil, den alten Partner und Freund seines Großvaters. Phil freut sich seinen alten Partner wiederzusehen und berichtet ihn, dass er immer noch im Einsatz ist. Doch Max hat Zweifel an seinem alten Freund.
Die Tennysons genießen den Yellowstone-Nationalpark, wobei Ben eine neue Aliengestalt (Kanonenkugel) aktiviert. In dem Moment stürzt ein gigantischer Meteroit ab, aus dem eine riesige Zecke schlüpft und sich auf den Erdboden festsaugt. Die Diener der Zecke erklären, dass sie dafür lebt andere Planeten auszusaugen. Nun müssen die Tennysons den Untergang der Erde verhindern.
Bei einer Tour durch San Francisco beobachtet Gwen wie Krake einen Videospielladen demoliert. Sie stellt Ben zur Rede, doch er beteuert seine Unschuld. Zu seinem Entsetzen hört er Berichte, dass schwere Diebstähle und Sachbeschädigungen von Aliens begangen wurden. Ben will den Trittbrettfahrer aufhalten. Es stellt sich heraus, dass Kevin der Verbrecher ist, der Ben anschwärzt. Seit er die Energie der Omnitrix absorbiert hat kann er sich in die exakten Kopien von Bens Aliengestalten verwandeln (bis auf das Omnitrix-Symbol). Ben muss nicht nur gegen Kevin kämpfen, sondern er muss einer Spezialeinheit aus Alienjägern seine Unschuld beweisen.
Ben stellt fest, dass er nicht mehr die Omnitrix am Handgelenk hat. Er befindet sich mit seinem Opa und Gwen auf dem Weg zum Campingplatz, wo sein Leben als Superheld angefangen hat. Er will nun die Omnitrix von der Sonde holen, doch jemand ist ihm dazwischen gegangen. Nun trägt Gwen die Omnitrix und kann sich in die weiblichen Versionen der Aliens verwandeln. Trotz dieser unerklärlichen Entwicklungen nutzt Ben sein Wissen, um ihr zu helfen.
Ben bekämpft als Stahlschädel den mutierten Kevin, der sich selbst Kevin 11 nennt. In dem Moment werden die beiden in ein Raumschiff teleportiert. Das Schiff ist eine Kampfarena, wo Ben und Kevin als Gladiatoren kämpfen müssen. Nun müssen die Todfeinde zusammenarbeiten, um aus der Gefangenschaft zu entkommen.
Ben bekämpft ein Alien, wobei er auf drei Alien-Helden trifft. Sie wollen verhindern, dass ein kriminelles Alien eine gefährliche Superwaffe herstellt. Ben schließt sich den Alien-Helden an. Zu seinem Ärgernis muss Ben feststellen, dass die drei sehr pedantisch mit Planungen sind, wie sie zu kämpfen haben.
Ben und seine Familie treffen auf einen jungen Camper, der um sein Leben gerannt ist. Ben, Max und Gwen fahren zum Ferienlager aus dem der Junge zu fliehen versuchte. Das Camp ist verlassen bis auf ein Zwillingspärchen. Sie müssen feststellen, dass sich im Camp außerirdische Pilze eingenistet haben und sich weiter verbreiten werden.
In Texas wird eine antike Maya-Maske entdeckt. Max erzählt Ben und Gwen, dass die Maske des Ah Puch, dem Maya-Gott des Todes, ein Wegweiser zu einer sehr mächtigen Waffe ist. Er will die Waffe vorher finden, bevor sie zu einer Gefahr für die Welt wird. Zur gleichen Zeit will die Organisation die Maske finden. Max wird durch die Suche so verbohrt, dass er nicht mehr an seine Enkel denkt.
Hex sitzt im Gefängnis und hegt tiefe Rachegefühle gegen Gwen alias "Lucky Girl". Er wird von seiner Nichte Fluchwerferin (Charmcaster) befreit. Die Tennysons kommen in Las Vegas an und Gwen findet einen Armreif mit einem Stein, der ihren früheren Glücksstein ähnelt und sehnt sich nach ihrer Zeit als Lucky Girl. Doch Hex und seine Nichte gieren nach dem Armreif, der ihnen mehr Macht verliehen soll.
Die Tennysons fliegen zu einer Plattform, wo sie auf Donovan Smith treffen, einen alten Freund von Max. Er führt sie zu einem Ferienhotel, das unter Wasser liegt. Ben und Gwen nehmen Kontakt zu Edwin, dem Enkel von Donovan, auf, der ziemlich desinteressiert scheint. Als die drei auf eigene Faust eine U-Boot-Fahrt machen, werden sie von mechanischen Kraken angegriffen, die es anscheinend auf die Station abgesehen haben.
Ben hat den Albtraum, das sich das Schattenmonster gegen ihn wenden wird. Am nächsten Morgen kommen sie in eine Eliteschule, von der Gwen ziemlich begeistert ist. Doch Ben sieht an jeder Ecke, wie das Schattenmonster auf ihn lauert. Als Giftatem, Stahlbrecher und Schreckenshaar, die ehemaligen Handlanger Zombozos, die Trophäen der Schule stehlen wollen, nimmt Ben es mit ihnen auf und verwandelt sich unabsichtlich in das Schattenmonster. Er bekämpft plötzlich seine Gegner rabiater als sonst und droht außer Kontrolle zu geraten. Ben verwandelt sich zurück, aber das Schattenmonster hat sich von ihm abgespalten. Nun ist es frei und will Ben endgültig unter seine Kontrolle bringen.
Ben will mehr über die Omnitrix erfahren und hantiert mit einem Schraubenzieher daran bis der Ring abfällt. Er versucht seinen Fehler zu vertuschen bis Dr. Animo erscheint. Ben benutzt die Omnitrix, aber er verwandelt sich in die bizarren Mischungen seiner Aliens(Krakenjet = Minijet+Krake; Stahlzwerg = Stahlschädel+Graue Eminenz; Infernokiefer = Inferno+Kampfkiefer). Dr. Animo findet den Ring und will mit Hilfe der ausstrahlenden Energie seine Mutanten verbessern (z.B.: Infernofledermaus. Trotz der bizarren Verwandlungen muss Ben gegen Animo kämpfen.
Kevin 11 und Vilgax verbünden sich, um Ben zu vernichten und die Omnitrix zu holen. Zur gleichen Zeit programmiert Ben zufällig die Omnitrix darauf, sich ohne Knopfdruck und ohne Zeitbegrenzung zu verwandeln und sogar von einer Aliengestalt zur anderen zu wechseln. Das genießt Ben bis Vilgax und Kevin 11 erscheinen und nun kann Ben seine zufällige Programmierung ausnutzen.