CIA-Offizier Daniel Miller (Richard Armitage) kommt im Zuge einer verdeckten Operation nach Berlin, um einen anonymen Whistleblower ausfindig zu machen. Dort trifft er auf seinen alten Freund Hector DeJean (Rhys Ifans). Als Daniel seiner Zielperson näherkommt, reagiert sie auf tödliche Weise.
Während Daniel (Richard Armitage) weiter nach Shaw sucht, sammeln Stationschef Steven Frost (Richard Jenkins) sowie seine Mitarbeiter Valerie Edwards (Michelle Forbes) und Robert Kirsch (Leland Orser) Erkenntnisse über einen georgischen Islamisten, um eine außerordentlichen Auslieferung durch Langley zu entgehen.
Frost (Richard Jenkins) und Robert (Leland Orser) sorgen sich um ihre Geheimnisse, als Ermittler aus Langley die Berlin Station durchsuchen, um zukünftige Leaks zu vermeiden. Daniels Suche nach Shaw wird derweil von Hector (Rhys Ifans) unterbrochen, der sein Telefon anzapft. Die Überwachung von Aleksandre Iosava (Merab Ninidze) führt unterdessen zu schlechtem Verhalten von einem Agenten Valeries.
Daniel (Richard Armitage) bricht zu einer gefährlichen Operation auf, die schwierige Erinnerungen an seine erste Station in Tschetschenien und den Beginn seiner Freundschaft zu Hector (Rhys Ifans) heraufbeschwören. Steven Frost (Richard Jenkins) findet derweil einen Weg, sich für eine Beförderung zu bewerben, was jedoch zulasten seines Stellvertreters Robert (Leland Orser) geht. Valerie (Michelle Forbes) macht derweil eine Entdeckung hinsichtlich Aleksandre Iosava (Merab Ninidze).
Amerikanische und deutsche Interessen überkreuzen sich, als die Station das Thema von Shaws nächstem Leak erfährt: der chinesische Überläufer Houjin Lin (Michael Paul Chan). Daniel (Richard Armitage) wird mit Esther Krug (Mina Tander) zusammengesetzt, um Lin außer Landes zu schmuggeln, bevor der Leak herauskommt. Hector (Rhys Ifans) bekommt derweil einen nächtlichen Besuch von Shirley Pimple.
Valeries Ermittlung gegen Aleksandre (Merab Ninidze) und Ruth Iosava führt zu einer deutsch-amerikanischen Operation mit Clare Itani (Zahra Amadi), CIA-Agentin und Hectors Liebhaberin. Die nicht angekündigte Beteiligung Langleys verkompliziert die Sache jedoch deutlich.
Nach der missglückten Iosava-Aktion und der Entführung von Clare Itani (Zahra Amadi) nutzt Frost (Richard Jenkins) klassische Verhandlungskanäle, um sie zu befreien. Hector (Rhys Ifans) handelt derweil auf eigene Faust, wobei er von Daniel (Richard Armitage) unterstützt wird.
Die Station spürt die Nachwirkungen des Iosava-Debakels. Daniel (Richard Armitage) versucht, Frost (Richard Jenkins) zu finden, während Kirsch (Leland Orser) gebeten wird, Valerie (Michelle Forbes) auszubooten. Hector (Rhys Ifans) muss sich derweil einem Lügendetektortest unterziehen.
Nachdem Hectors Identität als Shaw bestätigt wurde, sieht sich Daniel (Richard Armitage) bei dessen Auslieferung an die Deutschen mehreren Hürden ausgesetzt, darunter Angreifer, eine Entführung und sein eigenes Gewissen, als er von Shaws Geschichte erfährt. Frost (Richard Jenkins) befindet sich derweil weiter auf der Flucht, während Kirsch (Leland Orser) seine Ergreifung überwacht. Valerie (Michelle Forbes) verfolgt indes ihren eigenen Verdacht gegen Robert.
Daniel (Richard Armitage) führt die Crew der Berlin Station bei der Zusammenführung der Beweismittel an, die die Rolle Langleys bei der Iosava-Auslieferung erhellen sollen. Hector (Rhys Ifans) unternimmt derweil einen neuen Anlauf, vergangene Missetaten wiedergutzumachen.