Staffel 1

Der harmlose Büroangestellte Rokuro wird von seiner Firma auf eine Geschäftsreise geschickt. Er soll eine Diskette, auf der sich geheime Informationen befinden, in Borneo übergeben. Doch der Plan ändert sich, als eine Gruppe moderner Piraten das Schiff überfallen und Rokura als Geisel nehmen.

Nach der gelungenen Flucht mit der neuen Geisel, wird die Gruppe von einem Kampfhubschrauber verfolgt und auf offenem Meer in die Enge getrieben. Rokuro präsentiert der Gruppe einen Fluchtplan und erntet damit Anerkennung.

Als Chin erfährt, dass Dutch nun für Balalaika arbeitet, ist er mehr als frustriert. In seinem Ärger heuert er eine Gruppe von Piraten an und setzt sie auf die Black Lagoon an. Was wird Balalaika dazu sagen, wenn sie davon erfährt?

Die Black Lagoon bekommt einen neuen Auftrag. Sie sollen ein Gemälde aus einem deutschen U-Boot bergen, das kurz vor Kriegende durch amerikanische Kriegsschiffe versenkt wurde. Während der Bergungsarbeiten wird die Black Lagoon jedoch angegriffen.

Die Neo-Nazis halten die Black Lagoon mit TOW Fernlenkgeschossen in Schach, während sie selbst versuchen zum U-Boot zu tauchen. Die Black Lagoon kann aus der Ferne nur hilflos zusehen, doch bald wird die Situation für sie noch gefährlicher...

Die Neo-Nazis sind in Besitz des Gemäldes und die Black Lagoon schwört Rache. Als es Dunkel wird, schleichen sich Dutch und Revy an Bord des Schiffes und versuchen das Gemälde zu stehlen.

Zwischen Revy und Rock hängt der Haussegen schief. Dutch ist von den ständigen Streitereien der beiden genervt und schickt sie gemeinsam in die Stadt um Besorgungen zu machen. Bei einem erneuten Streit sieht Revy rot und richtet ihre Waffe gegen Rock.

Die Black Lagoon wird angeheuert um ein Paket zu übergeben. Das Paket erweist sich als ein Junge namens Garcia, Mitglied einer einflussreichen venezolanischen Familie. Als die Black Lagoon nach Annahme des Falles in eine Bar geht, wird sie von der Mafia erwartet.

Die Black Lagoon muss feststellen, dass Garcias Kindermädchen Roberta alles andere als nett ist. Als sie beginnt die Besucher der Bar zu töten, flieht die Black Lagoon. Da Garcia Angst vor Roberta hat, folgt er der Gruppe.

Roberta, die immer noch versucht Garcia zurück zu bekommen, ist der Black Lagoon dicht auf den Fersen. Revy beschließt Roberta in einem Schiessduell ein für alle mal aus dem Weg zu räumen. Die Situation ändert sich, als Robertas wahre Identität enthüllt wird.

Herr Chang übergibt der Black Lagoon eine Tasche mit wichtigen Papieren. Da Terroristen in den Besitz dieser Daten kommen wollen, soll die Black Lagoon die Tasche transportieren. Es dauert nicht lange bis die Terroristen die Gruppe ausfindig machen – und ein Mitglied der Black Lagoon als Geisel nehmen.

Rock wird von Takenaka einem Verhör unterzogen, doch dieser schweigt. Zur selben Zeit versuchen Revy, Shenhua und Legarch Revy zu befreien. Doch wird Rock Takenakas Verhörmethoden noch lange genug standhalten?