Jane sitzt in einem Geheimgefängnis der CIA und muss endlose Verhöre und Folter über sich ergehen lassen. Doch es gelingt ihr zu fliehen und unterzutauchen. Allerdings ist ihr inzwischen auch die NSA-Agentin Naz Kamal auf den Fersen: Sie ermittelt gegen die Terror-Organisation Sandstorm, die Jane beim FBI eingeschleust hat. Kamal will Jane wieder bei Sandstorm unterbringen, um an die Köpfe heranzukommen. Doch dafür muss die Agentin sie erst einmal finden.
Eines von Janes Tattoos gibt darüber Aufschluss, dass die DEA heimlich mit dem Juárez-Kartell Waffengeschäfte Geschäfte betreibt. Federführend ist offenbar Rob Kingston, der den Drogenbaronen Flugabwehr-Raketen zugesagt hat. Alles deutet darauf hin, dass ein Kürze ein Anschlag mit diesen Flugkörpern verübt werden soll. Jane bleibt nicht viel Zeit, um New York vor einer Katastrophe zu bewahren …
Eine Serie von Sprengstoffanschlägen erschüttert New York. Die Täter wollen sich für Waffentests rächen, die die Navy jahrelang auf der Karibik-Insel Vieques durchgeführt hat. Viele Einwohner starben dadurch. Als die Bombenleger Geiseln nehmen, wird Weller als Unterhändler eingesetzt. Shepherd testet unterdessen Janes Loyalität: Sie soll den Ingenieur Jeffrey Kantor töten, den sie einst zu „Sandstorm“ holte …
Um sich sein Gehalt etwas aufzubessern, liefert der Hacker Bo Kaiser, der eigentlich beim Heimatschutz angestellt ist, Gebäudepläne an Kriminelle. Zuletzt hat er die ehemalige CIA-Agentin Elizabeth Gubara mit Informationen versorgt. Sie bringt auf einer Spendengala zwei Menschen um. Ihr Motiv: Rache. Roman und Jane reisen nach Kanada zu einem See, der eng mit „Sandstorm“ und Shepherd verbunden ist …
Senator Quinn Donahue überlebt knapp ein Attentat. Offenbar ist die irische Mafia dafür verantwortlich. Deren Ex-Chef Patrick O’Malley ist mit Donahue verwandt, was ein mögliches Tatmotiv sein könnte. Doch dann erleben Jane und Weller eine böse Überraschung. Unterdessen erinnert sich Jane an ein weiteres Detail aus ihrer Vergangenheit, das allerdings auch mit Pattersons Hilfe vorerst nicht aufgeklärt werden kann.
Naz und Weller sind immer noch auf der Suche nach dem Whistleblower Douglas Winter und werden im bulgarischen Sofia fündig. Winter behauptet er könne beweisen, dass jemand ihm die Geheimdateien untergejubelt hat. Und tatsächlich – eine von Patterson decodierte Tonaufnahme deckt auf, dass Winter die Wahrheit sagt … Jane und Roman arbeiten unterdessen für einen brisanten Auftrag zusammen in dessen Folge Jane glaubt, Roman beeinflussen zu können.
Wiedersehen mit Rich Dotcom: Er wendet sich an das FBI, da er offenbar von einem Killer verfolgt wird, der sogar schon seinen Liebhaber Boston umgebracht haben soll. Aufgrund seiner Erfahrungen mit Rich ist Weller äußerst vorsichtig – doch dieses Mal scheint Rich die Ermittler nicht hinters Licht führen zu wollen. Zwischen Naz und Weller gibt es unterdessen wieder dicke Luft, da Naz Bordens Raum verwanzt hat.
Weller und Jane sind spurlos verschwunden: Sie sollten für einen gewissen Emile bei einem Kongress einen Raub begehen. Dass es sich bei dem zu raubenden Objekt um die chinesische Wissenschaftlerin Dr. Chen handelt, ist eine böse Überraschung. Dr. Chen hat eine bahnbrechende Technik erfunden, die Emile für sich nutzen will. Nun ist es am Rest des Teams ihre Kollegen aufzuspüren und Emile das Handwerk zu legen.
Roman halt Jane im Sandstorm-Hauptquartier fest. Ihr gelingt es trotzdem, einige Informationen an Weller durchzugeben und ihm so die Lage des geheimen Ortes zu übermitteln. Außerdem lässt Jane ihn wissen, dass Sandstorm in Kürze den nächsten Schritt seines Planes im Kampf gegen die Regierung einleiten wird. Dem FBI bleibt nicht viel Zeit – doch dann überschlagen sich die Ereignisse, und Wellers Team gerät in große Gefahr.
Patterson ist in der Gewalt von Borden und Shepherd die versuchen, mit Gewalt Informationen aus ihr herauszupressen. Weller und der Rest des Teams setzen alles daran, Patterson zu finden. Romans Hilfe wäre dabei entscheidend, doch der ist Jane auf dem Weg in die Zentrale ausgebüxt. Also machen sich Jane und Weller zunächst auf die Suche nach ihm.
Roman ist in der Hand des FBI, doch es ist nichts aus ihm herauszubekommen – er erinnert sich an rein gar nichts, was mit Sandstorm, Phase Zwei oder Shepherd zu tun hat. Eine NSA-Profilerin kommt sogar zu dem Schluss, dass er für den Rest seines Lebens in einer psychiatrischen Anstalt eingesperrt werden sollte. Patterson versucht unterdessen, das neue Tattoo zu knacken – und macht eine interessante Entdeckung.
Das Leoparden-Tattoo ist entschlüsselt: Es weist auf die Biker-Gang Viper Kings hin, deren Kneipe Jane und Roman einen Besuch abstatten. Zu diesem Zeitpunkt ahnt Jane noch nicht, dass Roman bei den Rockern kein Unbekannter ist – insbesondere bei Kneipenbesitzerin Kat. Eine Zusammenarbeit mit den Viper Kings könnte Wellers Team wieder ein Stück näher an Sandstorm heranbringen …
Weller und Shepherd haben eine gemeinsame Vergangenheit, in der der FBI-Agent nun zu wühlen beginnt, um Antworten zu erhalten. Was er herausfindet, nimmt ihn emotional sehr mit. Sein Team ist unterdessen durch ein weiteres Tattoo militanten Farmern auf die Spur gekommen, die ihre Interessen mit Gewalt durchsetzen wollen. Doch die Initiative dazu geht nicht von ihnen aus, sondern von einem FBI-Agenten …
Ein Tattoo, das eine versteckte Gleichung beinhaltet, führt das Team auf die Spur eines College-Geheimbundes, in dem Rich Dotcom und Boston Arliss Crab Mitglieder sind. Offenbar plant eines der anderen Mitglieder einen Anschlag. Weller, Rich, Boston und Patterson schleusen sich auf eines der geheimen Treffen ein, um ihrer Vermutung nachzugehen. Jane und Naz versuchen unterdessen, Romans Gehirn weiter auf die Sprünge zu helfen.
Patterson entschlüsselt mehrere Tattoos, die alle Hinweise auf ein und dasselbe Verbrechen zu enthalten scheinen. Um den Spuren zu folgen, teilt sich das Team auf – und kommt Kriminellen auf die Schliche, für die ein Menschenleben nur einen finanziellen Wert hat. Naz hört unterdessen wieder von ihrer Quelle bei Sandstorm und trifft sich mit dem Informanten. Doch das stellt sich als fataler Fehler heraus.
Naz ist durch ihre Quelle in den Besitz eins USB-Sticks gekommen, der brisante Informationen über Shepherd und Borden enthält. Bald ist klar, dass es sich bei der Quelle um Cade handelt, der dem Team anbietet, sie zu Shepherd zu bringen. Doch die ist dem FBI erneut einen Schritt voraus – ausgerechnet wegen Patterson: Shepherd ließ ihr eine Wanze implantieren, als sie sie gefangen gehalten hat …
Oliver und Jane wurden entführt. Zunächst hat Jane Sandstorm im Verdacht, doch dann wird klar, dass sich die Täter an Olivers Vater rächen wollen: Der hatte einst Anleger um mehrere hundert Millionen Dollar geprellt … Unterdessen findet Naz heraus, dass Shepherd während der vergangenen Jahre weltweit recht umtriebig war. Außerdem weiß Naz inzwischen, dass Roman ein Treuhandkonto auf den Bahamas leergeräumt hat. Doch wohin hat er das Geld verschoben?
Während das gesamte Team bezüglich seiner Rolle in der Sandstorm-Geschichte verhört wird, muss es parallel den Tod eines Mädchens aufklären. Amber lebte in einer Pflegefamilie und sprang nach einem Streit mit ihrem Pflegebruder Eli aus dem Fenster. Nun ist die gesamte Pflegefamilie verschwunden, nur Eli wird dank eines Überwachungsvideos gefunden. Er kann Weller und seinen Kollegen einen wichtigen Hinweis zu Ambers Tod liefern – ebenso wie Janes Sanduhr-Tattoo.
Weller und Jane müssen einmal mehr undercover arbeiten: Sie sind einer Gruppe Hacker auf der Spur, die streng geheime Dokumente an sich gebracht hat. Doch die Computergenies machen es den beiden Ermittlern nicht leicht, denn sie veranstalten eine regelrechte Schnitzeljagd mit Jane und Weller. Shepherd reist unterdessen nach Thailand. Dort will sie sich eine schlagkräftige Waffe besorgen.
Zapata wurde verhaftet – um undercover im Gefängnis zu ermitteln. Denn dort ist auch Devon inhaftiert, die die Freundin von Shepherds engstem Vertrauten Parker ist. Über Devon will das FBI an die beiden herankommen, weswegen Zapata und Devon aus dem Gefängnis ausbrechen. Doch Parker erkennt Zapata wieder ? Roman hat unterdessen eine Erinnerung, die für Jane tödlich enden könnte.
Nach dem Angriff auf Jane wird Roman wieder in seine Zelle beim FBI verfrachtet. Weller gelingt es unterdessen, Parker zum Reden zu bringen. Dadurch findet das Team heraus, dass Shepherd ein Attentat auf das FBI plant. Es gelingt Weller gerade noch, das Hauptquartier zu evakuieren, bevor Shepherd mit ihren Leuten das Gebäude unter ihre Kontrolle bringt. Doch damit ist die Gefahr noch lange nicht gebannt.
Während Weller versucht, aus dem Hochsicherheitsbunker zu entkommen, steht das Team vor seiner bisher größten Herausforderung: Shepherd und Sandstorm wollen Washington mit Hightech-Waffen dem Erdboden gleichmachen. Es kommt zum Showdown zwischen Weller, Jane und Shepherd – doch das ist nicht der einzige Kampf den Weller und Jane noch auszutragen haben …