Am liebsten würde Danny nach Lindas Tod seinen Job aufgeben. Doch dann wird Jack Boyle abgestochen und der Hauptverdächtige ist auf freiem Fuß. Danny hängt sich an dessen Fersen und versucht, ihn zu überführen. Aber das ist gar nicht so einfach, denn der Mörder ist clever. Indessen hat Frank eine Auseinandersetzung mit der Bürgermeisterin Maggie Dutton und Jamie und Janko sind endlich wieder Partner.
Shelly bittet Danny darum, sich des Falls der seit dreizehn Jahren verschwundenen Tochter von Ann Harris nochmals anzunehmen. Shelly vermutet nämlich, dass Leah gar nicht Anns Kind ist. Die stellvertretende Bürgermeisterin Margaret Dutton zwingt Frank dazu, an der West Indian Day Parade teilzunehmen. Dort soll allerdings jemand geehrt werden, der früher Bombenanschläge auf Polizisten verübt hat.
Frank benötigt für ein Weiterbildungsprogramm seiner Streifenpolizisten finanzielle Unterstützung. Die Interimsbürgermeisterin Dutton ist davon nicht begeistert, wohingegen die Stadtratsvorsitzende Regina Thomas ihm Hilfe zusichert. Wird Frank am Stuhl der Bürgermeisterin sägen? Indessen versucht Erin, die Menschenhändlerin Chao Lin verurteilen zu lassen.
Der Detektiv Arthur Hines ist vor seiner Haustür aus dem Hinterhalt erschossen worden. Das letzte Wort, das er noch sagen konnte, war „Cofey“. Danny und Baez folgen der Spur dieses mysteriösen Hinweises. Sie erfahren, dass Robert Cofey wegen Mordes angeklagt ist und Arthur als Hauptzeuge gegen ihn aussagen sollte. Zudem finden die beiden eine pikante Tatsache über Arthurs Frau Carol heraus.
Danny und Baez untersuchen den Mord an der alleinerziehenden Jessica, deren Ex-Mann bekannt für seine Gewaltbereitschaft ist. Dessen Sohn erzählt den Ermittlern, dass er seit einem halben Jahr nichts mehr von seinem Vater gehört habe. Derweil hat die New Yorker Bürgermeisterin die Einzelhaft abgeschafft. In den Gefängnissen kommt es zu Aufständen, an denen auch Wärter beteiligt zu sein scheinen.
Als ein Basketballspieler tot in seinem Hotelzimmer gefunden wird, nehmen sich Danny und Baez des Falles an. Der Sportler hat kurz vor seinem Ableben Kokain konsumiert. Doch die Obduktion schließt die Droge als Todesursache aus. Indessen verhaften Jamie und Janko eine Malerin, die bei einer Zwangsräumung Widerstand geleistet hat. Doch dann setzt sich ein Erzbischof für die Künstlerin ein und bittet Frank um Unterstützung.
Danny und Baez nehmen den gewalttätigen Ex-Freund einer Krankenschwester fest. Jedoch wird dieser kurze Zeit später wieder auf freien Fuß gesetzt und ist auf Rache aus. Nachdem die illegale Migrantin Angela dank Jamie und Janko ihren Sohn gesund auf die Welt bringen konnte, tauchen weitere Probleme bei der kleinen Familie auf. Können die beiden der jungen Frau erneut unter die Arme greifen?
Eddies Urteilsvermögen wird von ihrer Vergangenheit beeinträchtigt als sie einen alten Bekannten aus dem College aus fragwürdigen Gründen verhaftet. Frank zögert, die makellose Akte eines Mitgliedes der Streitkräfte zu beschädigen. Danny und Baez müssen es mit einer rechts orientierten Organisation, dessen Anführer der Ex-Cop Kyle ist, aufnehmen. Ein rassistisch motivierter Mord muss aufgeklärt werden und der mutmaßliche Täter ist ein Gefolgsmann von Kyle. Wird er wieder zur Vernunft kommen?
Baez untersucht einen Fall, bei dem ein Teenager an einer Überdosis verstorben ist. Doch dann erleidet sie selbst im Zuge der Ermittlungen eine Überdosierung und fällt für kurze Zeit ins Koma. Daraufhin fahndet sie gemeinsam mit Special Agent Bell von der DEA mit Hochdruck nach dem skrupellosen Dealer. Indessen haben es Jamie und Janko mit einem aus dem Gefängnis entlassenen Kinderschänder zu tun.
Als der Mafioso Victor Lugo wieder auf der Bildfläche erscheint und sich über Danny Reagan lustig macht, nimmt dieser erneut die Ermittlungen gegen Lugo auf. Indessen erhält Baker ein internes Jobangebot, woraufhin es zwischen ihr und Frank wieder zu Spannungen kommt. Erin weiß nicht, was sie tun soll, als Jamie und Eddie sie bitten, die Anklage gegen einen Mann fallenzulassen, der eine Frau aus einer Geiselnahme gerettet hat.
Danny muss einen alten Fall neu aufrollen, als eine Journalistin plötzlich spurlos verschwindet: Sie arbeitete an einer Dokumentation über einen zu Unrecht verurteilten Mörder und wurde während ihrer Recherchen öfter bedroht. Kann der Cop sie rechtzeitig retten? Derweil sorgt sich Frank um sein Image: Ein manipuliertes Video wurde veröffentlicht, in dem er für die Legalisierung von Drogen wirbt.
Bei einer Zeugenbefragung gerät Anthony zwischen die Fronten und wird angeschossen. Erin macht sich große Vorwürfe, den Detective nicht begleitet zu haben. Zu ihrer großen Überraschung übernimmt Danny die Ermittlungen, die beiden Polizisten pflegen sonst leidenschaftliche Differenzen. Können sie ihre Feindschaft zur Lösung des Falls überwinden?
Nachdem ein Mann überfahren wurde und starb, wird zunächst von einem Unfall ausgegangen. Henry, Dannys Großvater, war ein Zeuge des Unglücks und beschuldigt den Fahrer des Mordes. Der ehemalige Kommissar beteiligt sich an den Ermittlungen genauso rege, als wäre er noch im Dienst. Danny ist nicht glücklich über diese Unterstützung. Bald muss er aber einsehen, dass auch er noch einiges lernen muss.
An der Carnegie Hill School ist es zu einem Zwischenfall gekommen, bei dem ein Kind verletzt wurde. Nun müssen sich Danny und Baez mit Jugendlichen auseinandersetzen, die gelernt haben, der Polizei zu misstrauen. Derweil kommt es zu einem Kräftemessen zwischen der NYDP und der Politik: Frank soll Gouverneur Mendez einen Gefallen tun, als er sich widersetzt, droht der Politiker mit Rufmord.
Für Danny wird es immer schwieriger, seine Frau und Kinder mit seinem kleinen Gehalt zu versorgen. Ein verlockendes Angebot aus der Privatwirtschaft könnte dies ändern. Dass Geld alleine nicht glücklich macht, zeigt ihm jedoch sein neuer Fall: Es wurde die Leiche eines Mannes gefunden, der vor kurzem sein Vermögen und seine Familie verloren hatte. Nicky muss sich gegen sexuelle Übergriffe wehren.
Danny und Baez ermitteln im Mordfall von Jack Thompson. Der Mann führte ein Doppelleben auf den gegenüberliegenden Seiten des Central Parks. Er hat Kinder von zwei verschiedenen Frauen, die für die Ermittler zu den Hauptverdächtigen gehören. Frank muss sich derweil entscheiden, wie er mit einer Lügengeschichte umgeht ...
Als Danny seine Haustüre öffnet und einen ganzen Transporter voll mit Dingen vorfindet, die er nicht bestellt hat, wird ihm schnell klar, dass jemand seine Kreditkarte missbraucht hat. Die Spur führt zu Jimmy, seinem Schwager, der Verbindungen zur albanischen Mafia hat. Jamie muss indessen einem alten Freund helfen, der seit Jahren in einem Undercover-Einsatz festsitzt.
Jamie und Eddie werden zu einem Einsatz mit einem jugendlichen Angreifer gerufen. Dieser flieht und tötet dabei einen Polizisten und verwundet Eddie. Die Bürgermeisterin äußert Bedenken, dass der Täter Angst vor der Polizei hatte und es sich um Selbstschutz gehandelt haben könnte. Danny und Baez stehlen Ermittlungsakten eines Mordfalls und bringen damit nicht nur Polizisten gegen sich auf.
Immer wieder kommen Polizisten in Konfliktsituationen mit dem Gesetz. Doch anstatt der Rechtschaffenheit der Polizei den Rücken zu stärken, einigt sich die Anwältin Kelly Peterson auf außergerichtliche Einigungen, um den Fall klein zu halten. Frank will dagegen vorgehen. Währenddessen müssen sich jedoch Eddie und Jamie selbst vor Gericht verantworten.
Ein gefürchteter Mörder ist aus dem Gefängnis geflohen. Danny sieht sich gezwungen seinen Erzfeind Victor Lugo im Gefängnis aufzusuchen und ihn um Hilfe zu bitten. Doch der erwartet für sein Engagement auch eine Gegenleistung ...
Frank legt sich mit einem Tech-Unternehmen an als die sich weigern, das Telefon eines Terroristen zu entsperren, auf dem wichtige Informationen zu zukünftigen Zielen sein könnten. Erin erhält Informationen über einen drohenden Mord aus ominösen Quellen. Sie zieht Danny und Baez ins Vertrauen, trotz der fragwürdigen Herkunft des Informanten....
Eine Serie von Morden aus einem vorbeifahrendem Auto ereignet sich, nachdem sechs Männer, die fälschlich im Gefängnis gelandet sind, entlassen werden. Danny und Baez stellen sich die Frage, ob der Schuldige ein Mann ist, der Rache nehmen will. Frank fühlt sich schuldig, weil die Männer neun Jahre einsitzen mussten und Jamie und Eddie befinden sich in einer lebensgefährlichen Situation.