Staffel 1

Dr. Temperance Brennan kommt gerade erst aus Guantemala zurück, wo sie half die Leichen aus einem Massengrab zu identifizieren, als sie am Flughafen von einem Mann verfolgt wird. Sie überwältigt ihn, doch es ist ein Homeland Security Agent! Als anschließend ihre Tasche untersucht wird, findet man darin einen menschlichen Schädel. Beim darauf folgenden Verhör stellt sich heraus, das es kein Zufall war, sondern sie auf Wunsch des FBI festgehalten wurde. Special Agent Seely Booth, der kein grosses Vertrauen in die Wissenschaft hat, braucht ihre Hilfe bei einem Fall - doch sie will erst nicht, also muss er sie zum Tatort 'entführen' und ihr versprechen, das sie mehr als nur die Expertin in dem Fall ist, nehmlich seine Partnerin. Es wurden Knochen in einem See am Arlington Nationalfriedhof gefunden. Temperance sieht sich diese an und weiß direkt, dass es sich um einen Mord handelt. Die Leiche war eine junge Frau, Tennisspielerin - eine Feststellung, die Booth erstmal verwundert, wie Bones das an den Knochen sehen kann. Aufgrund der Larven in den Überresten kann festgestellt werden, das die Leiche ca. 1 1/2 Jahre im See lag. Dank Angelas holographischem Rekonstruktionsprogrammes kann die Tote identifiziert werden : Cleo Eller, Praktikantin und Geliebte des Senators Bethlehem, vor fast 2 Jahren verschwunden - und Booth' damaliger Fall. Es werden auch Knochen eines Fötus gefunden, sie war also schwanger! Wie sich herausstellt, war der Assistent des Senators der Mörder, da er Angst hatte seinen Job zu verlieren, falls es einen Skandal wegen der Schwangerschaft gegeben hätte. Aber er will die Beweise vernichten, da bleibt Bones nur eine Wahl - sie bricht bei ihm ein und schießt ihm ins Bein...

Direkt vor einem viel besuchten Cafe in Washington explodiert ein Fahrzeug samt arabischen Fahrer. Sofort kommt der Verdacht auf, dass es sich dabei um ein terroristisches Selbstmordkommando handelt. Die Angelegenheit wird umso heikler, da es sich bei dem Besitzer des Wagens um den Vorsitzenden des Arabisch-Amerikanischen Freundschaftsbund, einen Berater des Präsidenten der Vereinigten Staaten, handelt. Dr. Temperance Brennan und ihr Team sollen den toten Fahrer nun identifizieren, ob es der Mann ist. Dabei stellen sie fest dass der Tote die Bombe nicht selbst gezündet hat, sondern durch den Kilometerzähler des Wagens gezündet wurde. Der Verdacht fällt auf den Geliebten der Frau des Opfers, ein beim Freundschaftsbund eingeschleuster V-Mann von Homeland Security. Brennans Team stellt außerdem fest, dass der Tote eine Dioxin-Vergiftung hatte. Eine ungewöhnliche Entdeckung, da der Bruder des Opfers ebenfalls an einer solchen Vergiftung leidet. Dann spitzt sich die Lage zu - und eine zweite Bombenexplosion muss verhindert werden! Angela findet, dass Temperance und Seely gut zusammen passen würden, doch diese können sich weiterhin nicht ausstehen. Aber irgend etwas scheint trotzdem zwischen den beiden zu sein. Deshalb will Angela erstmal Booth's Freundin abchecken...

In einer angesehenen Privatschule wird eine stark verweste Leiche erhängt in einem Baum gefunden. Mit Hilfe der Seriennummer eines Ohr-Implantats können Brennan und ihr Team die Leiche identifizieren. Es handelt sich um den Sohn der venezuelanischen Botschafterin. Der Junge scheint ein Einzelgänger gewesen zu sein, deshalb deutet alles auf einen Selbstmord hin. Doch Agent Booth' Gefühl sagt ihm, dass es sich bei diesem Fall um einen Mord handelt. Brennan kann keine Fremdeinwirkungen feststellen, und auch alle anderen Hinweise deuten eindeutig auf einen Selbstmord hin. Nur auf Drängen von Booth hält Dr. Temperance Brennan ihren Bericht zurück. Durch Zufall entdeckt das Team eine Videoaufnahme von dem Jungen, die ihn beim Liebesspiel mit einer Mitschülerin zeigt. War dieses Video vielleicht sein Todesurteil?

In einem kleinen Städtchen in den Bergen wird ein Schwarzbär tot aufgefunden. Bei seiner Obduktion findet die Tierärztin Denise eine menschliche Hand in seinem Magen. Das FBI und das Jeffersonian Institut werden eingeschaltet. Booth und Brennan dürfen einen kleinen Ausflug in die Berge machen. Während die beiden versuchen, sich in der Kleinstadt einzuleben und mit den Einheimischen ins Gespräch zu kommen, stellen Zack und Hodgins fest, dass bei den menschlichen Knochenresten, die in dem Bären gefunden wurden, Bissspuren zu erkennen sind. Es sind die Bissspuren eines Menschen. Bevor der Bär seine Beute gefressen hat, hat sich ein Kannibale über die Opfer hergemacht...

Temperance ist gerade bei einem Anthropologischem Vortrag, als Booth sie wegen einem neuen Fall aufsucht: In einem Park wird die völlig zersetzte Leiche eines kleinen Jungen gefunden. Es handelt sich um den seit Wochen vermissten sechsjährigen Charlie Sanders. Er lebte zusammen mit seinen beiden Pflegebrüdern Shawn und David bei seiner Mutter Margaret Sanders. Die beiden Jungs sollten auf ihren kleineren Bruder aufpassen, doch anscheinend sind sie ihren geschwisterlichen Pflichten nicht nachgekommen. Für Angela und Zack ist dieser Fall besonders schwer, denn beide hatten noch nie mit der Leiche eines Kindes zu tun. Angela fühlt sich ihrer Rolle nicht gewachsen und möchte am liebsten ihren Job kündigen. Wie die Ermittlungen ergeben, hat der jüngere der beiden Pflegebrüder Informationen über den Tod von Charlie. Wie Temperance herausfindet, war Charlie aber gar nicht das Leibliche Kind von Margaret Sanders, sondern das einer toten Drogensüchtigen, die diese kannte. Erst durch ein Gespräch zwischen David und Temperace, sozusagen von Pflegekind zu Pflegekind, bricht dieser sein Schweigen und es kommt heraus, das der Nachbar Charlie missbrauchte und versehentlich umbrachte. Aus Angst seiner Pflegemutter weggenommen zu werden schwieg er... Bones zwingt schliesslich Booth und die Staatsanwaältin dazu, das diese ich dafür einsetzen, das Shawn und David bei Margaret Sanders bleiben dürfen. Dr. Goodman verdonnert das gesammte Team bei einer Wohltätigkeitsveranstaltung des Jeffersonian Institut teilzunehmen. Hodgins weigert sich energisch dagegen, was fast zu seiner Kündigung führt. Angela lüftet sein Geheimnis durch ein Gespräch mit Zack und Booth - Hodgins kommt aus sehr reicher Familie, und ist der Hauptgeldgeber des Jeffersonian, also quasi der Boss. Er möchte nicht, das Temperance diesen Umstand erfährt...

Angela kann Brennan überreden, in eine Diskothek mitzugehen, um mal ordentlich Spaß zu haben. Brennan wehrt sich mit Händen und Füßen, da das nicht ihre Art ist, sich zu amüsieren. In dem Club kommt es zu einer kleinen Auseinandersetzung, da einer der Gäste Brennans anthropologische Erklärung der Rap-Musik in den falschen Hals bekommt. Bei der anschließenden Schlägerei wird ein Teil einer Wand zerstört, zum Vorschein kommt eine mumifizierte Leiche. Es stellt sich schnell raus, dass es sich bei dem Leichnam um den bekannten DJ Mount handelt. Zuerst vermutet man eine Liebestat, doch je mehr Brennan und Booth in die Rap-Musik-Szene eintauchen, desto klarer wird, dass es hier um Rivalitäten geht. Randall Hall, der Besitzer des Clubs und Platten-Produzent, gerät in das Licht der Ermittler.

Booth hat vor sieben Jahren einen Mann hinter Gitter gebracht, der des Mordes an einem 17-jährigen Mädchen für schuldig befunden wurde. Nun soll er für sein Verbrechen hingerichtet werden. Doch wenige Stunden vor der Hinrichtung schaltet sich die Anwältin Amy Morton ein, die an die Unschuld des Todeskandidaten glaubt. Sie bittet Booth, seine Aussage, die er vor sieben Jahren getroffen hat, noch einmal zu überdenken. Booth ist zwar immer noch der Meinung, dass der wahre Mörder hinter Gittern sitzt, dennoch hat er Zweifel. Er bittet Brennan, die Röntgenbilder der Gerichtsmedizin noch einmal zu überprüfen. Das Team um Temperance Brennan legt eine Wochenendschicht ein. Sie finden heraus, dass bei der Untersuchung vor sieben Jahren einigen Indizien keine Beachtung geschenkt wurde. So wurde zum Beispiel ein fremdes Schamhaar bei dem Opfer gefunden, das als Beweismittel nicht zugelassen war. Der Verdacht fällt auf den Anwalt der Familie des Opfers, David Ross. Nach einem langen Verhör gibt er zu, mit dem Opfer in der Mordnacht geschlafen zu haben. Aber hat er das Mädchen danach auch ermordet? Booth und Brennan sind skeptisch.

Brennans ehemaliger Professor und Liebhaber, Michael Stires, ist wieder in der Stadt, da er ein Angebot des anthropologischen Instituts der Universität bekommen hat. Sein Auftauchen sorgt für die wildesten Spekulationen unter Brennans Kollegen. Doch das Team kann sich nicht lange mit den Vermutungen über das Liebesleben ihrer Gerichtsmediziner ablenken, da FBI-Agent Booth mit einem Kühlschrank samt Leiche im Institut erscheint. Brennan identifiziert das Opfer als die 19-jährige Maggie Schilling, die seit elf Monaten als vermisst gilt. Brennan kann die Todesursache noch nicht bestimmen, entdeckt aber einige Belastungsbrüche an den Handgelenken des Opfers. Hodgins und Zack stellen bei ihren chemischen Untersuchungen fest, dass das Mädchen an einer Überdosis eines Schmerzmittels gestorben ist. Booth und Brennan statten dem Endokrinologen von Maggie einen Besuch ab. Dort erfahren sie, dass dessen Arzthelferin, Mary Costello, Maggie immer wieder mit kleinen Proben eines Schmerzmittels versorgt hat. Damit stehen die Costellos unter dringendem Tatverdacht. Bei einem Verhör erfährt Booth, dass die Costellos Sado-Maso-Praktiken bevorzugen und für ihre Spielchen auch Maggie Schilling benutzten, die diesem Treiben aber angeblich freiwillig beiwohnte. Für Brennan ist der Fall klar. Die Costellos haben Maggie Schilling wochenlang gefesselt, und da die Schmerzen für sie unerträglich wurden, haben sie ihr Schmerzmittel verabreicht und ihr dann versehentlich eine Überdosis gegeben. Nun müssen nur noch die Geschworenen vor Gericht davon überzeugt werden. Als Brennan erfährt, dass Michael als Experte der Gegner auftritt, ist sie verständlicherweise sauer auf ihn: Hat sie ihn doch nach einem romantischen Stelldichein vertrauliche Details ihrer Untersuchungen verraten. Vor Gericht wird es nun an dem Auftreten von Brennan und Michael liegen, wie sich die Geschworenen entscheiden werden.

Im Jeffersonian Institute steigt die alljährliche Mitarbeiter-Weihnachtsparty. Doch Dr. Brennan hasst nicht nur Partys, sondern auch das Weihnachtsfest und beschliesst deshalb, lieber zu arbeiten. Da kommt ihr FBI-Agent Booth, der mit einem Skelett, das in einem alten Atombunker gefunden wurde, im Institut erscheint, gerade recht. Unglücklicherweise benötigt Dr. Brennan für die Identifizierung die Hilfe ihres Teams - der Eierlikör-Punsch muss also noch etwas warten. Als Zack die Knochen des Toten für eine Untersuchung auseinander sägt, schrillt der biologische Alarm im Jeffersonian. Die Türen des Instituts schliessen sich sofort automatisch. Vermutlich hat sich ein giftiger Pilz durch den aufgewirbelten Staub beim Sägen im Gebäude verteilt. Goodman, Zack, Hodgins, Angela, Brennan und Booth befinden sich nun in Quarantäne. Sie bekommen ein Anti-Pilz-Mittel gespritzt, müssen aber noch mindestens einen Tag in Quarantäne bleiben, bevor man weiss, ob die Impfung gewirkt hat. Für alle ist es ein grosser Schock, Weihnachten nicht zu Hause bei der Familie feiern zu können. Nur Brennan scheint dieser Umstand nicht sehr viel auszumachen. Sie nutzt die Gelegenheit, um die Identität des Toten herauszufinden. Anhand der massgeschneiderten Kleidung des Toten kann Booth herausfinden, um wen es sich bei der Leiche handelt. Es ist der 24-jährige Lionel Little, ein Buchhalter und Münzsammler, der in den 50er-Jahren in dem Atombunker ums Leben kam. Bei dem Toten wurden auch alte Liebesbriefe gefunden und zwei Tickets nach Paris. Vermutlich weiss die damalige Geliebte von Lionel bis heute nicht, welches Schicksal ihm widerfahren ist.

Die Aussenstelle des FBI in Los Angeles benötigt Unterstützung bei der Identifizierung einiger Körperteile, die in der Nähe des Flughafens der Stadt gefunden wurden. Brennan war eigentlich gerade dabei, ein 1.500 Jahre altes Skelett, das noch gut erhalten ist, als Krieger aus der Eisenzeit zu identifizieren. Ihr Chef Dr. Goodman wittert seine Chance: Während Brennans Abwesenheit würde er bei der Identifizierung mitarbeiten und unter Umständen auch den Ruhm ernten. Brennan bleibt trotzdem nichts anderes übrig, als mit FBI-Agent Booth an die sonnige Pazifikküste zu fahren. Diesmal scheint der Fall nicht so einfach zu sein. Das Opfer hat mehrere Schönheitsoperationen durchführen lassen, sodass eine Identifizierung so gut wie unmöglich ist. Brennan findet ein Brustimplantat bei den menschlichen Überresten. Und da diese mit einer Seriennummer versehen sind, ist der Schönheitschirurg, der das Implantat eingesetzt hat, schnell ausfindig zu machen. Doch Brennan und Booth befinden sich in einer Sackgasse. Sie können nur vermuten, dass es sich bei dem Opfer um ein Callgirl handelt, das seit einigen Tagen vermisst wird.

FBI-Agent Booth holt Dr. Brennan aus einer Talk-Show, in der sie etwas ungeschickt über ihr neues Buch spricht. Ein neuer Fall erfordert die geniale Kombinationsgabe der Wissenschaftlerin: In einem abgebrannten Autowrack wurde die Leiche einer Frau gefunden. Das FBI wurde eingeschaltet, weil sich in dem Auto ein Kindersitz befindet und die Sicherheitsgurte durchgeschnitten wurden. Offenbar handelt sich um eine Entführung. Das Team von Temperance Brennan untersucht die sterblichen Überreste und kann anhand der Goldzähne feststellen, dass es sich bei dem Opfer um eine osteuropäische oder russische Einwanderin handelt. Das Opfer ist schnell identifiziert. Es handelt sich um Polina Decker, geschiedene Ehefrau von Carl Decker, der sich im Zeugenschutzprogramm befindet. Decker soll gegen eine Firma aussagen, die wissentlich fehlerhafte Schutzwesten in den Irak verschickt hat. Zunächst verdächtigt Booth, Carl Decker seinen Sohn entführt zu haben. Doch Decker wird schnell ausfindig gemacht. Er verdächtigt seinen ehemaligen Auftraggeber, seinen Sohn entführt zu haben. Mit Hilfe eines abgebissenen Ohrs, das sich im Rachenraum des verbrannten Opfers befindet, kann der Täterkreis eingeengt werden.

Eine stark skelettierte Leiche wird in einer dunklen Gasse gefunden. Erst sieht es wie Selbstmord aus, doch Booth bittet Dr. Brennan, vorsichtshalber doch mal einen Blick auf die sterblichen Überreste zu werfen. Bei der ersten Begutachtung stellt sie fest, dass es sich um einen eher schmächtigen Jungen handelt, der eine Art Kostüm trägt. Mit Hilfe der Vermisstenanzeige ist die Identität des Opfers schnell geklärt. Es handelt sich um den 17-jährigen Warren Granger, einen introvertierten jungen Mann, der eine Vorliebe für Comics pflegte. Angela findet heraus, dass der Junge selbst Comics geschrieben und gezeichnet hat. Sein Alter Ego, Citizen Fourteen, ist ein starker Superheld mit ausgeprägten Kräften, der die Welt rettet. Brennan stellt die Hypothese auf, dass Warren im richtigen Leben in die Rolle seines Superhelden geschlüpft ist und so in eine lebensbedrohliche Situation gekommen ist. Ein Besuch bei Warrens ehemaligem Arbeitgeber, dem Bowlingbahn-Besitzer Ted, untermauert diese These.

Ein Südamerikaner wird bei einer routinemässigen Verkehrskontrolle angehalten. In seinem Kofferraum findet man eine skelettierte Leiche. Noch vor Ort erkennt FBI-Agent Booth, dass es sich bei dem Festgenommenen um ein Mitglied der gefürchteten Strassenbande Mara Muerte handelt. Plötzlich taucht ein Wagen auf, aus dem geschossen wird. Der Festgenommene nutzt die Gelegenheit der allgemeinen Verwirrung und Panik, um zu flüchten. Das Team um Brennan findet heraus, dass die Leiche an einem Ort begraben war, wo eine Pflanze wächst, die normalerweise nur in botanischen Gärten zu finden ist. Die Ermittlungen ergeben, dass Senator Corman ein ausgesprochener Gartenfan ist, und zudem auch noch salvadorianische Gastarbeiter beschäftigt. In seinem Garten findet Brennan dann auch noch eine zweite Leiche. Senator Corman schwört, nichts mit den Morden zu tun zu haben. Der Verdacht liegt nahe, dass es sich bei den Leichen um Opfer der gefürchteten Strassengang Mara Muerte handelt. Doch als deren Anführer Ortez einwilligt, dem FBI Rede und Antwort zu stehen, stellt sich heraus, dass der Täter nicht in den Kreisen der Mara Muerte zu suchen ist.

Der Absturz eines Regierungsflugzeuges mitten auf einem Golfplatz beschäftigt das Team von Dr. Temperance Brennan und FBI-Agent Seeley Booth. Auf der Passagierliste befanden sich insgesamt fünf Personen, darunter hochrangige Mitarbeiter des Auswärtigen Amtes und ein chinesischer Diplomat. Das Team des Jeffersonian findet noch einen weiteren völlig verkohlten Passagier, der nicht auf der Passagierliste vermerkt ist. Der Fall bekommt höchste Priorität, da ein politisch heikles Thema nicht ausgeschlossen wird. Bei der Spurensuche auf dem Golfplatz stößt Zack auf drei kleine Knochenfragmente, die nicht von den Opfern des Flugzeugabsturzes stammen können. Möglicherweise sind es die Überreste des vor sieben Jahren verschwundenen Max Kane. Sein Sohn Jesse versucht seit Jahren, das Verschwinden seines Vaters aufzuklären, und scheint nun seinem Ziel einen großen Schritt näher gekommen zu sein. Obwohl es sich bei den Knochenfunden nur um sehr kleine Stücke handelt, kann bewiesen werden, dass das Opfer gefroren, zerhackt und danach mit einem Gartenhäcksler zerstückelt wurde. Wenn die Überreste tatsächlich von dem vermissten Max Kane stammen, muss nun die Frage geklärt werden, wer ihn auf so bestialische Art und Weise umgebracht hat. Zu den Verdächtigen gehören Max" ehemalige Lebensgefährtin sowie auch sein Sohn Jesse, der vom Erbe des Vaters profitieren würde.

Die sterblichen Überreste des vor sechs Jahren verschwundenen Mafia-Bosses Cugini werden in einem See gefunden. Es sieht alles nach einem Mafia-Mord aus, da die Beinknochen immer noch in einem Betonsockel stecken. Der FBI-Agent Kenton, der schon vor sechs Jahren als verdeckter Ermittler arbeitete, soll Booth und Brennan bei der Arbeit unterstützen. Zeitgleich müssen sich die beiden allerdings noch um einen anderen Fall kümmern. Ein psychopathischer Serienkiller hat wieder zugeschlagen und sein Opfer auf bestialische Weise ermordet. Brennan passt die viele Arbeit eigentlich nicht, da sie eine Internet-Affäre mit David angefangen hat und sich mit ihm das erste Mal zum Abendessen treffen möchte. Auf dem Weg zum Restaurant wird auf sie geschossen. Booth vermutet, dass David von der Mafia angeheuert wurde, um die Ermittlungen im Fall Cugini zu stoppen. Doch David hat ein lupenreines Alibi. Aus Angst vor weiteren Mordversuchen übernimmt Booth nun den persönlichen Schutz von Brennan. Als eine Bombe, die in Brennans Kühlschrank versteckt war, hochgeht, wird Booth schwer verletzt. Derjenige, der versucht, Brennan zu töten, muss über ein umfangreiches Insider-Wissen verfügen. Es kann sich nur um jemanden handeln, der im Labor oder beim FBI arbeitet.

Unter der Stadt befindet sich - noch aus Zeiten des Bürgerkriegs - ein altes unterirdisches Tunnelsystem. In dem verworrenen Netz aus unterirdischen Schächten, Kriechgängen und Versorgungstunneln unter der Stadt wird die Leiche der Dokumentarfilmerin Marni Hunter gefunden. Während Brennan die Überreste des Leichnams untersucht, bemerkt sie, wie sie von einer Person beobachtet wird. Sie will mit dem Mann sprechen, doch der verschwindet in dem labyrinthartigen Tunnelsystem. Von dem Verlobten der Dokumentarfilmerin erfahren Booth und Brennan, dass Marni einen Dokumentarfilm über die Obdachlosen drehen wollte, die in dem Tunnelsystem unterhalb der Stadt wohnen. Anhand des gefundenen Filmmaterials können sie den Obdachlosen Harold aufspüren, der eine besondere Beziehung zu Marni hatte. Er kommt als Hauptverdächtiger in Frage, da bei ihm die Kamera und die Kleidung der Toten gefunden wurden. Außerdem hatte Harold eine Siegelplatte mit lateinischer Schrift bei sich. Die Rekonstruktion dieser Siegelplatte ergibt, dass es sich um ein Siegel eines unterirdischen Tresorraums aus der Bürgerkriegszeit handelt. Während des Krieges wurden Kunstwerke, Gold und andere Wertgegenstände in unterirdischen Tresorräumen aufbewahrt. Viele dieser Tresorräume sind bis heute nicht ausfindig gemacht worden. Das FBI vermutet, dass Marni bei ihrer Recherche einen dieser Tresorräume gefunden hat und dieses Wissen mit dem Leben bezahlen musste. Der Obdachlose Harold mag zwar etwas verrückt sein, aber ob er deswegen mordet, ist zweifelhaft ...

Angela macht drei Wochen im Jahr Urlaub in der Wüste. Dort trifft sie sich regelmäßig mit dem Fotografen Kirk, mit dem sie sonst eine Fernbeziehung pflegt. Kirk geht häufig für einige Tage für Foto-Shootings in die Wüste. Als er nach fünf Tagen immer noch nicht zurückgekehrt ist und ein menschlicher Schädel gefunden wurde, bittet Angela Brennan um Hilfe. Sie soll herausfinden, ob es sich bei dem Schädel um Kirks Kopf handelt. Brennan packt ihre Sachen und rast in die Einöde, um ihrer Freundin zu helfen. Vor Ort muss sie allerdings feststellen, dass sie von den örtlichen Behörden nicht viel Unterstützung erwarten kann. Bei einem Todesfall in der Wüste ist zwar das FBI offiziell nicht zuständig, dennoch bietet auch Booth seine Hilfe an. Erste Tests ergeben, dass es sich bei dem Schädel tatsächlich um Angelas Freund Kirk handelt. Er war, zusammen mit der indianischen Fremdenführerin Danny, unterwegs. Nachdem das Gelände durchsucht wurde, wo man den Schädel fand, werden auch die weiteren Überreste von Kirk gefunden. Aber von Danny fehlt weiterhin jede Spur. Eine verzweifelte Suche beginnt, denn selbst mit ausreichenden Wasserreserven könnte Danny nur maximal fünf Tage in der Wüste überleben.

Einer Legende zufolge soll der berühmte Pirat Blackbeard seinen Schatz auf einer vorgelagerten Insel vergraben haben. Findige Geschäftemacher, wie der Milliardär Branson Rose, versuchen, mit aufwändigen Grabungen diesen Schatz zu heben. Bis jetzt wurde noch nichts Schatzähnliches gefunden, doch eines Tages wird der Taucher Ted Macy tot aufgefunden. Vermutlich wurde er ermordet. In seiner Hand befindet sich ein Knochenstück. Das Team vom Jeffersonian findet heraus, dass es sich bei diesem Knochenstück um einen Fingerknochen handelt, der 300 Jahre alt ist. Bei Dr. Hodgins und FBI-Agent Booth werden Kindheitsträume wach. Sie sind der felsenfesten Überzeugung, dass es sich bei dem Knochenstück um den Fingerknochen eines echten Piraten handelt. Musste Ted Macy sterben, weil er den Schatz des berüchtigten Piraten Blackbeard gefunden hatte? Hodgins will der Sache auf den Grund gehen. Als ausgebildeter Höhlentaucher ist er befähigt, in den tiefen Schacht hinein zu tauchen und Schlickproben vom Grund der Grabung zu entnehmen. Unten angekommen findet er tatsächlich das Skelett eines 300 Jahre alten Piraten.

Brennan befindet sich während ihres Urlaubs in New Orleans, um bei der Identifikation der Opfer des Hurrikans Katrina zu helfen. Ihr Kollege Graham lädt sie eines Abends zum Essen ein. Von dem Zeitpunkt an hat Brennan einen Filmriss. Ihr fehlt ein kompletter Tag, sie weiß nicht, was sie an dem Tag getan hat. Sie erinnert sich, dass sie kurz vor der Verabredung an einer unbekannten Leiche gearbeitet hat. Der Unbekannte Nummer 361 war nicht Opfer des Wirbelsturms gewesen, sondern wurde vermutlich umgebracht. Daran kann sich Brennan noch erinnern, denn sie hatte die Röntgenaufnahmen des Opfers an das Jeffersonian Institut geschickt. Im Leichenschauhaus ist der Unbekannte mit der Nummer 361 nicht mehr aufzuspüren. Auch die Akte des Falls ist verschwunden. Als sie Graham aufsuchen will, um von ihm zu erfahren, was sich in den letzten Tagen ereignet hat, findet sie ihn tot in seiner Wohnung auf. Er wurde gekreuzigt und gehäutet. Alles deutet auf einen Voodoo-Ritualmord hin. Als die Polizei am Tatort Blutspuren von Brennan findet, ist für Detective Harding von der Polizei von New Orleans eins klar: Brennan hat Graham umgebracht.

Die Tochter des FBI-Direktors Cullen ist an einer seltenen Krebsart erkrankt. Brennan wundert sich, dass so ein junges Mädchen ohne Fremdeinwirkung an dieser Krankheit erkrankt und bittet Cullen, die Krankenakte einsehen zu dürfen. Sie stellt fest, dass Amy vor einem Jahr ein Knochentransplantat nach einem Snowboard-Unfall erhalten hat. Weitere Tests ergeben, dass das Transplantat nicht sauber war, sondern von einem krebskranken älteren Mann stammte. Der Transplantationskoordinator des Krankenhauses, Dr. Ogden, gerät ins Visier des FBI. Hat er zusammen mit der Gewebebank Biotech unreine Transplantate in Umlauf gebracht? Ogden beteuert seine Unschuld. In der Zwischenzeit können Hodgins und Zack durch komplizierte Messverfahren herausfinden, wer der Spender des Knochens gewesen ist. Nach einem Besuch bei der Witwe des Spenders fällt der Verdacht auf das Bestattungsinstitut und dessen Besitzer Mr. Martin. Eine gründliche Durchsuchung seines Instituts beweist, dass in einem der Räume Knochen zersägt wurden, doch um ein Transplantat zu entnehmen, muss man medizinisch ausgebildet sein, also ist der Drahtzieher doch eher im Krankenhaus zu suchen.

Auf dem Arlington Nationalfriedhof wird eine bis zur Unkenntlichkeit verbrannte Leiche gefunden. Sie liegt direkt auf dem Grab eines Kriegshelden, der im Irak gefallen ist. Hodgins, der eine kontroverse Einstellung zum Irakkrieg hat, mutmaßt, dass es sich dabei um eine Einzelaktion eines Protestlers handelt, da der verstorbene Irakkrieger demnächst geehrt werden soll. Brennan kann die Leiche des Brandopfers identifizieren. Sie beweist auch, dass der Tote sich nicht selbst angesteckt hat, sondern schon vorher tot war. Außerdem scheint es eine Verbindung zwischen dem Brandopfer und dem toten Soldaten zu geben. Brennan kommt das alles sehr ungewöhnlich vor und ordnet eine Exhumierung des Kriegshelden an. Sie stößt dabei auf größtes Unverständnis bei FBI-Agent Booth, der die Ehre der Soldaten gefährdet sieht. Nach der Exhumierung können Dr. Brennan und ihr Team beweisen, dass der tote Kriegsheld Kent nicht durch feindliche Kugeln ums Leben gekommen ist, sondern durch ein so genanntes "Friendly Fire".

Brennan hat es sehr eilig. Sie soll als Zeugin bei einer Gerichtsverhandlung aussagen. Dr. Goodmann möchte, dass sie noch schnell die Rassenmerkmale eines Skeletts bestimmt. Derweil kümmert sich Zack um die Identifizierung unbekannter Überreste, die in der Knochenkammer des Jeffersonian lagern. Er bittet Dr. Brennan um die Freigabe einiger Gewebemerkmale, damit Angela anhand dieser Marker ein Gesicht rekonstruieren kann. Schnell wird auch dies erledigt. Als Angela die Parameter in ihren Supercomputer eingibt, und Dr. Brennan das projizierte Bild sieht, erstarrt ihre Mine. Die Unbekannte, die von Brennans Mitarbeitern identifiziert werden soll, ist Brennans seit Jahren verschollene Mutter. Booth versucht mit allen ihm zur Verfügung stehenden Mitteln, Brennan dabei zu helfen herauszufinden, was mit ihrer Mutter passiert ist. Auf einem kleinen Jahrmarkt findet er Brennans Bruder Russ, zu dem Brennan schon vor Jahren den Kontakt abgebrochen hat. Vielleicht kann er Auskunft geben, was damals mit ihren Eltern passiert ist. Die Geschichte wird noch verworrener, als Booth herausfindet, dass die Eltern von Brennan eine andere Identität angenommen haben, da sie sich in früheren Zeiten als Bankräuber über Wasser gehalten haben. Brennans eigene Identität scheint sich in Luft aufzulösen. Wer ist sie wirklich? Und warum haben sie ihre Eltern damals einfach allein gelassen?