Nachdem Booth drei FBI-Agenten einer Spezialeinheit erschossen hat, die sich gewaltsam Zugriff zu seinem Haus verschafft haben, wird er verurteilt und muss ins Gefängnis. Das Leben dort ist kein Zuckerschlecken für ihn. Mit Polizistenmördern geht man nicht gerade pfleglich um. Mit Hilfe eines kleinen, illegalen Tricks schafft es Brennan schließlich, ihren Booth vorzeitig aus dem Gefängnis zu holen. Völlig traumatisiert will er sich sofort in die Arbeit stürzen und rausfinden, wer hinter dieser groß angelegten Verschwörung steckt. Um weitere Anhaltspunkte zu finden, werden die Überreste eines Mannes namens Cooper, der seit 13 Jahren tot ist, exhumiert. Laut Totenschein ist er an Leukämie gestorben, doch Brennan und ihr Team vermuten einen Mord. Ein Besuch beim damaligen diensthabenden Notarzt soll Aufschluss geben. Dieser wirkt auch nach so vielen Jahren ziemlich nervös und versucht sich zu verteidigen. Offensichtlich handelt es sich um eine weit angelegte Verschwörung, in die sowohl das FBI, einige Kongressabgeordnete und der Chemieunternehmer Hugo Sanderson involviert sind. Caroline besorgt einen Beschluss, um Dokumente aus der Zeit bei Sanderson zu beschlagnahmen. Sweets will die Dokumente selbst abholen, doch dazu kommt es nicht. Er wird Opfer eines Angriffs…
Booth investiert seine ganze Zeit und Kraft, um den Mörder von Sweets zu finden. Offensichtlich hat der Chemieunternehmer Sanderson seine Finger im Spiel, doch der scheint Richter, Regierungsangestellte und FBI-Mitarbeiter auf seiner Gehaltsliste zu haben, so dass an ihn kein Rankommen ist. Der alte Wachmann Norsky hatte Booth gegenüber erwähnt, dass der frühere FIB-Chef J. Edgar Hoover Teil dieser großen Verschwörung wäre. Hoover soll damals Informationen, nicht nur über den Präsidenten John F. Kennedy, sondern auch über viele andere Regierungsangehörige gesammelt haben. Die Unterlagen wurden allerdings nach seinem Tod vernichtet. Offensichtlich ist das nicht richtig, doch die Suche danach gleicht der Suche nach einer Stecknadel im Heuhaufen. Zu allem Überfluss stehen FBI-Agenten im Jeffersonian, die per Beschluss die sterblichen Überreste des exhumierten Cooper abholen sollen. Eine nachträgliche Obduktion soll klären, ob er wirklich an einem Tumor gestorben ist, oder ob jemand aus dem Netzwerk von Sanderson nachgeholfen hat.
In einer Abflussanlage finden zwei Schulmädchen eine Leiche. Der Teil unterhalb der Gürtellinie ist noch unversehrt, der Rest ist von Ratten und Wieseln übel zugerichtet. Die Überprüfung der Vermisstenanzeigen ergibt, dass es sich bei dem Toten um den Radiomoderator Hutch Whitehouse handelt, ein nicht ganz unumstrittener Typ, der sich vor allem durch rechtsradikale, konservative Sprüche einen Namen gemacht hat. Die Liste seiner Feinde dürfte sehr lang sein. Doch Booth und sein neuer Gehilfe Aubrey müssen nicht lange suchen, um mögliche Tatverdächtige zu finden. Hutchs Produzent und auch sein Co-Moderator hätten einen guten Grund gehabt, Hutch zu töten. Auch Hutchs Ehefrau gilt als verdächtig, allerdings hat sie ein Alibi…
Zwei Jugendliche finden mit Hilfe eines Satellitenbildes die Leiche des schwer reichen Computerspiel-Entwicklers Hayes Robertson. Der Leiche fehlen sowohl Arme als auch Augen, was zuerst die Identifikation erschwert und später Fragen zur Todesursache aufwirft. Hauptverdächtiger ist Hayes Mitbewohner Noah, der offensichtlich die ganze Arbeit für Robertson verrichtet. Für Booth Schatten, Agent Aubrey, geht ein Traum in Erfüllung, denn die Ermittlungen führen beide in das Herzstück der Spieleentwicklung. Im Jeffersonian bereiten Warren und Hodgins einen Versuchsaufbau vor, um herauszufinden, aus welcher Höhe das Opfer in den Fluss geworfen wurde.
Der jährliche forensische Fachkongrss steht vor der Tür. Brennan ist als Hauptrednerin eingeladen. Sie ist schon sehr aufgeregt und möchte den Kongress mit einem wissenschaftlichen Witz eröffnen. Als das Team vom Jeffersonian den Kongress betritt, wird es empfangen wie Popstars. Forensische Buchautoren, Entwickler von medizinischen Geräten und andere Forensiker fühlen sich geehrt, in einem Raum mit der großartigen Dr. Temperance Brennan zu sein. Als Brennan ihre Rede beginnen will, löst der Feueralarm aus. Im Technikraum des Hotels brennt eine Leiche. Gut, dass die Forensiker vor Ort sind, sie können sofort mit den Untersuchungen beginnen. Dank der teilweise intakten Besucherkarte des Opfers kann die Leiche schnell identifiziert werden. Es handelt sich um Leona Saunders, die noch vor wenigen Minuten einen heftigen Streit mit Hodgins hatte. Sie hat vor Jahren eine Erfindung von HODGINS gestohlen, die mehrere Millionen Dollar wert war.
Eine verweste Leiche wird auf einem Feld gefunden. Brennan kann anhand weniger Merkmale feststellen, dass es sich bei der Toten um eine Frau asiatischen Ursprungs handelt. Auch Angela kann schnell eine Gesichtsrekonstruktion liefern, doch ein Abgleich mit den Datenbanken bringt kein Ergebnis. Offensichtlich handelt es sich um eine Frau, die illegal in den Vereinigten Staaten lebt. Eigenartig ist nur, dass sie eine teure Armbanduhr trug. Anhand der Seriennummer lässt sich der Besitzer dieser Uhr ermitteln. Es handelt sich um Sandra Zins. Sie kann die Tote identifizieren, die als Haushälterin bei ihr gearbeitet hat. Die Agentur, die asiatische Haushälterinnen vermittelt, scheint auf den ersten Blick seriös, doch im Haus des Chefs der Agentur finden Booth und Aubrey mehrere asiatische Frauen, die dort als Sklaven gehalten werden. Auch Sandra Zins scheint Teil dieses Menschenhändlerrings zu sein. Doch den Mord an Min-Yung kann man weder ihr noch dem Agenturchef anhängen.
Unter einer Drehscheibe auf einem Spielplatz in Forest Hill werden die Überreste einer Leiche gefunden. Dr. Brennans Team versucht, die Identität des Opfers zu ermitteln und findet bald heraus, dass es sich bei der Leiche um Toby Wachlin handelt: Ein Börsenhändler, der seine Firma kurz vor seinem Tod wegen eines Fehlers um eine sechsstellige Summe gebracht haben soll. Obwohl der Vorgesetzte des Opfers sich als Hauptverdächtiger entpuppt, stößt Brennans Team schon bald auf mehr kriminelle Handlungen, die auch das Opfer selbst belasten. Aubrey scheint sehr betroffen von dem Fall zu sein. Booth wundert sich über dessen Verhalten und stellt Nachforschungen an. Wie sich herausstellt, war Aubreys Vater an der Wall Street tätig. Nachdem er mehrere Kunden um ihr Geld gebracht hat, hat er sich Hals über Kopf nach Europa abgesetzt und Aubrey und seine Mutter ohne einen Cent zurückgelassen …
In einer Fracking-Grube werden ziemlich ramponierte menschliche Überreste gefunden. Unglücklicherweise befand sich in der Grube eine Säure, die diese langsam auflöst. Dank Hodgins’ schneller Hilfe kann mit Backnatron der Zersetzungsprozess gestoppt und das Opfer identifiziert werden. Es handelt sich um den berühmten Kreuzworträtsel-Verfasser Lawrence Brooks, ein in der Branche sehr geschätzter und hochintelligenter Mann, der aber aufgrund seines großen Erfolges auch Feinde hatte. So zum Beispiel seine Assistentin Sherman. Brooks hatte ihr schon länger versprochen, dass sie auch ein Kreuzworträtsel veröffentlichen darf, doch hat er dieses Versprechen nie eingehalten. Es stellt sich raus, dass Brooks – trotz seines jungen Alters – an Alzheimer litt. Außerdem hat er all sein Vermögen auf Online-Wettspielseiten verprasst. Der Buchmacher dieses illegalen Dienstes beteuert aber seine Unschuld. Er gibt zwar zu, dass er Brooks körperliche Gewalt angetan hat, um Spielschulden einzutreiben, aber ermordet habe er ihn nicht …
Das Jeffersonian hat es diesmal besonders schwer: In einem Mülleimer werden einige Leichenteile gefunden. Obwohl es zunächst nur wenige Anhaltspunkte gibt, kann die Identität des Opfers geklärt werden: Bei dem Toten handelt es sich um Professor Randall Fairbanks, der Experimente zur Manipulation von Menschen durchführte. Ihm zur Seite standen diverse Studentinnen, die mit ihm mehr als nur die wissenschaftliche Arbeit teilten. Booth muss unterdessen seinen Führerscheintest nachholen und kann deshalb nicht am Fall mitarbeiten. Stattdessen soll Aubrey den Fall mit Brennan lösen. Wendell hat währenddessen private Schwierigkeiten: Am letzten Tag seiner klinischen Studie verabredet er sich mit seiner Krankenschwester Andie. Obwohl die beiden sich näherkommen, reagiert Wendell nicht mehr auf ihre Anrufe. Er hat Angst, dass Andie seinen Tod miterleben muss.
Die 200. Folge ist eine Hommage an Alfred Hitchcock. Sie beginnt mit einer Zeitreise in die 50er Jahre. Im glamourösen Hollywood stellen Emily Deschanel und David Boreanaz ihren zehnten gemeinsamen Film vor und werden am berühmten Walk of Fame verewigt. In ihrem Spielfilm „Bones“ ist Temperance Brennan auf der Jagd nach dem vielgesuchten Juwelendieb Seeley Booth. Als Booth in das Haus von Eva Braga einbricht, um sich ihrer Juwelen zu bedienen, findet er jedoch nichts in ihrem Safe, außer ihrer verkohlten Leiche. Brennan, die ihn dabei beobachtet, ist geschockt und lässt ihn entkommen. Als die Polizei von dem Vorfall erfährt, entsteht schnell der Verdacht, dass Booth hinter Eva Bragas Tod steht. Aufgrund von Brennans fahrlässigen Ermittlungen wird sie kurzerhand suspendiert, lässt sich jedoch nicht nehmen, Booth erneut aufzusuchen. Sie schlägt ihm einen Deal vor. Er hilft ihr, den wahren Mörder zu fassen, und sie hilft ihm, seine Unschuld zu beweisen. Mit Hilfe des Archäologen Professor Hodgins gelingt es den beiden, die Leiche zu identifizieren. Doch sie stellen schon bald fest, dass es sich bei dem Opfer nicht um Eva Braga handeln kann, und dass das Zimmermädchen Camille sich äußerst merkwürdig verhält …
In einem hohlen Baumstamm werden verweste Überreste gefunden. Brennan kann schnell erkennen, dass es sich bei dem Opfer um eine junge Afroamerikanerin handelt. Die Identifikation ergibt, dass es sich bei dem Opfer um die Hellseherin Justine Simmons handelt. Ungewöhnlich ist, dass sie erst zwei Wochen nach ihrem Tod von ihrem Vater als vermisst gemeldet wurde. Plötzlich taucht völlig unerwartet Avalon Harmonia auf, die Hellseherin und Freundin von Angela. Sie scheint sachdienliche Hinweise zu dem Fall zu haben, doch da diese ihr von Geistern übermittelt wurden, schenken ihr Brennan und der Rest der Forensiker keinen Glauben. Offensichtlich hat Justine Simmons einige ihrer Kunden erpresst, was die größeren Geldbewegungen auf ihrem Konto vermuten lassen. Dr. Fuentes findet am Schädel eine zylinderförmige Verletzung, möglicherweise verursacht durch einen starken Stockschlag. Sollte das die Todesursache sein, wird der Vater des Opfers dringend tatverdächtig. Seit einem Autounfall kann er sich nur mit einem Krückstock fortbewegen.
In einem verlassenen Buchladen werden sterbliche Überreste gefunden. Es handelt sich um die Lehrerin Mia Ferrara, die in einer Schule in einem Problembezirk unterrichtet hat. Einer der ersten Verdächtigen ist ihr Freund, Hunter Ellis (gespielt von Nathaniel Buzolic, bekannt aus ‚The Vampire Diaries‘), ein Musiker, der in kleinen Clubs auftritt. Angela kann gelöschte Internetaktivitäten von Hunter rekonstruieren und findet heraus, dass er offensichtlich fremdgegangen ist. Vermutlich kam es zu einem Streit, nachdem Mia herausgefunden hat, dass Hunter untreu ist, woraufhin dieser seine Freundin ermordet haben könnte. Doch Hunter hat ein Alibi. Auch der Bruder, einer der Schützlinge von Mia, wird verdächtigt, der Mörder zu sein. Eigenartig ist zudem, dass Mia, nachdem sie getötet wurde, das Rückgrat und die Knie gebrochen wurden
Das Team des Jeffersonian muss ein Explosionsopfer identifizieren. Bei dem Mann handelt es sich um den ehemaligen Häftling Connor Freeman, der sich - so dem ersten Anschein nach - gut in die Gesellschaft eingefügt hat. Und dann werden auch noch weitere Leichen gefunden...
Das Jeffersonian Team taucht in die überraschend konkurrierende Welt des Minigolfs ein als sie den Mord an einem Sportstar untersuchen. Brennan fürchtet, dass ihr Vater Max zu seinen kriminellen Wurzeln zurückkehrt. Wendell Bray lässt sich von Hodgins helfen ein Erbstück seiner Freundin zu reparieren.
In einer Recyclinganlage werden menschliche Überreste gefunden. Die Ermittlungen des Teams rund um Dr. Temperance Brennan ergeben, dass das Opfer zunächst getötet und anschließend in der Zerkleinerungsanlage entsorgt wurde.
Ein Boot-Camp für Übergewichtige in einem Waldstück vor den Toren Washingtons: Bei dem Versuch, eine Kletterwand zu überqueren, fällt die mollige Susan auf die menschlichen Überreste des Restaurantkritikers Chilli. Ein neuer Fall für das Team rund um die Forensikerin Dr. Temperance Brennan. Booth findet heraus, dass Chilli seit einiger Zeit in der Gegend war, um eine neue Folge seiner TV-Show zu drehen. Der Restaurantkritiker schien nicht besonders beliebt zu sein, da er bei seinen Bewertungen kein Blatt vor den Mund nahm. Es stellt sich heraus, dass auch Frankie, der Koch des Lieblingsdiners von Brennan und Booth, eine schlechte Kritik bekommen hatte. Auch Joanne, die Kellnerin des Diners gerät unter Verdacht, da sie offenbar Sex mit dem Opfer hatte …
In einem Bach wird die Leiche der Privatschülerin Molly Delson aufgefunden. Das Kind eines Zahnarztpaares galt als hochbegabt, war aber bei ihren Mitschülerinnen nicht grade beliebt. In ihrem Tagebuch schreibt Molly, dass sie von ihren Mitschülerinnen gemobbt wurde und immer wieder versucht hatte, Anschluss zu finden.
Während Booth seit Stunden darauf wartet, dass Bones endlich von der Arbeit nach Hause kommt, geht diese im Labor die Akten eines alten Falls durch. Dieser handelt von dem Serienmörder Alex Rockwell, der wegen Mordes an drei Menschen zum Tode verurteilt wurde. Nun steht seine Hinrichtung kurz bevor. Plötzlich findet Bones Hinweise, die auf Unstimmigkeiten in der Beweislage deuten.
Arastoo ist in den Iran gereist, um seinen todkranken Bruder medizinisch zu unterstützen, als er plötzlich auf offener Straße entführt wird. Bei seinem Entführer handelt es sich um Majid Namazi, ein ranghohes Mitglied der Regierung. Arastoo wird in ein stillgelegtes Operationszentrum verschleppt, in dem sich eine stark verweste Leiche befindet. Nach einer kurzen Leichenbeschauung ist für Arastoo klar, dass es sich bei dem Toten um den Sohn von Majid Namazi handelt.
Während einer Taufe im Potomac River, entdecken Gläubige einer Baptisten-Gemeinde plötzlich sterbliche Überreste im Fluss. Die Obduktion ergibt, dass es sich um die Angestellte eines Eisenwarenhandels, Leslie Hodsoll, handelt. Ihr Chef, Ted Thompson, war bereits voller Sorge, da die Frau ihre heutige Schicht nicht angetreten hatte. Von ihm erfahren die Ermittler, dass Leslie eine Tochter hat. Eigenartig ist, dass diese das Verschwinden der Mutter nicht gemeldet hat. Wie sich herausstellt, war Leslie eine leidenschaftliche Sammlerin von Keksdosen. Und offensichtlich gab es unter ihren Sammlerbekanntschaften einige, die alles tun würden, damit Teile von Leslies Keksdosen-Sammlung in ihren Besitz wechseln. Und tatsächlich: Aubrey und Warren ertappen in Leslies Haus einen dieser Keksdosen-Sammler in flagranti, wie er gerade dabei ist, eine seltene Babe-Ruth-Dose zu stehlen. Wurde Leslie letztendlich aufgrund ihrer beeindruckenden Sammlung zum Mordopfer? Zwischen Booth und Brennan herrscht währenddessen immer noch Eiszeit. Brennan verlangte von Booth, auszuziehen, nachdem er erneut seiner Spielsucht verfallen war. Dieser sucht nun regelmäßig die Treffen der Therapiegruppe auf und hofft, dass seine Frau ihm bald verzeiht und er zu seiner Familie zurückkehren darf.
Nach einem großen Waldbrand wird eine verkohlte Leiche gefunden. Das Team des Jeffersonian kann schnell feststellen, dass das Opfer nicht durch den Brand umgekommen sein kann, sondern ermordet wurde. Dank der hervorragenden Gesichtsrekonstruktion von Angela kann das Opfer schnell identifiziert werden. Es handelt sich um einen Ex-Häftling namens Micah Stanbow, der seiner kriminellen Vergangenheit den Rücken gekehrt hatte und zusammen mit seiner Freundin Nan ein Yogastudio betrieb. Ins Visier der Ermittler geraten zunächst seine ehemaligen Biker-Freunde, die mit Micahs Lebenswandel nicht einverstanden waren. Bei der Befragung von Micahs Freundin Nan erfahren Aubrey und Booth, dass die beiden eine offene Beziehung geführt haben. Sowohl Nan als auch Micah hatten diverse Geliebte. War es ein Verbrechen aus Leidenschaft oder stammt der Mörder Micahs doch aus seinem kleinkriminellen früheren Freundeskreis? Währenddessen hat Hodgins eine große Überraschung für Angela geplant. Diese wünscht sich einen Tapetenwechsel und träumt schon seit langem von einem Leben in Paris. Hodgins hat kurzerhand eine Immobilie in Paris erworben und möchte nun Nägel mit Köpfen machen und zusammen mit Angela ein neues Leben beginnen. Doch wird sich Angela auf dieses Abenteuer einlassen?
Nachdem Hodgins und Angela beschlossen haben, nach Paris zu ziehen, scheint sich das Jeffersonian personaltechnisch aufzulösen, denn auch Brennan und Booth haben vor, dem Institut den Rücken zu kehren. Nach Booth’ erfolgreicher Therapie wollen beide an anderer Stelle einen Neuanfang wagen. Hodgins und Angela sind bereits dabei, ihre Koffer zu packen, als ein ungewöhnlicher Todesfall das Team fordert. Auf einem Obelisken finden die Ermittler eine aufgespießte Leiche. Auffällig ist, dass alle Hinweise auf die Todesursache fachmännisch entfernt wurden. Den Ermittlern läuft ein Schauer über den Rücken: Der Mord trägt die Handschrift eines alten Bekannten, die des berüchtigten Serienmörders Pelant. Dieser ist aber seit geraumer Zeit tot. Wer also ist sein Nachahmer? Bei dem Toten handelt es sich um den Computerspezialisten Holt. Er scheint hinter dem Geld her zu sein, das Pelant von Hodgins ergaunert hat. Mit Hilfe von Daisy, Clark und Wendell gelingt es dem Team tatsächlich, den Mörder von Holt ausfindig zu machen. Und auch das gesamte Vermögen von Hodgins, vier Milliarden Dollar, kann Angela finden. Doch Hodgins will das Geld nicht mehr. Er wünscht sich einen Neuanfang in Paris. Und Angela erkennt, wo Hodgins hingehört und macht ihm ein Angebot …