Bones befindet sich in der Gewalt von ihrem ehemaligen Mitarbeiter Zack Addy, der jahrelang in einer psychiatrischen Einrichtung einsaß, da er den Mord an einem Lobbyisten gestanden hatte. Schnell stellt sich heraus, dass Dr. Addy keine bösen Absichten hat, sondern lediglich Bones Hilfe benötigt, um seine Unschuld zu beweisen. Treibt der verurteilte Mörder ein falsches Spiel, oder ist er wirklich nicht der Serienkiller, nach dem geahndet wird?
nes’ Team muss das Rätsel des Mordes an dem Computer-Genie Goldberg lösen. Der Wissenschaftler arbeitete an einer künstlichen Intelligenz, die autistische Kinder in ihrem Alltag unterstützen sollte.
In einem Säurefass werden die Überreste eines Seniorenheim-Bewohners gefunden. Schnell kommt den Ermittlern der Verdacht, dass der Rentner möglicherweise einem Eifersuchtsdrama zum Opfer gefallen ist. Um der Sache auf den Grund zu kommen, soll Kriegsveteran Red im Heim Augen und Ohren offen halten. Währenddessen überlegen Angela und Hodgins, ein zweites Kind zu bekommen, was schnell auch bei Arastoo und Cam zu Diskussionen führt.
Ein ehemaliges Mitglied aus Booth’ Einheit wird tot in einem Park gefunden. Obwohl Booth persönlich involviert ist, vertraut Caroline ihm den Fall an. Für Booth werden die Ermittlungen ein Gang in seine Vergangenheit – denn das Opfer hat nach seinem Einsatz im Nahen Osten nicht so viel Glück wie er. Nach seiner Rückkehr in die Staaten stieg er sozial ab und wurde drogenabhängig, weswegen Booth den Täter zunächst im Drogenmilieu vermutet
Die übel zugerichtete Leiche des Nachhilfelehrers Austin wird aufgefunden. Der Täter hat noch nach seinem Tod mit einer abgesägten Schrotflinte auf ihn geschossen. Austin arbeitete als Nachhilfelehrer für eine renommierte Organisation, die hauptsächlich Schüler aus finanzkräftigen Kreisen betreut. Brennan und Booth beginnen ihre Ermittlungen im Kundenkreis des Ermordeten, um mögliche Verdächtige unter seinen Schülern zu identifizieren
In einem Müllcontainer finden zwei Jugendliche eine bis zur Unkenntlichkeit zerstückelte Leiche. Erste Untersuchungen deuten darauf hin, dass das Opfer Golfspieler war. Es stellt sich heraus, dass das Opfer Phyllis Paul sich noch kurz vor ihrem Tod dem Holzfällersport widmete. Als an den Knochen der Leiche Sägemale gefunden werden, liegt die Vermutung nahe, dass der Täter unter den Holzfällersportlern zu finden ist
Booth hat in den 90er Jahren bei seinem Auslandseinsatz einen hochrangigen bosnischen General getötet. Offensichtlich will jemand diese Tat jetzt rächen und ist nun hinter ihm her. Nachdem zwei von Booth’ ehemaligen Kameraden gefoltert und ermordet aufgefunden werden, wird sich Booth der Gefahr bewusst, in der er und seine Familie schweben - denn der Täter wollte seinen Ex-Kameraden offensichtlich Informationen über Booth entlocken
Die Leiche einer Amerikanerin wird im kanadischen Meer Neufundlands gefunden – zusammen mit einem alten Wikinger-Relikt. Um den Fall zu lösen, bündelt das Jeffersonian-Team seine Kräfte mit der kanadischen Polizei. Brennan muss währenddessen die Trauerfeierlichkeiten für ihren Vater vorbereiten. Booth würde ihr gerne dabei helfen, doch Brennan scheint seine Hilfe nicht annehmen zu wollen und stößt ihn von sich
Das Team des Jeffersonian untersucht einen Strohballen, in dem sich eine zerschredderte Leiche befindet. Man findet heraus, dass es sich bei der Leiche um einen gewissen Dustin Doyle handelt, der an mehreren Banküberfällen beteiligt war. Die Spur führt in die Demolition Derby-Szene. Derweil ist Dr. Wyatt auf Bitte von Booth ins Jeffersonian zurückgeholt worden, um nach Beweisen zu suchen, die Zack entlasten könnten
When the burning, bruised body of an aspiring writer/director crash-lands onto a passing car, the team investigates a series of odd locations and characters that are connected to his film. Meanwhile, Bones seeks guidance from Dr. Mayer on the meaning of passion in the work place and Booth allows Aubrey to take the reins on their current case.
In the series' penultimate episode, each leading character's final story begins to unfold. Brennan testifies for Zach in trial, Angela reveals some big news, while Aubrey and Jessica come to terms about their future together. All the while, the team discovers Kovac has escaped, leaving Booth in a race against the clock to protect himself and those closest to him from what may be Kovac's most dangerous plan yet.
With Kovac still at large, the team searches for evidence to track him down. After Brennan experiences a setback, the rest of the team must figure out how to find Kovac without her, putting everything she has ever taught them to the test. When all signs point to Kovac having outside help, as well as a hideout, Booth and Brennan go searching for him.