Staffel 2

Ein Auto, das auf den Gleisen abgestellt wurde, wird von einem Zug erfasst. Bei der Kollision entgleist der Zug, es gibt Verletzte und einige Tote. Unter den Toten befindet sich auch eine Senatorin, weshalb das FBI die Ermittlungen übernimmt. Der Tote in dem abgestellten Fahrzeug ist bis zur Unkenntlichkeit verbrannt, nur sein Schmuck hat das Feuer überstanden. Anhand dieses Armbands kann der Tote als Warren Lynch ermittelt werden, ehemaliger Basketball-Star und jetziger Inhaber der Aktiengesellschaft Lynchpin. Anhand von künstlichen Knochen und Hundefutter findet das Team um Brennan heraus, dass ein Brandbeschleuniger benutzt wurde. Die neue Chefin der forensischen Abteilung des Jeffersonian Institute, Dr. Saroyan, findet derartige Experimente gar nicht gut und droht mit der Entlassung der Mitarbeiter, sollte so etwas noch mal vorkommen. In der Zwischenzeit wird Warren Lynch schwer verletzt ins Krankenhaus eingeliefert. Er wurde während der Fahrt aus einem Auto geworfen. Wer ist also der Tote, der in dem brennenden Auto saß?

In der Delaware-Bucht wird eine recht verweste Wasserleiche angespült. Bones und ihr Team stellen bei ihren Untersuchungen fest, dass es sich bei den Überresten um die seit einem Jahr verschwundene schwangere Charlie Richardson handelt. Ihr Mann Kyle war bereits damals verdächtigt worden, seine Frau umgebracht zu haben. Als FBI-Agent Booth und sein Team den Mann festnehmen wollen, finden sie nur dessen völlig verstörte Freundin vor. Kyle hat von dem Leichenfund in den Nachrichten gehört und ist geflüchtet. Für Bones Chefin Dr. Camille Saroyan ist der Fall damit beendet. Doch Brennan ist misstrauisch, sie möchte gerne noch ein paar Untersuchungen machen, bevor sie den Fall abschließt. Sie finden Hinweise, dass die Leiche zuvor in Süßwasser gelegen hat, die Delaware-Bucht besteht allerdings aus Salzwasser. Auch die Stichwunden, die die menschlichen Überreste aufweisen, werden noch mal sorgfältig geprüft. Bei einem Selbstversuch kann Hodgins die genaue Kraft ermitteln, die beim Zustechen aufgewendet wurde. Dank dieses Experiments finden das Team um Bones heraus, dass die Stichverletzungen von einer Frau ausgeführt wurden. Damit kommt der Mann des Opfers, Kyle Richardson, nicht als Täter in Frage.

In einem umgestürzten Müllwagen wird eine völlig verweste Leiche gefunden. Es handelt sich um einen Jugendlichen namens Dylan, der bereits seit drei Wochen vermisst wird. Obwohl Dylan aus einem gut situierten Haus kommt, führt die Spur ins Milieu der Straßenkinder. Hauptverdächtige ist Dylans Freundin, Kelly, die seit Wochen spurlos verschwunden ist. Brennan nimmt dieser Fall emotional sehr mit, da sie früher selbst einmal ein Pflegekind war. Sie hofft, mit ihren Erfahrungen Erkenntnisse über den Mord zu erlangen. Dr. Saroyan ahnt nichts von Brennans Jugend und geht den Fall mit kühler, sachlicher Kompetenz an. Es kommt zum Kräftemessen zwischen Saroyan und Brennan, bei dem Saroyan schließlich droht, Brennan zu entlassen.

In einem Waldstück wird die stark verweste Leiche eines jungen Mädchens gefunden. Nach eingehender Untersuchung ist klar, dass es sich um die Tat eines alten Bekannten handeln muss, den Serienkiller Howard Epps, der seit sieben Jahren im Gefängnis sitzt und auf seine Hinrichtung wartet. Nach einem Besuch im Gefängnis ist klar, dass Howard Epps ein Spielchen mit Booth und Brennan spielen will. Durch verschlüsselte Hinweise werden sie zu einer weiteren Leiche geführt. Doch diese Leiche ist nur wenige Wochen alt. Der Mörder kann also unmöglich Epps sein, der seit sieben Jahren im Gefängnis sitzt. Er muss einen Komplizen haben, mit dem er kommuniziert. Der Verdacht fällt auf Epps' Ehefrau Caroline, die er vor wenigen Monaten im Gefängnis geheiratet hat, doch auch sie ist nur ein Teil des mörderischen Spiels.

In einem Rohbau wird eine völlig zersetzte Leiche in einer Badewanne mit Chemikalien gefunden. Eine Identifizierung scheint nahezu unmöglich, da von dem Opfer nicht mehr viel übrig ist. Dem Team von Dr. Brennan gelingt es allerdings doch, herauszubekommen, dass das Opfer an der seltenen Glasknochenkrankheit litt. Ein Blick in die Datenbank sollte das Opfer schnell identifizieren. Doch leider ist in der näheren Umgebung kein Mann mit Glasknochenkrankheit registriert. Da die Krankheit vererbt wird, versuchen sie es über die Selbsthilfegruppe kindlicher Patienten. Sollte in einer dieser Familien der Vater vermisst werden, hätte man die Identität des Opfers. Booth und Brennen schwärmen aus. Und beide haben Erfolg. Sie finden zwei Familien, die seit kurzer Zeit den Vater vermissen. Es stellt sich heraus, dass es sich bei beiden Vätern um ein und denselben Mann handelt. Ein Elektroinstallateur, der häufig auf Montage arbeitet und demnach ein Doppelleben führt. Schnell werden natürlich die beiden Ehefrauen verdächtigt, ihren Ehemann umgebracht zu haben.

In einer Hotelsuite explodiert eine Bombe. In dem Zimmer fand eine kleine Party kolumbianischer Drogenermittler statt. Es gab einige Tote, doch wie durch ein Wunder wurden einige Gäste nur leicht verletzt, darunter auch eine kolumbianische Richterin, die sich im Kampf gegen die Drogenkartelle einen Namen gemacht hat. Anfänglich vermutet das FBI, dass es sich um einen Racheakt der Mafia handelt, doch die Art der Explosion lässt einige Fragen offen. Wie durch ein Zufall entdeckt Brennan eine weitere Leiche, die durch die Wucht der Explosion bis auf den Kronleuchter geschleudert wurde. Die Tote zu identifizieren fällt dem Team um Dr. Brennan nicht schwer. Zuerst scheint kein Zusammenhang zwischen der jungen Kellnerin und den kolumbianischen Diplomaten zu bestehen, doch intensive Recherchen ergeben, dass der Sohn der Richterin regen Kontakt zu dem Mädchen hatte. Auch der Mann der Richterin scheint das Mädchen gekannt zu haben. Leider werden die Ermittlungen durch einen Repräsentanten des Auswärtigen Amtes massiv behindert, der die diplomatische Immunität der Richterfamilie gewahrt sehen will, auch wenn er dabei dem FBI die Arbeit erschwert.

In der städtischen Kläranlage wird ein völlig verwester Körper gefunden. Bei einer ersten Begutachtung stellt Brennan fest, dass es sich bei dem Opfer um ein Mädchen zwischen neun und zwölf Jahren handelt. Bei der weiteren Untersuchung im Institut findet das Team des Jeffersonian heraus, dass der Körper des Kindes einige Anomalien aufweist. So ist das Gebiss ziemlich gut erhalten, da es komplett überkront wurde. Der Brustkorb des Mädchens ist so deformiert, dass man davon ausgehen kann, dass dieses Mädchen über einen längeren Zeitraum ein enges Korsett getragen hat. Der Abgleich mit der Datenbank vermisster Kinder ergibt, dass es sich bei dem Opfer um die seit Monaten vermisste Brianna Swanson handelt, die bereits mehrere Schönheitswettbewerbe gewonnen hat. Der erste Verdacht fällt auf ihren Vater, der sich von seiner Frau getrennt hat und um das Sorgerecht von Brianna kämpft. Doch er hat ein Alibi und kommt als Täter nicht in Frage. Auch Briannas Mutter gehört kurzfristig zu den Verdächtigen, da sie die Karriere ihres Kindes mit aller Macht vorantreibt, und es kurz vor dem Verschwinden zwischen ihr und ihrer Tochter zu einem handfesten Streit kam.

Booth und Brennan werden zu einem Einsatz nach Las Vegas gerufen. In der Nähe der Spieler-Metropole mitten in der Wüste wurde ein Skelett gefunden. Vermutlich handelt es sich um den vor fünf Jahren verschwundenen Staatsanwalt Mason Roberts, der kurz davor stand, der Mafia in der Stadt das Handwerk zu legen. Während Brennan die Überreste untersucht, findet man in der Nähe des Skeletts weitere Überreste einer Leiche. Diese sind allerdings vor einigen Tagen dort abgelegt worden. Bei der zweiten Leiche handelt es sich um Billie Morgan, vermutlich eine Tänzerin aus einem der Strip-Lokale in Las Vegas. Bei den Ermittlungen stoßen Brennan und Booth auf illegale Untergrund-Boxkämpfe. Vermutlich hat sich Billie mit Hilfe der Kämpfe ein Zubrot verdient. Um tiefer in die Strukturen dieser illegalen Kämpfe vorzudringen, geben sich Brennan und Booth als spielverrücktes Pärchen aus. Es kommt sogar so weit, dass Booth sich dazu bereit erklärt, an einem der Kämpfe aktiv teilzunehmen.

Das FBI wird gerufen, weil in einem abgelegenen Waldstück angeblich ein Ufo mit Außerirdischen gelandet sein soll. Das Ufo stellt sich schnell als ein Industriebehälter raus, und die Außerirdischen sind die skelettierten Überreste der Zwillinge Matthew und Ryan Kent, die seit mehreren Jahren vermisst werden. Schnell wird klar, wer der Täter ist. Es handelt sich um den so genannten Totengräber, der seine Opfer entführt, vergräbt und Lösegeld fordert. Wenn das Lösegeld bis Ablauf des Ultimatums nicht bezahlt wird, werden die Angehörigen nie erfahren, wo die Opfer lebendig begraben wurden. Der Fall erweist sich als sehr schwierig, da es keinerlei Kontakte zum Totengräber gibt. Doch das Team um Temperance Brennan kommt dem Täter gefährlich nah. Mit Hilfe der Kleidung der Opfer und der darin enthaltenen chemischen Substanzen lässt sich beweisen, dass die Entführungen in einer Tiefgarage stattgefunden haben. Hodgins hat noch etwas Maßgebliches rausgefunden. Als er Temperance Brennan zu ihrem Auto folgt, um ihr das Ergebnis zu präsentieren, werden er und Brennan selbst Opfer des Totengräbers. Sie werden mit einem Elektroschocker bewusstlos gemacht und im Auto bei lebendigem Leib begraben. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt, denn in dem Fahrzeug befindet sich nur für wenige Stunden Luft.

In einem dichten, undurchdringlichen Wald wird ein kopfloser Leichnam gefunden. Bei den sterblichen Überresten wurde eine Videokamera gefunden. Das Material ist stark beschädigt, aber Angela kennt eine Methode, um das Filmmaterial zu rekonstruieren. Im Wald wurden außerdem Blutspuren an Bäumen gefunden, sowie Amulette aus Tierknochen. Der Legende nach soll im 18. Jahrhundert eine gewisse Maggie Cinders in diesem Wald geköpft worden sein und seitdem als Geist ihr Unwesen treiben. Angela und Hodgins finden die Idee mit der Hexe aus dem 18. Jahrhundert ganz passend und untersuchen den Mord in diese Richtung. Die Leiche kann identifiziert werden. Es handelt sich um den Filmstudenten Graham Hastings, der einen Dokumentarfilm über die Legende der Maggie Cinders drehen wollte.

Eine verbrannte Leiche wird auf dem Dach eines Hotels gefunden. Es handelt sich um einen ehemaligen FBI-Agenten, der in den 70er Jahren Teil eines korrupten Sonderkommandos des FBI war. Zur selben Zeit taucht Brennans Bruder, Russ, auf, um ihr eine Nachricht von ihrem untergetauchten Vater zu übermitteln. Booth und Brennan finden heraus, dass es einen Zusammenhang zwischen dem korrupten Sonderkommando und Brennans Vater gibt. Vermutlich hat er Beweise in der Hand, die einigen FBI-Agenten nicht gefallen würden. Dass ihr Verdacht nicht so falsch ist, merkt Booth spätestens, als er von höchster Stelle vom Dienst suspendiert wird. Nun versuchen er und das Team vom Jeffersonian auf eigene Faust, die Täter ausfindig zu machen. Priester Coulter, ein ehemaliger Freund von Brennans Vater, dient als Mittelsmann. Weiß er mehr, als er Russ und Brennan erzählt?

Großbrand im Hochsicherheitstrakt des Staatsgefängnisses. Das Feuer ist unter Kontrolle. Die meisten Insassen konnten gerettet werden, doch leider hat es ein Gefangener nicht geschafft. In der Zelle des Serienmörders Howard Epps befindet sich eine verkohlte Leiche. Man vermutet, dass es sich dabei um den langjährigen Insassen handelt. Doch Brennan erkennt schon beim ersten Blick, dass der verbrannte Körper nicht die sterblichen Überreste von Howard Epps sind. Demnach ist der gefährliche Psychopath auf freiem Fuß. Es dauert nicht lange, und da meldet er sich auch schon bei Brennan, um ihr einige Hinweise zu geben, wie sie ihm auf die Schliche kommen kann. Er warnt sie aber auch, dass alle, die mit dem Fall betraut sind, dafür bezahlen werden. Der abgetrennte Kopf von Howard Epps Ex-Frau Caroline wird von Booth und Brennan in einem Kühlschrank gefunden. Bei der Autopsie sägt Saroyan versehentlich in einen implantierten Glasbehälter, der ein Gift freisetzt. Saroyan kommt mit lebensgefährlichen Vergiftungen ins Krankenhaus. Ihre Überlebenschancen sind sehr gering. Bei den weiteren Ermittlungen fragen sich Brennan und Booth, wer wohl als Nächstes aus den eigenen Reihen Opfer des Serienmörders wird.

Brennan muss mit einem anderen FBI-Agenten zusammenarbeiten, da Booth nach einem Schuss auf einen Eiswagen zu einem Psychologen muss und vom Dienst freigestellt ist. Gemeinsam mit dem äußerst smarten Agent Sullivan muss sie den Tod einer Studentin untersuchen, die von einem Alligator gefressen wurde. Sie finden heraus, dass die junge Frau nach einer wilden Party auf einer Internetseite für Oben-Ohne-Studentinnen zu sehen war. Doch nicht der Betreiber der Webseite ist für den Tod des Mädchens verantwortlich, sondern ein selbsternannter Moralapostel.

Booth und Brennan ermitteln im Mordfall Terrence Bancroft, einem der Hauptgeldgeber des Jeffersonian. Hodgins gefährdet den Fall, da er, wie sich herausstellt, die Frau des Ermordeten sehr gut kennt und vor Jahren mit ihr verlobt war, dies aber zunächst nicht zugibt, um an dem Fall mitarbeiten zu können. Als Mörder wird der Betreiber eines Jugendzentrums ermittelt, der Bancroft wegen des Heroins, das dieser einem Jugendlichen abgenommen hatte, umgebracht hat. Durch Hodgins Mitarbeit verlieren sie fast vor Gericht, da die Beweise wegen Befangenheit nicht akzeptiert werden. Das Team findet jedoch einen weiteren Beweis ohne Zutun von Hodgins.

Booth und Brennan müssen drei Fälle lösen, die sich genau an Brennans neu erschienenem Buch orientieren. Zunächst verdächtigen sie einen ehemaligen Stalker von Bones, was sich jedoch als Sackgasse herausstellt. Am Ende stellt sich heraus, dass es nicht ein Mörder, sondern drei Menschen waren, die sich abgesprochen und jeweils Alibis geliefert haben. Brennan hat Beziehungsprobleme mit Sully, die sie jedoch zu Booths Leidwesen letzten Endes doch noch löst.

Das Team untersucht den Tod einer Frau, die ohne Knochen und in eine Kiste verpackt im Fluss gefunden wurde. Es stellt sich heraus, dass sie eine per Heiratsvermittlung in die USA eingereiste Chinesin ist. Ihr zukünftiger Ehemann, ein windiger Waffenhehler mit Asien-Fetisch, hat die Verlobung jedoch schon vor einem Monat gelöst. Mit Hilfe eines Spezialisten für asiatische Kultur finden Brennan und Booth heraus, dass die Chinesin einem speziellen Ritus unterzogen werden sollte, bei dem die Knochen eines unverheiratet gestorbenen, jungen Mannes mit denen einer Jungfrau zusammen beerdigt werden, um ihm im Leben nach dem Tod eine Ehefrau zu verschaffen. Sully kauft ein Segelboot und schlägt Brennan vor, mit ihm ein Jahr in der Karibik zu verbringen. Nach langem Nachdenken schlägt sie das Angebot aus und Sully fährt ohne sie ab.

Als auf einem Friedhof, auf dem angeblich seit über 50 Jahren niemand mehr begraben wurde, eine Hauptwasserleitung platzt, finden Brennan und ihr Team eine Leiche, die dort erst seit höchstens fünf Jahren liegen kann. Sie erkennen, dass die Leiche Schädelverletzungen und Brüche aufweist, die man ihr ungefähr zum Todeszeitpunkt zugefügt hat. Sie stellen fest, dass der Tote vergiftet wurde. Auch einer der momentanen Zweitpriester der Gemeinde weist Vergiftungserscheinungen auf. Nachdem der Verdacht zunächst auf Pater Donlan, den alten Priester, fällt, wird schließlich seine Gemeindeverwalterin überführt, die der Gemeinde und ihrem Priester helfen wollte, indem sie die jüngeren Priester, die immer wieder der Gemeinde zugeteilt wurden, tötete, da sie dachte, Pater Donlan hätte beide der Pädophilie überführt. Booth' und Brennans immer schwierigere Beziehung gefährdet ihre Zusammenarbeit, da Brennan ständig Booths Glauben angreift und von ihm mitten in einer Befragung hinausgeschickt wird. Booth bringt Brennan zu seinem Psychologen Wyatt, der schließlich aufdeckt, dass jeder von beiden vermutet, Brennan sei wegen Booth nicht mit Sully gefahren. Das hatte beide so stark irritiert, dass sie nicht mehr zusammenarbeiten konnten. Wyatt beruhigt beide, dass das nicht der Grund für Brennans Entscheidung war. Hodgins will Angela dazu überreden, bei ihm einzuziehen, diese jedoch weigert sich und konsultiert Dr. Wyatt ebenso erfolgreich wie Booth und Brennan.

Booth und Brennan werden an einen Tatort gerufen, an dem ein in Beton eingegossenes Skelett gefunden wurde. Alles deutet auf einen altbekannten Verbrecher, Hugh Kennedy, hin, der seine Opfer stets auf die gleiche Weise mit einem angespitzten Schraubenzieher durch den Kopf tötete. Doch angeblich ist Hugh Kennedy bei einem Verkehrsunfall verbrannt, sein abgetrenntes Bein wurde am Unfallort gefunden. Nachdem fest steht, dass das Bein wirklich Kennedy gehört, findet Brennan heraus, dass es fachmännisch abgesägt wurde und schließt daraus, dass der Verkehrsunfall nur Tarnung dafür war, dass Kennedy sich in den Untergrund zurückgezogen hat. Sowohl Kennedy als auch das Opfer im Beton haben früher für den gleichen Gangsterboss, Gallagher, gearbeitet. Am Jahrestag der Beerdigung ihrer Mutter trifft Brennan an deren Grab ihren Vater, den gesuchten Verbrecher. Er will mit ihr reden, sie jedoch nicht mit ihm. Als Booth Kennedy aufsuchen und zu der Leiche im Beton befragen will, schlägt dieser ihn nieder. Gallagher und dessen Anwalt finden Booth und kidnappen ihn. Booth bleibt für Brennan und ihr Team unauffindbar und Brennan schließt sich verzweifelt mit ihrem Vater zusammen, um Booth und seine Kidnapper zu finden.

Ein geheimnisvoller Toter wird in einem Krater gefunden, sein Körper ist so zerquetscht, als wäre er aus dem Himmel gefallen. Brennan und Booth versuchen herauszufinden, wer der Mann war. Sie finden heraus, dass es sich bei dem Toten um den Astronaut Howard handelt. Sein Kollege Commander Adams verrät, dass der Tote mit einer Agentur für Weltraumtourismus zusammenarbeiten wollte. Brennans Team findet ein Implantat in Howards Knochen, das sich als experimentelle Behandlung für Knochenschwund, finanziert von der Weltraumagentur, herausstellt. Nach Untersuchung der Kleidung des Toten findet das Team heraus, dass Colonel Howard vor seinem Tod von einem Propeller getroffen wurde.

Brennan und Booth finden eine verwesende, leuchtende Leiche im Wald. Was zunächst auf Radioaktivität hindeutet, wird bald als ein phosphoreszierendes Bakterium identifiziert, das oft in Sushi zu finden ist. Die Tote ist Carly Victor, eine aufstrebende Köchin. Im Internet finden sich viele Anzeichen, dass sie neben leidenschaftlichern Anhängern ihrer Küche auch viele Neider hatte. Zuletzt wurde sie mit ihrer Freundin Abby gesehen, die ebenfalls verschwunden ist. Abbys Freund Ben bittet das Team, Abby zu finden. Abby wird noch lebend im Kofferraum ihres Wagens gefunden. Ihr Freund Ben wird durch Beweise im Wagen mit dem Mord an Carly in Verbindung gebracht, doch ein zerbrochenes Keramikmesser entlarvt schließlich den wahren Täter.

Eine Leiche wird gefunden, die zunächst nach einem kleinen Mädchen aussieht, dann als 80-jährige Frau eingestuft wird. Brennans Team findet heraus, dass das Opfer Chelsea Cole am Werner-Syndrom litt, einer Krankheit, die Kinder schneller altern lässt. Zunächst führt ihre Mutter das Team auf die falsche Fährte eines Sozialarbeiters, Joe. Am Ende stellt sich jedoch heraus, dass die Mutter, selbst AIDS-krank, in Sorge, dass sie ihre Tochter nicht mehr würde versorgen können, Chelsea umgebracht hat. Brennans Vater Max Keenan taucht auf und wird von Booth festgenommen. Er muss jedoch schon kurz später wieder freigelassen werden, da ihm unter seinem momentanen Namen nichts nachgewiesen werden kann. Booth und das FBI versuchen mit allen Mitteln, belastendes Material gegen ihn zu finden, bemerken jedoch, dass seine Akten gelöscht sind. Max gibt Brennan ein Video ihrer Mutter. Angela und Hodgins wollen heiraten, stellen jedoch kurz vor dem Altar fest, dass Angela noch mit einem Mann in Fidi verheiratet ist.