Staffel 3

Booth und Brennan werden zu einem neuen Tatort gerufen: Jugendliche haben gemeldet, dass ihnen während der Fahrt plötzlich ein Totenschädel durch die Windschutzscheibe ihres Autos geknallt ist. Brennan untersucht den Schädel nach Hinweisen, die bei der Identifizierung des Opfers und bei der Ermittlung der Todesursache helfen könnten. Da sie Bisspuren findet, scheint es sich um einen Fall von Kannibalismus zu handeln. Der Tote wird als Gavin Nichols identifiziert, der ein bekannter Musiker war. Als Booth erfährt, dass Gavin eine Affäre mit einer verheirateten Frau hatte, verdächtigt er deren Ehemann. Aber dann entdeckt Zack den entscheidenden Hinweis...

Brennan und Booth untersuchen den Tod einer Frau, die bei der Explosion ihres Wagens ums Leben kam. Die Frau wird schließlich als Amy Nash identifiziert, und ihr Mann berichtet Booth, dass sie unterwegs zu ihrer Tochter Celia war, als sie starb. Brennan und ihre Kollegen entdecken indessen am Arm der Toten eine Tätowierung, die beweist, dass Amy Mitglied der National Liberation Army war, die in den 70er Jahren für mehrere terroristische Anschläge verantwortlich gemacht wurde. Es stellt sich heraus, dass Amy in Wahrheit June Harris hieß und seit Jahren wegen Mordes vom FBI gesucht wurde...

In einem Wald wird die Leiche von Ed Millner entdeckt. Die Hände des Mannes sind gefesselt, und seine Füße wurden post mortem entfernt. Die Ermittlungen führen Brennan und Booth zu einer Pension, die nicht weit von dem Fundort der Leiche entfernt ist. Es stellt sich heraus, dass die Pension ein beliebter Treffpunkt der SM-Szene ist. Der Tatverdacht fällt zunächst auf die Frau, mit der Millner dort seine sexuellen Fantasien ausgelebt hat. Sie beteuert aber ihre Unschuld und rät Booth, mit Millners Ehefrau zu sprechen, die gerade erst von den speziellen Neigungen ihres Mannes erfahren hätte...

Booth und Bones untersuchen den Mord an Max Kennan, dem Besitzer einer großen Bio-Supermarkt-Kette. An der Kleidung des Toten werden Rückstände von Pestiziden entdeckt. Bei dem Gespräch mit Keenans Ehefrau und seiner Tochter erfahren Booth und Bones, dass Keenan auf viele Farmer Druck ausgeübt hat, damit sie ins Bio-Geschäft einsteigen. Tatsächlich stellt sich heraus, dass einer der Farmer am Tag von Keenans Verschwinden einen heftigen Streit mit ihm hatte. Doch auch Keenans Ehefrau hätte ein Motiv gehabt, denn ihr Mann hat sie offenbar schon seit langem immer wieder betrogen...

Brennan und Booth werden zu einem für Halloween errichteten Grusel-Labyrinth gerufen, wo die mumifizierte Leiche einer Teenagerin entdeckt wurde. Wie sich herausstellt, ist das Mädchen bereits seit einem Jahr tot. Kurz darauf wird in einem Halloween-Vergnügungspark eine weitere mumifizierte Frauenleiche gefunden. Das zweite Opfer wurde offenbar genau vor zwei Jahren ermordet. Die Obduktionen ergeben, dass beide Mädchen buchstäblich zu Tode erschreckt wurden. Als Bones und Booth erfahren, dass gerade ein drittes Mädchen verschwunden ist, bleibt ihnen nur wenig Zeit, um einen dritten Halloween-Mord zu verhindern...

Die Mitarbeiter des Jeffersonian Instituts sind geschockt, als in dem Verbrennungsofen des Insituts die Überreste einer Leiche gefunden werden. Das Opfer wird schließlich als Kristen Reardon identifiziert, die als Praktikantin am Jeffersionan gearbeitet hat. Kristens Vater Ted war früher ebenfalls am Jeffersonian tätig, wurde aber vor kurzem entlassen. Außerdem erinnert sich Angela daran, dass Kristen eine Affäre mit jemandem aus dem Institut hatte. Brennan und ihrem Team bleibt also nichts anderes übrig, als diesmal in den eigenen Reihen nach dem Mörder zu suchen...

Vor zwanzig Jahren haben die Schüler einer Abschlussklasse eine Zeitkapsel mit Erinnerungsstücken vergraben. Als sie die Kapsel nun wieder ausgraben, finden sie stattdessen geschockt die Überreste ihres früheren Mitschülers Roger Dillan. Booth und Brennan ermitteln, dass Roger damals von zu Hause weglaufen wollte, um sich vor seinem gewalttätigen Vater in Sicherheit zu bringen. Aber der Vater leugnet, etwas mit Rogers Tod zu tun zu haben. Da Hodgins bei der Leiche Spuren von Kokain entdeckt hat, gerät auch ein Lehrer in Verdacht, der kurz nach Rogers Verschwinden wegen Drogenhandels verhaftet wurde...

Bei der Untersuchung einer Leiche, deren Kniescheiben entfernt wurden, stellt Brennan fest, dass es sich um ein weiteres Opfer des kannibalistischen Serienkillers 'Gormogon' handelt, dem Booth und sie schon seit einer Weile auf der Spur sind. Ein Tuch, das bei den Überresten lag, führt sie zu einem Mausoleum, in dem sie das Skelett eines weiteren Gormogon-Opfers finden. Zach konnte bereits Knochen von 18 verschiedenen Opfern identifizieren, deren Tod bis zu 50 Jahren zurückliegt. Als Booth und Brennan klar wird, dass der Killer sie die ganze Zeit über beobachtet hat, stellen sie ihm eine Falle. Doch er ist ihnen wieder einen Schritt voraus...

Kurz vor Weihnachten werden in einem Abwasserkanal die Überreste eines Mannes in einem teuer wirkenden Weihnachtsmannkostüm entdeckt. Bei der Untersuchung der Leiche häufen sich die Hinweise, die dafür zu sprechen scheinen, dass es sich bei dem Opfer um den echten Weihnachtsmann handelt. Sein Name war Kris Kringle, er lebte über einem Spielzeugladen und arbeitete als einziger ganzjährig als Weihnachtsmann - außer an Heiligabend. Er hatte sogar den Hufabdruck eines Rentiers auf seinem Körper. Als Brennan und Booth die Wohnung des Opfers durchsuchen, machen sie eine überraschende Entdeckung...

Als ein Pärchen in einer heißen Quelle badet, entdeckt es eine Leiche. Der Tote wird als Tripp Goddard identifiziert, ein Motorrad-Rennfahrer, der vor zwei Wochen nach einem wichtigen Sieg spurlos verschwand. Der Verdacht fällt zuerst auf Danny Fitz, der bei dem Rennen nur Zweiter wurde, weil Tripp ihn durch ein riskantes Manöver von der Piste gedrängt hatte. Außerdem gab es zwischen den beiden schon vor ein paar Jahren einen heftigen Streit, als Tripp mit Dannys Schwester liiert war. Doch dann wrid auch Danny ermordet. Gleichzeitig beweisen Spuren an der Tatwaffe, dass Tripp von einer Frau getötet wurde ...

Unter der Tribüne einer Uni-Sporthalle wird die Leiche des jungen Basketballspielers R.J. Manning entdeckt, der als großes Talent galt. Die Untersuchung der Überreste ergibt, dass R.J. ermordet wurde. Booth und Brennan finden heraus, dass R.J. enorm unter Druck stand, weil er sehr ehrgeizig war, und kürzlich eine heftige Auseinandersetzung mit seinem Sportbetreuer Mr. Francis hatte. Der Verdacht gegen den Betreuer scheint sich zu erhärten, als sich herausstellt, dass er R.J. mit Steroiden versorgt hat, um seine Chancen auf eine Profi-Karriere zu verbessern. Doch Francis beteuert seine Unschuld. Als Hodgins blauen Lippenstift am Körper des Ermordeten entdeckt, führen die Ermittlungen plötzlich in eine ganz andere Richtung...

Eine Frau wurde mit ihrem Auto von der Straße gedrängt, das daraufhin in Flammen aufging. Als Booth und Brennan den Tatort mit der bis zur Unkenntlichkeit verbrannten Leiche untersuchen, finden sie das Baby des Opfers, das den Unfall wie durch ein Wunder überlebt hat. Da das Kind in einem unbeobachteten Moment ein wichtiges Beweisstück - einen Schlüssel - verschluckt, bleibt Bones und Booth nicht anderes übrig, als es vorerst in ihre Obhut zu nehmen. Zu dritt machen sie sich auf den Weg in die heruntergekommene Heimatstadt des Opfers, um herauszufinden, wer ein Motiv gehabt haben könnte, die Frau zu töten...

Caroline teilt Brennan mit, dass ein Gerichtstermin für ihren Vater Max festgelegt worden ist. Max Kennan wird beschuldigt, FBI Deputy Director Robert Kirby ermordet zu haben, und bei einer Verurteilung droht ihm die Todesstrafe. Brennans Kollegen vom Jeffersonian und auch Booth müssen allesamt für die Anklage aussagen, während Brennan nochmals alle Beweise nach Hinweisen überprüft, die ihren Vater entlasten könnten. Aber ihr wird bald klar, dass es nur einen Weg gibt, Max noch zu retten, doch der ist riskant - und sie muss Booth überzeugen, ihr dabei zu helfen...

Brennan und Booth untersuchen den Mord an dem Fitnesstrainer Tommy Sour. Tommy hoffte auf eine Gesangskarriere und verschwand vor zwei Wochen nach einem Auftritt in einer Bar spurlos. Bei ihren Ermittlungen stoßen Booth und Bones auf eine ganze Reihe von Verdächtigen. Darunter ist auch Pam Nunan, die Tommy als Fitnesstrainer engagiert hatte und die wie besessen von ihm war. Sie hat ihn verfolgt, ihn heimlich fotografiert und war sogar davon überzeugt, dass Tommy sie heiraten würde. Als Pam von Booth erfährt, dass Tommy tot ist, überträgt sie ihre krankhafte Form der Zuneigung plötzlich auf Booth...

Es stellt sich heraus, dass Booth seinen Tod nur vorgetäuscht hat, um einen lange gesuchten Verdächtigen aus der Deckung zu locken. Brennan ist extrem wütend auf ihren Partner, weil er sie in diesen Plan nicht eingeweiht hatte. Aber als sie ein Päckchen mit einem Unterkieferknochen erhält, der menschliche Bissspuren aufweist, muss sie sich wieder auf die Arbeit konzentrieren. Denn Brennan ist klar, dass sie erneut von dem 'Gormogon'-Killer herausgefordert wird. Die Lage spitzt sich zu, als Zack bei einer Explosion verletzt wird und plötzlich vieles dafür spricht, dass einer aus Brennans Team mit 'Gormogon' zusammenarbeitet...