FBI-Agent Booth darf nach seiner Gehirn-OP wieder arbeiten und Bones kehrt von ihrer Forschungsreise aus Guatemala zurück. Kurz nach der Landung besucht Bones ihre Kollegin Angela, die sich gerade von einer Hellseherin die Karten legen lässt. Obwohl diese Brennan nicht kennt, sieht sie die tiefe Verbundenheit zu Booth und führt die überraschten Kriminalisten auf die Spur eines mit Leichen gefüllten Brunnens.
Brennan and Booth untersuchen den Fall eines Toten, der für den mysteriösen Inhalt seiner Aktenkoffers ermordet wurde. Schnell vermuten die Wissenschaftler, dass der Tote wegen geheimer Akten umgebracht wurde und sehen sich bestätigt, als sich das CIA in die Ermittlungen einschaltet und ein weiterer CIA-Mitarbeiter umgebracht wird.
Die Knochen von Levi Yoder, dem Mitglied einer Amish-Gemeinschaft, werden nahe einer Eisenbahnlinie gefunden. Als FBI-Agent Booth und Brennan herausfinden, dass Yoder ein brillanter Klavierspieler war, vermuten sie, dass sein Talent auch zu seinem gewaltsamen Tod geführt hat.
Brennan, Booth und Sweets haben unerwartete Probleme, während sie einen Mord in der Vorstadt untersuchen. Es scheint so, als hätte jeder in der Nachbarschaft ein Motiv. Unterdessen versucht Booths Sohn eine Freundin für seinen Vater zu finden.
Als menschliche Überreste an einem elektrischen Zaun gefunden werden, findet Bones schnell heraus, dass die Leiche schon seit 3.000 Jahren tot ist und sich eigentlich als Kunstschatz im Museum befinden müsste. Doch als FBI-Agent Booth und Brennan die Kuratorin des Museums befragen wollen, finden sie deren Leiche im Sarkophag der Mumie.
Die Wissenschaftler des Jeffersonian müssen eine Leiche mit ungewöhnlichen Verstümmelungen untersuchen. Handelt es sich um geheime Militärexperimente, die Soldaten mit Vogelmerkmalen erschaffen sollen oder sind die Verdächtigen eher bei militanten Tierschützern zu suchen, die den Weiterbetrieb einer Hühnerfabrik verhindern wollen?
Booth und Brennan untersuchen den Mord an einem kleinwüchsigen Mann, der als aufgehender Stern unter Wrestling-Fans galt. Unterdessen sucht FBI-Agent Booth seinen alten Psychiater auf, da er Probleme mit der Zielgenauigkeit beim Schießen hat und eine psychologische Ursache vermutet.
Eine Immobilienmaklerin entdeckt bei einer Hausbesichtigung im Bett des Besitzers eine verbrannte Leiche. Die Überreste deuten daraufhin, dass es sich bei dem Toten um einen äußerst dickleibigen Menschen gehandelt haben muss.
Booth und Brennan werden gerufen, um den Tod eines bekannten Videogamers aufzuklären. Der junge Mann hatte eine Reihe von Bewunderern, aber auch eine Menge Feinde, die die Liste der Verdächtigen enorm erweitern.
Ein Mann im Weihnachtsmann-Kostüm hat versucht, eine Bank zu überfallen und sich dann auf der Flucht mit einer selbstgebauten Bombe in die Luft gejagt. Agent Booth und Dr. Brennan ermitteln gemeinsam und müssen dabei auch die Frage klären, ob und wo sie das Weihnachtsfest verbringen wollen.
Booth und Brennan müssen nach New Mexico fahren, als dort in der Wüste die vermeintlichen Überreste eines Außerirdischen gefunden werden. Die beiden stellen fest, dass es sich bei der Leiche um einem ganz normalen menschlichen Körper handelt, dennoch werden sie stutzig, als sie im Kiefer der toten Frau eine Speicherkarte finden.
Das Team des Jeffersonian wird von einer geheimnisvollen Regierungstruppe im Institut festgehalten und beauftragt, die Todesursache einer streng geheimen, nicht identifizierten Leiche festzustellen. Kein leichtes Unterfangen für die Wissenschaftler, da sie weder Knochenproben entnehmen, noch die Identität des Leichnams herausfinden dürfen.
Booth und Brennan werden in den Wald zu einem Leichenfund gerufen. Was zunächst nach einem Opfer aus Bürgerkriegszeiten aussieht, erweist sich als Fundstück neueren Datums. Unterdessen überrascht Booth' jüngerer Bruder ihn mit einem interessanten Reisemitbringsel, das Booth' Misstrauen erweckt.
Booth und Brennan untersuchen die entstellten Überreste eines menschlichen Körpers, die auf dem Altar einer Kirche verbrannt worden sind. Sie finden heraus, dass das Opfer Patient in einer Nervenheilanstalt war und die Liste der Verdächtigen entsprechend lang ist.
Sweets sitzt in der U-Bahn, als der Tunnel plötzlich von Wassermassen überflutet wird und die Bahn aus den Gleisen geschleudert wird. In den Fluten wird eine Leiche entdeckt. Brennan erkennt noch am Fundort, dass es sich um die Überreste eines Mannes handelt, der seit ungefähr einer Woche tot sei. Bei der Obduktion stellt sich heraus, dass sich das Opfer einer Operation unterzogen hat, die Blinden die Sehkraft wiedergeben soll. Dadurch kann der Tote als Martin Aragon identifiziert werden. Er war Ghostwriter und schrieb Briefe für Fremde. Booth durchforstet deshalb Aragons Briefwechsel nach einem möglichen Verdächtigen ...
Brennan und Booth eröffnen Sweets, dass er sich in seinem Manuskript bezüglich ihres ersten gemeinsamen Falles geirrt hat. Kennen gelernt hätten sie sich vor sechs Jahren bei den Ermittlungen im Mordfall Gemma Arrington. Booth war damals überzeugt, dass Gemma von Richter Myles Hasty ermordet worden ist, hatte aber nicht genug Beweise, um ihn zu überführen. Cam riet ihm daher, Brennan in die Untersuchung mit ein zu beziehen, da sie sehr gut darin sei, Spuren und Hinweise zu finden. Durch die Schilderung ihrer ersten Zusammenarbeit erfährt Sweets aber auch Erstaunliches über die persönliche Beziehung der beiden ...
Ein Fund menschlicher Überreste führt Booth und Brennan nach Burtonsville, wo Brennan die High School besucht hat. Brennan kann das Opfer aufgrund eines Kieferbruchs als ihre ehemalige Mitschülerin Evelyn Simms identifizieren. Außerdem gibt es Hinweise darauf, dass dieser Fall mit dem Mord an einer anderen von Brennans Mitschülerinnen in Verbindung steht, der bereits 15 Jahre zurückliegt und nie aufgeklärt werden konnte. Um die potentiellen Verdächtigen unauffällig befragen zu können, gibt Brennan Booth als ihren Mann aus, der sie anlässlich des bevorstehenden Klassentreffens in die Stadt begleitet hätte ...
Als man im Magen eines Hais ein menschliches Bein findet, wendet sich die Meeresbiologin Catherine Bryar an Brennan und Booth. Da sich an den Überresten auch Bissspuren anderer Raubfische finden, die in der Natur nicht koexistieren können, führt die Spur zum Korallenriffaquarium des Washingtoner National Aquariums. In dem Becken, in dem vor kurzem auch noch der betroffene Hai schwamm, entdeckt Brennan den Schädel des Opfers. Außerdem stellt sich heraus, dass einer der Gast-Dozenten des Instituts vermisst wird: Jazz Gunn sah seine Mission darin, die Welt von den heilenden Kräfte des Ozeans zu überzeugen...
In der Waschmaschine eines Hotels werden die menschlichen Überreste des Bauunternehmers Richard Cole entdeckt. Cole war ein reicher, exzentrischer Draufgänger, immer auf der Suche nach einem Kick. Da er zuletzt in einem Rock'n'Roll-Camp gesehen wurde, suchen Booth und Brennan dort nach Verdächtigen. Angela, Hodgins und Arastoo untersuchen indessen im Labor verwundert den Fangzahn eines Wollmammuts, der beim Opfer gefunden wurde. Angela findet heraus, dass er von einem Gitarristen als Spielblättchen benutzt wurde. Die Spur führt zu Erik Dalton, mit dem Cole im Camp unbedingt ein Duett spielen wollte ...
In den Trümmern eines abgebrannten Hauses werden zwei Frauenleichen gefunden. Brennan findet heraus, dass die eine Frau erst vor kurzem getötet wurde, während die andere offenbar schon seit über dreihundert Jahren tot ist und während der Salem Hexenprozesse starb. Da das erst kürzlich ermordete Opfer keinen Rauch in der Lunge hatte, wurde es offenbar schon vor dem Feuer getötet. Den Spuren zufolge wurde mehrfach auf die Frau eingestochen. Das Haus gehörte Cheri Byrd, die offenbar eine Vorliebe für Hexerei hatte. Daher nehmen Booth und Brennan den lokalen Hexenzirkel genauer unter die Lupe ...
Als der Prozess gegen den 'Totengräber' ansteht, werden Brennan und Hodgins in Alpträumen wieder an ihre Entführung durch den 'Totengräber' erinnert. Das Team konnte letzten Endes Heather Taffet als die Frau hinter diesem 'Spitznamen' überführen, nachdem sie auch Booth in ihre Gewalt gebracht hatte. Aber Heather Taffet verteidigt sich vor Gericht selbst und erreicht tatsächlich, dass die wichtigsten Beweise, die in einem Lagerraum gefunden wurden, von dem Verfahren ausgeschlossen werden. Caroline fürchtet daraufhin, den Prozess zu verlieren, sollte es Brennans Team nicht schnell gelingen, neue Beweise vorzulegen ...
Das Team untersucht den Tod des Messies Timothy Murphy. Doch die Suche nach Todesursache und Täter gestaltet sich schwieriger als sonst. Zum einen erweist sich die Spurensuche am Tatort als echte Herausforderung, weil in der Wohnung des Toten das totale Chaos herrscht. Zum anderen scheinen Brennan und Booth nicht richtig bei der Sache zu sein. Brennan interessiert ein Fund altertümlicher Überreste in Indonesien mehr als der aktuelle Fall. Ihr wird klar, dass sie nach dem, was zwischen ihr und Booth passiert ist, etwas Abstand braucht. Booth überlegt indessen, für eine Weile zur Army zurückzukehren ...