Paintball-Spieler entdecken die Leiche einer jungen Frau. Obwohl Brennan hochschwanger ist, besteht sie darauf, die Tote am Fundort zu untersuchen. Die Frau wurde offenbar erschlagen und starb vor circa einer Woche. Angela kann das Opfer als Claire Serrano identifizieren, die von ihrem Mann in den letzten sechs Monaten gleich zweimal als vermisst gemeldet wurde. Serrano behauptet, dass Claire vor einem halben Jahr verschwunden und erst kürzlich zurückgekehrt sei – aber ohne sich erinnern zu können, wo sie in der Zwischenzeit war. Sweets vermutet, dass ein traumatisches Erlebnis die Amnesie bewirkt hat. Daher versuchen Booth und Brennan, Claires letzte Monate zu rekonstruieren …
Tina Thomas, die regelmäßig und erfolgreich an Wettessen teilnahm und kurz vor einem hochdotierten Turnier stand, wird tot in einem Terrarium entdeckt. Brennan untersucht die Tote zusammen mit ihrem neuen Assistenten Finn, der gut zu sein scheint, obwohl seine Vergangenheit Anlass zu Spekulationen gibt. DNS-Spuren an der Leiche belasten Brian Tobin, der Tina gecoacht hat und kurz vor ihrem Tod bei ihr war. Doch er beteuert seine Unschuld und erzählt, dass Tina das Wettessen aufgeben wollte. Die entscheidende Spur findet sich schließlich im Bauch einer Schlange, die in dem Terrarium war, als Tina starb …
Brennan und Booth untersuchen den Mord an einer Frau, deren Leiche zusammen mit einer Puppe eingeschweißt in Plastik gefunden wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um Debra Cortez, die als Designerin für eine große Spielzeugfirma arbeitete. Von der Firmenchefin Bianca Chiverton erfahren die Ermittler, dass Debra sehr gut war und mit ihrer neuesten Kreation sicher einen weiteren Erfolg erzielt hätte. Daher wirkt ein Designer-Kollege verdächtig, der neidisch Debras Erfolgsquote beobachtete und kein Alibi hat. Doch dann stellt sich heraus, dass Debra die Firma verlassen und sich selbständig machen wollte …
Im Amt für unzustellbare Briefe werden mehrere Pakete mit Leichenteilen entdeckt. Da eine Überprüfung der Pakete ergibt, dass die angegebenen Absender und Empfänger gefälscht sind, steht fest, dass jemand auf diese Weise hoffte, dass die Leiche niemals entdeckt werden würde. Das Opfer wird als Oliver Lawrence identifiziert, der in einem kleinen Geschäft in Maryland gearbeitet hat. Ein Großteil der Belegschaft hatte gemeinsam im Lotto gewonnen, doch es scheint, als sei Oliver um seinen Anteil am Gewinn betrogen worden. Außerdem hatte Oliver offenbar eine Affäre mit seiner verheirateten Kollegin Sheila …
Brennan und Booth untersuchen die Überreste eines Tornado-Jägers, der offenbar starb, als er einem Wirbelsturm gefolgt ist. Doch die Aufnahmen, die er kurz vor seinem Tod gemacht hat, lassen vermuten, dass er nicht durch den Tornado starb, sondern ermordet wurde. Als die Leiche im Jeffersonian genauer untersucht wird, stellt sich heraus, dass er tatsächlich durch mehrere Schläge auf den Kopf umkam. Zwischen Booth und der schwangeren Brennan kommt es bei der Ermittlung zu Spannungen, weil er nicht möchte, dass sie ihn bei der Suche nach einem Verdächtigen in das noch immer von Tornados heimgesuchte Gebiet begleitet …
An einem Lincoln-Denkmal werden menschliche Überreste gefunden. Außerdem hat der Mörder mit menschlichem Blut eine kryptische Nachricht auf dem Denkmal hinterlassen. Brennan erkennt, dass die Wirbel des Opfers ungewöhnlich angeordnet wurden. Offenbar wollte der Täter so eine weitere Nachricht schicken. Während Hodgins und Angela den Knochen-Code zu knacken versuchen, überprüft Booth zwei Verdächtige: den brillanten Hacker und FBI-Gegner Christopher Pelant, der erst kürzlich das System des Verteidigungsministeriums lahmgelegt hat, und den Journalisten Ezra Krane, der verdächtig gut über den Fall informiert ist …
In der Kanalisation einer Wohnanlage werden die Überreste von Rob Lazebnik entdeckt. Lazebnik saß wegen Betrugs im Gefängnis, brach aber vor vier Wochen aus. Hodgins findet durch die Tatortuntersuchung jedoch heraus, dass das Opfer schon im Gefängnis getötet wurde, seine Flucht also fingiert war. Booth bleibt nichts anderes übrig, als zusammen mit der hochschwangeren Brennan zum Jamestown Gefängnis zu fahren, um die Gefangenen zu befragen und so Lazebniks Mörder aufzuspüren. Doch während ihrer Befragungen bricht unter den Insassen plötzlich eine wüste Schlägerei aus, und bei Brennan setzen die Wehen ein …
Schon am ersten Tag nach ihrer Babypause ermittelt Brennan zusammen mit Booth in einem weiteren Mordfall: Barb, die Frau eines Farmers, wurde offenbar von einem Sattelschlepper zu Tode geschleift. Doch als die Ermittler den Fahrer des Lasters aufspüren, beteuert er, die Frau nicht gesehen zu haben. Von Barbs Mann erfahren Bones und Booth, dass sie eine fanatische Schnäppchenjägerin war und kurz vor ihrem Tod in dem nahegelegenen Supermarkt einkaufen wollte. Auf dem Überwachungsvideo des Geschäfts ist zu sehen, dass Barb mit einem der Kassierer einen heftigen Streit hatte.
Auf einem Müllplatz fallen plötzlich tote Vögel und menschliche Überreste vom Himmel, die zudem bläulich eingefärbt sind. Das Opfer wird schließlich als der angesagte Hairstylist Santiago identifiziert. Während Brennans Team nach der Todesursache und einer Erklärung für die blaue Farbe sucht, überprüft Booth mögliche Verdächtige. Santiago wurde gleich von drei seiner Kundinnen vermisst gemeldet. Alle drei gestehen, mit ihm geschlafen zu haben, leugnen aber, ihn getötet zu haben. Verdächtig wirkt auch der Stylist Kevin, der Santiago den Erfolg neidete.
Brennan und Booth untersuchen den Mord an Tony Cole, dessen Leiche in einem Waldstück gefunden wurde. Cole lieferte mit seinem Truck Metallwerkzeuge aus, und seine Ehefrau verdächtigt sofort einen Kollegen ihres Mannes, Karl Singler. Denn Singler habe sich nicht nur dauernd über Coles mangelnde Körpergröße lustig gemacht, sondern sei auch auf dessen Route scharf gewesen.
Inmitten eines Waldes in West Virginia wird die Leiche des 65-jährigen Tug Babcock entdeckt, der erschossen worden ist. Bei der Befragung von Tugs Angehörigen erfährt Booth, dass es zwischen Tugs Familie und den Mobleys eine schon seit Generationen andauernde erbitterte Familienfehde gibt. Die Babocks sind deshalb davon überzeugt, dass die Mobleys Tug getötet haben. Doch auch der Chef einer Bergbau-Firma hätte ein Motiv gehabt, da er auf dem Land der Familien wertvolle Kupfervorhaben entdeckt hatte.
In L.A. wird Brennans neuester Roman verfilmt. Als sie mit Booth die Dreharbeiten besucht, entdeckt sie, dass die vermeintliche Film-Leiche kein Requisit, sondern echt ist. Um herauszufinden, um wen es sich dabei handelt und wie die Leiche am Filmset gelandet ist, nehmen Brennan und Booth sofort die Ermittlungen auf. Angela kann den Toten als den Direktor des Studios, Stevens, identifizieren. Während Brennan überprüft, warum Stevens bisher nicht als vermisst gemeldet wurde, ist Booth abgelenkt.
Brennan und Booth verhindern, dass Christopher Pelant vorzeitig entlassen wird, indem sie dem Richter überzeugend darlegen, dass das Computergenie mutmaßlich zwei Menschen ermordet hat. Kurz darauf werden Bones und Booth zu einem weiteren Mordfall gerufen. Bei dem Opfer handelt es sich um Ethan Sawyer, einen Mentor und alten Freund von Bones. Die Ermittler vermuten bald, dass Pelant auch hinter diesem Mord steckt. Aber je eifriger Brennans Team Pelant zu überführen versucht, desto mehr Hinweise tauchen auf, die plötzlich Brennan belasten.