Brennan ist immer noch mit ihrer Tochter Christine und ihrem Vater Max auf der Flucht. Sie wird beschuldigt, ihren ehemaligen Kollegen Ethan Sawyer umgebracht zu haben. Sowohl Booth als auch Caroline wurden von dem Fall abgezogen, da sie offensichtlich befangen sind. Während Angela anscheinend Kontakt zu Brennan hält, wird eine weitere Leiche gefunden. Es handelt sich um die vor vielen Jahren verschwundene Vertrauenslehrerin aus der High School, auf der auch Pelant war. Booth kann Brennan ausfindig machen. Mit Hilfe von Angela und Hodgins schafft er es, dass das Jeffersonian für eine Nacht unbeaufsichtigt ist. Brennan und ihr Forensikteam untersuchen akribisch die Überreste, um den Mord mit Pelant in Verbindung zu bringen. Am Ende gelingt es ihnen, Pelant zu überführen. Doch der hat noch einen Trumpf im Ärmel.
Das Jeffersonian-Team untersucht den Mord an einem erfolgreichen Scheidungsanwalt, hat aber Probleme bei der Bestimmung der genauen Todesursache. Booth und Brennan finden indessen heraus, dass der Anwalt eine ganze Reihe von Feinden hatte, die allesamt ein Mordmotiv hätten. Die Ermittlung wird darüber hinaus dadurch erschwert, dass die Frau des Opfers den Ermittlern entscheidende Informationen verschweigt. Bei der Befragung der Verdächtigen wird außerdem klar, dass es seit Brennans Rückkehr Spannungen zwischen ihr und Booth gibt. Brennans lange Abwesenheit blieb nicht ohne Auswirkungen auf die Beziehung der beiden ….
In einer Hoteltiefgarage wird ein Mann durch eine Explosion getötet. Da sich Booth um das Budget seiner Abteilung kümmern muss, soll seine junge Kollegin Olivia Sparling das Jeffersonian bei dieser Ermittlung unterstützen. Brennan untersucht die Überreste indessen nach Hinweise auf die Identität des Opfers. Aufgrund ihrer Angaben rekonstruiert Angela schließlich das Gesicht und identifiziert den Toten so als Robert Carlson. Doch als Sparling und Sweets Carlsons Ehefrau informieren wollen, taucht der vermeintlich Tote dort auf. Die Ermittler vermuten daraufhin, dass er einen Zwillingsbruder haben muss. Doch Carlson wurde adoptiert und weiß nichts von einem Zwillingsbruder …
Booth und Brennan untersuchen den Mord an einem Mann, dessen Überreste von einem Paar bei einer Autopanne entdeckt wurden. Das Opfer, das offenbar in Folge einer Schusswunde starb, wird als Jared Drew identifiziert. Er musste vor kurzem seinen Eisenwarenladen aufgeben und nahm seither die unterschiedlichsten Jobs an, um finanziell über die Runden zu kommen. Daisy entdeckt schließlich eine tiefe Schnittwunde an der Leiche, die von einem reinrassigen sibirischen Tiger stammt. Dadurch kommen die Ermittler einer illegalen Organisation auf die Spur, die mit exotischen Tieren handelt ….
Zwei Müllmänner finden eine enthäutete Leiche im Abfall. Nach gründlicher Untersuchung der Überreste, ist Praktikant Fisher der felsenfesten Überzeugung, dass es sich bei dem Mörder um einen Nachahmer des Serienkillers Jack the Ripper handelt und mit weiteren Morden zu rechnen ist. Trotz der widrigen Umstände gelingt es Angela, eine Gesichtsrekonstruktion zu machen. Die Tote ist Jessica Pearson, ein junges Mädchen, das zusammen mit ihrer Partnerin Brooke Guminski einen kleinen Betrieb besitzt, in dem sie traditionell hergestelltes Apfelmus verkaufen. Die Knochen des Opfers weisen tiefe Einkerbungen auf, die darauf hindeuten, dass der Täter über ein scharfes Instrument verfügt haben muss und sehr kräftig ist. Der Verdacht fällt auf den Metzger Adam Borchardt, der Jessica schon seit geraumer Zeit nachstellte. Doch im Laufe der Ermittlungen findet Booth heraus, dass Jessica als Prostituierte gearbeitet hat, um ihr Gehalt aufzubessern. Einer ihrer Freier ist der sadistisch veranlagte Arzt Dr. Reese. Auch er ist dringend tatverdächtig, da er im Besitz von Instrumenten ist, die die Verletzungen verursacht haben könnten.
Um den Teamgeist unter ihren Assistenten zu verbessern, beauftragt Brennan Arastoo, Clark, Wendell, Colin und Finn mit der Identifizierung der bislang anonym gebliebenen Toten im Jeffersonian. Während vier der Assistenten gut vorankommen, widmet sich Arastoo einer Leiche, die sich hartnäckig jeder Identifizierung zu entziehen scheint. Diverse Tests zeigen, dass das Opfer zehn Tage nach den Anschlägen des 11. September 2001 verstorben ist und sich dabei in der Nähe des Pentagons aufgehalten haben muss. Da dieser Fall das ganze Team neugierig macht, versuchen alle gemeinsam herauszufinden, wer der Tote war und ob er damals zu den Opfern oder den Angreifern gehörte ….
Brennan und Booth untersuchen den Tod eines Mannes, dessen Überreste am Strand entdeckt wurden. Da bei der Leiche Teile des Logos eines Heimwerkerladens gefunden werden, beginnen Bones und Booth dort mit ihrer Ermittlung. Tatsächlich kann eine der Angestellten, Renee Mitchell, dort den Toten als Lucky Milner identifizieren. Er war nicht nur Stammkunde, sondern auch Renees Lover. Luckys Frau Lisa reagiert gelassen, als sie von der Affäre ihres Mannes erfährt. Sie macht sich nur Sorgen um ihren Sohn Davey, der nun auch seinen Stiefvater verloren hätte. Davey wiederum ist überzeugt, dass Lucky von Melvin Carville getötet wurde, da die beiden ihn ihrem Beruf als Tatortreiniger angeblich erbitterte Konkurrenten waren…
Als der Street Art Künstler Zed ein großes Werbeplakat mit einem seiner Kunstwerke überkleben will, stürzt er so unglücklich, dass er mit dem Rücken erst mit dem Leim und dann mit einer Leiche in Kontakt kommt, die daraufhin an seinem Rücken festklebt. Während Hodgins und Fisher im Jeffersonian versuchen, die Überreste vom Künstler zu trennen, gelingt es Booth und Brennan den Toten als Morgan zu identifizieren. Da Morgan offenbar vor kurzem einen heftigen Streit mit seiner Freundin Alexa hatte, befragen die Ermittler sie als erste. Eine andere Spur führt in einen Comedy Club, wo Morgan regelmäßig als Komiker auftrat und offenbar erbitterte Konkurrenten hatte
Brennan und Booth untersuchen den Tod eines Teenagers, dessen Überreste in einem Gewächshaus entdeckt worden sind. Brennans Team findet heraus, dass es sich bei dem Opfer um Colin Gibson handelt, der vor zwei Jahren spurlos verschwunden ist. Der Fall geht allen sehr nahe, weil Colin so jung sterben musste. Als das Medium Avalon ins Jeffersonian kommt, um Angela aus der Hand zu lesen, ist sie überzeugt, dass Colins Seele noch anwesend sei, weil er noch etwas zu erledigen habe. Brennan und Angela versuchen indessen aufgrund von Colins Verletzungen herauszufinden, auf welche Weise er ums Leben kam ….
Ins Jeffersonian wird eine mit Kristallen übersäte Leiche eingeliefert. Die Kristalle bringen die Tote zum Funkeln, machen aber auch die Suche nach der Todesursache fast unmöglich. Bei dem Opfer handelt es sich um die deutsche Tänzerin Katarina Whirz, die in den USA an einer Tanzshow im Fernsehen teilnehmen wollte. Da die Ermittler den Täter unter ihren Konkurrenten vermuten, schleusen sich Bones und Booth als Tanzpaar in die TV-Show ein. Doch während Booth über Tanzerfahrung verfügt, weil er sich sein Studium als Tanzlehrer verdient hat, mangelt es der stets so von sich überzeugten Brennan etwas an Talent …
Brennan und Booth untersuchen den Tod von James Sutton, einem bekannten Autor auf dem Gebiet der Grenzwissenschaften und Verschwörungstheorien. Die Ermittler finden heraus, dass Sutton vor kurzem Marina Tovah geheiratet hat, die er während einer Exkursion nach Osteuropa kennengelernt hat. Auf dieser Reise hat er aber außerdem offenbar auch eine wirklich ernstzunehmende wissenschaftliche Entdeckung gemacht, die ihn berühmt gemacht hätte. Wollte der Mörder dies verhindern? Auf der Liste der Verdächtigen stehen Suttons gewalttätiger Schwiegervater, seine Verlegerin und sein exzentrischer texanischer Sponsor …
Angela und Hodgins entdecken eines Morgens entsetzt, dass jemand eine Leiche über ihrem Bett und blutige Blüten im Bett ihres kleinen Sohnes positioniert hat. Hodgins ist überzeugt, dass Pelant zurück ist und sich an ihm rächen will. Booth kann Hodgins nur mit Mühe daran hindern, sich allein auf die Jagd nach Pelant zu machen. Bones findet heraus, dass das Opfer bei den Special Forces war und Booth entdeckt Beweise dafür, dass er zuletzt als Söldner für die Firma Serberus tätig war. Während Booth dort nach Antworten sucht, gelingt es Bones und Angela die Botschaft zu entschlüsseln, die ihnen Pelant diesmal zukommen lassen wollte ….
Booth und Brennan untersuchen den Tod von zwei Frauen, die in derselben Grabstätte entdeckt wurden. Das eine Opfer wird als Monica Craig identifiziert, die offenbar an Lungenkrebs verstarb. Kurz darauf erkennt Monicas Mann in Angelas Rekonstruktionsskizze der zweiten Toten Monicas Trauerbegleiterin Rachel Knox. Rachel war die Geschäftspartnerin von Akshay Mirza, dessen Firma für Monicas Beerdigung verantwortlich war. Als sich herausstellt, dass Rachel vor kurzem eine Affäre mit Mirza beendet hatte und mit einem von ihm hergestellten Grabstein erschlagen wurde, gilt er als Hauptverdächtiger. Doch dann erfahren die Ermittler, dass auch Monicas Mann eine Affäre mit Rachel hatte ….
Bei der Untersuchung einer Leiche, die in einem ehemaligen Schlachthaus gefunden wurde, entdecken Brennan und ihr Team eine große Zahl unterschiedlich alter Verletzungen. Doch die erste Vermutung, dass es sich dabei um Beweise häuslicher Gewalt handeln könnte, erweist sich als verfrüht. Denn aufgrund einer Zahnprothese wird das Opfer als Melinda Perkins identifiziert, die regelmäßig an Roller Derbys teilnahm, einem Sport mit sehr hohem Verletzungsrisiko. Da Melinda kurz vor ihrem Tod mit ihrem Team zusammen war, vermuten die Ermittler den Täter unter ihren Kollegen. Aber auch ihr eifersüchtiger Ex-Mann wirkt verdächtig ….
Nach einem Streit mit Booth kehrt Brennan nachts ins Jeffersonian zurück, um die Leiche eines Mannes zu untersuchen, der angeblich Selbstmord begangen hat. Bei ihren Untersuchungen findet sie allerdings Hinweise darauf, dass das Opfer ermordet wurde. Doch dann schießt plötzlich jemand auf sie. Als Booth ins Institut kommt, um nach ihr zu sehen und sich zu versöhnen, findet er Brennan schwerverletzt am Boden. Während sie im Krankenhaus um ihr Leben kämpft, suchen Brennans Kollegen nach dem Schützen. Die Beweise deuten erschreckenderweise daraufhin, dass der Täter aus dem Umfeld des Jeffersonian kommt ….
Das Team ermittelt im Mordfall Manny Manicone, dessen Leiche in einem Koffer gefunden wurde. Doch der Fall erweist sich zunächst als schwierig, weil der Teenager offenbar weder Feinde, noch viele Freunde hatte. Seine Mutter beschreibt ihn als intelligent, aber nicht sehr umgänglich. Nach und nach stellt sich allerdings heraus, dass Manny nicht der unschuldige Teenager war, für den ihn seine Mutter hielt, denn er war in Drogengeschäfte verwickelt. Da er am Tag seines Todes anscheinend auf einer sehr ausgelassenen Party war, befragen die Ermittler die anderen Gäste. Dabei kommt ein dunkles Geheimnis ans Licht ….
Bei der Untersuchung des Todes von Benjy Garcia wird Brennan von ihrem neuen Assistenten, Dr. Oliver Wells, gefordert, der ihr vorwirft, engstirnig zu sein. Als Brennan daraufhin versucht, in der aktuellen Ermittlung auch gewagteren Theorien gegenüber aufgeschlossener zu sein, fürchtet Booth, dass sich dies alles andere als vorteilhalft auf den Fall auswirkt. Verdächtig scheinen der Bruder des Opfers, seine Ex-Freundin und ein Physik-Professor, der mit Benjy an Zeitreise-Theorien gearbeitet haben soll. Doch als eine zweite Leiche auftaucht, die offenbar mit Benjys Tod in Verbindung steht, wirft das ein neues Licht auf den Fall …
Brennans Team untersucht eine Leiche, die in einer Giftmülltonne entdeckt wurde. Nachdem es gelungen ist, die Überreste von den Chemikalien zu lösen, wird das Opfer als Symchay Conteh identifiziert. Conteh war ein junger Immigrant aus Westafrika und wurde von jemandem unter falschem Namen als vermisst gemeldet. Seine Wohnung wirkt, als sei er auf der Flucht vor seinem alten Leben gewesen. Auf die richtige Spur kommen die Ermittler, als sie erfahren, dass Conteh bei einer Fotoausstellung über den Bürgerkrieg in seinem Heimatland helfen wollte, beim Anblick eines der Fotos aber zusammenbrach und den Job abgelehnt hatte ….
Brennan und Booth werden zu einer verkohlten Leiche gerufen, die in einem Bunker entdeckt wurde. Bei dem Opfer handelt es sich um Deanna Barbearry, die bei den Marines war, vor kurzem aber nach einem Kampf mit einer anderen Soldatin aus dem Militärdienst schied. Von der anderen Soldatin, Carlene Blayney, erfahren die Ermittler, dass Deanna vom Weltuntergang besessen war und sich einer Gruppe angeschlossen hatte, die überzeugt ist, dass die Apokalypse unmittelbar bevorsteht. Geleitet wird die Gruppe von Dr. Fred Dumaski und es scheint, als habe Deanna eine Affäre mit dem verheirateten Dumaski gehabt ….
Brennans Team findet im Magen einer dehydrierten Leiche ein Päckchen mit gestohlenen Diamanten. Cam gelingt es das Gesicht des Opfers so wiederherzustellen, dass es als Quinton Coles identifiziert werden kann. Coles hat als Wachmann für einen Diamantenhändler gearbeitet und war zudem vorbestraft. Aber weitere Ermittlungen ergeben, dass das Opfer in Wahrheit Reuben Martins hieß und als Undercover Cop gegen eine Einbrecherbande ermittelt hat. Reubens Kontaktmann bei der Polizei, Joe Dinco, ist überzeugt, dass Reuben von der Bande getötet wurde. Reubens Frau jedoch beschuldigt Joe, ihren Mann ermordet zu haben ....
Booth und Brennan untersuchen den Mord an der TV-Produzentin Rebecca Pearce, deren Leiche in einem alten Fabrikgebäude entdeckt wurde. Während das Team im Jeffersonian nach der genauen Todesursache sucht, befragen Booth und Bones die Kollegen der Toten: Rebecca produzierte eine TV-Gerichtsshow und war früher mit dem Gerichtsdiener der Show zusammen, hatte sich aber vor einer Weile von ihm getrennt. Jill Ryan profitiert als Rebeccas Nachfolgerin im Job von deren Tod. Verdächtig wirkt auch einer der Darsteller, der Rebecca gestalkt hat. Aber auch der Star der Sendung, Judge Trudy, hätte ein Motiv gehabt, sollte Rebecca gedroht haben, sie wegen ihres Alkoholproblems zu melden ....
Booth muss nicht nur den Mord an dem Börsenmakler Jack Spindler aufklären, sondern darüber hinaus verdauen, dass seine Mutter nach 24 Jahren Abwesenheit plötzlich wieder in sein Leben tritt. Sie hatte die Familie damals verlassen, um ihrem brutalen Ehemann Booth Vater zu entkommen. Zuerst ist Booth einfach nur froh, dass sie zurück ist, aber als sie ihm den Grund für ihren Besuch nennt, ist er geschockt. Auch der Fall ist nicht unkompliziert, denn Spindler führte insgeheim ein Doppelleben als Stripper. Daher stellt sich den Ermittlern die Frage, ob sein Mörder im Umfeld des Brokers oder im dem des Strippers Spindler zu suchen ist ....
Als eine Leiche ins Jeffersonian eingeliefert wird, die offenbar mit Giftstoffen in Kontakt gekommen ist, schaltet sich Dr. Ivan Jacobs von der Seuchenschutzbehörde CDC in die Untersuchung ein. Brennan und ihr Team identifizieren das Opfer als die Journalistin und Bloggerin Mia Garrett, die offenbar mit einem gefährlichen Virus infiziert war. Obwohl sofort alle Vorsichtsmaßnahmen getroffen werden, infiziert sich auch Arastoo mit dem tödlichen Virus. Um ihn zu retten, müssen seine Kollegen so schnell wie möglich Mias Mörder finden, da er hoffentlich nicht nur das Virus identifizieren kann, sondern auch über ein Gegenmittel verfügt ....
Das Team untersucht die Morde an zwei FBI-Agenten, die auch schon mit Booth zusammengearbeitet haben. Kurz nach dem Fund des zweiten Opfers stellt sich heraus, dass der Psychopath Pelant zurück ist und sich offenbar dafür rächen will, dass Booth ihn bei ihrem letzten Aufeinandertreffen angeschossen hat. Um Booth zu schützen, schlägt Angela vor, dass sich Booth aus der Ermittlung zurückzieht, wovon aber weder er noch Brennan etwas wissen wollen. Doch die Ermittlung wird auch noch dadurch erschwert, dass Pelant das Team offenbar insgeheim beobachtet und sich in Sweets’ Computer gehackt hat