Nach dem Mordanschlag auf Beckett während Captain Montgomerys Beerdigung warten ihre Kollegen vergeblich darauf, dass sie sich bei ihnen meldet. Erst drei Monate später kehrt sie ins Revier zurück. Castle ist mittlerweile nicht mehr für die Polizei tätig, da er es zu Differenzen zwischen ihm und dem neuen Captain Victoria Gates gekommen ist. Nachdem Beckett eine Schießprüfung ablegen muss um ihre Waffe zurückzuerlangen, soll sie den Mord an einem Promigirl aufklären ...
Ein Krimineller, der in einer Seitenstraße versucht, eine Frau zu vergewaltigen, wird Opfer eines brutalen Mordes: Der Täter schlägt dem Mann mit einem Schwert die Hand ab und zerteilt ihn anschließend der Länge nach. Beckett und Castle übernehmen den ungewöhnlichen Fall und finden sich in einer Welt von Möchtegern-Superhelden wieder. Auch privat ist in Castles Leben so einiges los: Alexis schockiert ihren Vater mit der Neuigkeit, dass sie in Kalifornien studieren möchte ...
Eine riesige Blutlache, aber keine Leiche - so gestaltet sich der neuste Fall von Beckett und Castle. Die Reifenspur eines Lieferwagens führt zur Kryonikfirma "Passageway". Es stellt sich heraus, dass Mitarbeiter der Firma das Opfer vom Tatort entfernten, um es so schnell wie möglich einzufrieren, um es irgendwann in der Zukunft wiederzubeleben. Ohne Autopsie der Leiche scheint es für Beckett und Castle aussichtslos, den Mörder ausfindig zu machen ...
Auf einer Baustelle wird die Leiche von Jane Herzfeld in flüssigem Beton entdeckt. Die Ermittlungen ergeben, dass die Studentin mit Ryans Dienstwaffe erschossen wurde, die ihm vor einigen Monaten vom Dreifachmörder Jerry Tyson gestohlen wurde. An Janes Kleidung finden sich Spuren von Kokain, ihre Mutter verdächtigt sofort ihren Exfreund Finn McQueen. Ryan fühlt sich schuldig am Tod der jungen Frau und schwört, Jerry Tyson zu finden ...
Während der Eröffnungsfeier einer Ausstellung wird der Direktor des Museums ermordet aufgefunden - Bryan Hayes wurde an einem Ausstellungsstück aufgespießt. Die Ermittlungen ergeben, dass Hayes besorgt war, dass das Kunstobjekt "Faust des Kapitalismus" gestohlen werden könnte. Und tatsächlich: Die Skulptur ist verschwunden. Um den Fall zu lösen, tauchen Beckett und Castle in die Welt der Kunst und Meisterdiebe ein ...
Jack Sinclair, ein berühmter TV-Geisterjäger, wird während der Erforschung paranormaler Phänomene im New Yorker McClaren-Haus ermordet. Castle, der sich als großer Fan Sinclairs erweist, übernimmt gemeinsam mit Beckett die Ermittlungen. Während sich Beckett von Anfang an skeptisch gibt und nach logischen Erklärungen sucht, geht Castle voll und ganz in seiner Vorliebe für mystische Phänomene auf. Schon bald stoßen die beiden auf eine heiße Spur ... Text: kabel eins
Als Castle seine Mutter zur Bank begleitet, macht er eine beunruhigende Beobachtung: Ein paar Täter, die sich als Ärzte verkleidet haben, sind drauf und dran, die Bank zu überfallen. Castle gelingt es, Beckett per Handy über den Überfall zu informieren. Beckett übernimmt die Verhandlungen mit den Geiselnehmern und erwirkt, dass Sal Martino, der unter Epilepsie leidet, freigelassen wird. Von ihm erfährt sie, dass die Täter Sprengstoff in der Bank deponiert haben ... Text: kabel eins
Bei einem Lagerhaus in den New Yorker Docks wird die Leiche des Casinobesitzers Sam Siegel gefunden. Um herauszufinden, was passiert ist, schickt Captain Gates Esposito, Ryan und Castle nach Atlantic City, um sich auf Spurensuche zu machen. Während Beckett in New York weiterermittelt, kommen die Jungs in Atlantic City schnell auf dumme Gedanken - immerhin steht Ryans Junggesellenabschied unmittelbar bevor. Schnell haben die drei eine Menge Ärger am Hals ... Text: kabel eins
In New York schießt ein Scharfschütze auf offener Straße wahllos auf Passanten. Bei Beckett weckt der Fall Erinnerungen an den Anschlag auf sie selbst, den sie nie richtig verarbeitet hat. Nach und nach verliert sie die Kontrolle über ihr eigenes Handeln. Erst Esposito schafft es, seine Kollegin wieder zur Vernunft zu bringen. Beckett kommt dem Scharfschützen auf die Spur - bis es zur direkten Konfrontation kommt ... Text: kabel eins
Eine unangenehme Überraschung für Beckett und Castle: Die beiden wachen aneinandergefesselt in einem dunklen Keller auf. Sie können sich an nichts erinnern, und ein Nadelstich an Beckets Rücken lässt darauf schließen, dass sie unter Drogen gesetzt wurden. Die beiden versuchen, den Verlauf der Geschehnisse zu rekapitulieren und einen Fluchtweg zu finden. Unterdessen machen sich Gates, Ryan und Esposito auf die Suche nach ihren verschwundenen Kollegen ... Text: kabel eins
Frauenheld Michael Bailey stürzt nackt aus dem achten Stock eines New Yorker Hotels. Vor seinem Tod hatte der junge Mann offenbar Sex mit unterschiedlichen Frauen - die erste Spur führt zur Anwältin Holly Franklin.
Castle und Alexis sind genervt: Martha gibt zu Hause Schauspielunterricht und nimmt dabei die Wohnung in Beschlag. In ihrer Verzweiflung beschließt Alexis, sich einen Job zu suchen, und Castle ist erleichtert, als er einem Fall zugeteilt wird: Die Telefonsexarbeiterin Laura Cambridge wurde erwürgt in einem Wagen von Bürgermeister Robert Weldon aufgefunden.
Tierischer Fall für Castle und Beckett: Francisco Pilar, ein Hundeshow-Juror, wurde mit einer Leine erwürgt. Bei der Vernehmung des Reality-TV-Starletts Kay Cappuccio, für das Pilar arbeitete, stellt sich heraus, dass der Ermordete in letzter Zeit unter Paranoia litt. Während Beckett und ihr Team die Ermittlungen aufnehmen, spricht Castle mit der Hundetherapeutin Dr. Barker. Schließlich scheint Franciscos Hund Royal der einzige Zeuge zu sein ...
Bei der Untersuchung des Mordes an dem Amateur-Schatzsucher Stan Banks stoßen Castle und Beckett auf Parallelen zu zwei ungeklärten Fällen aus dem Jahr 1947. Alle drei Taten verbindet der "Blaue Schmetterling", ein sagenumwobenes Schmuckstück. Es gehörte dem Mafiosi Tom Dempsey, doch über seinen Verbleib ist weder in den Akten, noch im Tagebuch eines Zeitzeugen etwas nachzulesen. Aber offenbar war Stan nicht der Einzige, der auf der Suche nach der Halskette war ...
Ein gefährlicher Mörder tanzt den Ermittlern auf der Nase herum: Nach der Verhaftung von Thomas Gage verschwindet nicht nur dessen totes Opfer aus der Gerichtsmedizin. Kurz darauf ist auch der Täter verschwunden. Bei der fieberhaften Suche nach dem Verbrecher treffen Castle und Beckett auf ein Geheimversteck des CIA und die Agentin Sophia Turner, die einst Castles Muse war. Sie klärt die Ermittler über ein Katastrophenszenario auf, das Gage plant: „Pandora“.
Kurz nachdem Beckett und Castle Dr. Blakely ausfindig gemacht haben, wird er erschossen. Die Ermittler werden mit ihrem Auto von einem anderen Wagen in den Hudson River gestoßen und können sich nur knapp vor dem Ertrinken retten. Die CIA schließt sie daraufhin von dem Fall aus, doch Beckett beeindruckt das nicht: Sie setzt alles daran, den Serienmörder Thomas Gage zu finden. Bald ist die Polizistin ihm näher, als ihr lieb ist: Sie und Castle werden von Gage entführt.
Der böse Wolf ist dem Märchenbuch entsprungen: So scheint es zumindest, als im Central Park eine tote junge Frau im Rotkäppchen-Kostüm gefunden wird – Amy Morgan. Im Gesicht hat sie Kratzspuren von einem Tier und an der Kleidung werden Wolfshaare gefunden. Gestorben ist sie allerdings an einer Überdosis Betäubungsmittel. Kurz vor ihrem Tod hatte die Anwältin eine hohe Summe Geld abgehoben – doch wofür, ist unklar. Kurz darauf wird auch ein totes Schneewittchen gefunden …
Kurz vor dem Halbfinale der TV-Tanzshow „A Night of Dance“ wird eine der Kandidatinnen ermordet: das Society-Girl Odette Morton. Sie war die Favoritin des Wettbewerbs – musste sie deshalb sterben? Doch dann sagt ein Zeuge aus, dass Odette in der Woche vor ihrem Tod ungewöhnlich nervös gewesen sein soll. Außerdem traf sie sich mit einem zwielichtigen Mann. Holte sie ihr altes Leben ein? Bis vor einem halben Jahr verkehrte die junge Frau im Drogenmilieu.
Bei einer Protestkundgebung gegen die Wall Street explodiert eine Bombe. Fünf Menschen werden dabei getötet, viele weitere verletzt. Während Ermittler des FBI und der Heimatschutzbehörde mit dem Fall betraut werden, darf das Team um Beckett und Castle nur Zeugen befragen. Es stellt sich heraus, dass die Bombe 47 Sekunden vor der Detonation platziert worden sein muss. Castle, Beckett und Captain Gates wollen den Täter mithilfe der GPS-Daten aller Handys am Tatort finden.
Als Naomi Allen, ein Supermodel aus England, ermordet aufgefunden wird, lässt sich Beckett auf einen Deal mit einem Kollegen von Scotland Yard ein: Colin Hunt erhielt vor der Tat vom Opfer den Schlüssel zu einem Schließfach. Das Foto, das sich darin befindet, gibt den Ermittlern den Hinweis, dass Naomi Kontakte zur britischen Botschaft hatte. Das Team nimmt den stellvertretenden Konsul Nigel Wyndham ins Visier – doch ihn zu überführen verlangt mehr als diplomatisches Geschick.
Castle hat mal wieder seine Muse verlassen, als Detective Slaughter sein Interesse weckt. Beckett hat zurzeit ohnehin keine Zeit für ihn, da sie sich auf eine Verhandlung vorbereitet. Deshalb bittet er den raubeinigen Cop aus dem Gang-Dezernat, ihn bei dessen aktuellem Fall begleiten zu dürfen: Ein Junge aus der Westies-Gang wurde tot aufgefunden – in seiner Tasche waren drei abgetrennte Köpfe. Bald lernt Castle Slaughters reichlich unorthodoxe Ermittlungsmethoden kennen.
Castle erträgt die distanzierte Stimmung zwischen ihm und Beckett nicht länger: Er beschließt, dass der neue Fall der letzte sein wird, in dem sie beide gemeinsam ermitteln. Ein Devisenhändler wird ermordet – der Verdächtige, den die beiden zuerst aufsuchen, behauptet, dass er und das Opfer von einem Zombie gebissen wurden. Ein Überwachungsvideo scheint die Behauptung zu belegen – Castle ist begeistert, während Beckett verzweifelt nach rationalen Erklärungen sucht.
Zunächst scheint es ein gewöhnlicher Mordfall zu sein: Beckett und Castle sollen den gewaltsamen Tod eines Einbrechers aufklären. Doch dann stellt sich heraus, dass der Mann von demselben Täter erschossen wurde, der während Montgomerys Beerdigung auf Beckett gefeuert hat. Kate, die gerade auf dem besten Weg war, den Vorfall zu verarbeiten, hängt sich mit aller Kraft in den Fall rein. Trotz Castles Bedenken wagt sie sich auf die Suche nach dem Schützen – und Castle steigt aus.