Beckett verschwindet plötzlich, nachdem sie zum Captain befördert worden ist. Noch beunruhigender ist, dass Blut von ihr an einem Tatort, an dem drei Männer erschossen wurden, gefunden wird. Castle versucht zusammen mit der Privatermittlerin Haley Shipton herauszufinden, wo Beckett steckt. Scheinbar ist Senator Bracken, der bekanntlich hinter Gittern sitzt, in die Sache verstrickt.
Singh und Beckett haben sich versteckt, doch Rita macht sie ausfindig und bietet ihre Hilfe an. Wie sich herausstellt, gab es im Justizministerium mehrere Morde. LokSat 2011 BD: Das Ergebnis einer alte Datenbanksuche von Beckett. Es steckt ein gefährlicher Mann hinter diesem Code, welcher ordentlich Dreck am Stecken hat und nun alles dafür tut, um sämtliche Mitwisser zu beseitigen.
Peter Garber, ein Vorzeigestudent, wird ermordet im Central Park aufgefunden. Castle schleust sich undercover als Professor in die Universität ein, um in der Sache ermitteln zu können. Wie sich zeigt, war Peter an einem geheimen psychologischen Experiment beteiligt, das alles andere als ungefährlich ist. Liegt hier der Schlüssel zur Lösung des Falles?
Wer ist Dave Johnson? Diese Frage müssen Beckett und Castle beantworten, als der Mann erschossen in einer Kirche gefunden wird. Nach Auskunft des anwesenden Priesters handelt es sich bei dem Toten in Wahrheit um den verdeckt recherchierenden Schriftsteller P. J. Moffett. Dieser wiederum erfreut sich jedoch bester Gesundheit. Im Laufe der Ermittlungen wird das Geheimnis um die wahre Identität von Dave Johnson immer rätselhafter.
Mia Laszlo beobachtet einen Raubüberfall, bei welchem ein wertvolles Kunstwerk entwendet wird. Esposito und Ryan bringen sie aufs Revier, doch die Frau kann zum Täter keine verlässlichen Angaben machen. Castle bringt Mia nach Hause. Dabei erfährt er, dass Mia einen außergewöhnlichen Geruchssinn hat, der die Ermittlungen vorantreiben könnte.
Det. Slaughter braucht Castles Hilfe: Er will die Verantwortlichen für einen cleveren Raubzug dingfest machen. Bald gerät er allerdings selbst in die Schusslinie. Ein erstes Mordopfer wurde mit Slaughters Messer getötet und seine Fingerabdrücke sind ebenfalls an der Tatwaffe. Esposito und Ryan heften sich an die Fersen des Detectives und machen dabei eine überraschende Entdeckung.
Ein professioneller Verführungskünstler wird ermordet, und Esposito und Ryan wollen den Fall trotz ihrer Differenzen übernehmen. Gemeinsam mit Castle finden sie heraus, dass es der Mann hauptsächlich auf die Ehefrauen reicher Männer abgesehen hatte. Scheinbar heftete er sich nicht planlos an die Damen, denn sein Bankkonto ist mehr als gut gefüllt. Es sieht so aus als wurde der Pick-Up Artist gezielt engagiert.
Ihr neuester Fall führt Castle und Beckett auf ein Kreuzfahrtschiff. Dort wurde eine Tänzerin umgebracht, und die beiden Ermittler müssen das Verbrechen aufklären, bevor der Vergnügungsdampfer internationale Gewässer erreicht. Im Zuge ihrer Nachforschungen finden sie allerdings heraus, dass der Mord dazu dienen sollte, einen Heroindeal zu vertuschen.
In dem Theater, wo Martha ihre letzte Show hatte, wird eine Leiche gefunden. Castle und Beckett nehmen sich des Falles an und stellen fest, dass die schillernde Welt des Showbusiness auch ihre gefährlichen Schattenseiten hat. Zwischen Tanzeinlagen und A Capella-Gesang suchen die beiden nach dem wahren Mörder.
Der Gerichtssaal wartet auf Castle. Er tritt dort als Zeuge der Anklage für einen Mord auf, der vor fünf Monaten geschehen ist. Im Laufe des Prozesses kommen jedoch neue Informationen ans Tageslicht, die dem Fall eine Wendung geben könnten. Für Castle und Beckett beginnt nun ein Rennen gegen die Zeit, um einen Justizfehler zu verhindern.
Grigory Mishkin, Sohn des russischen Konsulatsbeamten, wird ermordet in einem leerstehenden Gebäude gefunden. Auf Bestehen des Generalkonsuls unterstützt Vasiliy Zhirov die Ermittlungen. Als großer Fan von Castle gelingt es ihm, den ehemaligen Berater in den Fall hineinzuziehen. Der staunt bald nicht schlecht, wie weit Vasiliy mit seinen russischen Methoden kommt. Bald stellt sich heraus, das Grigory zu viel wusste.
Castle erfährt, dass Stephen King mit ihm zusammenarbeiten möchte. Am vereinbarten Treffpunkt wird es jedoch unheimlich: Castle wird bewusstlos und erwacht mit drei anderen Männern in einem abgeriegelten Klassenzimmer. In dem Raum finden sie bald diverse Rätsel, die sie lösen müssen – gelingt es ihnen nicht, bezahlen sie mit ihrem Leben. Nach einiger Zeit sehen sie über die Monitore im Zimmer, dass in einem anderen Raum drei Frauen eingesperrt sind – darunter auch Beckett.
Der Tierpfleger Eddie Ramirez liegt ermordet im Schlangenterrarium des Zoos. Castle nimmt sich des Falles an und findet eine Spur, die ihn in eine Sprachschule für Einwanderer führt. Getarnt als Frankokanadier besucht er den Kurs und findet bald wichtige Hinweise zur Person Eddie Ramirez. Unterdessen geraten Beckett und ihre Mitarbeiter bei der Verfolgung eines Verdächtigen in einen Streit mit Agent Napier vom FBI.
Castle reist mit Alexis und Haley nach Los Angeles, um herauszufinden, was vor eineinhalb Jahren geschehen ist – er war damals schon einmal in L.A., kann sich aber an nichts erinnern. Außerdem wird Castle prompt in einen Mordfall hineingezogen. Er bekommt ein Schreiben von der „Greatest Detective Society“, einer Gesellschaft für Meisterdetektive. Sollte er den Fall aufklären, wird er in den Club aufgenommen. Doch auch die junge Kendall Frost aus San Francisco buhlt um den Platz.
Die NYPD-Akademie steht unter Schock: Ein Offizier aus den eigenen Reihen wird ermordet aufgefunden – die Tatwaffe ist Eigentum der Akademie. Beckett und ihr Team stehen nun für ihre Ermittlungen auf dem Trainingsplatz, wo sie vor Jahren ihre Ausbildung absolviert hatten. Die Ermittlungen ergeben, dass eine der Rekrutinnen die Tochter eines berüchtigten Drogenbosses ist. Unterdessen findet Castle in Hollywood eine mysteriöse Videoaufnahme von sich selbst.
Ein bewaffneter Sicherheitsmann wird ermordet. Der Täter entwendet auch Geld aus dem Fahrzeug des Opfers. Esposito nimmt den Fall genauer unter die Lupe: Details des Mordes erinnern ihn an einen früheren Diebstahl vor neun Jahren, bei dem Goldmünzen verschwunden sind. Espositos Ex-Freundin könnte hier weiterhelfen, doch sie sitzt im Gefängnis. Beckett zieht nun doch wieder zu Castle – wird aber dort nicht von jedem Bewohner freundlich empfangen.
Der Schwarzmarkthandel hat ein Leben gefordert: Nach dem Mord an einem Mann, der mit türkischen Relikten handelte, macht sich Castle auf die Suche nach dem Täter. Ebenfalls auf der Fahndungsliste steht ein gestohlenes Artefakt – angeblich Aladdins Wunderlampe. Wird die Lampe den Weg zu dem Mörder aufzeigen?
Für einen Ex-Kollegen vom MI6 bricht Hayley bei einem britischen Energiekonzern ein und installiert an einem Computer eine Software. Am nächsten Morgen erfährt sie nicht nur, dass ihr Komplize am Tatort ermordet wurde. Obendrein hat die Software das gesamte Stromnetz in London lahmgelegt. Ihr Auftraggeber nennt ihr den Code 44, demnach sie sofort aus New York verschwinden muss. Doch Hayley offenbart sich Castle und Beckett, die unter Hochdruck den wahren Täter ermitteln müssen.
Der Sicherheitsinspektor Alan Masters wird in seiner Wohnung vergiftet. Als Castle und Lanie sich am Tatort umsehen, wacht das Opfer zu ihrer Überraschung jedoch wieder auf. Bevor die Ermittlungen richtig begonnen haben, gibt es ein zweites Attentat auf Alans Leben, doch auch dieses überlebt er. Während Castle seine Superheldenkräfte erforschen will, müssen Beckett und ihr Team herausfinden, wer es auf den gutmütigen Mann abgesehen hat. (Text: Sat.1)
Der durchschnittlich talentierte Schauspieler Zane Cannon wird ermordet. Er befand sich gerade in den Proben für Shakespeares „Hamlet“, als ihm auf der Bühne jemand den Garaus macht. Castle übernimmt bei den Ermittlungen die Hauptrolle und widmet sich zunächst den verdächtigen Kollegen des Opfers. Doch dann hat ausgerechnet seine Mutter Martha Erhellendes zu dem dramatischen Fall beizutragen … (Text: Sat.1)
In Castles Detektei bricht während eines Stromausfalls ein Mann mit einer Axt ein – bevor er Alexis und Hayley etwas antun kann, bricht er tot zusammen. Wie sich herausstellt, war Gabriel Shaw aus der Psychiatrie ausgebrochen: Er war fest davon überzeugt, dass die Apokalypse naht und glaubte auch zu wissen, wer der Antichrist ist. Doch hat ihn wirklich ein Dämon auf dem Gewissen? Wie erwartet lässt sich Castle von dem rätselhaften, überirdischen Fall schnell mitreißen … (Text: Sat.1)
Castle und Beckett haben die Spur von LokSat aufgenommen. Er will sich mit Caleb auf einem verlassenen Gelände treffen – Castle, Beckett und Hayley warten dort auf ihn. Zu spät erfahren sie von Esposito, dass Caleb umgebracht wurde. In letzter Sekunde kann Mason die beiden aus dem Kugelhagel in Sicherheit bringen. Während Castle nun zunächst seine Familie in Sicherheit bringt, ermittelt Beckett mit ihrem Team weiter. Sie geraten bald beide in eine Falle … (Text: Sat.1)