Broussard kehrt zurück und Will und Katie versuchen ihre Familie im Angesicht der vielen Veränderungen in der Stadt zusammenzuhalten. Snyder bekommt derweil ein interessantes Angebot von einer geheimnisvollen Organisation.
Will beschließt, einer alten Freundin aus dem Santa Montica-Block zu vertrauen. Katie erhält derweil Besuch von der Homeland Security-Agentin Jennifer McMahon und Bram trifft derweil den Befehlshaber des Arbeitslagers – einen alten Bekannten.
Will, Devon und Charlie müssen viel riskieren, um wieder nach Hause zu kommen. Katie befürchtet derweil Schlimmes und verabschiedet sich von ihrer Tochter, Bram findet im Arbeitslager Freunde und Maddie ein neues Projekt beim Großartigsten Tag.
Während Jennifer das Bowman-Haus überwacht, muss die Familie unerwartete Herausforderungen meistern, nachdem Charlie zu ihnen zurückgekehrt ist.
Will kehrt an einen fremd gewordenen Arbeitsplatz zurück. Katie versucht sich derweil möglichst anstandslos zu verhalten während Broussard und seine Zelle etwas Überraschendes über die Mauer herausfinden.
Als der Widerstand Kontakt zu Katie aufnimmt, beschließt Will, seiner Frau dabei zu helfen, ihre Vergangenheit hinter sich zu lassen. Maddie und Nolan besuchen derweil das Arbeitslager.
Bram und seine Freunde planen eine riskante Sabotage-Aktion, Will trifft auf den neuen Widerstand und Katie erfährt eine verstörende Wahrheit über den Block.
Will und Katie müssen einen Flüchtling vor den Besatzern retten. Währenddessen lässt Snyder im Arbeitslage Beweismittel verschwinden und Broussards Zelle wird von jemandem aus den eigenen Kreisen bedroht.
Der Homland Security Ermittler und Wills Partner Bob Burke hat Fragen für die Bowmans. Will und Katie versuchen derweil Kontakt mit einem Neuankömmling im Block aufzunehmen.
Gemeinsam mit Broussard suchen Will und Katie nach einem Weg aus der Kolonie. Maddie bekommt derweil Besuch in der grünen Zone und Bram versucht die Vergangenheit hinter sich lassen.
Snyder und Helena arbeiten an einem gemeinsamen Ziel, doch ihre Pläne werden von einem Anschlag in der grünen Zone unterbrochen.
Will, Katie, and Broussard battle the Red Hand for control of the RAP gauntlet. Snyder helps Helena regain control over the Los Angeles bloc.
In the second season finale, the Bowman family must make an impossible choice following a revelation about the fate of the colony.