Nachdem Jordan mit der Pistole in der Hand neben ihrem ermordeten Geliebten J.D. Pollack aufgewacht ist, gilt sie für die Polizei als Hauptverdächtige. Auch Lu, die wegen ihres besonderen Verhältnisses zu Woody eifersüchtig ist, glaubt nicht an Jordans Unschuld. Sie ordnet an, dass Woody vom Dienst suspendiert und die unabhängige Pathologin Dr. Switzer auf den Fall angesetzt wird. Jordan ist nach Washington geflohen, um nach Richter Clarence Gordon zu suchen. Sie hält ihn für den Mörder ihres Geliebten, da Pollacks letzte Story direkt zu ihm führt. Ihre Intervention hat jedoch dramatische Folgen: Nachdem Jordan ihn mit Pollacks Korruptions-Vorwürfen konfrontiert hat, stürzt Gordon sich aus dem Fenster. Unterdessen arbeiten Jordans Kollegen mit Feuereifer daran, Beweise für ihre Unschuld zu finden. Dabei stellt sich heraus, dass Jordan in der Tatnacht betäubt worden ist. Klar wird auch, dass Richter Gordon sich tatsächlich bestechen ließ. Doch auch er ist nicht Pollacks Mörder...
Der 13-jährige Stewart Manning hat sich erschossen. In seinem Abschiedsbrief beschuldigt er einen Mann namens Dave, ihn sexuell missbraucht zu haben. Jordan und Lu vermuten, dass es sich dabei um Dave Gilbert handelt, den Leiter der Hausaufgabenbetreuung des Gemeindezentrums. Sie können ihm jedoch nichts nachweisen, und zu ihrem Entsetzen hat Dave für den nächsten Tag einen Campingausflug mit mehreren Jungen geplant. Jordan, die wie immer sehr emotional an den Fall herangeht, will das unbedingt verhindern. Um Beweise für Stewarts Anschuldigungen zu finden, bricht sie sogar in Daves Haus ein. Erfolg hat sie damit allerdings nicht, denn sie wird auf frischer Tat ertappt...
Jordan, Woody und Lu arbeiten an einem erschütternden Fall: Ein achtjähriger Farbiger wurde von 33 Pistolenkugeln durchlöchert. Geschossen haben vier Polizisten im Einsatz, die behaupten, der Junge habe sie mit einer Waffe bedroht. Erste Untersuchungen bestätigen die Geschichte der Cops, aber Jordan hat dennoch Zweifel. Als nach zwölf Stunden in der Leichenhalle eine Quetschung am Finger des Jungen sichtbar wird, ist ihr klar, dass ihm die Waffe erst nach seinem Tod in die Hand gedrückt wurde. Jordan nimmt noch einmal den Tatort unter die Lupe und entdeckt dabei den Flügel eines Modellflugzeugs, der einer Pistole sehr ähnlich sieht. Ist der Junge Opfer eines dramatischen Missverständnisses geworden? Unterdessen sind durch den Tod des Jungen in der ganzen Stadt Unruhen ausgebrochen, in die auch Woody und Lu hineingezogen werden. Lu wird von einer Kugel getroffen...
Gemeinsam mit Danny und Delinda sehen sich Jordan und Woody einen Boxkampf von Dannys Freund Colin Walsh an. Obwohl niemand damit gerechnet hat, kann Colin den Kampf für sich entscheiden. Die Freude unter den Freunden ist groß, weicht am nächsten Tag aber blankem Entsetzen: Colins Leiche ist in einem Müllcontainer gefunden worden. Offenbar hat man ihn zu Tode geprügelt. Bei der Autopsie stellt sich heraus, dass Colin Walsh nicht erschlagen, sondern vergiftet wurde. Der Verdacht fällt schon bald auf Colins Trainer Mickey Rowan, doch auch dieser wird plötzlich ermordet aufgefunden. Hat Colins Witwe Sandy etwas mit den Morden zu tun? Lily steckt privat und beruflich im Stress: Sie hat Brandau nie von ihrer Schwangerschaft erzählt, und dieser wird nun, da er plötzlich vor ihr steht, vor vollendete Tatsachen gestellt. Gleichzeitig arbeitet sie zusammen mit Bug an einem tragischen Fall: Es geht um das kürzlich gefundene Skelett einer Frau, die schon seit über 20 Jahren tot sein muss. Lily und Bug gelingt es, die Frau zu identifizieren und ihren Sohn zu finden, der voller Hass steckt: Er hatte all die Jahre geglaubt, seine Mutter habe ihn im Stich gelassen...
Brandau macht Lily einen Heiratsantrag - um Wohlergehen und Zukunft des gemeinsamen Kindes zu sichern. Dies stürzt Lily in große emotionale Verwirrung. Sie beschließt, Jordan zu einem Tatort außerhalb Bostons zu begleiten, um ihre Gedanken zu ordnen. Jordan soll den Tod eines kleinwüchsigen Mannes untersuchen, der ertrunken aufgefunden wurde. Am Leichnam nimmt Lily mit ihrem hypersensiblen Geruchssinn den Duft von Hibiskus wahr. Jordan und Lily beschließen, den Leichnam zur Autopsie nach Boston zu bringen - doch auf dem Weg dorthin wird der Tote aus ihrem Wagen entführt. Mithilfe von Lilys Spürnase finden sie den Toten zum Glück schnell wieder: Er hängt, an ein Bungee-Jumping-Seil gebunden, von einer Brücke herab. Jordan und Lily treffen auf eine junge Frau, die sich als Geneva, die Tochter des Toten, ausgibt. Ihr Vater habe nach dem Motto gelebt: "Lebe, als ob du bald sterben müsstest." Er hatte eine Liste mit Dingen geschrieben, die er in seinem Leben unbedingt tun wollte. Geneva ist von der Idee besessen, ihrem Vater auch post mortem noch möglichst viele dieser Wünsche zu erfüllen. Bungee-Jumping war einer der Wünsche und als nächstes gilt es, einen mysteriösen Verlobungsring zu einer bislang unbekannten Adresse zu bringen...
Macy ist Zeuge in einem besonders grausamen Mordfall: Die junge Lisa Hagen wurde vergewaltigt und brutal erstochen. Macy ist sicher, unerschütterliche Beweise dafür geliefert zu haben, dass der Angeklagte A.J. Crawford der Mörder ist. Doch Crawford wird zur allgemeinen Überraschung freigesprochen - was er seinem cleveren und mit allen Wassern gewaschenen Anwalt, Shelly Levine, verdankt. Noch im Gerichtssaal wird Crawford von dem schockierten Vater des Mädchens, Donald Hagen, bedroht. Hagen ist außer sich und droht, den Mörder nicht ungeschoren davonkommen zu lassen. Macy ist ebenfalls frustriert über den Ausgang des Prozesses. Vor vielen Jahren verband ihn mit Levine eine enge Freundschaft, die jedoch über einer Meinungsverschiedenheit in einem Mordprozess zerbrach. Heute ist Levine ein Zyniker, der mit Vorliebe skrupellose Schwerverbrecher verteidigt. Auch Jordan hat ihre eigenen schlechten Erfahrungen mit Levine gemacht und ist alles andere als gut auf den Anwalt zu sprechen...
Er ist tief betroffen, dass er vielleicht den Täter persönlich herausgefordert hat. Verzweifelt versucht er zu retten, was zu retten ist. Der mutmaßliche Serienkiller hat zwei weitere Morde angekündigt. Wenn Nigel nun gründlich recherchiert, könnte er diese womöglich vereiteln. Nach einer fieberhaften Suche gelingt es Nigel und Woody tatsächlich, innerhalb weniger Stunden einen Verdächtigen festzunehmen. Auch machen sie das Versteck des Täters aus, doch eines der beiden neuen Opfer ist bereits tot - während der Verdächtige seit Stunden in Untersuchungshaft sitzt. Er kann also nicht der Mörder sein...
Angetrieben von seinem Gedanken der Sparpolitik verhindert Ivers, dass der Leichnam eines Mannes namens Diego Gonzales autopsiert wird, obwohl er seltsame äußere Merkmale hat, die auf starke innere Blutungen hindeuten. Jordan bittet Lily, die Ehefrau des Verstorbenen zu betreuen und begibt sich trotz des Verbots an die Autopsie. Beim ersten Skalpellschnitt in den Oberkörper des Mannes spritzt eine gelbe Flüssigkeit aus der Wunde...
In einem bereits ausgehobenen Grab auf einem Friedhof wird zufällig die frische Leiche eines 16-jährigen Mädchens entdeckt. Seely, der zum Fundort der Leiche fährt, kann die Tote aufgrund eines Fingerringes als Highschool-Absolventin identifizieren. Da klingelt ein Handy in der Tasche der toten Schülerin - es sind ihre Eltern, die sich Sorgen machen. Es stellt sich heraus, dass ihre Tochter Cindy gestern Abend alleine war, da die Eltern erst an diesem Morgen aus Martinique zurückgekommen sind. Seely kommt es ziemlich seltsam vor, dass die Eltern ihm keinen einzigen Namen eines Freundes oder einer Freundin von Cindy nennen können. Warum ist ihnen das Umfeld ihrer Tochter so unbekannt? Als Jordan und Val später mit der Autopsie beginnen, stellen sie fest, dass Cindy offenbar stranguliert wurde. Auch können sie aus Speichelresten, die sie am toten Körper der Schülerin gefunden haben, DNA-Spuren extrahieren...
Die Bostoner Polizei macht einen grausigen Fund: Auf einer öffentlichen Damentoilette liegt eine blutüberströmte Frau. Jordan vermutet, dass die Frau mit einem stumpfen Gegenstand erschlagen worden ist. Es wundert sie jedoch, dass die Frau soviel Blut verloren hat und bei näherem Hinsehen stellt sie fest, dass die Tote schwanger gewesen sein muss. Offensichtlich wurde der Toten das Baby aus dem Leib geschnitten. Doch wo ist das Baby? Ist es vielleicht noch am Leben? Bei ihren Ermittlungen finden Woody und Jordan heraus, dass die ermordete Mutter keineswegs mit dem Vater des Kindes zusammenlebte, sondern mit einer Frau namens Marissa liiert war. Das lesbische Paar hatte sich über eine Samenbank einen Spender gesucht und so die gewünschte Schwangerschaft realisiert. Als Woody einen Nachbarn des Paars befragt, behauptet dieser, die beiden Frauen hätten sich ständig gestritten. Bei Woody keimt der Verdacht auf, dass Marissa die Mörderin sein könnte. Doch Marissa widerspricht den Äußerungen des Nachbarn und beteuert, dass sie und ihre Lebensgefährtin glücklich gewesen seien. Auf Woodys Drängen hin erklärt sie sich jedoch bereit, eine DNA-Probe abzugeben. Nun muss Jordan diese Probe mit Spuren fremden Blutes vergleichen, das sie am Arm der Toten gefunden hat. Doch dann begeht Jordan einen fatalen Fehler...
Ein Schulbus mit 13 Kindern wird entführt. Woody und Jordan, die das Schlimmste befürchten, werden in ihrem Verdacht bestätigt, als der leere Bus und die Leiche des Busfahrers gefunden werden. Zudem entdeckt Jordan Blutspuren an dem Fahrzeug, die nicht dem Fahrer zugeordnet werden können - offenbar wurde noch eine andere Person angeschossen. Die Untersuchung des Blutes ergibt, dass es von der Lehrerin der Schulklasse, Grace Jones, stammt. Jordan wendet sich daraufhin an Helene Coleman, die Mutter der Lehrerin. Diese macht eine höchst erstaunliche Aussage: Nach eigenen Angaben besitzt sie eine fast telepathische Verbindung zu ihrer Tochter. Helene Coleman spürt, dass ihre Tochter zwar noch am Leben ist, ihr aber nicht mehr viel Zeit bleibt. Jordan, durch ihren Tumor selbst in Lebensgefahr, erkennt, dass die Mutter die Wahrheit sagt. Sie versucht nun alles, um Woody und die anderen davon zu überzeugen, dass sie keine Zeit mehr verlieren dürfen, um die Entführungsopfer zu finden. Der Stress jedoch, der durch den nervenaufreibenden Wettlauf gegen die Zeit entsteht, ist für die schwer kranke Jordan zuviel: Sie erleidet einen Anfall. So erfahren auch Bug, Nigel und Woody von Jordans Krebserkrankung, die sie so lange vor ihren Kollegen geheim gehalten hat. Insbesondere Woody ist von der schlimmen Neuigkeit betroffen, zumal er in einem Gespräch mit Jordan feststellen muss, dass sie sich innerlich längst selbst aufgegeben hat. Doch hat er einen letzten Hoffnungsschimmer: Wenn sie es schaffen könnten, die entführten Kinder und die angeschossene Lehrerin aufzuspüren und in Sicherheit zu bringen, würde Jordan vielleicht wieder neuen Lebensmut fassen...
Die junge Tracy Seaver verliert ihren Vater, als dieser von einem Mafiaboss namens J.J. Keene umgebracht wird. Tracys Vater sollte als einziger Zeuge der Anklage vor Gericht gegen Keene aussagen. Für die Polizei ist es nun äußerst schwierig, Keene etwas nachzuweisen, da er in typischer Mafiamanier die Drecksarbeit von seinen Handlangern erledigen lässt. Während der Untersuchung des Mordfalles finden Nigel und Woody heraus, dass Tracy den Mord an ihrem Vater mitansehen musste und somit auch als Zeugin gegen Keene auftreten könnte. Zunächst hat sie zwar furchtbare Angst vor einer Aussage, doch schließlich überwiegt das Gefühl, den Tod ihres Vaters rächen zu wollen. Woody, dem auf Anhieb kein sicherer Ort einfällt, versteckt Tracy vorübergehend im gerichtsmedizinischen Institut in Jordans leerstehendem Zimmer, da sich Jordan im Krankenhaus befindet. Die längst überfällige Operation von Jordans Tumor verläuft äußerst kompliziert und der Ausgang ist ungewiss. Während Macy Tag und Nacht an Jordans Bett wacht und auch Bug und Nigel jede freie Minute bei ihrer Kollegin verbringen, schafft Woody es nicht, sie zu besuchen. Aus Angst vor einer Konfrontation mit der schwierigen Situation, vergräbt er sich in Arbeit. Tatsächlich gelingt es ihm, Keenes Handlanger zu einem Geständnis zu zwingen, so dass Tracy die Aussage vor Gericht erspart bleibt. Nachdem er den Fall damit erfolgreich abgeschlossen hat, fährt er schweren Herzens ins Krankenhaus und ist der Erste an Jordans Bett, als sie aus der Narkose erwacht. Doch als sie die Augen aufschlägt, erkennt sie Woody sie nicht...
Nach der schweren und komplizierten Operation ihres Tumors wird Jordan aus dem Krankenhaus entlassen. Ihre Kollegen kümmern sich rund um die Uhr um sie - und diese Hilfe hat Jordan auch dringend nötig, denn sie leidet seit der Operation an Halluzinationen. Allerdings traut sie sich nicht, irgendjemandem davon zu erzählen und bleibt in ihrer typischen Art mit den Sorgen und der Befürchtung, dass die Operation schief gelaufen sein könnte, allein. Doch dann taucht ein weiteres Problem auf: Bug ist plötzlich verschwunden. Als Macy nach ihm sucht, stellt sich heraus, dass Bug verhaftet wurde - ihm wird vorgeworfen, einer terroristischen Gruppe anzugehören. Macy erkennt schnell, dass es bei einer derart heiklen Sache nicht leicht sein wird, Bugs Unschuld zu beweisen. Und die Diskussionen mit dem zuständigen Agenten Gropius erweisen sich dann auch als äußerst schwierig und nervenaufreibend. Da nun keiner mehr Zeit hat, Jordan zu betreuen, kümmert sich Kate um sie. Während einer Runde Poker bemerkt sie, dass mit Jordan etwas nicht stimmt und kann ihr schließlich das Geheimnis entlocken. Sofort überprüft sie daraufhin Jordans Medikamente und macht eine interessante Entdeckung...
Nigel, Woody und Kate müssen sich mit einem tragischen Mordfall beschäftigen: Bei einer Hochzeit werden der Bräutigam und der Hochzeitsfotograf erschossen. Der Fall ist den dreien zunächst ein großes Rätsel, da jedes Motiv zu fehlen scheint und niemand den Schützen gesehen hat. Sie gehen aber davon aus, dass der Bräutigam das eigentliche Ziel war und untersuchen das einzig brauchbare Indiz, das am Tatort zu finden war: ein Paar Handschuhe. Es stellt sich heraus, dass der Täter die Handschuhe mit den Zähnen ausgezogen und dabei Spuren von Holz und Minze hinterlassen hat - eine Entdeckung, die sich schließlich als entscheidender Hinweis auf den Mörder entpuppt. Jordan ermittelt in einem nicht minder traurigen Fall. Sarah Pasternak wurde während eines Raubüberfalls erschossen, als sie einem der Opfer zu Hilfe kommen wollte. Jordan hat die schwierige Aufgabe, der Schwester der Frau, Julie Pasternak, die schlimme Botschaft zu überbringen. Die Schwestern hatten offenbar ein äußerst inniges Verhältnis: Julie ist so verzweifelt über den Verlust, dass sie versucht, sich das Leben zu nehmen. Doch Jordan kann sie in letzter Minute retten. Dank der neuen Energie, die Jordan seit ihrer Heilung verspürt, kann sie Julie in einem langen Gespräch helfen. Bug, der unter Terrorismusverdacht verhaftet worden war, hat durch die furchtbaren und angstvollen Tage seiner Untersuchungshaft ein schweres psychisches Trauma erlitten. Er ist völlig verschlossen und weist jeden Gesprächsversuch zurück. Erst als Jordan ihm beichtet, dass sie sich eigentlich noch nicht in der Lage fühlt, wieder mit vollem Einsatz zu arbeiten, bricht die Mauer, die Bug um sich errichtet hat, zusammen.
Die Leiche einer jungen Frau, die bei einem Verkehrsunfall ums Leben gekommen ist, wird in die gerichtsmedizinische Abteilung eingeliefert. Nigel, Jordan und Woody können sie schnell als Debbie Baron identifizieren, doch der Todesfall ist mehr als erstaunlich: Debbie Baron wurde bereits vor sechs Jahren für tot erklärt. Ihre Leiche wurde zwar nie gefunden, doch ging man davon aus, dass ihr Ehemann sie und ihre Freundin Liz erschossen hatte. Die damalige Gerichtsverhandlung wurde von William Ivers geführt, der Debbies Mann aus Mangel an Beweisen freisprechen musste. Nun ermittelt er gemeinsam mit Jordan und die beiden finden schnell heraus, dass Debbie den früheren Mordanschlag überlebt hatte. Sie konnte sich damals zu ihrer Mutter flüchten, die in großer Angst um ihre Tochter geschwiegen und Debbie bei sich versteckt gehalten hatte. Zwar entdeckt Jordan in Debbies Leichnam eine Kugel, doch ist sie so verformt, dass eine stichhaltige Zuordnung zu Tonys Waffe nicht möglich ist. Die einzige Möglichkeit, Tony doch noch zu überführen, ist, die Leiche von Debbies Freundin aufzuspüren. Oder ist sie noch am Leben? Lily besucht gemeinsam mit Brandau dessen Therapeuten Dr. Marlen, um eine Paartherapie zu beginnen. Die Probleme der beiden sind offensichtlich: Sie streiten sich fürchterlich im Behandlungszimmer und sind so mit ihren Problemen beschäftigt, dass sie gar nicht bemerken, dass der Therapeut, der vor ihnen sitzt, stirbt. Bug, der die Leiche untersucht, stellt fest, dass Dr. Marlen erstochen wurde. In Verdacht gerät Brandaus Mutter, da sich ihre Fingerabdrücke auf Brandaus Patientenakte finden, die zum Todeszeitpunkt auf Marlens Schreibtisch lag... Während den turbulenten Ermittlungen im Mordfall Marlen kommen sich Bug und Lily wieder näher. Doch just in dem Moment, als Bug Lily seine Liebe gestehen will, setzen bei ihr die Wehen ein.
Woody und Jordan unterhalten sich in ihrem Büro als ein Mann hereintaumelt: Shawn Curaco möchte einen Mord melden - und zwar den Mord an sich selbst! Jordan erkennt schnell, dass Shawn offenbar vergiftet wurde und ihm höchstens 24 Stunden bleiben. Shawn berichtet Woody und Jordan, dass er einen dringenden letzten Wunsch hat: Er möchte noch einmal seine Tochter Emma wiedersehen, die seit neun Jahren verschwunden ist. Jordan setzt alles daran, die junge Frau ausfindig zu machen und findet heraus, dass Emma damals gemeinsam mit zwei Komplizen einen Raubüberfall in New Mexiko begangen hatte. Anschließend ist sie untergetaucht. Hat die Vergiftung Shawns etwas mit diesem lang zurückliegenden Verbrechen zu tun? Lily hat große Probleme, sich in ihrer neuen Rolle als Mutter zurechtzufinden. Die kleine Madeline weint den ganzen Tag und raubt ihrer Mutter jede Nacht den Schlaf. Lily ist völlig erschöpft. Bug, der Lily schon lange seine Liebe gestehen will, wittert seine Chance. Er fasst sich ein Herz und nimmt Lily und Madeline kurzerhand zu sich...
Vor der Küste Neuschottlands wird ein Schiffswrack geborgen. Alle Besatzungsmitglieder sind tot - ohne dass eine eindeutige Todesursache erkennbar wäre. Darum wird Macys Team beauftragt, den Fall zu untersuchen. Zunächst gilt es, die Leichen nach Boston in die Gerichtsmedizin zu transportieren - ein Unterfangen, dass unerwartet in einer Katastrophe endet: Das Flugzeug gerät in ein starkes Unwetter und stürzt mitten in den Bergen ab - mit Jordan, Garret, Nigel, Bug, Woody und Kate an Bord. Bis auf den Piloten und zwei FBI-Agenten, die vermisst werden, überleben wie durch ein Wunder alle Passagiere das Unglück, nur Nigel ist leicht verletzt. Alle haben furchtbare Angst, in den eisigen Temperaturen zu erfrieren, bevor Hilfe eintrifft. Nichtsdestotrotz beginnen sie, den mysteriösen Tod der Schiffsbesatzung zu untersuchen. Schnell stellt sich heraus, dass das Schiff offenbar von Terroristen geentert worden war, die die Charleston Bridge in die Luft sprengen wollten. Das hätte den Tod tausender Menschen zur Folge gehabt ...