Ein Monat ist vergangen, seit das CSI-Team bei der Gedenkveranstaltung für ihre verstorbene Kollegin Jessica Angell in den Kugelhagel unbekannter Schützen geraten war. Danny wurde bei der Schießerei so unglücklich von einer Kugel getroffen, dass er seitdem im Rollstuhl sitzt. Seine Chancen, jemals wieder laufen zu können, liegen bei nur zehn Prozent. Umso hellhöriger wird er, als sich eines Abends eine anonyme Anruferin bei ihm meldet und behauptet, Informationen über die Schießerei und die Täter zu haben.
Der Geschäftsmann Aaron Dexter aus Philadelphia wird in der Bronx erschossen. Mac und sein Team finden heraus, dass sich ein unbekannter Hacker Zugang zu Dexters Navigationssystem verschafft hatte. Dadurch war Dexter unwissentlich in den gefährlichen Stadtteil geraten. Doch noch bevor die Ermittler ein mögliches Motiv für den Hackerangriff ausmachen können, geschieht ein zweiter Mord. Der Arzt Dr. Jeff Evans erliegt in einem Restaurant einem allergischen Schock. Auch hier scheint wieder der mysteriöse Hacker am Werk gewesen zu sein. Denn sowohl der Hinweis des Kellners an die Küche, als auch der Notruf wurden elektronisch abgeblockt. Wenig später bekennt sich ein Mann, der sich selbst Grave Digger nennt, per Telefon zu den Anschlägen. Da der Unbekannte während seines Anrufs ausgesprochen schwer atmet, glauben die Detectives, dass es sich um einen schwerkranken Mann handelt. Lindsay gelingt es durch ihre Recherchen, eine Verbindung zwischen den beiden Mordopfern herzustellen: Dr. Evans arbeitete als Onkologe in einem Krankenhaus, das zu der Unternehmensgruppe gehört, für die auch Aaron Dexter tätig war. Die Vermutung liegt nahe, dass es sich bei den Morden um eine Racheaktion eines sterbenskranken Patienten handelt. Als sich der Verdächtige abermals bei der Polizei meldet, bringt er Macs Vater ins Spiel. Dieser war vor fast zwanzig Jahren nach langem Leiden an Lungenkrebs gestorben ...
Auf Ellis Island wird ein Toter gefunden, der sich offensichtlich erhängt hat. Am Tatort findet sich ein Kompass, dessen Zeiger Richtung Süden weist und in dieser Position fixiert wurde. Als das Team mit einem ähnlich gelagerter Fall am anderen Ende der Stadt konfrontiert wird, bei dem ebenfalls ein Kompass involviert ist, müssen die Ermittler von einem Serientäter ausgehen.
Der erfolgreiche Geschäftsmann Kevin Carter wird mit siebzehn Messerstichen in seiner eigenen Wohnung erstochen. Carters Ehefrau Deborah gesteht den Mord. Nachdem Kevin von einer längeren Geschäftsreise zurückgekommen sei, hätte sie sich auf ein gemeinsames Abendessen gefreut. Doch dann habe sie in Carters Jackentasche einen Ring und einen Liebesbrief von einer anderen Frau gefunden und habe ihren Mann aus Eifersucht und Rache ermordet. Der Fall scheint zunächst klar. Doch dann geben die DNA-Analysen der am Tatort sichergestellten Spuren Mac und seinem Team Rätsel auf. Denn an einem abgebissenen Brötchen und der Tatwaffe - einem Küchenmesser - wird DNA gefunden, die eindeutig nicht von Deborah stammt. Hawkes findet heraus, dass diese DNA, die von einer unbekannten, brünetten Frau stammen muss, mit Proben aus 21 weiteren Mord- und Raubüberfällen aus drei verschiedenen Bundesstaaten übereinstimmt. Eine fieberhafte Suche nach der Serientäterin beginnt, bei der auch überraschende Details über das Leben von Kevin Carter ans Licht kommen ...
Der junge Streetdancer Jesse Lewis und seine Freundin Brooke Hallworth werden in einem Hotelzimmer Opfer eines Überfalls. Nachdem Jesse zuvor bei einem Tanzwettbewerb gewonnen und ein Preisgeld in Höhe von 10.000 Dollar kassiert hatte, wollte er mit Brooke feiern. Doch plötzlich drang ein maskierter Mann in das Zimmer ein, schoss auf Jesse und schlug Brooke nieder. Während Jesse seiner schweren Verletzung erliegt, überlebt Brooke den Anschlag. Sie kann sich jedoch aufgrund einer Amnesie nicht mehr an den Vorfall erinnern. Mac und sein Team ermitteln im Umfeld der Streetdancer und erfahren, dass der Tänzer Dot com, ein Konkurrent Jesses, sich kurz vor dem Überfall einen heftigen, handgreiflichen Streit mit Jesse geliefert hatte. Er scheint jedoch trotzdem nicht der Mörder zu sein. Die weiteren Ermittlungen ergeben, dass Brooke und Jesse vor einiger Zeit schon einmal überfallen wurden. Darum begeben sich die Detectives auf die Suche nach diesem Räuber. Hat er nocheinmal zugeschlagen? Neben dieser Frage beschäftigt Mac vor allem eine Frage: Woher stammt die Munition, mit der Jesse erschossen wurde? Es handelt sich nämlich um eine Spezialmunition, die die Ermittler endlich auf eine heiße Spur bringt ...
Auf einem Parkplatz wird die blutüberströmte Leiche eines jungen Mannes entdeckt. Es handelt sich um den Finanzberater Martin Stafford. Als das CSI-Team am Tatort eintrifft, ist Hawkes geschockt: Er hatte den Mann wenige Stunden zuvor wegen Nasenblutens behandelt. Auf den Notruf von Staffords Begleiterin hatte er aggressiv reagiert, da es sich seiner Meinung nach um keine ernsthafte Erkrankung handelte. Nun macht er sich schwere Vorwürfe, da er glaubt, dass er Staffords Tod hätte verhindern können. Leider scheint es nun unmöglich, die junge Frau, die bei Stafford war, ausfindig zu machen. Bei der Obduktion kann Sid weder äußere Verletzungen feststellen, noch findet er Spuren eines Giftes. Und noch etwas gibt ihm Rätsel auf: Am Bein des Opfers klebt eine Nudel, die bei genauer Untersuchung einen Fingerabdruck offenbart und an der ein Haar hängt, das nicht vom Opfer stammt. Dadurch kommt Macs Team auf die Spur einer Veranstalterin für außergewöhnliche Partys. Die Teilnehmer dieser Partys beschmieren ihre Körper mit Essen und lassen sich dabei filmen. Martin Stafford war allerdings kein einziges Mal bei einer solchen Party. Dafür allerdings seine Begleiterin aus dem Park, die über ein Schmuckstück endlich ausfindig gemacht werden kann. Doch als Mac und Hawkes zur Wohnung der Frau fahren, erwartet sie eine böse Überraschung ...
[2. Teil des CSI:Miami/CSI:NY/CSI Crossover] Nachdem ein LKW einen Unfall auf dem Highway hatte, wird in der Ladung die Leiche eine jungen Frau gefunden. Dr. Sid Hammerback stellt bei der Obduktion fest, das ihre Leber entfernt wurde, und der Blutverlust die Todesursache war. Alles deutet auf Schwarzmarkt-Organhandel hin. Lindsay und Danny finden im Führerhaus Spuren einer weiteren jungen Frau, Madeline Briggs. Diese ist den Urinspuren nach schwanger. Adam kann außerdem Fingerabdrücke von dutzenden vermisster junger Frauen aus dem ganzen Land feststellen, die zur Prostitution, Leihmutterschaft oder zum Organhandel missbraucht wurden, und deren Körperteile dann im ganzen Land verstreut entsorgt wurden. Der LKW-Fahrer, ein Ex-Häftling namens Casey Steele, ist vom Unfallort geflohen. Mit vorgehaltener Waffe zwang er einen Autofahrer ihn und seine Geisel mitzunehmen. Danach hat er ihn angeschossen und seine Geldbörse und das Mobiltelefon geklaut. Stella und Mac bekommen einen Videotelefonanruf aus Miami von Ray Langston, der auf der Suche nach der vermissten Madeline Briggs ist. Sie klären ihn über ihre Erkenntnisse auf und laden ihn ein in New York an der Suche nach Madeline teilzunehmen.
Auf einer Firmenfeier an Bord eines Bootes erscheint ein ehemaliger Mitarbeiter und richtet eine Waffe auf seinen Ex-Chef. Die Situation ändert sich schlagartig, als ein Körper von einer Brücke auf das Schiff stürzt und den Schützen unter sich begräbt. Vorerst wird von einem Selbstmörder ausgegangen, der sich in die Tiefe gestürzt hat. Als jedoch auf dem Grund des Flusses ein Kompass aufgefunden wird, sind sich die Ermittler sicher, mit einem weiteren Opfer des Kompass-Killers zu tun zu haben.
Mac und seinem Team ist es bisher nicht gelungen, den psychopathischen 'Kompass-Killer' ausfindig zu machen, der bereits drei Menschenleben auf dem Gewissen hat und so genannt wird, da er jedes Mal einen Kompass bei seinen Opfern hinterlässt. Zumindest war es Stella gelungen, die Identität des gefährlichen Mörders zu klären: Es handelt sich um einen gewissen Hollis Eckhart, der in einer Klinik wegen eines posttraumatischen Stresssyndroms und Schizophrenie behandelt worden war. Offenbar konnte Eckhardt die Ermordung seiner Frau vor zwei Jahren nicht verkraften und fing daraufhin an, selbst zu morden. Mac und Flack hatten Eckhart bis zum Gelände der Weltausstellung verfolgen können. Dort hat sich der Gesuchte jedoch scheinbar in Luft aufgelöst. Nun suchen die Detectives im unterirdischen Tunnelsystem, das sich unter der Weltausstellung befindet. Hier stoßen sie zwar nicht auf Eckhart, jedoch auf seinen Unterschlupf, in dem sich weitere Briefe von Eckhart finden. In ihnen scheint der verwirrte Mörder wahllos Menschen für den Tod seiner Frau verantwortlich zu machen. Leider ist es unmöglich, anhand dieser Aufzeichnungen Eckharts mutmaßliches nächstes Opfer zu erraten. Doch dann fällt Hawkes auf, dass der Todestag von Eckharts Frau mit einem besonderen Phänomen in New York zusammenfällt, das 'Manhattanhenge' genannt wird ...
Ein anonymer Notruf führt das CSI-Team in ein Penthouse in Manhattan, das einst dem Erfinder Sam Harding gehörte. Dort machen die Detectives einen ebenso grausigen wie rätselhaften Fund: Auf dem Boden des Wohnzimmers liegt die nahezu perfekt mumifizierte Leiche eines Mannes. Sid untersucht bei der Autopsie das Gebiss der Mumie und kommt zu dem Schluss, dass es sich um eine Prothese handelt, die vermutlich 1917 angefertigt wurde. Das Datum des Todes schätzt der Gerichtsmediziner auf 1923. Gestorben ist der Mann an elf Stichen in die Brust. Da der Besitzer der Wohnung, Sam Harding, aber bereits vor 30 Jahren an einer Lungenentzündung gestorben ist und ordnungsgemäß bestattet wurde, stellt sich die Frage, um wen es sich bei dem Toten handelt. Außerdem ist völlig unklar, wer der anonyme Anrufer war, der die Polizei überhaupt erst auf die Spur der Mumie brachte. Durch eine Rekonstruktion des Gesichts des Toten gelingt es schließlich, diesen zu identifizieren. Es handelt sich um den Finanzberater Walter Jones, der sich durch riskante Spekulationen viele Feinde gemacht hatte. Unter anderem hatte er Sam Harding nicht nur um dessen gesamtes Vermögen, sondern auch dessen Ansehen gebracht. Mac und sein Team folgern daraus, dass Harding Jones aus Rache erstochen haben könnte. Damit ist aber immer noch nicht die Frage geklärt, wer der anonyme Anrufer war. Fingerabdrücke auf einer zerbrochenen Scheibe im Penthouse von Harding führen die Tatortermittler schließlich auf die Spur eines gewissen Richard Lawson. Er hatte den Notruf offenbar direkt am Tatort getätigt, dabei um Hilfe gefleht und gesagt, sein Leben sei in Gefahr. Auf den Verdacht hin, dass Lawson sich womöglich noch immer in dem Penthouse befinden könnte, nehmen Mac und Stella die Wohnung noch einmal genauer unter die Lupe. Doch was sie dann entdecken, hätte wohl niemand ahnen können: Harding hatte seine Wohnung offenbar in ein regelrechtes Gruselkabinett mit versteckten Todesfallen, geheimen Türen und hermetisch abgeriegelten Zimmern verwandelt.
In dieser Folge von CSI:NY, in der die Zuschauer die bekannten Ermittler sogar als Elfen des Weihnachtsmanns verkleidet zu sehen bekommen, geht es nicht nur vorweihnachtlich-besinnlich zu. Gleich drei amerikanische Fernseh-Starlets sind diesmal mit von der Partie: Reality-Soap-Darstellerin Kim Kardashian, die neben Paris Hilton und Lindsay Lohan zu Hollywoods berühmt-berüchtigtsten Party-Girls zählt und die einstige Miss Teen USA, Vanessa Minnillo, übernehmen die Rollen zweier bitterböser Geliebten. MTV-Moderatorin LaLa Vazquez spielt in einer Gastrolle die Blumenverkäuferin Lisa Williams.
Die 18-jährige Christine Reynolds ist auf brutale Weise erstochen worden. Ihrem mutmaßlichen Mörder, Antonio Reyes, wird vor Gericht der Prozess gemacht. Doch plötzlich nimmt der im Grunde eindeutige Fall eine überraschende Wendung, die so wohl niemand hätte erahnen können und die vor allem Mac fassungslos macht: Denn der an der Verhandlung beteiligte Staatsanwalt der Anklage, Craig Hansen, hat offenbar Beweise am Tatort manipuliert. Er war zuvor in seinem Schlafzimmer zu Hause auf ein fremdes Feuerzeug gestoßen. Da er daraus schloss, dass ihn seine Ehefrau mit einem anderen Mann betrügt, fasste er einen selbstsüchtigen Entschluss: Er schmuggelte das Feuerzeug an den frischen Tatort, wohl wissend, dass das forensische Labor schnellstmöglich den Besitzer ausfindig machen würde. Als das Gericht von den gefälschten Beweisen erfährt, muss es den Angeklagten Antonio Reyes wohl oder übel gegen Kaution auf freien Fuß setzen.
Kristen Melvoy, einer der Stars des New Yorker Unterwäsche-Footballteams, wird nach einem wichtigen Spiel tot im Whirlpool der Mannschaftsumkleide gefunden. Todesursache war offenbar eine allergische Reaktion auf das Betäubungsmittel Lidocain. Zu diesem Ergebnis führen die Obduktion der Leiche und eine am Tatort gefundene Injektionsspritze, in der Spuren des Medikaments sichergestellt werden können. Mac und sein Team stehen damit vor der schwierigen Aufgabe, den Täter ausfindig zu machen - denn der Kreis der Verdächtigen ist nicht gerade klein. Der Verdacht fällt zunächst auf den Trainer des Frauen-Footballteams, Alex Martin, denn er ist wegen des Handels und der Verabreichung verbotener Dopingmittel bereits einschlägig vorbestraft. Außerdem war bekannt, dass zwischen der Toten und ihrer Mannschafskollegin Meredith Muir eine ausgeprägte Rivalität bestand und die beiden sich feindselig gegenüberstanden. Die Ermittler finden zudem Merediths Fingerabdruck auf einem abgerissenen Foto.
Das CSI-Team wird zu der Leiche einer jungen Frau gerufen, die im verschneiten Central Park von New York aufgefunden wurde. Bei der ersten Untersuchung des Tatorts fällt den Ermittlern sofort eine mysteriöse, kreuzförmige Narbe am Handgelenk des Opfers auf. Außerdem wurde der Frau offenbar ein Teil des Ohrläppchens abgebissen. Beides jedoch ist nicht die Todesursache. Denn die weiteren Ermittlungen ergeben, dass die Tote, Estelle Christensen, nach einem gezielten Stich in den Hals verblutete. Von der Tatwaffe hingegen fehlt jede Spur.
Bei einem Sponsorenrennen auf den Straßen von Manhattan kommt es zu einem verheerenden Unfall: Nach einem Boxenstopp explodiert plötzlich das Fahrzeug von Rennlegende Davi Santos. Dieser wird daraufhin mit schwersten Verletzungen in ein Krankenhaus gebracht. Mac vermutet einen Sabotageakt - zumal Santos in der Rennfahrerszene nicht gerade beliebt ist und viele Neider hat - und lässt die Überreste des Wagens von seinem Team akribisch untersuchen. Dabei erhärtet sich der Verdacht: Die Benzinleitung wurde manipuliert.
In einem Hotelzimmer werden vier junge Menschen beim Feiern kaltblütig ermordet. Zunächst fällt der Verdacht auf einen Freund der männlichen Opfer, den die Polizei blutüberströmt, desorientiert und mit einer Axt in der Hand auf der Straße aufgreift. Als jedoch klar wird, dass der Mann zum Tatzeitpunkt unter LSD-Einfluss gestanden hat und sich nur bruchstückhaft an die Nacht erinnern kann, macht sich das CSI-Team daran, den Fall minutiös zu rekonstruieren. Dabei kommt so manche Überraschung ans Tageslicht.
Am Abend des 'St. Patrick's Day' werden zwei Männer brutal umgebracht. Da es sich bei einem Opfer um den Journalisten Michael Paley handelt, der für seine brisanten Enthüllungsreportagen bekannt ist, vermutet das CSI-Team, dass der Mord mit einem seiner Undercover-Einsätze zu tun haben könnte. Als sich schließlich herausstellt, dass auch der zweite Tote für Paley gearbeitet und heimlich in einem Betrugsfall ermittelt hat, versuchen Mac und seine Truppe, deren Recherchen zu rekonstruieren.
Im Falle der toten Marina Garito deutet zunächst alles auf Selbstmord hin. Stella jedoch kann und will dies nicht glauben, zumal die Verstorbene für sie keine Unbekannte ist: Seit Jahren beschäftigt sich Stella mit dem ungeklärten Verschwinden von Marinas Zwillingsbruder, der allem Anschein nach ermordet wurde. Stella überzeugt das Team schiließlich, den Tatort erneut zu untersuchen. Noch ahnt sie nicht, was sie dort erwartet.
Der verurteilte Mörder Reggie Tifford wartet im Todestrakt des Gefängnisses auf seine Hinrichtung. Am Abend vor seiner Exekution verlangt er jedoch, Dr. Sheldon Hawkes vom New Yorker CSI zu sprechen. Er gesteht ihm, vor Jahren dessen Schwester Maya getötet zu haben und bittet ihn aus Reue, seiner Hinrichtung als Zeuge beizuwohnen. Doch als das Todesurteil wenig später vollstreckt werden soll, bricht einer der Aufseher plötzlich unter heftigen Krämpfen zusammen.
Bei den Arbeiten auf einer New Yorker Baustelle tritt plötzlich eine große Menge Blut zu Tage. Mac und sein Team finden daraufhin in der Baugrube die übel zugerichtete Leiche eines Mannes, die im Zement begraben wurde. Doch eine andere Beobachtung gibt den Ermittlern ein noch viel größeres Rätsel auf: Der Mann im Zement trägt die Kämpfermontur eines antiken Gladiators.
Der Teenager Nicky Harris wird mit einer gefährlichen Schussverletzung am Bauch in ein Krankenhaus eingeliefert. Begleitet wird er von seinem jüngeren Bruder Sam, der zwar dabei war, als Nicky angeschossen wurde, jedoch zum Geschehen keine genaueren Angaben machen kann. Er kann sich daran erinnern, dass ein Mann sie überfallen und seinem Bruder dabei eine goldene Uhr gestohlen hat, die ein Geschenk ihres verstorbenen Vaters war.
Nach einem Sturz möchte Mac seine Rippenbrüche am liebsten in Ruhe zu Hause in seiner Wohnung auskurieren - doch plötzlich sieht er sich mit unerwarteter 'Heimarbeit' konfrontiert: Denn im Haus gegenüber geschehen merkwürdige Dinge. Zunächst beobachtet er, wie zwei Männer einen Aktenkoffer austauschen, aus dem einer der Männer schließlich einen geheimnisvollen Behälter mit einer Flüssigkeit entnimmt.
Die Ermittler folgen einer Spur von Shane Casey und erkennen, dass er Danny, der mit Lindsay und deren Tochter verreist ist und Urlaub macht ins Visier genommen hat. Shane Casey fällt den Leuchtturm hinunter, überlebt aber und bricht in die Wohnung der Messers ein und bedroht Lucy mit einer Waffe. Am Schluss hört man nur noch einen Schuss. Man weiß aber nicht wer geschossen hat.