Florenz in den 70er-Jahren des 15. Jahrhunderts: Der junge Leonardo da Vinci, unehelicher Sohn einer Magd und eines Florentiner Notars, geht bei dem berühmten Bildhauer Andrea del Verrocchio in die Lehre. Als der mächtige Lorenzo di Medici dort auf ihn aufmerksam wird, erhält der junge Künstler den Auftrag, dessen Mätresse Lucrezia Donati zu porträtieren. Es kommt zu erotischen Verwicklungen zwischen Maler und Modell, doch Leonardo ahnt nicht, dass Lukrezia kein ehrliches Spiel spielt: Sie spioniert vielmehr in Florenz für Da Riario, den Neffen des Papstes Sixtus IV. Was Leonardo jedoch mehr zu denken gibt, ist die Begegnung mit dem jungen Türken Al-Rahim. Der ist ein Mitglied des Geheimbundes "Bruderschaft der Söhne Mithras" und fordert Leonardo auf, die Leiche eines kürzlich gehängten Mannes an sich zu bringen, um dessen "Sitz der Seele" zu finden, die ihn schließlich zu einem mysteriösen "Buch der Blätter" führen soll.
Leonardo setzt seine Suche nach dem „Buch der Blätter“ fort. Der Neffe des Papstes reist an um seinen Spion zu treffen. Das Misslingen von Leonardos Kriegskonstruktion, führt zu einem Zerwürfnis mit den Medicis und der Papst erfährt von da Vincis Talenten.
Riario erörtert seine Niederlage mit dem Papst und einem mysteriösen Gefangenen. Fälle von dämonischer Besessenheit in einem Kloster werden den Medicis zugeschrieben, doch Leonardo macht sich auf die Suche nach einer rationalen Erklärung.
Becchi wird verhaftet und beschuldigt, ein Spion Roms zu sein. Die Armeen Roms und Florenz' stehen sich gegenüber und Leonardo offenbart seine neueste Waffe.
Lorenzo beauftragt Piero da Vinci, seinen unehelichen Sohn Leonardo, mit dem er zerstritten ist, vor Gericht zu verteidigen. Doch während einer Darbietung anlässlich eines Besuchs am Königshaus überrascht Leonardo den korrupten Richter. Zurück in seiner Werkstatt angekommen, wird Leonardo von dem Türken erwartet.
Ein Hinweis des Türken zum "Buch der Blätter" führt Leonardo in die Walachei, wo er auf Vlad Dracula trifft. Lorenzo und Piero treffen den Herzog von Urbino. Die Suche nach dem wahren Spion geht weiter.
Leonardo konstruiert einen Unterwasseranzug und nutzt den Weg über die Kanalisation, um in den Vatikan zu gelangen, wo er den Papst und den mysteriösen Gefangenen trifft. Giuliano enthüllt die wahre Identität des Spions von Rom.
Die Pazzis planen, Lorenzo und Giuliano am Ostersonntag zu ermorden. Der Türke erzählt Leonardo, wo er das ¿Buch der Blätter¿ finden kann. Lucrezia legt ein Geständnis ab, während Leonardo alles daran setzt, die Medicis zu retten.