Als sein Mentor Peter Solomon entführt wird, muss sich der junge Harvard-Professor Robert Langdon einer Reihe von mysteriösen Rätseln widmen. Dabei unterstützen ihn seine Kenntnissen über Geschichte und Symbole, sowie Solomons Tochter und andere Verbündete.
Robert und Katherine erhalten Hilfe von einem alten Freund und versuchen das nächste Rätsel zu lösen. Peter hat mit Visionen aus der Vergangenheit zu kämpfen und versucht zu fliehen.
Die CIA geht einer heißen Spur nach. Robert und Katherine bitten Nuñez um Hilfe. Sato verhört Bellamy und bekommt zunehmend Druck von ihren Arbeitgebern.
Langdon widmet sich auf Anweisung von Mal'akh dem nächsten Hinweis allein. Katherine sucht gemeinsam mit Sato weiterhin ihren Vater.
Nachdem Mal'akh ein verstörendes Video von Peter sendet, sieht sich Langdon gezwungen, sich mit Katherine und Sato wieder zu vereinen. Nuñez folgt einer eigenen Spur.
Um die Hinweise entschlüsseln zu können, setzt Mal'akh Langdon und Peter unter Druck. Katherine, Nuñez und Sato versuchen einen Fehler wiedergutzumachen.
In die Ecke getrieben erzählt Mal'akh von Zachs letzten Tagen im Gefängnis. Langdon und Katherine befassen sich, nach ihrer Wiedervereinigung, mit ihrer Vergangenheit.
Katherine und Langdon befürchten, dass Katherines Mutter in Gefahr sein könnte, und überreden Isabel daraufhin, sich selbst zu schützen. Peter geht erneut eine Verbindung mit seinen Leviathan-Kollegen ein.
Langdon, Katherine, Nuñez und Peter finden einen Hinweis, woraufhin sie sich mit Sato und ihren CIA-Kollegen verbünden, um Mal'akh in die Irre zu führen. Im Laufe der Nacht findet die Enthüllung des wahren Rätsels statt.
Mal'akhs Plan befindet sich in der letzten Phase. Peter und Langdon stellen Überlegungen an, wie sie Katherine retten können, während Nuñez und Sato versuchen die Waffe zu verstehen.