Obwohl Logan selbst miterlebt hat, wie Max von Manticore-Einheiten getötet wurde, beschleicht ihn immer noch das seltsame Gefühl, sie könne noch am Leben sein. Also versucht er immer hartnäckiger und verzweifelter, den geheimen Standort von Manticore aufzuspüren. Durch einen Überfall auf das Veteranen-Amt, bei dem ihn die Aktivistin Asha mit ihren Freunden unterstützt, erfährt er immerhin, dass das gesamte Manticore-Budget über die Bücher der Veteranen-Verwaltung läuft..
Nachdem sie wieder auf der Bildfläche erschienen ist, wird die totgeglaubte Max von ihren Freunden beim Kurierdienst "Jam Pony" überschwänglich begrüßt und wieder aufgenommen, auch wenn sie Normal erst beweisen muss, dass sie wegen einer Herztransplantation eine dreimonatige Auszeit genommen hat. Währenddessen wird über alle Nachrichtensender die Meldung verbreitet, dass eine terroristische Gruppe mit dem Namen "S-one-W" einen Brandanschlag auf ein Veteranenkrankenhaus in den Bergen unternommen hat, bei dem viele Patienten ums Leben gekommen sind. Die Wahrheit über Manticore wird jedoch ebenso verschwiegen wie die Tatsache, dass viele genmanipulierte Mutanten nun frei herumlaufen..
Seit ihrem Untertauchen versuchen die transgenetischen Wundersoldaten von Manticore, sich ihr Essen irgendwie zusammen zu stehlen oder zu verdienen. Alec hat es dabei unter dem Kampfnamen "Monty Cora" bis zur großen Attraktion in einem Underground-Catcherzirkus gebracht, ist dadurch aber ins Visier von White und seinen Leuten geraten. Um seinen Kopf zu retten, macht er White den Vorschlag, ihm bei der Suche nach den Manticore-Wesen zu helfen. Damit er sich nicht gleich aus dem Staub machen kann, wird ihm aber ein Sprengsatz in den Hinterkopf implantiert, der nach genau 24 Stunden explodiert, es sei denn, er hat bis dahin die Strichcodes von dreien seiner Freunde abgeliefert - als Beweis dafür, dass sie tot sind..
In Chinatown treten serienweise seltsame Infektionsfälle auf, denen zahlreiche Menschen zum Opfer fallen. Gerüchten nach soll einer der aus Manticore geflohenen Mutanten die Epidemie ausgelöst haben. Tatsächlich wird Detective Sung kurz darauf in ein Hotel nach Chinatown gerufen, wo er irrtümlich ein schwer entstelltes transgenetisches Wesen erschießt, das kurz zuvor noch den Sohn des Hoteliers gerettet hat. Es stellt sich heraus, dass das Wesen völlig harmlos war. Unterdessen weiß niemand so recht, woran die Verstorbenen eigentlich gestorben sind. Es steht lediglich fest, dass es sich nicht um eine gewöhnliche Infektion gehandelt haben kann und alle Opfer einem genetisch veränderten Erreger ausgesetzt waren..
Es ist Halloween. Weil die Straßen ohnehin von Geistern und Monstern beherrscht werden, möchte Joshua sein Versteck verlassen und ein wenig die Freiheit genießen. Doch Max schlägt ihm seine Bitte ab, gemeinsam Halloween zu feiern, nicht zuletzt aus Eigennutz, denn auch sie möchte ein "nettes, ganz normales" Halloween-Fest verbringen. Dennoch hat sie ein schlechtes Gewissen, weil sie ihren Freund hängen lässt. Während sie sich zu Hause für den Abend mit ihrem Verehrer Rafer fertig macht, schläft sie in der Badewanne ein und hat einen schrecklichen Alptraum: Sie träumt von dem transgenetischen Gummimonster Sally, das anstelle von Knochen eine unzerbrechliche Knorpelmasse im Körper hat, die sich leider manchmal verdreht. Max und Joshua versuchen, Sally den Kopf wieder gerade zu rücken und reißen ihn dabei ab. Von Knallfröschen aufgeschreckt, stürmt der Körper davon und Max und Joshua bleiben mit Sallys Kopf zurück. Und es kommt noch schlimmer: Mit Hilfe von Katzenfrau Katarina und Echsenmix Dieter finden die beiden heraus, dass Sally mit einem Mordauftrag nach Seattle gekommen ist und der Körper nun dabei ist, den Anschlag allein auszuführen. Zielperson ist der angesehene Geistliche Pater McAllister...
Max hat wieder einmal Schwierigkeiten mit Alec, der ihr einen lukrativen Diebstahl gründlich versaut und sich dann auch noch um einen Job beim "Jam Pony"-Kurierdienst bewirbt. Weil Normal ihn als den bekannten Boxer "Monty Cora" identifiziert, nimmt sie ihn in die Reihen des Kurierdienstes auf, obwohl das Max alles andere als recht ist. Als Alec am späten Abend ausgerechnet Sketchy darum bittet, für ihn ein Päckchen in Sektor Vier auszuliefern, wird Sketchy bei der Ausführung dieses Jobs prompt böse verdroschen. Das lässt Alec natürlich nicht auf sich beruhen: Er fährt in das Viertel, sucht die Übeltäter und mischt sie kräftig auf. Außerdem nimmt er ihnen 500 Dollar ab, die er später Logan als Entschädigung für das Geld gibt, das er für Alecs Behandlung beim Arzt aufgebracht hat..
Max' Bruder Zack, der sich seinerzeit "geopfert" hat, damit seine Schwester sein Herz bekommt, taucht plötzlich wieder auf. Er lebt bei einer Steelhead-Bande, aus der ihn Max unbedingt mit Hilfe von Alec herausholen möchte. Dummerweise erkennt Zack seine Schwester zunächst nicht und will auf sie schießen. Doch als sie ihn mit seinem Namen anspricht, zögert er, als könne er sich plötzlich wieder an etwas erinnern. Es stellt sich heraus, dass er nach seinem "Tod" in Manticore mit neuen Organen ausgestattet wurde und unter anderem einen Temporallappenersatz erhielt, der die Verbindung zwischen den Einzelheiten der im Gehirn gespeicherten Informationen herstellen soll. Tatsächlich funktioniert das auch recht gut, und nach und nach gewinnt Zack eine Menge Erinnerungen zurück, von denen jedoch nicht alle völlig der Realität entsprechen..
Plötzlich bekommt Logan am ganzen Körper Ausschlag und hohes Fieber. Max gerät beinahe in Panik, weil sie glaubt, er könne sich womöglich mit dem Manticore-Virus infiziert haben, das ihn umbringen soll. Doch dann stellt sich heraus, dass Logan nur die Windpocken hat. Derweil ist einigen Fischern eine Frau mit Kiemen ins Netz gegangen, die sie für eine Meerjungfrau halten und an den schmierigen Besitzer einer Strip-Bar verkaufen. Der stellt das seltsame Wesen in einem Aquarium aus, und als Alec die Frau in dem Wasserbecken sieht, bemerkt er sofort ihren Manticore-Strichcode am Nacken. Er will die Frau mit Max' Hilfe befreien, doch in der Bar haben Frauen keinen Zutritt. Also muss Max äußerst widerwillig als Animierdame in dem Schuppen anheuern..
Auf der Suche nach einem Bleistift, stößt Joshua auf ein paar Tuben Farbe, mit denen er ein wenig herumexperimentiert. Bei seinen Versuchen gerät etwas Farbe auf ein altes Gemälde, und als er sich bemüht, den angerichteten Schaden wieder auszubügeln, verwendet er dummerweise ein paar Papiere, die wichtige Aufzeichnungen über ein tödliches Virus enthalten. Alec dagegen findet das so entstandene neue Werk herausragend und verkauft es teuer in einer Kunstgalerie. Logan übernimmt in der Zwischenzeit einen Fall, in dem es um eine Kindesentführung geht. Wie sich zu seinem Schrecken herausstellt, ist der Vater des Kindes niemand anderes als Ames White, Logans größter Widersacher..
Die Gruppe S-One-W hat der Korruption bei der Polizei den Kampf angesagt. Doch die Polizei nimmt immer wieder Mitglieder fest. Offenbar hat sich ein Spitzel in die Gruppe eingeschlichen. Als auch Asha verhaftet wird, bittet sie Logan um Hilfe. Gemeinsam mit Max stellt Logan Nachforschungen an. Dabei stößt Max auf Brainiac, einen übergewichtigen 19-jährigen Jungen, den sie zunächst für einen Verräter hält. Doch Brainiac kann in die Zukunft sehen und Max bei der Befreiung der S-One-W-Mitglieder helfen..
Als Alec gemeinsam mit Max ein Päckchen zu einem vornehmen Haus bringt, erinnert er sich an Bruchstücke eines Auftrags, den er dort als Manticore-Soldat durchzuführen hatte. Aber erst als er nach einem Streit mit Max in Joshuas Keller Klavier spielt, fällt ihm die ganze Geschichte wieder ein: Das Haus gehörte einem Mann namens Robert Berrisford, dessen Firma Manticore belieferte. Alec sollte Berrisfords Tochter Rachel Klavierunterricht geben, um den Mann im Auge zu behalten. Eines Tages erhielt er den Befehl, Vater und Tochter durch einen Bombenanschlag zur Strecke zu bringen. Doch er hatte sich in Rachel verliebt und versucht, die beiden zu retten..
Max entdeckt in alten Manticore-Aufzeichnungen einen Hinweis darauf, wie sie das Virus, das sie in sich trägt, unschädlich machen könnte. Da das Virus, das auf sie selbst keinerlei Auswirkungen hat, bei Logan tödlich wirken würde, wünscht sie sich nichts mehr, als es endlich los zu werden. Sie begibt sich mit ihrer Entdeckung zu einem Virologen. Dieser verspricht, ein wirksames Mittel herzustellen - für 20.000 Dollar. Um das Geld zu beschaffen, überredet Max ihren Freund Alec, mit ihr einen lukrativen Diebstahl zu begehen..
Max hat sich ein paar Tage frei genommen. Sie will mit ihrer Maschine übers Land brausen, um einen klaren Kopf zu bekommen. Doch an einer Tankstelle gerät sie in eine Schießerei zwischen einem Biker und einigen Sector-Cops und wird dabei lebensgefährlich verletzt. Während Max im Harbor Lights Medical Hospital erfolgreich operiert wird, versucht das Krankenhaus-Personal, ihre Identität über die Nummern ihres Pagers festzustellen. So erfährt Logan, was geschehen ist. Sofort eilt er zu ihr und sorgt dafür, dass niemand erfährt, wer Max wirklich ist. Er lässt sie als "Linda Eastman" registrieren und bittet Dr. Carr, ihre Behandlung zu übernehmen und alle entlarvenden Untersuchungsergebnisse an sich zu nehmen. Doch ein Laborant verwechselt ihre Blutprobe und entdeckt bei der routinemäßigen Blutuntersuchung das "unbekannte Virus". Im Krankenhaus gehen alle Alarmglocken an: Das C.D.C., eine Abteilung der Gesundheitsbehörde, wird eingeschaltet und das Krankenhaus unter Quarantäne gestellt..
Eine Bande ausgeflippter Jugendlicher, die einen Strichcode im Nacken tragen, macht die Gegend unsicher. Max will die Gang zur Vernunft bringen und stellt fest, dass es sich gar nicht um Manticore-Kids handelt. Sie überwältigt ein Mädchen namens Rain und erfährt mehr: Die Bande ist abhängig von einem gewissen Marrow. Um ihm zu gleichen, ließen sie sich die Strichcodes eintätowieren. Die Gruppe lebt in einer Kirche und wird regelmäßig mit dem Blut von Marrow versorgt, dass sie süchtig und abhängig vom Willen ihres Führers macht..
Logan alias Eyes Only will dem Sparacino-Clan, der u.a. die Müllabfuhr in Seattle kontrolliert, das Handwerk legen. Dazu soll Max Dougie zur Kooperation bewegen. Der ist Sparacinos Buchhalter und soll helfen, seinen Boss, einen Soziopathen, den niemand kennt und der sich nur in Verkleidungen zeigt, zu enttarnen und an die Polizei auszuliefern. Doch Max' Auftrag erweist sich als schwieriger als erwartet, weil Dougies Geliebte, Mia, dazwischen funkt. Die Aktion droht zu scheitern, als Max herausfindet, dass Mia aus Manticore stammt und Gedanken manipulieren kann. So gelingt es Mia, Max vorübergehend auszuschalten und Mia versucht, Dougie durch einen manipulierten Boxkampf Vorteile zu verschaffen..
Sketchy ist freier Mitarbeiter bei der New World Weekly und will unbedingt Bilder von Mutanten schießen. Er wird Zeuge, wie einige Agenten einen Mutanten einfangen und abtransportieren. Alec und Cindy, die nicht zulassen wollen, dass die Öffentlichkeit von Manticore erfährt, machen den Film heimlich unbrauchbar. Sketchy ist erschüttert. Dann wird er auch noch von Whites Agenten abgeführt, die wissen wollen, was er gesehen hat. Zum Glück konnten ihm Alec und Cindy einreden, dass es sich bei dem Mutanten nur um einen Mann mit einer Halloween-Maske handelte..
Alec macht Asha klar, dass er sie nicht wiedersehen will. Er hält das Risiko einer Beziehung mit ihr für zu hoch. Auch Max will er davon überzeugen, dass es für Logan zu gefährlich sei, mit ihr zusammen zu sein. Als Logan Max versehentlich berührt, landet er wieder einmal mit einer Virusinfektion im Krankenhaus. Er braucht dringend eine Transfusion mit Transgeno-Blut, das die nötigen Antikörper enthält. Max ruft Alec an, doch der kann nicht zum Krankenhaus kommen, weil er verhaftet wird. In Joshua findet Max schließlich aber doch einen Blutspender für Logan, der sich nach der Transfusion schnell wieder erholt. Trotzdem sieht Max keine andere Möglichkeit als sich von Logan zu trennen..
Durch eine Aktion von White breitet sich langsam die Information aus, dass es Transgenos gibt. In den Medien und der Öffentlichkeit herrscht große Aufregung. Joshua geht zum Haus der blinden Annie, in die er sich verliebt hat, zu der er jedoch den Kontakt abgebrochen hat, um sie zu schützen. Dabei bekommt er Streit mit drei Halbstarken, in den auch Annie verwickelt wird. Joshua flüchtet mit Annie in die Kanalisation, um nicht als Transgeno erkannt zu werden. Ihre drei Verfolger wenden sich an die Medien. Als White den Hass gegen die Transgenos zusätzlich schürt, wird eine regelrecht Jagd auf Joshua und Annie gemacht. Als Annie erfährt, dass Joshua sie belogen hat, ist sie zunächst empört, hat dann jedoch Verständnis für seine schwierige Situation. Annie bittet ihren Freund, sie zurückzulassen, um sich in Sicherheit zu bringen. Doch Joshua will seine Freundin nicht im Stich lassen. Damit setzt er jedoch unwissentlich Annies Leben aufs Spiel...
Schwierige Zeiten für Max: Die Regierung hat ein Komitee unter Senator McKinley ins Leben gerufen, das den Gerüchten um die entflohenen Mutanten auf den Grund gehen soll. Außerdem hat sie keinen Kontakt mehr zu Logan, und ihr Freund Joshua hat sich von ihr zurückgezogen. Entgegen ihrem Rat geht er in die verseuchte Terminal City, wo noch andere Transgenetische Zuflucht gesucht haben. Zu allem Überfluss stößt der Special Agent White auf der Suche nach Max auf ihre Doppelgängerin, ein Klon namens Sam. Getarnt als Ehefrau und Mutter war Sam bis zur Zerstörung Manticores als Geheimagentin tätig. Jetzt hält White ihren Mann und ihr Kind gefangen und erpresst Sam damit, ihre Klon-Schwester dingfest zu machen.
C.J., ein Mitglied von Whites Zuchtkult, kann während einer Katara-Zeremonie fliehen. Er taucht in Terminal City unter und trifft dort zwangsläufig Maxs Freunde, bei denen er vorgibt ein X-5 zu sein. Dann überschlagen sich die Ereignisse: Whites Leute finden eine Methode, Transgenetische von normalen Menschen zu unterscheiden. Alecs Freund Biggs wird identifiziert und von einer selbsternannten Bürgerwehr gelyncht. Offiziell wird dieses Verhalten gerügt, doch im Grunde sind White und Senator McKinley äußerst zufrieden mit dieser Reaktion. Max will versuchen, die gefangenen Transgenetischen zu befreien und vermutet dass der falsche X-5, C.J., etwas mit Whites Zuchtkult zu tun hat. Über ihn will sie an ihre Schwestern und Brüder herankommen..
In Terminal City, einem verlassenen, vergifteten Stadtteil von Seattle, sammeln sich immer mehr Transgenos, die nicht wissen, wo sie sonst leben sollen. Mole, ein Echsenartiger, und Joshua sammeln Gem, eine hochschwangere X-5, und Dalton, einen jungen X-6, auf der Straße auf. Als sie in einen Unfall verwickelt werden, erkennt man sie als "Monster" und sie fliehen in das Gebäude von Pony Jam. Dort täuscht die Gruppe eine Entführung vor, um zu entkommen. Doch bei der Flucht eröffnet eine Einheit von Kriegern aus Whites Sekte das Feuer, und die Transgenos müssen wieder in dem Gebäude verbergen. Es kommt zum Kampf zwischen Max' Freunden und Whites Kriegern, den die Transgenos für sich entscheiden können. Unterdessen hat Normal der X-6 Gem bei der Geburt ihres Kindes beigestanden. Durch dieses Erlebnis ändert Normal, der die Transgenos immer verabscheute, seine Haltung zu den angeblichen "Monstern"..