Nolan sucht verzweifelt nach Irisa. Er gelangt an nützliche Informationen, die ihn nach Los Angeles führen. In der Zwischenzeit wurde der charmante, berechnende und ambitionierte Pottinger als Bürgermeister eingesetzt. Amanda versucht weiterhin Kenyas Tod zu verarbeiten und Doc Yewll und Datak arbeiten überraschender Weise zusammen. Stahma ist besorgt darüber, dass Alak nicht skrupellos genug ist, um Dataks Geschäfte zu übernehmen.
Als Irisa nach Defiance zurückkehrt, wird sie verhaftet. Doch Pottinger bietet Nolan an sie freigelassen. Im Gegenzug soll Nolan die Verantwortlichen für eine Explosion finden, die Pottinger fast umgebracht hat. Um an weitere Informationen über Irisa zu gelangen, verhört Pottinger Doc Ywell. Trotz Dataks Bemühungen sich mit dem Bürgermeister gut zu stellen, lässt Pottinger ihn und Doc Ywell nicht frei. Das nutzt Stahma, um weiterhin das kriminelle Familiengeschäft zu kontrollieren.
Irisas Blackouts verschlimmern sich und treiben einen Keil zwischen sie und den besorgten Nolan. Während der zunehmend misstrauische Datak nach wie vor im Gefängis sitzt, floriert das Familiengeschäft der Tarrs unter Stahmas Führung. Doch die Zeichen stehen nicht gut für sie, denn Pottinger organisiert überraschend Dataks und Doc Yewlls Entlassung aus dem Gefängnis.
Nach einem brutalen Angriff im Ödland befiehlt der aufgewühlte Pottinger Nolan, die Verantwortlichen zur Strecke zu bringen. Als einer von Rafes Minenarbeitern in die darauffolgende Jagd verwickelt wird, eskaliert die Situation. In der Zwischenzeit versucht Datak mit allen Mitteln die Kontrolle über das kriminelle Familiengeschäft zurückzugewinnen.
Ein Stalker terrorisiert Amanda (Julie Benz), doch der wahre Grund dafür betrifft nicht nur sie, sondern hat auch für Pottinger (James Murray) und Doc Yewll (Trenna Keating) weitreichende Folgen. Unterdessen versucht Datak (Tony Curran) mit Gewalt seinen Platz in der Tarr-Familie zurückzubekommen, was Christie (Nicole Muñoz) überhaupt nicht gefällt.
Nach einem Archenfall beauftragt Pottinger (James Murray) Nolan (Grant Bowler), die Bergungsarbeiten zu leiten. Doch er verfolgt dabei eigene Ziele, die das Team in Gefahr bringen, als sie es mit einer bisher unbekannten Alienrasse zu tun bekommen. Unterdessen treibt Stahma (Jaime Murray), die von den Kirchenältesten für ihre zunehmende Emanzipierung zurechtgewiesen wird, erschreckende Machtspiele. Irisa (Stephanie Leonidas) dagegen beginnt, Tommy (Dewshane Williams) ihre Geheimnisse anzuvertrauen.
Als Datak (Tony Curran) ein grotesker Mord angehängt wird, geht er eine überraschende Allianz ein. In der Zwischenzeit erfährt Irisa (Stephanie Leonidas) mehr über ihr Schicksal, nachdem sie einem geheimnisvollen Fremden begegnet.
Amanda (Julie Benz) ist überwältigt als sie erfährt, dass ihre Schwester Kenya (Mia Kirshner) noch am Leben ist. Unterdessen verhört Nolan (Grant Bowler) einen mutmaßlichen Spion des Votanis-Kollektivs, um einen Terroranschlag auf New York zu verhindern.
Nach Kenya’s unerwarteter Rückkehr steht Defiance noch immer unter Schock. Während Stahma versucht, damit zurechtzukommen, ist Doc Yewell vollauf damit beschäftigt, ihr eigenes dunkles Geheimnis zu schützen.
Nach einem Einsturz sind Amanda (Julie Benz) und Pottinger (James Murray) in einer Mine gefangen und die Bergungsarbeiten werden für Nolan (Grant Bowler) und Rave (Graham Greenes) zu einem Wettlauf gegen die Zeit.
Ein schrecklicher Mord erschüttert ganz Defiance. Amanda sieht sich gezwungen, die Ermittlungen zu übernehmen, denn Nolan sucht noch immer nach Irisa.
Irisas Fähigkeiten wachsen und Nolan muss sich beeilen, um Tommys Leben zu retten und ihren verheerenden Plan zu verhindern. Amanda erfährt unterdessen in der Stadt die schreckliche Wahrheit über den Mord an ihrer Schwester, was zum Showdown zwischen ihr und Stahma führt.
Die übernatürlichen Kräfte der Kaziri übernehmen die Kontrolle über Irisa. Ihre zerstörerischen Pläne machen Sie zum Staatsfeind Nummer eins und zwingen Nolan in einen tödlichen Wettlauf gegen die Zeit, denn sie gefährden die Zukunft der ganzen Welt. Um Irisas Leben zu retten, muss Nolan deshalb nicht nur gegen die Republik Erde, sondern auch gegen seine eigenen Freunde kämpfen.