Spider-Man wird bei den Avengers aufgenommen. Doch dann tauscht Loki mit Spider-Man den Körper und lässt es so aussehen als ob Spider-Man die Stadt verwüstet.
Spider-Man und sein Team helfen den Avengers im Kampf gegen Loki.
Flash Thompsom ist zu Venom geworden und will seine neu gewonnenen Kräfte nicht aufgeben. Denn er möchte an Spider-Mans Seite kämpfen.
Spider-Man schließt sich mit Dagger zusammen, um ihren Partner Cloak aus Dormammus Fängen zu befreien.
Spider-Man muss ein neues S.H.I.E.L.D.-Mitglied rekrutieren.
Spider-Man versucht den Geier zu rekrutieren, doch der hat andere Pläne. Er will Doc Ock besiegen, um seine Erinnerungen zurückzugewinnen.
Spider-Man versucht den im Dschungel lebenden jungen Helden Ka-Zar zu rekrutieren.
Spider-Man realizes he has inspired a whole new generation of aspiring super-heroes and wants to encourage them to have S.H.I.E.L.D. training and form a new team, the New Warriors. However, Taskmaster and his Thunderbolts stage a surprise attack on the S.H.I.E.L.D. Carrier, and the New Warriors must face their first trial by fire when they strive to prevent a breakout of the Green Goblin, Dr. Octopus, Beetle and Scorpion.
Spider-Man verfolgt den Kobold durch verschiedene Welten und Dimensionen und trifft auf andere Spider-Men bzw. Spider-Girl. Dem Kobold gelingt es, von jedem anderen Spider-Man DNS zu bekommen, aber Spider-Man bleibt ihm auf den Fersen.
Spider-Man reist weiter durch die Welten auf der Jagd nach dem Kobold. Der ist aber nicht aufzuhalten und schnappt sich eine DNS nach der anderen von alternativen Spider-Men.
Peter Parker reist weiter durch die Welten, erst durchs Mittelalter, aber auch dort kann der Kobold entkommen, und dann in eine Zukunftswelt, in der er feststellen muss, dass er schon tot ist und ein anderer Spider-Man versucht, in seine Fußstapfen zu treten. Auch aus dieser Welt kann der Kobold fliehen.
Endlich auf der richtigen Welt angekommen, versorgt sich der Kobold mit der DNS der vielen Spideys. Um das übermächtige Monster zu besiegen, holt Spider-Man alle anderen Spider-Men aus den anderen Welten zu sich. Gemeinsam gelingt es ihnen schließlich, den Kobold und auch Electro zu besiegen und alle anderen Spider-Men wieder in ihre Welt zurückzuschicken.
Peter und der Rest der neuen Superhelden beziehen ihr neues Quartier, die Akademie von S.H.I.E.L.D.. Dort sollen sie ausgebildet werden. Amadeus Cho, Iron Spider, aktiviert jedoch Arnim Zola, der alle auf Trab hält. Am Ende gelingt es ihnen jedoch gemeinsam, Arnim Zola auszuschalten.
Rhino erfährt, dass er nie wieder Alex sein wird, rastet aus und legt halb New York in Schutt und Asche. Peter Parker versucht zusammen mit Flash Thompson (Agent Venom) und Hulk, Rhino zur Strecke zu bringen, was ihnen jedoch nicht gelingt, da er einfach zu stark ist. Spider-Mann appelliert an Alex’ Gewissen und überzeugt ihn, seine Kraft als Superheld und nicht als Schurke einzusetzen.
Spider-Man and Ant Man must shrink down into Fury's body that has been infected with Doc Ock's nano-bots.
Craving Mexican food, Spidey, Power Man and Squirrel Girl sneak out after hours for a burrito. Along the way they must contend with a plot from a group of Spider-Man's enemies.
Spider-Man and Triton must stop a war between S.H.I.E.L.D. and the Inhumans.
Spidey wakes up to find his fellow classmates have been replaced by synthetic look-alikes. Not sure who he can trust, Spider-Man assembles a team to save the Academy.
Spidey is captured by Arnim Zola. With time running out, his classmates must engage Zola in a desperate fight, giving Spidey the chance to rally and break free of the madman.
Spider-Man, the Avengers and the Agents of S.M.A.S.H. battle their greatest foes for the fate of the planet. Spider-Man is chosen to be part of the Collector's team and is partnered with Hulk and Iron Man against the Grandmaster's team of villains consisting of Kraven the Hunter, Molten Man and Wendigo King.
Spider-Man is partnered with Captain America, Red Hulk and Iron Fist in a game of capture the flag against Sandman, Blastaar and Ymir. Then Spider-Man is partnered with Power Man, Black Widow and Skaar against Doctor Octopus, Absorbing Man and Zzzax in a game of last team standing but things become a problem when the Grandmaster starts changing the environment of the game.
Spider-Man teams up with Iron Spider, Agent Venom and Thor against Terrax, Attuma and Annihilus in a fight within the subway. Then Spider-Man uses Life Model Decoys to distract Grandmaster so he, Iron Spider and Agent Venom can board Grandmaster's ship to save the hostages. Can his plan succeed?
The Grandmaster has won the Contest of Champions, but Spider-Man asks for a winner take all rematch. Can Spider-Man win?