Dem Minister für Wohnungsbau und Stadtplanung, Tom Kirkman, wird vom Präsidenten ein Posten bei der ICAO angeboten, wodurch er statt in Washington, D.C. in Montreal arbeiten müsste. Seine Frau Alex ist dagegen, doch Kirkman scheint sich mit dem Verlust seines Ministeramtes schon abgefunden zu haben. Am selben Abend wird er zum „designated survivor“ erklärt, während der Präsident seine Rede zur Lage der Nation im Kapitol hält. Dieses wird durch einen Anschlag komplett zerstört. Kirkman überlebt an einem sicheren Ort und wird damit durch die Nachfolgeregelung Präsident der Vereinigten Staaten.
Die Fernsehrede hat nach Medienberichten wenig Vertrauen in den neuen Präsidenten erzeugt. Der Gouverneur von Michigan, James Royce, sagt sich von der Bundesregierung los und nimmt das Recht in die eigene Hand, indem er die Polizei anweist, wahllos Menschen muslimischen Glaubens zu verhaften. Erst als die Lage eskaliert und ein junger US-Bürger muslimischen Glaubens an den Folgen polizeilicher Übergriffe stirbt, lenkt Royce auf Druck des Präsidenten ein.
Das Weiße Haus wird Ziel eines Hackerangriffs, bei dem ein angebliches Bekennervideo von Majid Nassar, dessen Terrororganisation zuvor schon verdächtigt worden ist, übermittelt wird. Tom verlangt mehr Beweise und ordnet absolutes Stillschweigen über dieses Video an. Seine Legitimation als Präsident wird weiter in Zweifel gezogen, nachdem er in einem Interview bestätigt, dass der vorherige Präsident vorgehabt habe, ihm das Ministeramt zu entziehen.
Nassar kann in Algerien ausfindig gemacht werden; auch findet man dort baugleiche Sprengsätze, die im Kapitol eingesetzt worden sind. Tom möchte zunächst einen militärischen Schlag vermeiden, um einem seiner Agenten Zeit zur Flucht zu geben. Währenddessen unternimmt General Cochrane eigenmächtig Vorbereitungen für einen Luftschlag gegen Algerien und wird daraufhin von Tom entlassen.
Während sich die Situation in Michigan beruhigt, befiehlt Tom die Bombardierung des Lagers von Nassar, doch ist dieser bereits geflohen. Er kann kurze Zeit später in einem vollbesetzten Krankenhaus ausfindig gemacht werden. Tom setzt Navy SEALs auf ihn an, um zivile Opfer möglichst auszuschließen und ihn zu verhaften.
Tom lädt alle amtierenden Gouverneure nach Washington, D.C. ein, um ihre Zustimmung für Abgeordnetenwahlen zu erhalten. Während des Empfangs kommt es zu einem Beschuss auf das Weiße Haus durch einen Einzeltäter, der sich auf den festgenommenen Nassar beruft.
Nachdem Tom eine Leichtathletik-Auswahl vor deren Abflug nach Moskau verabschiedet hat, wird ihr Trainer dort aufgrund des Mitführens illegaler Dopingmittel verhaftet. Dieser arbeitet auch für die CIA und da die Russen darüber Kenntnis haben, verlangen sie eine gewichtige Gegenleistung für dessen Freilassung. Emily schlägt einen Ringtausch mit Saudi-Arabien vor, in dem man gegenseitig Geheimagenten freilässt.
Einen Tag vor den geplanten Kongresswahlen stellen sich nahe Kansas City, Missouri mehrere Infektionen mit Rizin heraus. Tom und sein Beraterstab befürchten, dass es bei der Wahl zu weiterer solcher Fälle kommen könnte, da das Rizin auf Wahlautomaten angebracht worden ist. Zuerst will Tom die geplante Wahl absagen, als eine Wahlhelferin an den Folgen des Giftes stirbt; er entscheidet sich jedoch um, als er einen Fernsehbericht mit der Tochter der Helferin sieht und mit dieser telefoniert.
Ein Mitarbeiter der NSA stiehlt eine Festplatte mit Daten aus der Behörde. Er veröffentlicht daraus via WikiLeaks u. a. Informationen über minderschwere Vergehen der Kabinettsmitglieder von Toms Vorgänger; außer über Tom selbst. Später kommen aber Aussagen von Emily ans Licht, in denen sie einem langjährigen Senator Lüsternheit unterstellt hat; dieser hat im neu gewählten Senat eine führende Position und will, dass Emily entlassen wird. Aaron macht sich zu dem Whistleblower auf, der in der venezolanischen Botschaft um Asyl bittet
Hookstraten kann die Abstimmung über MacLeish nicht mehr hinauszögern, obwohl sie noch auf Hannah wartet. Während sich Seth, Aaron und Emily die Berichterstattung über die Abstimmung anschauen, kommen sich beide Letztgenannten näher und küssen sich. Tom lässt den Urheber der Simulation ins Weiße Haus holen, der erklärt, nur ein ausgewählter Kreis habe Zugang zu der Datei gehabt.
Catalans Schuss verletzt den Präsidenten Kirkman zwar schwer, ist aber nicht tödlich. Da er sich jedoch einer schwierigen Operation unterziehen muss, wird Vize-Präsident MacLeish kurzzeitig ins Präsidentenamt erhoben. Während der kurzen Amtszeit, trifft er zwei kritische Entscheidungen. Secret Service Agent Mike soll im Auftrag des Präsidenten die inhaftierte Hannah befragen, um wichtige Informationen zu erhalten. Die möchte jedoch nur mit dem Präsidenten persönlich sprechen.
Hannah unterrichtet Präsident Kirkman endlich von ihren Ermittlungen. Zusammen wollen sie MacLeish zur Strecke bringen, müssen aber äußerst vorsichtig vorgehen. Sie planen, ihm eine Falle zu stellen. Kirkman entlässt sich selbst aus dem Krankenhaus, um die Geschäfte wieder aufzunehmen
Präsident Kirkman muss das amerikanische Volk vom Tod MacLeishs und dessen Ehefrau Beth informieren, ohne die Verschwörung auffliegen zu lassen. Allerdings schöpft die Presse Verdacht. Hannah findet endlich heraus, was damals mit MacLeishs Einheit passiert ist und damit die Erklärung für dessen Radikalisierung.
Politische Unruhen in einem afrikanischen Land zwingen Präsident Kirkman dazu, gemeinsame Sache mit einem unerwarteten Verbündeten zu machen. Hannahs Ermittlungen bezüglich des Attentats auf das Capitol-Gebäude nehmen derweil eine überraschende Wendung. Emily gewöhnt sich in der Zwischenzeit an ihre neue Stelle, während Aaron eine schwierige Entscheidung treffen muss.
Präsident Kirkman veröffentlicht eine neue Agenda, um einen politischen Neustart anzuregen. Alex lässt sich jedoch zu einem kontroversen Kommentar vor der Presse hinreißen, was Kirkmans Pläne zunichtemachen könnte. FBI-Agentin Hannah Wells findet sich derweil in einer gefährlichen Falle wieder, während sie der Wahrheit immer näher kommt.
Präsident Kirkman (Kiefer Sutherland) geht eine unwahrscheinliche Partnerschaft ein, während Agent Ritter (LaMonica Garrett) von FBI Agentin Hannah Wells (Maggie Q) über eine neue Bedrohung informiert wird.
Präsident Kirkman (Kiefer Sutherland) muss einen neuen Supreme Court zusammenstellen, während Hannah Wells (Maggie Q) sich auf eine Undercover-Mission begibt und Dinge herausfindet, die sie bisher für unvorstellbar gehalten hat. Seth Wright (Kal Penn) muss sich derweil mit einem Journalisten befassen, der gerade aus dem Mittleren Osten zurückgekehrt ist und eine explosive Geschichte im Gepäck hat.
Präsident Kirkman (Kiefer Sutherland) muss eine Entscheidung treffen, welche Kandidaten am geeignetsten für die Position des Vizepräsidenten wären, während sich Kimble Hookstraten (Virginia Madsen) inmitten eines handfesten Skandals wiederfindet. Wells (Maggie Q) und Atwood (Malik Yoba) kehren derweil aus North Dakota zurück und verfolgen eine neue heiße Spur. Die Nachforschungen von Abe Leonard (Rob Morrow) nehmen indes eine unerwartete Wendung.
Präsident Kirkman (Kiefer Sutherland) bereitet ein großes Gipfeltreffen zwischen zahlreichen internationalen Politikern vor, während Kimble Hookstraten (Virginia Madsen) vor ihrer bisher größten politischen Herausforderung steht und um ihre Position kämpfen muss. Alex (Natascha McElhone) überlegt derweil, ob sie die Kinder zurück nach Washington bringen sollte.
Präsident Kirkmans erster internationaler Gipfel gerät aus den Fugen, als ein Journalist einen explosiven Artikel veröffentlicht. Hannah Wells (Maggie Q) enthüllt derweil das nächste Verschwörungsziel.
Während die Verschwörer einen überraschenden Zug machen, versucht das FBI die Anführer zu verhaften. Kirkman bittet Aaron, den Verräter im Weißen Haus auszuräuchern.