Ein Unbekannter stiehlt Sprengstoff und schickt Conan auf ein grausames Katz-und-Maus-Spiel. Per Telefon gibt der Täter Hinweise, an welchem Ort sich die nächste Sprengstoffladung befindet, und Conan muss verhindern, dass Menschen zu Schaden kommen. Dabei wird es für Conan immer schwieriger, die Bomben zu finden, so dass schließlich Ran in Gefahr schwebt und selbst versuchen muss, eine Bombe zu entschärfen.
In Conans Umfeld kommt es zu mehreren rätselhaften Mordanschlägen. Zuerst wird Inspektor Megure beim Joggen von einem Pfeil getroffen, danach wird Rans Mutter Eri Kisaki um ein Haar vergiftet. Schließlich gerät Professor Agasa ins Visier der Täter und wird ebenfalls von einem Pfeil angeschossen. Conan muss den Fall so schnell wie möglich lösen, bevor aus den Versuchen gelungene Morde werden und jemand ernsthaft zu Schaden kommt.
Kaito Kid, ein Dieb und Erzfeind des Schülerdetektivs Shinichi, droht damit, ein Fabergé-Ei des Zaren Nikolaus II. aus einer Ausstellung zu stehlen. Kogoro soll den Diebstahl verhindern, doch Kaito Kid gelingt der Coup und das Ei ist verschwunden. Conan nimmt die Spur auf, doch dass während der Flucht Menschen erschossen werden, ist untypisch für den talentierten Dieb. Das weiß auch Conan und berücksichtigt diesen Fakt in seinen Ermittlungen.
Die Polizei versucht zu verhindern, dass die Öffentlichkeit Informationen über die Zunahme an Polizistenmorden bekommt. Als Kogoro, Ran, Sonoko und Conan auf einer Feier sind, wird jedoch Kommissarin Sato vor Rans Augen erschossen. Ran ist nun eine wichtige Augenzeugin, schwebt als solche aber auch in akuter Lebensgefahr. Conan muss sie beschützen und den Mörder so schnell wie möglich finden, bevor ihr auch etwas passiert.
Auf einer Baustelle treffen die Detective Boys zufällig auf Kogoro und Ran, die das neue Gebäude vor der Eröffnung besichtigen wollen. Conan hört, dass ein auffälliger und seltener Sportwagen vor der Tür steht, und ordnet diesen sofort den Männern in Schwarz zu, die ihm das Gift eingeflößt haben, das ihn schrumpfen ließ. In den folgenden Tagen benimmt Ai sich äußerst merkwürdig und es geschehen mehrere Morde.
Bei der Premiere eines Videospiels geht es für die Tester plötzlich um Leben und Tod. Das Spiel scheint ein Eigenleben entwickelt zu haben, und wenn von den 50 Kindern, die es ausprobieren, nicht mindestens eins gewinnt, sterben sie alle. Während Kogoro und die Polizei im echten Leben versuchen, das Schlimmste zu verhindern, müssen Conan, Ran und die Detective Boys als Teilnehmer ihr Bestes geben, um das Spiel zu besiegen.
Kogoro soll in Zusammenarbeit mit der Polizei einen acht Jahre zurückliegenden Diebstahl in Kyoto aufklären, der mit einer aktuellen Mordserie zusammenhängt. Die Opfer tragen alle ein bestimmtes Buch und ein Rätsel bei sich und gehörten zu einer Diebesbande. Vor Ort sind jedoch nicht nur Kogoro, Ran und Conan, sondern auch Kazuha und Heiji, der ebenfalls in dem Fall ermittelt. Sie arbeiten zusammen, um die Täter zu entlarven.
Der Meisterdieb Kaito Kid kündigt per Brief an, der Schauspielerin Juri Maki ein wertvolles Juwel zu stehlen. Diese engagiert Kogoro Mori, um den Diebstahl zu verhindern, woraufhin dieser sich unter ihre Entourage mischt und mit der Gruppe einen Privatflieger besteigt. Conan fällt dabei schnell auf, dass auch Kaito Kid an Bord des Flugzeuges anwesend ist, doch bevor er ihn enttarnen kann, kommt es zu einem Todesfall.
Bei der Jungfernfahrt eines Luxusdampfers kommt es zu mehreren Todesfällen an Bord. Kogoro, Professor Agasa, Ran, Sonoko, Conan und die Detective Boys sind Passagiere des Schiffs, und Conan beginnt sofort mit seinen Ermittlungen. Die Morde scheinen mit einem 15 Jahre zuvor verunglückten Frachtschiff der gleichen Firma in Zusammenhang zu stehen, doch schnell schweben auch Conan und seine Freunde in großer Gefahr.
Ein mysteriöser Klient zwingt Kogoro, Conan und Heiji Hattori dazu, seinen Fall zu übernehmen. Er lockt sie alle in einen Vergnügungspark, wo er Kazuha, Ran und den Detective Boys Sprengstoffarmbänder anlegen lässt, um die Detektive zu überzeugen. Dabei verrät der mysteriöse Auftraggeber aber nicht, um was für einen Fall es sich handelt. Das müssen die Spürnasen selbst herausfinden. Für die Lösung bleibt ihnen wenig Zeit.
Im Urlaub auf einer Pazifikinsel treffen Conan und seine Freunde auf eine Gruppe Schatzjäger, die auf der Suche nach einem versunkenen Palast ist. Außerdem sollen, einer Legende zufolge, zwei Piratinnen einen Schatz auf dem Meeresboden versteckt haben. Wenig später kommt einer der Schatzsucher bei einem Haiangriff ums Leben, doch Conan und Haibara haben starke Zweifel, dass der Angriff wirklich ein Unfall war.
Ein Attentäter hat es auf die Studenten einer angesehenen Musik-Akademie abgesehen, es gibt mehrere Tote und Verletzte. Conan kann eine Verbindung zwischen den Opfern herstellen und auch das vermutlich nächste Anschlagsziel identifizieren, doch die Frau lehnt Polizeischutz ab. So muss Conan versuchen, den Täter zu finden, bevor dieser sein Ziel erreichen und der Sängerin ernsthaften Schaden zufügen kann.
Die Ermittlungen in einer Mordserie führen Conan zu den berüchtigten Männern in Schwarz. Während er und die Polizei den Fall unabhängig voneinander bearbeiten, gibt es immer mehr deutliche Hinweise, dass jemand seine wahre Identität kennt und ihm schaden will. Es kommt zu einer direkten Konfrontation mit den Männern in Schwarz, die nicht nur für Conan lebensgefährlich wird, sondern auch für Ran und mehrere Polizisten.
Eine Terroristengruppe verdrängt Sonokos Onkel von den Titelseiten, was diesem nicht passt. Er kündigt an, ein wertvolles Juwel im größten Zeppelin der Welt zu transportieren. Doch auch die Terroristen schleichen sich an Bord des Luftschiffs, nehmen die Passagiere als Geisel und drohen, eine Biowaffe einzusetzen. Conan und seine Freunde wollen den Schurken natürlich das Handwerk legen, und auch Kaito Kid ist wieder mit von der Partie.
Nach einem Anschlag auf die U-Bahn von Tokyo führen die Spuren in ein kleines Bergdorf, in dem ein Junge seit acht Jahren im Koma liegt. Dieser wacht wieder auf, kann sich jedoch an nichts erinnern. Wenig später geschieht ein Mord, der mit dem Unfall des Jungen vor acht Jahren in Zusammenhang zu stehen scheint. Als Conan dabei ist, den Fall zu lösen, gerät er selbst in große Gefahr, aber auch das Bergdorf muss gerettet werden.
Ein Unbekannter droht mit Bombenanschlägen auf verschiedene Spiele der japanischen Fußballliga. Er gibt Kogoro jedoch telefonisch und per Brief Hinweise in Rätselform, mit denen die Bomben gefunden und entschärft werden können. Conan ist sich sicher, dass der Täter nur eine der Personen sein kann, die er, die Moris und die Detective Boys am Vortag bei einer Werbeveranstaltung der Liga kennengelernt haben.
Im Hafen von Maizuru wird ein verdächtiges Schiff entdeckt – vollgepackt mit Bomben. Am selben Ort freuen sich Conan und seine Freunde darauf, an Bord eines AEGIS-Kriegsschiffes zu gehen, um dort einen Tag lang öffentliche Manöver mitzuverfolgen. Der Alltag auf dem Zerstörer gestaltet sich allerdings eher langweilig – bis plötzlich ein seltsames Geräusch zu hören ist und ein unbekanntes Objekt auf dem Radar auftaucht. Conan bemerkt, dass das nicht zum Plan gehört, denn auch einige Gäste und Crewmitglieder verhalten sich verdächtig. Als im Filter des Pumpensystems zudem ein abgetrennter Arm gefunden wird, beginnt Conan mithilfe von Heiji Hattori zu ermitteln. Tatsächlich taucht auch bald die passende Leiche ohne Arm auf. Doch die Zeit zur Aufklärung ist knapp – Japan steuert bereits mit voller Fahrt auf eine nationale Krise zu …
Während der Eröffnung eines Hochhauses wird ein Gast der Feier durch einen Scharfschützen getötet. Der Verdächtige wird als ehemaliger US-Navy SEAL identifiziert und begeht einen weiteren Mord, stirbt dann jedoch selbst. Während die Polizei im Dunkeln tappt, hat Conan eine Idee, wer der Täter und wer die nächsten Opfer sind, und versucht unter Einsatz seines eigenen Lebens, weitere Todesfälle zu verhindern.
Der Firmeninhaber Jirokichi Suzuki möchte Van Goghs Sonnenblumenserie endlich vervollständigen und das siebte Gemälde bei einer Auktion in New York ersteigern. Kaito Kid nimmt Finte auf und möchte das wertvolle Stück schon beim Transport an sich reisen, indem er eine Bombe zündet. Sein Plan scheint zunächst aufzugehen, doch Conan und Shinichi Kudo schalten sich ein, um den gewieften Dieb in seinem Vorhaben aufzuhalten.
Ein Organisationsmitglied möchte an sensible Daten von Spionen der Schwarzen Organisation herankommen, die im Hauptquartier der Polizei gelagert sind. Dabei kommt es zu einer rasanten Verfolgungsjagd, bei der Schüsse fallen.
Detektiv Conan (Stimme im Original: Minami Takayama) kann gerade noch verhindern, dass sein Kollege Heiji Hattori (Ryo Horikawa) und dessen Freundin Kazuha Toyama (Yuko Miyamura), die er schon seit Kindheitstagen kennt, einem Anschlag zum Opfer fallen. Offenbar wurde der Fernsehsender Nichiuri TV, bei dem die beiden gerade Gast waren, von Terroristen als Ziel ausgewählt, darauf deuten jedenfalls einige Indizien hin. Unklar ist hingegen die Motivation des Täters, der den Anschlag auch nicht im Vorfeld angekündigt hatte. Da taucht plötzlich eine Frau namens Momiji Ooka (Satsuki Yukino) auf, die behauptet, schon seit frühester Kindheit mit Heiji verlobt zu sein. Schnell stellen der und Conan jedoch fest, dass Momiji kurz vor dem Attentat am Tatort gesichtet wurde. Kann es sein, dass sie etwas damit zu tun hatte? Und können Conan und Heiji den Fall rechtzeitig aufklären?
In Tokio kommt es zu einer gewaltigen Explosion in der Edge Of Ocean-Einrichtung. Kogoro Mori wird verdächtigt und festgenommen. Conan will dessen Unschuld beweisen und beginnt zu ermitteln. Dabei werden ihm jedoch Steine in den Weg gelegt.
