Der Oberschüler Shinichi Kudo hat ein großes und ehrbares Vorbild: Sherlock Holmes, den Meisterdetektiv, geschaffen von dem Romanschriftsteller Sir Arthur Conan Doyle. In der Tat klärt Shinichi Kudo häufig in Zusammenarbeit mit Kommissar Megure, von der örtlichen Polizei, Kriminalfälle auf. Shinichi Kudo ist über seine Schule hinaus bekannt und besonders bei den Mädchen sehr beliebt. Der Vater seiner Freundin Ran Mori, Kogoro Mori, ist seines Zeichens ein schlampiger Privatdetektiv ohne großen Erfolg im Metier. Diese Tatsache schreibt Kogoro Shinichis Arbeitseifer zu. Zu Beginn dieser Episode überführt Shinichi Kudo einen reichen Unternehmer erfolgreich des Mordes.
Der geschrumpfte Shinichi macht sich auf den Weg nach Hause. Vor dem Haus kracht Professor Agasa mit einer neuen Erfindung durch die Mauer. Nach längerem Hin und Her gelingt es Shinichi, sich zu erkennen zu geben. Er schmiedet mit Professor Agasa einen Plan. Als Ran auftaucht, gibt Shinichi sich als kleiner Verwandter von Professor Agasa aus und behauptet, Conan Edogawa zu heißen. Professor Agasa bittet Ran, Conan mit zu sich nach Hause zu nehmen und eine Weile bei sich zu behalten. Als Ran mit Conan bei ihrem Vater Kogoro Mori, dem erfolglosen Privatdetektiv eintrifft, hat dieser gerade einen neuen Fall übernommen. Die Tochter eines reichen Industriellen, Herrn Tani, ist entführt worden.
Shinichi ist geschrumpft worden und muss nun wieder in die Grundschule gehen. Seine drei Mitschüler Genta, Ayumi und Mitsuhiko wollen gern seine Freunde werden. Sie schleichen ihm überall hin nach, aber er verhält sich reserviert. Durch Ran und Kogoro Mori, bei denen er inzwischen wohnt, wird er in den nächsten Fall hineingezogen. Das Filmsternchen Yoko Okino erscheint mit ihrem Manager in der Detektei Mori und bittet um Hilfe, weil sie sich verfolgt fühlt. In ihrem Apartment findet man einen scheinbar unbekannten Toten vor. Kommissar Megure wird wie immer an den Tatort gerufen. Im Verlauf der Ermittlungen fällt der Verdacht unter anderem auch auf Yuko Ikezawa, eine Konkurrentin von Yoko Okino, ihres Zeichens auch Schauspielerin.
Conan, Ayumi, Genta und Mitsuhiko finden eine Schatzkarte. Eigenartige Symbole wollen verstanden und gedeutet werden. Man begibt sich auf die Suche in der Stadt Tokio. Unsere Schülerclique wird von drei Gangstern verfolgt. Die Drei gehören zu einer italienischen Diebesbande, die vor Jahresfrist eine riesige Menge Goldmünzen aus einer italienischen Bank gestohlen hat. Die Gangster wissen, dass diese Münzen irgendwo in Tokio versteckt sind, sie haben aber keine Ahnung wo. Sie hoffen, mit Hilfe der Kinder auf die Spur zu kommen. Nach vielen Fehlschlägen führt Conan seine Kumpane zum Schatz. Leider sind die Banditen gleichzeitig dort. Conan, Ayumi, Genta und Mitsuhiko finden eine Schatzkarte. Eigenartige Symbole wollen verstanden und gedeutet werden. Man begibt sich auf die Suche in der Stadt Tokio.
Conan fährt mit Ran und Kogoro im Expresszug zu einer Hochzeit nach Kioto. Genta, Ayumi und Mitsuhiko sind auch dabei. Erst ist die Fahrt langweilig, dann entdeckt Conan zwei Männer in Schwarz! Obwohl es nicht seine Männer in Schwarz sind, sind die beiden ebenfalls Gangster. Conan beobachtet einen Deal, bei dem die zwei Verbrecher 100 Millionen gegen einen schwarzen Aktenkoffer eintauschen. Er belauscht ihr Gespräch und hört, dass in dem Koffer Informationen über den Handel mit Gold sind, aber auch eine Bombe befindet sich darin, die zu einer bestimmten Zeit explodieren wird. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt. Schafft es Conan mit Hilfe seiner kleinen Freunde, die Person mit dem Koffer rechtzeitig ausfindig zu machen und somit zu verhindern, dass der Express in die Luft fliegt?
Es ist Valentinstag. Ran und ihre Freundin Sonoko werden von zwei jungen Studenten, Wagamazu und Katsuhiko Minagawa zu einer Valentinsparty eingeladen. Es ist Tradition, dass die Mädchen selbstgemachte Schokolade mitbringen, die sie demjenigen Jungen verehren, den sie am liebsten mögen. Isst der Junge etwas von der Schokolade, nimmt er die Liebesgabe an und die beiden sind daraufhin ein Paar. Conan darf natürlich nicht mit zu der Teenagerparty, schleicht Ran aber hinterher. Er wird im Garten entdeckt und ins Haus geholt. Die Mutter des Gastgebers, Frau Minagawa serviert Sushi sowie zum Dessert Torte und Kaffee. Ihr eigener Sohn fällt im Garten, nachdem er sich vorher mit diversen anderen Partyteilnehmern gestritten hat, tot um. Der Verdacht fällt auf seine Freundin Joshimi. Ist sie die Mörderin? Conan klärt wie immer den Fall auf.
Dr. Ogawa bekommt seit zwei Jahren jeden Monat ein Päckchen mit Spielzeug und einer großen Summe Geld. Da in der letzten Lieferung zusätzlich ein mysteriöser Brief enthalten war, bekommt es Dr. Ogawa mit der Angst zu tun und wendet sich an Detektiv Mori.
Im Museum von Tokio wird ein spektakulärer Mord begangen. Der Killer, in einer alten Ritterrüstung versteckt, tötet mit dem Schwert einen Geschäftsmann, der gerade drauf und dran war das Museum zu kaufen, um es in ein Hotel umzubauen.
Conan ist mit Kogoro Mori und Ran auf einem Festival. Dort werden sie von dem Schriftsteller Norikazu Sasai gebeten, einige Schnappschüsse von ihm zu machen. Wie sich später herausstellt, versucht sich der Mann durch die fotos ein Alibi zu verschaffen…
Conan bekommt heraus, dass der kleine Bruder des Fußballers Hideo Akagi, Mamoru Akagi, entführt worden ist. Wer ist der Entführer? Und warum verpasst Hideo Akagi jede Torchance?
Privatdetektiv Kogoro Mori bekommt einen anonymen Brief. Er wird gebeten, auf der Mondscheininsel Nachforschungen anzustellen, weil sich dort angeblich eigenartig Dinge ereignen.
Conan, Genta, Mitsuhiko und Ayumi spielen Verstecken im Park. Conan entdeckt währenddessen einen Artikel über eine Entführungs- und Mordserie an kleinen Mädchen. Ayumi, die sich im Kofferraum eines Wagens versteckt hat, wird unwissentlich mitgenommen.
Kogoro wird von einem jungen Mädchen beauftragt, ihren Vater zu suchen. Tatsächlich findet er diesen und Vater und Tochter sind wieder vereint. Kurze Zeit später wird er ermordet in seiner Wohnung aufgefunden und Tochter Masami ist verschwunden …
Die Detective Boys angeln am Fluss. Sie beobachten, wie ein ferngesteuertes Bötchen mit einem roten Ballon dran vom Dach eines gegenüberliegenden Hauses aus abgeschossen wird. Das macht sie neugierig. Als sie einen Taschenrechner, auf dem die Zahl 3135134162 eingegeben worden ist, finden, benachrichtigen sie Inspektor Megure. Der tut die Sache zunächst ab. Mit „Onkel“ Kogoro unternehmen unsere hartnäckigen Freunde daraufhin selbst etwas. Allen ist klar, dass die Zahlen auf ein Verbrechen hinweisen, aber entschlüsselt wird das ganze Rätsel wie immer von Conan.Die Detective Boys angeln am Fluss. Sie beobachten, wie ein ferngesteuertes Bötchen mit einem roten Ballon dran vom Dach eines gegenüberliegenden Hauses aus abgeschossen wird. Das macht sie neugierig.
Auf der Suche nach einer verschwundenen Katze sehen die Detective Boys durch ein Badezimmerfenster eine blutverschmierte Leiche. Inspektor Megure, der sofort eine Hausdurchsuchung anordnet, findet im Haus aber keinen Toten. In dem Haus wohnt ein eigenartiger Mann: Herr Kazuyoshi Tanaka. Er ist unfreundlich und legt sich während der Hausdurchsuchung sofort ins Bett. Kurz darauf erscheint sein jüngerer Bruder, Tomofumi Tanaka. Der scheint netter und gibt bereitwillig Auskunft. Bestehen bleibt die Frage: Sind die Kinder einer Halluzination aufgesessen oder gab es wirklich einen toten Mann im Badezimmer?
Conan, Genta, Mitsuhiko und Ayumi gehen zu einer Veranstaltung eines Kaufhauses, bei der ihr Idol, der maskierte Yaiba, auftritt. Auf dem Heimweg merkt Genta, dass er an einem Hot Dog Stand innerhalb des Kaufhauses seine Autogrammkarte vergessen hat. Also kehren die vier noch einmal dorthin zurück. Sie schaffen es nicht, vor Ladenschluss das Kaufhaus zu verlassen und werden eingeschlossen. Auf der Suche nach dem Sicherheitsraum entdecken sie eine Bande von Einbrechern, die sich in der Schmuckabteilung bedienen. Als die Bandenmitglieder die Kinder bemerken, beginnt eine wilde Verfolgungsjagd durchs ganze Haus. Schließlich können die Detective Boys die Einbrecher dingfest machen. Doch auf Conan wartet eine ganz besondere Überraschung.
Conan, Genta, Mitsuhiko und Ayumi gehen zu einer Veranstaltung eines Kaufhauses, bei der ihr Idol, der maskierte Yaiba, auftritt. Auf dem Heimweg merkt Genta, dass er an einem Hot Dog Stand innerhalb des Kaufhauses seine Autogrammkarte vergessen hat. Also kehren die vier noch einmal dorthin zurück. Sie schaffen es nicht, vor Ladenschluss das Kaufhaus zu verlassen und werden eingeschlossen. Auf der Suche nach dem Sicherheitsraum entdecken sie eine Bande von Einbrechern, die sich in der Schmuckabteilung bedienen. Als die Bandenmitglieder die Kinder bemerken, beginnt eine wilde Verfolgungsjagd durchs ganze Haus. Schließlich können die Detective Boys die Einbrecher dingfest machen. Doch auf Conan wartet eine ganz besondere Überraschung.
Conan und Ran sowie deren Freundin Sonoko gehen zur Hochzeitsfeier ihrer ehemaligen Musiklehrerin, Fräulein Matsumoto. Bevor die Zeremonie beginnt, hat Ran den Auftrag, die Vorbereitungen auf Video festzuhalten. Die Braut möchte noch ein paar Minuten allein sein und bittet alle Anwesenden einschließlich ihres Bräutigams schon vorauszugehen. Wenig später findet man sie vergiftet am Boden. Das Gift befand sich in einer Dose mit Zitronentee. Als Mörder kommen verschiedene Personen in Betracht, die ihre Fingerabdrücke auf besagter Dose hinterlassen haben. Doch gibt es wirklich nur eine? Conan findet schließlich heraus, dass der Mörder der Bräutigam war, der sich so an ihrem Vater für ein 20 Jahre zurückliegendes Missgeschick rächen wollte. Fräulein Matsumoto überlebt den Anschlag und drei Jahre später wird es ein erstaunliches Happy-End geben.
Ran hat einen Termin als Model bei der Modedesignerin Eiko Ashiya. Kogoro und Conan begleiten sie. Die Chefin Eiko Ashiya hat zum Termin auch ihre Sekretärin Mika Taniguchi einbestellt. Beide Frauen fahren mit verschiedenen Aufzügen in verschiedene Etagen des Konzerngebäudes, aber nur die Chefin kommt lebend oben an. Wäre der kleine Conan nicht mal wieder auf eigene Faust durchs Gebäude gestromert, wäre der Mord an der Sekretärin vielleicht gar nicht aufgeklärt worden.
Ayumi sieht in einem leerstehenden Haus Irrlichter hinter einem Fenster. Sie überredet Genta, Mitsuhiko und Conan, mit ihr auf Gespensterjagd zu gehen. In dem Spukhaus geschehen gruselige Dinge. Zunächst verschwindet Mitsuhiko und dann auch Genta. Conan und Ayumi entdecken im Keller einen Käfig, in dem jemand gefangen gehalten wird. Offenbar schon jahrelang. Conan klärt auf, dass es sich nicht um Geister oder Gespenster, sondern um einen seit Jahren unaufgeklärten Mordfall geht.
Kogoro ist als Berater bei Filmdreharbeiten engagiert. Conan, Ran und die Hauptdarstellerin Yoko Okino entdecken die Leiche des Kameraassistenten Anzai. Er hat mit seinem Blut eine Botschaft hinterlassen, aus der niemand schlau wird. Alles deutet auf den Hauptdarsteller Shingo Nachi hin. Conan entdeckt, dass die Blutbotschaft mehrfach verändert wurde. Schließlich wird die Drehbuchautorin Taeko Mamegaki überführt und ihr Verlobter, der Regieassistent Yûji gesteht, dass er die Beweise manipuliert hat. Kogoro ist als Berater bei Filmdreharbeiten engagiert.
Conan, Ran und Kogoro haben ihr Fährschiff verpasst und werden netterweise auf einem großen Luxusdampfer mitgenommen. An Bord ist die Familie Hamamoto, die sich gerade auf der Rückreise von einer Hochzeitsfeier befindet. Kurz vor dem Abendessen wird das von allen gehasste Oberhaupt der Familie, der Großvater, tot aufgefunden. Alles deutet auf den frisch angeheirateten Schwiegersohn Takeshi als Mörder hin. Aber auch alle anderen Verwandten haben als Erben ein Interesse am Tod des Patriarchen. Kurz vor Episodenschluss geschieht ein weiterer Mord. Noch stehen Conan und Kogoro vor einem Rätsel.
Im zweiten Teil der Doppelfolge bleiben die Überlebenden der Familie Hatamoto im Speisesaal. Als der Enkel Ichirô zur Toilette geht, fällt plötzlich der Strom aus. Als das Licht wieder angeht, ist Ichirô am Bein verletzt und vom Täter fehlt jede Spur. Wieder deutet alles auf Takeshi hin. Conan, Ran und Kogoro durchsuchen das Schiff. Sie finden in Ichirôs Kabine etliche Zeichnungen von Natsue. Conan entdeckt im Schrank des Rätsels Lösung.
Conan, Ran und Kogoro bringen eine Frau namens Maya ins Krankenhaus, die offensichtlich ihr Gedächtnis verloren hat. Die drei helfen ihr, sich zu erinnern und werden dabei von dem aus dem Gefängnis ausgebrochenen Yuda verfolgt, der bei seiner Verhaftung geschworen hatte, sich an Kogoro zu rächen. Langsam kehrt Mayas Erinnerung zurück und es wird klar, dass Yuda Maya beauftragt hat, Kogoro zu ermorden. Conan kann das in letzter Sekunde verhindern.
Naoko, die einzige Tochter des berühmt berüchtigten Geschäftsmannes Takei ist entführt worden. Die Lösegeldübergabe scheitert, als der Entführer die Polizei bemerkt. Der Fluchtwagen landet im Fluss, aber die Leichen des Entführers und des Opfers werden nicht gefunden. Conan findet heraus, dass der Kidnapper allein im Auto war und sich mit einem Taucheranzug in eine Yacht flüchten konnte. Die Lösung: Akiko Hanai, Takeis Sekretärin wollte sich für den Tod ihrer Familie rächen, die Takei in den Ruin getrieben hatte. Conan kann im letzten Moment verhindern, dass sie Takei umbringt.
In der Nachbarschaft der Kinder lebt ein Schäferhund namens John, den alle sehr gern haben. Conan kennt ihn schon, seit er als Shinichi noch ein Kind war. Doch eines Abends fällt er einen jungen Mann an, der auf das Haus aufpassen sollte und tötet ihn. Kurz vorher hatte der Hund durch sein Herrchen Anweisungen übers Telefon erhalten. Conan und Kogoro vermuten, dass dieser den Hund sozusagen ferngesteuert hat, kommen aber nicht darauf, wie genau er es getan hat. Conan kommt schließlich dahinter, dass dazu eine Kombination von Geräuschen und Befehlen notwendig war und kann den Hundebesitzer des Mordes überführen. Dieser wollte damit seinen Sohn rächen, der vor acht Jahren vom Opfer in den Selbstmord getrieben wurde.
Kogoro wird von einem Bankräuber mit einer Pistole bedroht, doch Conan greift beherzt ein und rettet ihm somit das Leben. Zum Dank dafür lässt sich Kogoro widerwillig breit schlagen, Ran und Conan mit zu einem Klassentreffen zu nehmen, welches in einem Badeort außerhalb der Stadt stattfindet. Abends will die Gruppe zu einem Feuerwerk gehen, doch eine fehlt: Yumi, die sich nachmittags auf ihr Zimmer zurückgezogen hatte, um ein wenig zu schlafen. Schließlich findet man sie erschossen in ihrem Zimmer. Zunächst sieht alles nach Selbstmord aus, was auch zu passen scheint, da sie zuvor angedeutet hatte, dass sie sich umbringen wolle. Mit Conan Hilfe finden Kogoro und einer der ehemaligen Klassenkameraden, der zufällig Polizist ist, heraus, dass sie erschossen worden sein muss und zwar mit derselben Waffe, die kurz nach dem Banküberfall verschwunden war.
Kogoro und Nakamichi tappen immer noch im Dunkeln. Conan beginnt jedoch zu ahnen, was es mit den verschiednen Unstimmigkeiten bezüglich Yumis Tod auf sich hat. Kogoro nimmt sich den Fall besonders zu Herzen, weil fest steht, dass einer seiner besten Freunde der Mörder sein muss. Deshalb verzichtet Conan diesmal darauf, seine Schlussfolgerung wie sonst mittels des Stimmenverzerrers darzulegen, sondern lässt Kogoro den Fall allein lösen, indem er ihm Hinweise zuspielt. Nakamichi hat Yumi umgebracht, weil sie gegen seine Hochzeit intrigierte. Hervorgerufen durch ein anstrengendes Tischtennisspiel setzte nach dem Tod die Leichenstarre früher ein, als im Normalfall. Daher wurde zunächst eine falsche Todeszeit bestimmt. Und alle aus der Gruppe hatten ein wasserdichtes Alibi. Doch mit Conan Hilfe klärt Kogoro den Fall auf.