An einem verregneten Tag wird ein Mann von einer Gruppe Polizisten verfolgt. Er kann sich aber schließlich vor ihnen verstecken. Die Detective Boys kommen derweil vom Fußballspielen, das abrupt wegen des beginnenden Regens unterbrochen wurde. Stattdessen wollen die Kinder nun bei Professor Agasa Videospiele spielen. Während die anderen vorgehen, unterhalten sich Conan und Ai über das kürzlich von Conan gesehene mysteriöse Mädchen. Conan schickte Sera deshalb eine E-Mail und sprach sie auf das Mädchen an. Sera antwortete lediglich, dass sie ihre kleine Schwester außerhalb des Territoriums sei. Als Conan erneut darüber nachdenkt, wo er Sera schon einmal gesehen hat, wird er plötzlich von dem flüchtigen Mann umgestoßen. Auch der Mann fällt zu Boden und verliert mehrere Päckchen Marihuana. Er flieht jedoch schnell wieder, da die Polizisten ihn weiterhin verfolgen.
Am Treffpunkt zeigt Heiji Conan die drei Verdächtigen per Videoübertragung. Der erste ist ein grimmig wirkender Mann, der die ganze Zeit auf seine teure Armbanduhr starrt. Er schwenkt des Öfteren mit einem schwarzen Gegenstand vor seinem Gesicht und gähnt hin und wieder. Einen weißen Strauß Rosen hält er hinter seinem Rücken. Die zweite Verdächtige ist eine Frau mit einer weißen Rose im Haar. Sie führt eine bereits ausverkaufte Handtasche von Fusae Campbell mit sich und berührt kurz darauf das hintere Ende ihres Absatzschuhs. Die letzte Person ist ein Mann mit Rose am Anzug, der gefärbte Haare, ein Piercing und ein Tattoo am Hals hat. Plötzlich stellt Heiji entsetzt fest, dass Kazuha sich mit ihm unterhält. Aufgrund dessen schließt Heiji ihn sofort als Verdächtigen aus.
Im Haus des Professors präsentiert Genta den anderen Detective Boys stolz seinen Drachen, der aussieht wie ein großer Microremitter. Auf die Bänder hat Professor Agasa zusätzlich Werbung für die Detective Boys und für seine Erfindungen geschrieben. Auf dem Weg zum Drachenflugplatz erklärt Conan den Kindern, dass der am höchsten fliegende Drachen einen Preis gewinnt und anschließend einen Monat ausgestellt wird. Auf dem Platz fragen sich Ayumi, Genta und Mitsuhiko welches Lied Ai ständig hört. Dennoch möchte Ai niemanden den Titel des Lieds nennen. Sie rät Conan stattdessen, dass er den Namen des Lieds schlussfolgern soll. Wenig später erscheint Professor Agasa wieder, der verkündet, dass der Wettbewerb in Kürze beginne. Auch er weiß nicht, welches Lied Ai momentan hört, erinnert sich aber an das Special über Ryusuke Higo, das Ai vor Kurzem aufgenommen hat. Diese unterbricht den Professor sofort wieder und verlangt ein Gespräch unter vier Augen. Da auch auf Higos Homepage kein Lied ist, beschließt Conan, unbemerkt eine Wanze an Ai anzubringen.
Die Polizei beginnt mit der Befragung der Verdächtigen. Der erste ist Herr Yatsukoshi, der die Polizisten daran erinnert, dass er Herr Renno kurz vor seinem Sturz gewarnt hatte. Weil das Opfer aber sehr weit weg stand, könnte er die Rufe seiner Kameraden möglicherweise überhört haben. Herr Yatsukoshi nutzte dabei auch nicht seine Hände zur Verständigung. Herr Yatsukoshi arbeitete im Café des Toten. Sie nahmen am Wettbewerb teil, um mehr Werbung für das Geschäft zu machen. Als nächstes wird Herr Kakura befragt. Dabei erfährt Kommissar Megure, dass Herr Kakura ein Motiv hatte aufgrund des Selbstmordversuches seiner Schwester. Doch auch Herr Yatsukoshi hatte ein Motiv, da er seit der Schulzeit in Kakuras Schwester verliebt ist. Außerdem erfuhr Frau Renno von der Affäre ihres Mannes. Herr Kakura kam Herrn Renno nicht zur Hilfe, weil er annahm, dass Herr Renno seine leere Flasche im Fluss entsorgen wollte. Herr Kakura kennt das Opfer und Herrn Yatsukoshi auch bereits seit der Schule.
Die Detective Boys und Professor Agasa machen Urlaub in der Pension "Ice Room". Dort werden sie von den Besitzerinnen Ryoko Himuro, Aya Himuro und Juri Himuro begrüßt. Als Conan während einer Schneeballschlacht Genta einen zu großen Schneeball ins Gesicht wirft, geht dieser ins Haus, um sich das Gesicht zu waschen. Nach einiger Zeit beschließt Conan nach Genta zu sehen und geht ebenfalls hinein. Dabei bemerkt er eine Diskussion zwischen den drei Schwestern und Juris Freund Masahiko Fujita. Aya und Ryoko beschweren sich über die Beziehung zwischen Juri und Masahiko. Schließlich verlässt Masahiko wütend den Raum und Juri rennt weinend davon.
Ai sitzt gefesselt auf einem Stuhl. Währenddessen warten die restlichen Detective Boys darauf, dass Ai zurückkehrt, doch nach einiger Zeit machen sie sich Sorgen um Ai und befürchten schlimmes. Als sie einen Schrei aus der Nähe wahrnehmen, rennen die Kinder in dessen Richtung und finden einen auf dem Boden liegenden Katzenschal. Conan erkennt den Katzenschal sofort wieder und weiß, dass Ai die Katze kennt, die der Schal gehört. Conan erinnert sich zudem an einen Ausflug, den er mit Ai und Professor Agasa machte. Dabei stiegen sie bei der Haltestelle Midoridai aus und beobachteten vor einem Haus, wie sich die Katze ein Terrarium mit einer Indischen Sternschildkröte ansah. Von der Besitzerin Mitsuru Higaki erfuhren sie, dass die Katze Chiro heißt. Schließlich finden die Kinder Chiro in einem Brunnen und besuchen das Haus von Frau Higaki, um Chiro nach Hause zu bringen, allerdings ist sie nicht da. Die Detective Boys beschließen erst zu Professor Agasa zu gehen, wo die Katze Wasser bekommt. Dort ruft Conan Inspektor Chiba an, um sich abzusichern, dass keine Unfälle passiert sind. Daraufhin versucht Conan Ai erfolglos mit dem Microremitter zu kontaktieren.
Auf dem Weg zu Ayumi, um dort Kekse zu essen, werden die Detective Boys plötzlich von einem flüchtigen Verbrecher umgerannt, der daraufhin Ayumi als Geisel nimmt. Als der Polizist auftaucht, der den Mann verfolgte, bricht der Mann plötzlich zusammen und fällt zu Boden. Im Krankenhaus wird dem Mann geholfen, während die Kinder im Wartezimmer mit dem Polizist warten. Neben einem Messer trug der unbekannte Mann nur seine Brieftasche ohne Ausweis bei sich, sodass seine Identität vorerst unbekannt ist. Als Kommissar Megure und Inspektor Takagi im Krankenhaus eintreffen, um den Fall zu übernehmen, überprüfen sie die Fingerabdrücke des Opfers, doch auch das erweist sich als erfolglos. Auch Inspektor Chiba erscheint plötzlich und kann den Anwesenden mehr über den Vorfall erzählen. Dem Mann war sehr schwindlig und wusste nicht über seinen Zustand Bescheid. Als der Chefarzt Tatsuhiko Kido aus der OP kommt, erzählt er, dass die Wunde an der Rückseite seines Kopfes nun vernäht sei. Allerdings hat die Wunde eine Hirnblutung ausgelöst, welche sehr gefährlich sein kann. Ayumi ist sehr besorgt um den Mann, da sie glaubt, dass er kein schlechter Mensch war.
Kogoro kommt gut gelaunt mit mehreren Papiertüten zurück in die Detektei, nachdem er beim Pachinko gewonnen hat. Zu Hause angekommen wundert er sich, dass Ran und Conan nicht daheim sind. Auf seinem Handy bemerkt er unzählige Anrufe von Ran und erfährt durch eine E-Mail von ihr, dass Eri im Krankenhaus operiert werden muss. Sofort rennt er zur Krankenstation und findet Eri zusammen mit Ran und Conan vor. Ihm wird daraufhin erklärt, dass Eri bereits aufgrund einer Blinddarmentzündung operiert wurde und vor kurzem aufgewacht ist. Conan kann richtig schlussfolgern, dass Kogoro den ganzen Tag in der Spielhalle war und deshalb Rans Nachrichten nicht bemerkte. Wütend verscheucht Eri Kogoro und Conan aus ihrem Zimmer. Auf dem Gang treffen sie wenig später auf Bourbon. Conan vermutet, dass Bourbon den Selbstmord von Rikumichi Kusuda untersuchen will, was dieser Conan wenig später indirekt bestätigt. Indem Bourbon zwei Frauen nach Kusuda fragt, erkennt er, dass Conan Kusuda trotz Verneinung kennt. Als daraufhin ein Kind in der Nähe das Wort „Zero" ruft, wirkt Bourbon erschrocken. Kogoro erklärt er dann, dass dies sein Spitzname in seiner Kindheit war.
Inspektor Takagi kehrt von der Untersuchung des Badezimmers zurück und berichtet, dass dort keinerlei Gift gefunden wurde. Auch im verschütteten Tee des Opfers konnte kein Gift nachgewiesen werden. Gerade als Conan Vermutungen aufstellen will, wie das Opfer vergiftet wurde, unterbricht ihn die gerade erscheinende Ran, die schon seit einiger Zeit nach ihm sucht und ihm nun Vorwürfe macht. Als Bourbon die beiden beobachtet, erinnert er sich, wie er als Kind von einer Frau verarztet wurde, die ihn als Rei anspricht und sich kurz darauf verabschiedet. Wenig später wird er jedoch von Kogoro aus den Gedanken gerissen, der glaubt, dass Bourbon den Fall nicht lösen könne.
Die Detective Boys sind zusammen mit Ran in einer Delfinshow. Danach begeben sie sich in den Aquariumtunnel. Dort wundert sich Ai beim Blick auf die Uhr, dass Professor Agasa bereits seit einiger Zeit verschwunden ist. Conan vermutet daraufhin, dass dieser beim Essensstand neben den Parkplätzen ist und seine Diät umgehen will. Als Ran die Kinder über das Essen informiert, erraten die Detective Boys, dass sie bereits einmal mit Shinichi dort war. Auch Conan erinnert sich wieder an den Besuch, während Ai eine verärgerte Nachricht an den Professor sendet.
Die Polizei beginnt mit der Befragung der drei Verdächtigen. Die erste Person ist Kanako Nakagiri, die die Verabredung von Kunihiro Shumoto war und genau Shinichis Beschreibung entspricht. Während die beiden in der Delfinshow waren, verließ der Tote die Vorstellung und kam nicht mehr zurück. Nach der Vorführung suchte sie Kunihiro und fand ihn erst, als er bereits tot war. Sie erinnert sich, dass Kunihiro mehrere Male mit jemandem am Telefon über Geld sprach, weswegen sie nun annimmt, dass jemand hinter ihr her sein könnte. Mithilfe eines aufgenommenen Videos, das kurz nach dem Fund der Leiche gemacht wurde, will Kanako ihre Unschuld beweisen. Die nächste Verdächtige ist die Ex-Freundin des Opfers Naho Ojiro, die selbst ein Date hatte und deswegen den Anruf ablehnte. Auch sie hat zur Tatzeit ein Video mit ihrem Freund aufgenommen. Der Letzte ist Frau Ojiros fester Freund Kodai Jinbe. Er selbst gibt an das Opfer nicht gekannt zu haben. Weil die Nummer ihm unbekannt war, ignorierte er dann den eingehenden Anruf. Auch er filmte zur Tatzeit, um es später auf seinem Blog hochzuladen.
Kogoro, Conan und Ran sind bei der Übergabe der Gemälde „Die Verzweiflung von Munch" und „Die Angst von Munch" am Narita Flughafen dabei. Auch der Museumsdirektor, der Museumskurator des Suzuki Museums Hiroshi Numajiri und der Präsident der zuständigen Transport-Firma Keiji Shimamura sind anwesend, um die Gemälde im Empfang zu nehmen und auf Schäden zu untersuchen. Da das dritte Gemälde „Der Schei von Munch" erst später am Flughafen Haneda abgeholt werden kann, machen sich Herr Numajiri und Herr Shimamura wenig später auf den Weg dorthin. Alle drei Gemälde sollen in einer Ausstellung im Suzuki Museum gezeigt werden. Kogoro, Ran, Conan und der Museumsdirektor fahren anschließend zum Museum, um dort auf das Bild zu warten.
Kogoro befindet sich verkleidet in einem dunklen, nur knapp beleuchteten Raum. Dort bekommt er von Mr. Head, dem Boss einer Organisation die Identität des Mr. Moustache zugewiesen. Der Boss der Organisation weiß aber noch nicht, dass es sich bei dem Mann um Kogoro handelt. Erst als Kogoro mit Kommissar Megure über sein Einschleusen in die Organisation spricht, erkennt Mr. Head dessen Identität und schlägt ihn mit einem Elektroschockers bewusstlos. Schließlich wacht Kogoro im gleichen dunklen Raum wieder auf und betrachtet eine Diashow mit Bildern von Ran. Mr. Head drohnt ihm Ran etwas anzutun, wenn Kogoro nicht die Anweisungen befolgt. Da Ran in Gefahr schwebt, muss Kogoro innerhalb von zwei Tagen den Mörder von Mr. Head Sohn ausfindig machen.
Nachdem die Organisation, in die sich Kogoro eingeschlichen hat, erfolgreich nach einem Casinoüberfall der Polizei entkommen konnte, versammeln sich Kommissar Megure, Inspektor Takagi, Inspektor Chiba und Inspektorin Sato im Polizeihauptquartier Tokio, um eine Besprechung durchzuführen. Währenddessen wurde Conan von den Bandenmitgliedern gefangen genommen und zu einem verlassenen Lagergebäude am Hafen gebracht. Dort untersucht die Bande ihr Diebesgut, das sehr gering ist. Auch Kogoro ist anwesend und leugnet Conan zu kennen. Da die Bande vom Chef Mr. Head in das Lagergebäude gerufen wurde, geht die Bande weiter ins Gebäude hinein und entdeckt einen Raum, der wie das Casino aufgebaut ist.
Als die Detective Boys die kranke Ai Haibara besuchen, bemerken sie vor dem Haus von Hiroshi Agasa eine Menschenmenge, die von den Detective Silvers, einer Detektivgruppe von vier Rentnern, angesprochen wird. Die Rentnergruppe hat ein gestohlenes Fahrrad zurückgebracht und sorgt wie die Detective Boys für Ordnung und Gerechtigkeit.
Kogoro erhält Besuch von Midori Aoki, die nach ihrem Mann Satoru Aoki sucht. Herr Aoki ist Maler und schickt täglich Fotos seiner Gemälde zu seiner Frau, doch seit zwei Tagen hat Herr Aoki keine neuen Bilder verschickt. Das letzte Foto sieht fiktiv aus. Dies ist für Herrn Aoki ungewöhnlich, weil er immer nur etwas malt, was er mit seinen Augen sehen kann. Conan kann sich, aufgrund der blauen Wellen auf dem Gemälde, vorstellen wo sich Herr Aoki aufhält und führt Kogoro, Ran und Frau Aoki zu einem Strand am Toyama-Hafen. Wegen der Farbe der Wellen ist Conan das Phänomen „Leuchtkalmar-Selbstmord" in den Sinn gekommen, welches ausschließlich am Toyama-Hafen zu sehen ist. Da an diesem Strand ständig Schwärme von Leuchtkalmaren angespült werden, wird das Wasser stark beleuchtet und sieht somit blauer aus.
In einer Grundschule erhält Natsuko Shibuya einen Anruf von ihrer alten Freundin Jodie Starling. Obwohl die beiden eigentlich verabredet waren, ist Natsuko noch in ihre Arbeit als Lehrerin vertieft und muss deshalb absagen. Auf Natsukos Frage, warum sie noch in Japan sei, antwortet Jodie, dass ihre Arbeit noch nicht beendet sei. Derweil sitzt Jodie mit Andre Camel in einem Café, wobei sie ihm erzählt, dass Natsuko ihr half japanisch zu lernen und ihr die Stelle als Englischlehrerin vermittelte. Am Abend unterhalten sich Vermouth und Bourbon in einem Auto über Natsuko, die Bourbons Klientin ist und zudem ihm helfen wird, sein unvollendetes Rätsel zu lösen. Plötzlich müssen die beiden beobachten, wie eine unbekannte Person Natsuko die Treppe runterstößt und dann verschwindet. Dadurch kann Bourbon sein Rätsel lösen.
Die Polizei beginnt mit der Befragung der drei Verdächtigen. Herr Sugamoto befand sich bis halb neun im Geräteraum. Danach ging er in das Lehrerzimmer, um Natsuko Shibuya abzuholen, doch diese war nicht mehr dort. Daraufhin erzählt Bourbon, dass er bei seinen Ermittlungen herausfand, dass Herr Sugamoto dem Opfer die Liebe gestand und deswegen Bourbons war. Aufgrund seines Verhaltens bestätigt sich Bourbons Theorie. Dennoch leugnet Herr Sugamoto der Täter zu sein und berichtet, dass er im Lehrerzimmer die Antwortbögen sah.
Nachdem die vermeintliche Jodie Starling aus dem Krankenhaus verschwunden ist, erscheint wenig später die echte Jodie zusammen mit Conan und befragt Andre Camel zu seinem Gespräch mit Bourbon. Da Jodie und Conan aber erst vor kurzem Natsuko Shibuyas Krankenzimmer verlassen hat, müssen Camel und Conan schockiert feststellen, dass die erste Jodie lediglich eine Verkleidung war. Conan ist sich sicher, dass nur eine Person dazu imstande sei, eine Stimme perfekt zu imitieren. Zur selben Zeit wird die verkleidete Vermouth von Bourbon abgeholt und berichtet ihm von Rikumichi Kusudas Selbstmord.
Während sich Bourbon noch die Preisverleihung der Macademy-Awards ansieht, serviert Subaru Okiya für das Gespräch Tee. Weil Bourbon erkennt, dass Okiya Rätsel mag, beginnt er, ohne die Nennung von Namen, den vermeintlichen Tod Shuichi Akais nachzuerzählen. Bourbon berichtet von seinem Zweifel, dass die gefundenen Fingerabrücke vom Linkshänder Shuichi Akai stammen können, da diese auf dem Handy von einer rechten Hand stammen. Für ihn kommen drei Personen als mögliche Leiche in Frage, die das Handy ebenfalls in der Hand hielten. Okiya kann richtig erraten, dass die Fingerabdrücke von Rikumichi Kusuda stammen müssen. Für Bourbon steht fest, dass Shuichi Akai zwar das Handy berührt hat, jedoch hat er vorher seine Fingerkuppen abgeklebt, um Spuren zu verhindern.
Die Verfolgungsjagd am Raiha-Bergpass geht weiter. Shuichi Akai bestätigt seiner FBI-Kollegin Jodie Starling, dass Conan der Drahtzieher des Plans ist. Als die FBI-Agenten auf die 200 Meter gerade Strecke gelangen, zielt Shuichi Akai mit einer Pistole auf den Reifen des ersten Verfolger, während Andre Camel es schafft den Wagen für fünf Sekunden unter Kontrolle zu bringen. Aufgrund des Fahrstils schafft es Akai den Reifen zu treffen, sodass die Verfolger einen Zusammenstoß verursachen. Durch seinen Erfolg können die FBI-Agenten vor Bourbons Untergebenen entkommen, dennoch befiehlt der Totgeglaubte Shuichi Andre Camel mit dem Wagen umzudrehen.
Conan, Ran und Sonoko besuchen Sonokos Freundin Eimi Chikada an der Kuwanoki-Oberschule. Doch als sie Eimi vor den Fenster im ersten Stock begrüßen, wird sie plötzlich von einer unbekannten Person nach hinten gezogen. Dabei schneidet der Täter Eimi einige Haare ab und ergreift anschließend die Flucht. Später erfahren die drei, dass der Täter bereits vor drei Tagen Megumi Godai Chilischoten ins Getränk mischte. Am gestrigen Tag hat er Chie Tamai eine Spinne in den Rucksack getan. Dabei hinterließ er jedes Mal einen Zettel mit den Initialen der Opfer des Orihime-Clubs, um sein nächstes Opfer bekannt zu machen. Der Orihime-Club berät Mädchen bei Liebesangelegenheiten. Sonoko beschließt den Täter ausfindig zu machen und bekommt von Eimi einen Brief vom Täter. Sein nächstes Opfer hat die Initialen „T.B." und erwähnt außerdem den Sonnenuntergang. Conan, Ran und Sonoko befragen daraufhin einige Schüler zu den Initialen "T.B.". Doch leider können sie keine Person mit den Initialien finden, woraufhin Conan in den Orihime-Clubraum zurückkehrt, um nach neuen Beweisen zu suchen. Dort untersucht er das Fenster vor dem Eimi angegriffen wurde. Bei den Blumen im Blumenbeet entdeckt er einen entscheidenden Hinweis.
Shukichi Haneda bereitet sich in einem Hotel auf sein nächstes Shogi-Spiel vor. Zwei Angestellte betreten das Zimmer und sprechen ihn mit Taiko Meijin an, obwohl Shukichi diesen Titel erst heute gewinnen kann. Plötzlich fällt ihm ein Foto von Yumi aus der Tasche und er erinnert sich an das Treffen mit ihr vor zwei Tagen. Dabei erklärt Yumi ihm, dass sie den Brief, den Shukichi ihr vor der Trennung gab und sehr wichtig war, ungelesen weggeworfen hat. Wenig später verlässt Yumi wütend das Café, als sie erfährt, dass Shukichi nur nach dem Brief fragen wollte. Bevor er ihr folgen kann, wird Shukichi von einigen Fans aufgehalten. Kurz darauf verlässt Shukichi ebenfalls das Café und sucht nach Yumi. Dabei wird er von einer unbekannten Person beobachtet, die bald ein Spiel beginnen will.
Als die Gruppe den Geisterhügel erreicht, erklärt Conan, dass sie auf dem Weg zu einem Friedhof in der Nähe sind. Wenig später fragt Professor Agasa Shukichi Haneda, ob er bereits eine Vermutung hat, wer seine Freundin Yumi entführt hat. Obwohl er die Frage des Professors verneint, weiß Shukichi bereits genau, wer der Entführer ist. Vor zehn Jahren spielte der Entführer gegen Shukichi Shogi, um in die erste Liga aufzusteigen. Weil der Täter in Gedanken nur bei seiner kranken Frau war, machte er versehentlich zwei Züge hintereinander und wurde deshalb qualifiziert. Noch heute hasst der Täter Shukichi und will sich rächen, weil seine Frau wegen des verlorenen Shogispiels gestorben ist.
Im Haido Pride Hotel unterhält sich Masumi Sera mit dem mysteriösen Mädchen über Conan, den sie eingeladen hat. Während Sera die Tür öffnet, versteckt sich das Mädchen im Badezimmer, solange bis Sera sicher sein kann, dass sie Conan trauen können. Conan ist jedoch nicht allein gekommen, sondern ist in Begleitung von Sonoko und Ran, die erfahren haben, dass es in Seras Hotel ein Schwimmbad gibt, welches sie nutzen wollen. Sera bittet ihre Freundinnen vorzugehen, weil sie sich noch umziehen muss. Zurück im Zimmer entschuldigt sich Sera bei dem Mädchen.
Von den Damen der Rezeption erfährt Kommissar Megure, dass nach der Absperrung des Schwimmingpools lediglich die drei Verdächtigen, Ran und Sonoko und die Hotelpagen den Raum betraten. Der Direktor des Hotels, Ensaku Toyoshima, suchte Nagami Oiso als erste auf, jedoch suchte diese weiterhin nach ihrer Kette und schickte ihn aus dem Raum. Danach kam Raito Samaki und wollte nach dem Opfer sehen, aber sie war zu dem Zeitpunkt bereits verschwunden. Da er dachte, sie sei nur kurz auf der Toilette, wartete er am Pool, allerdings kam Nagami nicht zurück. Nachdem auch er ging, kam zum Schluss Hamaka Oiso, die eigentlich ihre Schwester an die Hotelreservierung erinnern wollte, aber dann Herr Samaki traf und die Frauentoilette für ihn absuchte. Sonoko zeigt der Polizei daraufhin, dass die Umkleidekabinen zwischen dem Pool und der Rezeption liegen und somit optimaler Ort zu Lagerung der Leiche wären.
Conan, Kogoro und Ran sind zu Besuch im Nichiuri TV-Studio. Dort nimmt Kogoro an der Fernsehshow „Detektiv VS Wetter-Report" teil. Dabei spricht er mit der Wetter-Frau Yasumi Sekine über seine Fälle. Nach der Show beobachtet Conan ein Gespräch zwischen Frau Sekine und dem Produzent Yukio Kodama. Auch Frau Sekines Manager Takuya Yamaguchi bemerkt das Gespräch und ist besorgt um sie. Etwas später trifft Frau Sekine auf die Assistenzdirektorin Hiroko Shinohara und erkundigt sich, ob die Bühne niemand betreten hat. Anschließend treffen die Moris bei der Besprechung erneut auf Frau Sekine und dem restlichen Team. Dort erfahren sie, dass Frau Sekine in wenigen Sekunden zur nächsten Aufzeichnung muss. Diesmal tritt sie auf einer nebeligen Bühne auf, während es schneit. Deshalb wird Frau Sekine auch als „Königin der Wettervorhersagen" bezeichnet.
Kogoro ermittelt im Auftrag von Yukio Kanzaki, ob eine Person plant ihn zu töten, weil er von jemandem bedroht wird. Doch Kogoro konnte niemanden finden. Herr Kanzakis Arbeitskollege Katsumi Uragawa zeigt sich jedoch sichtlich besorgt. Ein paar Tage später beobachtet Teruko Akaiwa, die Angestellte des Beikado Supermarktes, wie der als Bekapon verkleidete Gyosuke Shimomura von einem maskierten Mann mit einem Messer angegriffen wird. Der Täter hatte es allerdings auf Herrn Kanzaki abgesehen und ihn mit Herr Shimomura verwechselt. Kurz darauf wird der schwerverletzte Herr Shimomura ins Krankenhaus gebracht. Kommissar Megure und Inspektor Takagi beginnen sofort mit den Ermittlungen. Auch Conan und Kogoro treffen im Beikado Supermarkt ein und unterhalten sich alle mit dem Filialleiter Hiroshi Fuji.
Conan, Ran und Kogoro sind zu Besuch im Restaurant „Dannys", als sich plötzlich zwei Kellner miteinander prügeln. Daraufhin ergreift einer der beiden die Flucht, während Kogoro dem zu Boden geschlagenen Kellner hilft. Eine Kundin hat ebenfalls den Vorfall beobachtet. Drei Tage später muss Inspektor Takagi Ryuta Someya mit Handschellen ins Polizeihauptquartier Tokio bringen. Auf dem Weg dort hin fahren sie mit zwei weiteren Polizisten einen Abhang entlang. Herr Someya nutzt diese Gelegenheit und versucht immer wieder sein Körper gegen die Autotür zu rammen, um das Auto in den Abhang stürzen zu lassen. Doch dies gelingt ihn nicht, stattdessen gerät das Auto außer Kontrolle und fährt gegen einen Berg. Als sich die Airbags öffnen, scheinen alle, bis auf Herr Someya, bewusstlos zu sein.
Während sich die anderen Detective Boys über das Fußballspiel zwischen Noir Tokyo und Tokyo Spirits unterhalten, berichtet Conan Ai von dem neu bekannten Organisationsmitglied Rum. Ai weiß bereits, dass die noch unbekannte Person die Nummer zwei in der Rangfolge der Organisation ist. Da sie Rum jedoch nie begegnet ist, kann sie nicht viel über ihn erzählen. Unter den Rangniedrigen Mitglieder herrschten die verschiedensten Gerüchte, zum einen hieß es, dass Rum ein starker Mann sei, zum anderen, dass Rum eine Frau oder ein alter Mann sei. Ai fürchtet bereits, dass Rum nach ihr suchen könnte, als das Gespräch der beiden von den Kindern unterbrochen wird. Daraufhin erreichen die Detective Boys einen Limonadenstand. In der Nähe bemerkt Ayumi einen Jungen, der bereits seit einiger Zeit auf ein Apartmentkomplex starrt.
Die Detective Boys müssen während der Befragung draußen vor dem Apartment warten. Conan hat jedoch vorausgedacht und versteckte sein Detektivabzeichen in Inspektor Takagis Jackentasche. So erfahren sie, dass Ronpei Sakaba die 500.000 Yen, die in Scheinen unter den Füßen der Leiche lagen, aufsammelte und dann wieder verschwand. Als nächstes ist Kuramichi Habanaka an der Reihe. Derweil bemerkt Conan unter den Sandalen von Herr Sakaba Klebebandrückstände. Herr Habanaka erzählt bei seinem Verhör, dass auch sein Umschlag unter den Füßen der Leiche lag und auch er diesen nur nahm und dann ging. Zuletzt berichtet Denji Shibakaru, dass er mit dem Opfer, die eine gute Freundin war, Streit hatte. Daher ging er zu ihrer Wohnung, um sich zu entschuldigen. Herr Shibakaru fürchtete, als er ihre Leiche fand, dass sie sich wegen des Streits umbrachte und flüchtete aus der Wohnung. Während des Gespräches klingelt plötzlich Herr Shibakarus Handy, welches er sofort wieder ausstellt, ohne den Anruf anzunehmen.
Kogoro nimmt an einem Sicherheitstraining teil, um sich als Bodyguard auszubilden. Allerdings fällt er bei der Prüfung durch. Der Trainer Arimasa Nobashi lässt Kogoro deshalb erneut antreten. Nach dem Training darf Kogoro einige Tage später die Schauspielerin Reina Sawazaki, die Assistenzdirektorin Chisato Arimura, den Produzent Kendo Kushizaki und den Direktor von Nichiuri TV Hideo Isogawa sowie die Schauspielerin Ryo Haneki und deren Manager Kazuya Kusumoto bei Aufnahmen begleiten. Dabei soll der Detektiv herausfinden, wer Frau Haneki verfolgt und soll sie beschützen. Ran und Conan wollen Kogoro dabei unterstützen. Zusammen fahren sie zum nächsten Drehort an den Fluss Nakajima.
Auf dem Weg nach Hause bemerkt Ayumi vor einem Haus einen Mann, der eine regungslose Frau in sein Auto legt. Ayumi befürchtet das Schlimmste und versteckt sich. Am nächsten Tag erzählt sie den restlichen Detective Boys in der Schule von ihrer Beobachtung. Mitsuhiko und Genta glauben, dass der Mann seine Frau umgebracht hat. Conan ist anderer Meinung, weil kein Mörder eine Leiche offen zeigen würde. Zusammen mit Ai verlässt Conan daraufhin das Klassenzimmer. Anschließend gehen Ayumi, Mitsuhiko und Genta zu dem Haus des mutmaßlichen Täters. Doch es ist niemand zu Hause und Ayumi vermutet, dass der Mann einen Auftritt hat, da er Musiker ist. Doch als sie einen Blutfleck auf dem Boden entdecken, öffnet der Mann, der Jun Makabe heißt, plötzlich die Tür. Er erkennt Ayumi wieder, weil sie in der Nachbarschaft wohnt. Als Ayumi ihn auf das fehlende Auto und den Blutfleck anspricht, antwortet Herr Makabe ihr, dass sein Auto in der Reparatur sei und der Blutfleck von seiner Frau stammt. Zudem soll sich seine Frau nicht so gut fühlen und im Haus schlafen.
Keine zehn Sekunden nach Beginn der Episode fliegt uns auch schon das Mordopfer entgegen: Chosaku Kanbayashi, ein Schriftsteller, stürzt aus seinem Büro in eine Seitengasse und ist sofort tot. Als Megure und Takagi den Tatort untersuchen, stoßen praktischer Weise Conan und Kogoro dazu, die sich natürlich bereit erklären, bei der Aufklärung des Falls zu helfen.
Die Episode beginnt mit Conan Edogawa – und einem Mädchen, das unserem Lieblingsdetektiv direkt auf den Wecker geht. Weil Kogoro ihren Fall ablehnt, begleitet Conan sie nach Hause, um ihr unter die Arme zu greifen. Ihr Name ist Funako „Funachi“ Nakai, sie ist Studentin und selbsternannte Detektivin. Zu allem Überfluss ist sie sehr verträumt und redet wie ein Wasserfall…
Gleich zu Beginn fällt ein Mann von einem Gebäude, mit seinen Powerkickboots und dem Fußballgürtel kann Conan den Sturz des Mannes in letzter Sekunde in einen Müllcontainer umlenken, sodass er die Tat überlebt. Mit den Detective Boys kommt Conan später am Tatort vorbei, wo Kommissar Takagi, Kommissar Chiba und Inspektor Megure fleißig ermitteln. Sie haben schon eine Vermutung, wie die Tat abgelaufen sein könnte, suchen aber dennoch Unterstützung bei der Detektivgruppe. Auf dem Dach des besagten Gebäudes findet Conan sogleich wichtige Spuren.
Unsere liebste Detektivgruppe ist auf der Straße unterwegs und bemerkt einen Polizei- und Krankenwagen-Einsatz in der Nähe. Zuuuufälligerweise ist dort auch der Professor anwesend, der ihnen den Fall erklärt. Die Ermittlungen werden standesgemäß von Inspektor Megure durchgeführt und auch Chiba ist vor Ort. Da die Untersuchungen unabhängig von Conan und seinen Freunden durchgeführt werden, beschließen Ayumi, Genta und Mitsuhiko schnell, eigenmächtig aktiv zu werden und den Fall lösen zu wollen.
Die fünfjährige Tochter von Saiki, dem Präsidenten einer Geldverleih-Firma, und seiner Frau Hiroko wurde entführt. Der Entführer verlangt im Austausch gegen das Mädchen die titelgebenden 100 Millionen Yen. Der obligatorischen Forderung die Polizei nicht zu verständigen, sind die Eltern natürlich nicht nachgekommen, weshalb Megure, Sato, Takagi und Chiba im Einsatz sind, zudem sind auch Kogoro und Conan mit von der Partie. Das Geld soll von der Bediensteten Tanaka übergeben werden.
Zu Beginn der Episode dreht Kogoro direkt zur Höchstform auf. Kaum sind Conan, Ran und besagter „Meisterdetektiv“ am Zielbahnhof in der Präfektur Tottori angekommen, zieht er über Conan her und schubst ihn einen Abhang hinunter, sodass er fast ins Wasser fällt. Vor lauter Sanddünen und Fata Morganen scheint der größte Yoko Okino-Fan den Verstand verloren zu haben.. Wie gewohnt gibt es danach ein paar grandiose Einblicke in die Landschaft, Natur und städtebauliche Architektur der Stadt Kurayoshi, in der die Mystery Tour dieses Jahr startet. Im Anschluss bleiben wir aber auch vom Blaulicht nicht verschont, das unsere Gruppe auf einen Fall aufmerksam macht: In einem Gebäude finden sie eine gefesselte Frau vor, neben ihr liegt ein weinendes Baby. Während der Befragung des Opfers macht Conan erste Entdeckungen in der Wohnung: Passend zum Wüsten-Setting des Tottori-Präfektur findet er einen Kamel-Anhänger.
Nachdem Conan, Ran und Kogoro nach Tottori fuhren und dort Zeugen eines Raubes wurden, versuchen sie der Familie Kumado zu helfen, den Dieb des Familienerbstückes zu überführen. Nachdem die Alibis der Familienmitglieder überprüft wurden, taucht plötzlich der Weihrauchkessel wieder auf, ohne dass der Täter Lösegeld bekommen hat. Unter Verdacht stand auch das ehemalige Dienstmädchen Naomi Senda, die vor Kurzem bei der Familie Kumado unerwünscht zu Besuch war. Allerdings scheint diese aufgrund ihres Alibis unschuldig zu sein. Für Kogoro steht fest, dass nur jemand aus der Kumado-Familie der Dieb sein kann und den Weihrauchkessel zurückgegeben hat. Doch Conan entgegnet ihm, dass der Täter den Weihrauchkessel auch einfach hätte wegschmeißen können, statt ihn wieder zurückzubringen. Kurz darauf fragt Conan die Familienmitglieder, wer Naomi am besten kenne. Soichi Kumado, der älteste Sohn der Familie, antwortet, dass Naomi einen Onkel habe, der bei der Firma Nashikokan arbeitet.
Zu Beginn der Episode unterhalten sich die Detective Boys auf offener Straße über eine Serie von Bränden in der Stadt und sehen alsbald eine mysteriöse Gestalt über die Straßen laufen. Dabei handelt es sich jedoch nicht um den Weihnachtsmann, sondern um Suguru Kamaishi, einen einfachen Zeitarbeiter. Er kauft häufiger im Bento-Laden von Harue Yatabe ein und gerät deswegen sofort ins Visier der kleinen Detektivgruppe. So machen sich die fünf an die Verfolgung des Mannes und begleiten ihn heimlich bis nach Hause. Als Genta Hunger bekommt und sie die Aktion abbrechen wollen, verlässt Suguru im Schutz der Dunkelheit das Haus und kann die Detective Boys abschütteln. Auf einem Spielplatz werden Ayumi, Genta und Mitsuhiko von einem brennenden Stück Stoff verfolgt, doch Suguru kann sie in letzter Sekunde retten. Die drei sind von der Anwesenheit des vermeintlichen Täters schockiert, doch schnell ergibt sich ein Gespräch. War er wirklich der Feuerteufel, der ganz Tokio in Atem hält?!