Bei einem Springwettbewerb auf der Hüpfburg mit Maurice wird Julien versehentlich auf einen Bus geschleudert, der ihn in die Innenstadt bringt. Dort trifft er auf die alte Lady Gladys, die ihn für eine Katze hält und mit zu sich nach Hause nimmt. Dort stellt Julien fest, dass diese Verwechslung nicht nur ihm widerfahren ist: ein weiblicher Marder namens Zoey teilt das gleiche Schicksal wie er.
Kowalski uses an invention to switch King Julian's mind with Rico in order to win a contest.
Alice wird von einem Pfleger dermaßen über ihr Funkgerät zugetextet, dass sie aus Versehen Marlenes Becken überchlort. Dies hat zur Folge, dass Marlene nun schön gebleicht ihrem Pool entsteigt und alle Tiere sie plötzlich für einen arktischen Nerz halten - was darüber hinaus einige extreme Folgen hat.
Skipper is doused with Inflatium and stress causes him to blow up like a balloon.
After realizing that Maurice's thumbs could prove to be very useful, the penguins recruit him into their team.
Die Pinguine werden in einen globalen Umwelt-Streit hineingezogen, als ihre spezielle Essens-Mach-Maschine eine Giftwolke ausspuckt, die nicht nur den Zoo und die Stadt, sondern auch die ganze Erde bedroht!
Durch eine kleine Schauspieleinlage gelingt es den Pinguinen den Commissioner davon zu überzeugen, ihre tägliche Fischration auf 15 Fische erhöhen zu lassen, wenn der Bürgermeister auf diese Forderung eingeht. Allerdings verliert der Commissioner unbemerkt sein Haarteil, welches dann bei Maurice auf dem Kopf landet und dort kleben bleibt, welcher dadurch wiederum von den Paviandamen als Pavian-Männchen anerkannt und maßlos verwöhnt wird. Die Pinguine machen sich umgehend auf die Jagd nach dem Toupet, da sie befürchten, dass das Treffen mit dem Bürgermeister platzt, wenn der Commissioner dieser haarige Angelegenheit gewahr wird...
Die Straußendame Shelly hat sich in Rico verliebt,dieser hat jedoch nur Augen für seine geliebte Puppe "Püppchen". Rasend vor Eifersucht entsorgt Shelly "Püppchen" in einen Müllcontainer...
The penguins' plan to cure Marlene's feral behavior when she's outside the zoo so she can attend a concert goes awry.
A maternal possum moves in with the penguins after Hans trashes her own home, but her overprotective nature starts to interfere with their missions.
Skipper rewards Private for his valliant efforts on missions by taking him and his fellow Lunacorn fans Bing and Roy to see Lunacorns on Ice.
The Amarillo Kid returns, this time begging for the penguins' help because a pair of gophers are after his shell.
Mort gerät in die Fänge von Elmer, einem riesigen Straßenstreuner. Die Pinguine rücken natürlich sofort zum Rettungseinsatz aus...
Eine Abfallrakete der Pinguine landet mitten in der Nacht versehentlich im Gehege des überängstlichen Koalas Lennards. Der beschwert sich natürlich sofort bei den Besitzern, die ihm als Wiedergutmachung anbieten mit ihnen den Oben-ohne-Ninja-Action-Show-Filmmarathon im Fernsehen anzusehen. Da es vorraussichtlich sowieso acht Stunden dauern wird, bis der Müllgeruch in Lennards Gehege sich verzogen hat, willigt dieser gezwungenermaßen ein. Während die Pinguine schon bald einschlafen, bleibt der nachtaktive Lennard den ganzen Marathon über wach und findet - Oh, Wunder über Wunder! - tatsächlich gefallen an der brutalen Action die darin stattfindet! Sogar als es Morgen wird und Lennard müde in sein Gehege zurrückkehrt, ist er noch wie besessen davon und träumt sogar nur noch von Ninjas. Das hat zur Folge, das Lennard schlafwandelt und währendessen mal kurz alle Tiere im Zoo im ninjastil grün und blau prügelt. Können die Pinguine das wieder rückgängig machen?
Skipper offers a day off from training to the penguin who can bring him a kipper, a difficult task with Officer X working at the fish market.
The penguins need Private's hypercute to escape Alice in order to see their favorite action star at the cinema, but Private's molting renders him unable to engage the talent.
Fred seeks financial advice from King Julien when he stumbles upon an oak tree loaded with acorns, but the Red Squirrel has his own plans for the loot.
When a baby Fossa is transferred into Central Park Zoo, King Julien finds himself on the receiving end of its constant biting.
A hen with psychic abilities moves into the zoo, and a skeptical Kowalski tries to prove she's a fraud.
Die Pinguine wollen sich die Monster Truck Show anschauen, doch Private passt auf die kleinen Entenkücken auf. Aber mit Problemen...
Skipper must prove he can still be a leader when his strength starts to decline.
Private is upset that his favorite snack cake is no longer being made, so he orders a raid on the factory.
King Julien sneaks into the gorilla habitat when Bada and Bing receive a shipment of plantains.
Skipper has been having an absolutely perfect day, so he decides to try and get a hold of his file from the New York Danish embassy.
Rico is excited about a new line of princess accessories for his doll. In pursuit of these new accessories Rico puts the entire team in trouble.
Chuck Charles loses his job as a news anchor and gets a new one at the zoo, but tries to get his old one back by exposing the penguins' operation to the world.
Kowalski's enemy detector malfunctions and causes Skipper to believe all of his friends are enemies, and all of his enemies are friends.
When the Vesuvius Twins buy all the tickets to the annual zoo sleepover, the penguins try to plant a seed of good inside the troublemakers.
Bei einem nächtlichen Besuch im Museum befreit Private aus versehen den bösen Dämon Tuchikukhan, der die Welt zerstören will. Doch dazu braucht er einen Körper, dessen Kräfte er nutzen kann. Er versucht Privates Körper zu übernehemen, landet aber versehentlich im Körper von Privates Mondeinhorn. Doch das hält den Dämon nicht auf, im Gegenteil, er flüchtet aus dem Museum, um zu lernen, wie er die Kräfte seines neuen Körpers einsetzen kann. Nun gibt es für die Erde nur noch eine einzige Hoffnung: Die Pinguine müssen den Geist des Affen General Sinjin wiedererwecken, denn nur die Kräfte seines Schwertes vermögen den Dämon aufzuhalten und die Erde vor der Vernichtung durch ein Mondeinhorn zu retten.
Private wears a monkey suit disguise in order to take a trip to the moon.
The penguins are about to start their autumn schedule when a severe blizzard scatters the team: Skipper and Marlene are trapped in a convenient store with Officer X, Kowalski and Private are stuck with Fred in his tree, and without Rico, they must find a way to save themselves.
Rico gets some teenage beavers to fix a collapsing tunnel, but romance interferes with their work.
Doris the dolphin's quest to rescue her brother Francis from Seaville brings her to the lovestruck Kowalski.