Die IEK, Spezialeinheit des LKA Berlin, klärt unter der Führung von Rechtsmedizinerin Dr. Katrin Stoll und Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens ungelöste Verbrechen der Vergangenheit auf. Mit der Währungsunion 1990 wurden aus manchen Glücksrittern Millionäre. Einer davon endete in einem seiner Gebrauchtwagen in einer Schrottpresse, zusammengepresst zu einem Würfel. 26 Jahre später wird dieser als Kunstobjekt bei einer Ausstellung von Dr. Stoll entdeckt.
Eingewickelt in einem Flokati, finden Dr. Katrin Stoll und ihr Kollege Henrik Mertens auf dem Dachboden eines Mehrfamilienhauses eine Leiche. Die Tote war offensichtlich keine Unbekannte der Drogenszene im Berlin der 70er Jahre. Alles deutet zunächst auf eine klassische Überdosis hin. Doch dann finden die Spezialisten Hinweise auf ein Gewaltverbrechen.
Auf dem Grund der Havel wird ein Auto entdeckt, das jahrzehntelang die Knochenreste des Halters in sich barg. Doch wie gelangten diese auf den Beifahrersitz? Die Ermittlungen führen Dr. Katrin Stoll, Henrik Mertens und das Team der IEK zurück in das Jahr 1986, als in Deutschland die Panik über Tschernobyl ausbrach. Ein Reporter begab sich auf Spurensuche nach verstrahlten Lebensmitteln und verschwand spurlos.
In der Berliner Kanalisation wird ein Kleidersack gefunden. Darin entdecken Dr. Katrin Stoll, Henrik Mertens und das Team der IEK die sterblichen Überreste einer jungen Frau. Die Nachforschungen führen ins Jahr 2004, dem Beginn der Modecasting-Ära. Mädchen werden von Designern von der Straße weg gecastet und in der aufstrebenden Modestadt Berlin auf Laufstegen präsentiert. Nur wenige schaffen es, sich in der Modelwelt durchzusetzen. Die Spezialisten müssen tief in das Mode-Business mit all seinen Schattenseiten eintauchen, um den Schlüssel zur Lösung zu finden.
Renovierungsarbeiten in einem alten Gewächshaus fördern die Leiche einer 17-Jährigen zutage. Dr. Katrin Stoll und Henrik Mertens begeben sich mit ihrem IEK-Team unverzüglich auf Spurensuche. Alle Hinweise deuten auf das Jahr 1987 hin, als ganz Deutschland mit Steffi Graf und Boris Becker im Tennisfieber war. Zu dieser Zeit verschwand die Hoffnungsträgerin eines Tennisclubs in Berlin-Grunewald. Die Ermittlungen führen die Spezialisten in ein Milieu, dass von krankhaftem Ehrgeiz, knallhartem Konkurrenzkampf, Intrigen, Neid und Missgunst beherrscht wurde.
Bei Abrissarbeiten eines ehemaligen Heizkraftwerks in Berlin-Weißensee findet man eine mumifizierte Leiche. Die Ermittlungen führen Dr. Stoll und KHK Henrik Mertens ins Jahr 1991 zurück. In die Zeit also, als offen war, wie es mit der Wirtschaft und den DDR-Betrieben weitergehen sollte. Für viele war die Treuhand damals Zielscheibe für Frust und Zorn. Auch in zahlreichen Familien kam es wegen der künftigen Entwicklung zu schlimmen Konflikten. Die Spezialisten prüfen, ob die Lösung ihres Falles genau in solch einer Auseinandersetzung begründet ist.
Bei Gartenarbeiten in Berlin-Friedrichshain werden die Knochen einer männlichen Leiche gefunden. Ein gewaltsamer Tod, wie Dr. Katrin Stoll und Henrik Mertens herausfinden. Der Tod steht in Verbindung mit der bewegten Vorgeschichte des Opfers. Der Mann war nämlich 1985 im Auftrag der Stasi als Romeo-Agent tätig. Inkognito hatte er damals versucht, sich bei einer Sekretärin Informationen über die CIA zu erschleichen. Doch was wollte Lothar Kosing 2015, zum Zeitpunkt der Ermordung, in Berlin? Eigentlich wohnte er doch seit der Wende zurückgezogen in seiner sächsischen Heimat. Wie die Spezialisten ermitteln, könnte seine Rückkehr damit zusammenhängen, dass in Berlin sowohl noch sein ehemaliger Führungsoffizier der Stasi, Heinrich Rulf, als auch der Ex-CIA-Agent William Baumbach sowie die damalige Sekretärin, Gertrud Singer, leben, welcher er in den 80ern als Romeo das Herz brach.
An einem präparierten Herzen machen die Ermittler des IEK eine ungewöhnliche Entdeckung: Eine abgebrochene Metallspitze steckt im Inneren des Herzens. Die akribische Untersuchung von Rechtsmedizinerin Dr. Katrin Stoll zeigt anhand der Gewebestruktur, dass die Metallspitze nicht erst bei der Präparation in das Herz gelangte, sondern zu einem Zeitpunkt, als es noch schlug. Schnell wird den Spezialisten klar: Das Herz gehört nicht zu dem auf dem Präparat ausgewiesenen Toten. Die Ermittlungen führen schließlich zurück in das Jahr 1942, zurück in den Nationalsozialismus und zur Geschichte der Euthanasie. In eine Zeit, in der Morde unter dem Vorwand der „Rassenhygiene“ geschahen und SS-Ärzte sich ihren Taten nicht stellen mussten.
Auf einem Bauernhof werden die Reste eines abgetrennten Fußes gefunden. Der perfekt geplante Mord? Als Allesfresser machen Schweine nämlich auch vor Knochen keinen Halt. Die Spezialisten um Rechtsmedizinerin Dr. Katrin Stoll und Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens stoßen auf einen Bauern, der seit seiner gescheiterten Ehe zurückgezogen und einsam auf seinem Hof am Stadtrand von Berlin lebt. Von seiner thailändischen Frau will er nie wieder was gehört haben. Alle Ermittlungen der Kriminallisten sprechen jedoch gegen ihn. Ins Visier des IEK-Teams geraten dann auch der Cousin des Verdächtigen und dessen Frau. Verbergen sie alle drei ein dunkles Geheimnis?
Beim Abbruch einer Laube in einer Berliner Schrebergartenkolonie wird eine skelettierte Leiche entdeckt. Die Ermittlungen führen Dr. Katrin Stoll und Henrik Mertens in das Jahr 1944 zurück. Wie das Team herausfindet, handelt es sich bei dem Opfer um Gustav Krohn, einen Widerstandskämpfer, der immer wieder mit den nationalsozialistischen Machthabern in Konflikt geriet. Offensichtlich verhalf Krohn vielen Menschen, von Nazis bedroht, zur Flucht. Dann aber verdichten sich Hinweise, dass er deren Situation schamlos ausnutzte. Presste er ihnen ihr letztes Hab und Gut ab und verriet sie dann an die Gestapo?
Unweit des Elternhauses werden die sterblichen Überreste eines Mädchens gefunden, das 2006 während der Fußball-WM im Getümmel auf der Fanmeile in Berlin verschwand. Rechtsmedizinerin Dr. Katrin Stoll und ihr Kollege Henrik Mertens müssen Familie Weyer die traurige Gewissheit übermitteln. „Die Welt zu Gast bei Freunden“ – das erneute Eintauchen in diese Zeit weckt für die Familie schmerzhafte Erinnerungen. Die Eltern verloren ihr Kind in der Menge, und Lilly blieb bis heute wie vom Erdboden verschluckt. Durch den Einsatz ihrer speziellen Analysen und Methoden können die Spezialisten der IEK jedoch herausfinden, wie das Kind zu Tode kam und wer dafür verantwortlich ist.
Die Knochen eines jungen Mannes werden in der Nähe eines ehemaligen DDR-Wehrlagers gefunden. Angeblich ist er 1986 ertrunken, doch die Leiche weist eine Schussverletzung auf. Dr. Katrin Stoll gelingt es, zusammen mit ihrem Kollegen Henrik Mertens, die Geschehnisse im Jahr 1986 zu rekonstruieren. Damals wollte die DDR mit ihren Ausbildungscamps ihre jugendlichen Bürger darauf vorbereiten, dem „kapitalistischen Klassenfeind“ zu trotzen. Wie die Untersuchungen ergeben, wurde der Tod des jungen Mannes als tragischer Unfall dargestellt, um das Ganze im Sinne der Staatsdoktrin zu verschleiern. Den Spezialisten der IEK hingegen gelingt es nachzuweisen, dass es sich um einen kaltblütigen Mord handelt.
Ein Toter in einer Gefriertruhe gibt den Spezialisten der IEK Rätsel auf. Dr. Katrin Stoll muss sich mit KHK Henrik Mertens mit den Vorgängen der Euro-Einführung im Jahr 2001 beschäftigen. Kriminelle sahen sich damals gezwungen, ihr „heißes Geld“ in Euro umzutauschen, sonst wäre es sehr schnell wertlos geworden. Für die Polizei eine Chance, mit verdeckten Ermittlern ungelöste Fälle aufzuklären. Der Tote war einer dieser V-Männer. Als alte D-Mark-Scheine auftauchen, bekommt der Fall besonders für Dr. Katrin Stoll eine komplett neue Wendung. Denn diese Scheine stammen von der Entführung ihres ermordeten Bruders. Letzte Folge der aktuellen Staffel „Die Spezialisten – Im Namen der Opfer“.