Die sterblichen Überreste einer ermordeten jungen Frau führen die Spezialisten der IEK ins Jahr 1975 – und damit in die Zeit kurz nach Ende des Vietnamkriegs. Do Thi Diep hatte in Vietnam als Krankenschwester auf einem deutschen Sanitätsschiff gearbeitet. Danach floh sie mit ihrem dreijährigen Sohn Ban nach Berlin, wurde aber kurz darauf ermordet. Liegt der Schlüssel zur Aufklärung in ihrer Zeit auf der „MS Helgoland“? Ban hat keinerlei Erinnerung an seine Mutter und die damaligen Geschehnisse. Wissen seine Adoptiveltern Marlies und Klaus Weidemann mehr, als sie zugeben? Als Dr. Katrin Stoll erfährt, dass der Mörder ihres Bruders ausgebrochen ist, nimmt sie das mehr mit, als sie nach außen hin eingesteht. Sie ist unkonzentriert und macht Fehler bei der Arbeit. Ihre Chefin Dorothea Lehberger verordnet ihr daraufhin eine berufliche Auszeit.
Der Fund eines männlichen Skeletts lenkt die Mordermittlungen der Spezialisten zu den Krawallen am 1. Mai 2009 in Berlin-Kreuzberg. Das Team der IEK stößt auf den Polizisten David Kreis, der seit dem damaligen Großeinsatz der Polizei verschwunden ist. Die Ermittler finden heraus, dass er des Öfteren seine Frau verprügelt hatte. Doch die hat für den fraglichen Zeitraum ein wasserdichtes Alibi. Als Interims-Vertretung für Katrin Stoll hat Kriminaloberrätin Lehberger die Rechtsmedizinerin Dr. Julia Löwe in ihre Spezialeinheit geholt. Dieser eilt zwar ein hervorragender Ruf voraus, doch bringt sie gewisse menschliche Defizite mit, die dem gesamten Team die Zusammenarbeit mit ihr nicht gerade erleichtern. Letztlich jedoch ist es gerade Dr. Julia Löwe, die die Klärung des Falls herbeiführt.
Menschliche Knochen in einer Berliner Bunkeranlage führen die Spezialisten zu Erwin Schulze, der 1985 auf der Suche nach einem angeblichen Nazi-Schatz verschwand. Die Nachforschungen des IEK-Teams ergeben, dass Schulzes damaliger Geschäftspartner ein handfestes Mordmotiv besaß. Weitere Spuren weisen ins damalige Ost-Berlin und deuten auf den staatlich organisierten gewerblichen Handel des SED-Regimes mit NS-Devotionalien hin. Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens hat keinerlei Lebenszeichen von Rechtsmedizinerin Katrin Stoll, seiner vertrauten Kollegin. Angesichts des Umstands, dass der aus der JVA ausgebrochene Mörder ihres Bruders noch immer nicht gefasst werden konnte, ruft Henrik beunruhigt Katrins Mutter an und muss erfahren, dass Katrin schon längst wieder hätte in Berlin sein wollen.
Als in einem Keller die versteckten Überreste einer seit 1990 vermissten Gynäkologin auftauchen, müssen sich die Spezialisten mit dem Problem damals illegaler Abtreibungen auseinandersetzen. Das Team der IEK ermittelt, dass Dr. Brigitte Kehl in ihrer Praxis immer wieder illegale Schwangerschaftsabbrüche vornahm. Die Spuren führen zu den Abtreibungsgegnern einer sektenartigen Freikirche. Auch Brigittes Mann Ingmar gerät in den Kreis der Verdächtigen. Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens macht sich große Sorgen um seine Kollegin Katrin Stoll, von der er noch immer keinerlei Lebenszeichen erhalten hat. Als er jedoch einen Hinweis bekommt, dass Katrin auf der Suche nach dem flüchtigen Schwerverbrecher Zoch war, befällt ihn ein schlimmer Verdacht.
Die bei einem Skelett gefundene Erkennungsmarke führt das IEK-Team zu dem in Berlin stationierten US-Soldaten Michael Jenkins, der seit 1972 als „fahnenflüchtig“ gilt. Die Nachforschungen belegen jedoch zweifelsfrei, dass Jenkins Opfer eines Gewaltverbrechens wurde. Als Tatverdächtige ermitteln die Spezialisten Jenkins’ damalige Freundin Birte, deren Bruder Johann sowie Birtes jetzigen Ehemann Chris. Wie sich herausstellt, war Birte von Michael schwanger. Der Schlüssel zur Lösung? Noch immer ohne Hinweis auf Katrin Stolls Verbleib, macht sich Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens im Alleingang auf die Suche nach dem flüchtigen Schwerverbrecher Zoch. Mertens nutzt all seine Kontakte, um an Zoch heranzukommen – und damit hoffentlich an seine Kollegin Dr. Stoll.
Die Rechtsmedizinerin der IEK, Dr. Julia Löwe, hat kaum noch Zeit für ihr Hobby, als ein Skelett auftaucht, das auf den Tag der Öffnung der Stasi-Archive am 2. Januar 1992 hinweist. Die Spezialisten finden heraus, dass der Schauspieler Georg Hitsch an diesem Tag verschwand. Im Dschungel der Stasi-Bespitzelungen stoßen die Ermittler auf einen IM Gründgens. Doch weder Georgs Frau Sonja noch dessen Bruder Peter wissen, wer sich dahinter verbirgt. Auf der Suche nach seiner Kollegin Katrin Stoll geht Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens dem Tipp seines Informanten nach und sieht sich undercover in einer Rockerkneipe um. Doch er fliegt auf. In einem Nebenzimmer trifft er auf den schwerstkriminellen Zoch. Der gibt zu, dass er Dr. Stoll gefangenhält. Für ihre Freilassung fordert Jürgen Zoch zwei Millionen von Mertens.
Als die sterblichen Überreste eines ehemaligen DDR-Schwimmtrainers gefunden werden, muss das Spezialisten-Team den möglichen Tathergang rekonstruieren. Wie die Recherchen der IEK ergeben, wird Manfred Schmidt seit dem 11. Juli 2008 vermisst. Laut seiner damaligen Frau Beate und den Zeugen Inga Thalheim und Wilfried Berger war er früher an den staatlich legitimierten Doping-Manipulationen des SED-Regimes beteiligt. Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens steht unter Druck. Jürgen Zoch, der noch immer Henriks Kollegin Katrin Stoll gefangenhält, hat für deren Freilassung zwei Millionen Euro verlangt. Doch wie soll Mertens das Geld auftreiben, und wer ist der Maulwurf in der IEK?
Als die Überreste des seit 2002 vermissten früheren SS-Mannes Alfred Döberitz auftauchen, muss IEK-Rechtsmedizinerin Löwe zur Befragung der Zeitzeugin Anna Rivolta nach Italien reisen. Wie die Spezialisten ermitteln, war Döberitz 1944 für ein Massaker in Italien verantwortlich. Welche Rolle spielten bei seiner Ermordung 2002 Staatsanwalt Brehm und Döberitz’ Untergebener Erich Fehling? Oder war es Selbstjustiz von Annas Enkel Franco Rivolta? Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens versucht, den Maulwurf in seinem Team zu finden und alles zu tun, um seine Kollegin Katrin Stoll aus der Gewalt des brutalen Verbrechers Jürgen Zoch zu befreien. Julia Löwe registriert, dass ihr Kollege Mertens zunehmend unter Druck gerät und an seine Belastungsgrenze kommt. Schließlich aber kann sie ihn dazu bewegen, dass er sich ihr anvertraut. Ab jetzt bilden Julia und Henrik ein Team bei der Rettung von Dr. Katrin Stoll.
Als in Berlin die Leiche eines ehemaligen Dolmetschers aus dem afghanischen Kundus gefunden wird, müssen die Spezialisten zur Überführung des Täters die ungewöhnliche Tatwaffe finden. Henrik Mertens war als Polizeiausbilder in Kundus. Khaled Qaderi war sein Dolmetscher, der laut seiner Tochter Aryana 2014 verschwand. Haben der Ex-Soldat Thomas Bauer oder der Reporter Bela Neumann mit dem Mord zu tun? Oder wurde Khaled als Verräter hingerichtet? Um seine entführte Kollegin Katrin Stoll zu befreien, muss Kriminalhauptkommissar Henrik Mertens unbedingt die von Erpresser Zoch geforderten zwei Millionen Euro Lösegeld auftreiben. Henrik entwickelt einen aberwitzigen Plan. Doch es gelingt ihm, Rechtsmedizinerin Dr. Julia Löwe und den inzwischen eingeweihten Kommissars-Kollegen Tom Bach zur Mithilfe zu überreden. Gemeinsam rauben sie die Asservatenkammer aus.
Durch einen Knochenfund kommen die Spezialisten einem Missbrauchs-Skandal auf die Spur und müssen im Jakobus-Kolleg ermitteln, einem katholischen Berliner Internat. Pater Wolfram wurde 2010 offenbar aus Rache erschlagen, als seine dunkle Vergangenheit ans Licht kam. Das IEK-Team stößt auf eine Front des Schweigens. Was verbergen David Pecker, Max Sobota, Pater Thiel und Daniela Krahl, die Schwester eines Opfers? Nach dem Diebstahl in der Asservatenkammer verfügen Henrik Mertens, Julia Löwe und Tom Bach zwar über das von Entführer Zoch geforderte Lösegeld für Dr. Katrin Stoll. Allerdings ist es Falschgeld, so dass sich die Frage stellt, ob Zoch über seinen Spitzel in der IEK davon Wind bekommen hat. Dies würde Katrin in noch größere Gefahr bringen. Umso dringender ist es daher, den Maulwurf ausfindig zu machen. Durch eine List kann Julia die Teamkollegin Maria Kaschke enttarnen. Diese aber versichert, Zoch nichts wegen der Blüten gesagt zu haben.
Die sterblichen Überreste des Privat-Bankiers Johannes Rathmann führen die Spezialisten in die Zeit des Börsencrashs im Herbst 2008. Rathmann war seit dieser Zeit spurlos verschwunden. Seine Frau Susanne und seine Tochter Svenja glaubten aufgrund einer Krebsdiagnose an Selbstmord. Doch es war zweifelsfrei Mord. Als tatverdächtig kommen sein Schwiegersohn Felix, sein Ex-Mitarbeiter Voss und seine Geliebte, Constanze von Herndorf, infrage. Dr. Katrin Stoll ist noch immer in der Gewalt des brutalen Entführers Jürgen Zoch. Nachdem das geforderte Lösegeld beisammen und das komplette Team der IEK eingeweiht ist, warten alle gespannt auf den Anruf von Zoch wegen der Geldübergabe – und damit auf die erhoffte Freilassung von Katrin. Doch Jürgen Zoch lässt sich Zeit. Hat er etwa mitbekommen, dass sein Spitzel, Maria Kaschke, enttarnt wurde?
Die Spezialisten müssen den ominösen Fund einer Wachsleiche aufklären und zudem versuchen, Katrin Stoll aus der Gewalt des Entführers Zoch zu befreien. Bei seiner Arbeit steht das IEK-Team unter strenger Beobachtung von Ferdinand Wagner, dem neuen LKA-Stabsleiter, der die Abteilung auflösen möchte. Endlich steht die Übergabe des Lösegelds für Dr. Katrin Stoll fest. Das gesamte Team bereitet sich minutiös darauf vor. Doch alles läuft anders als geplant, so dass selbst Maria Kaschke und ihre Kinder in Bedrängnis geraten. Gelingt die Befreiung Katrins trotzdem?