Sammy Olivetti wird eines nachts in seinem Wohnzimmer ermordet, das komplett mit Folie abgedeckt ist. Sammys Ex-Freundin Sophie meldet ihn als vermisst, zudem ist online ein Sexvideo aufgetaucht, das Sammy einst von ihr gemacht hat. Sherlock und Joan beginnen zu ermitteln. Dann wird dem Detektiv plötzlich eine enorme Geldsumme angeboten, wenn er nicht weiter recherchiert. Wem liegt so viel daran, den Mord zu vertuschen und Sophie bloßzustellen?
Rohan Giri stirbt durch den Beschuss mit einer Blitzkanone. Kurz zuvor hat er die Sicherheitsstandards eines Labors überprüft, das Elektrolaser entwickelt. Er fand heraus, dass die dort getestete Blitzkanone illegal mit Plutonium betrieben wird. Sherlock und Joan erfahren bei der Befragung des Investors Dave Amberlin, dass jemand das Plutonium gestohlen hat. Die Spur führt zu einer rechtsradikalen Gruppierung und schließlich in eine Moschee in New York City …
Zusammen mit anderen Enthusiasten hat George Nix eine Schlacht des Amerikanischen Bürgerkrieges nachgestellt. Es sollte seine letzte sein – er wurde mit scharfer Munition erschossen. Offenbar hatte Nix einige Feinde, nicht zuletzt, weil er die Franchise-Nehmer seiner Fitness-Studios übervorteilte. Watson findet allerdings heraus, dass das wohl nicht das Mordmotiv war. Vielmehr scheint es um historische Dokumente mit einem interessanten Inhalt zu gehen.
Joans ehemalige Therapeutin Dr. Reed wird brutal ermordet. Alles sieht danach aus, als hätte ein Patient die Tat begangen. Eine Recherche in der Praxis und ein Gespräch mit Dr. Reeds Partner Dr. Demopoulos bleiben ohne Ergebnis. Also klaut Sherlock die Festplatte der Ärztin, auf der sämtliche Patienteninformationen gespeichert sind. Auch Dr. Reeds Ehemann Milt kann einen heißen Tipp geben: Er verdächtigt Alfonse Kapoor, der offenbar unsterblich in seine Therapeutin verliebt war.
Sherlock weiß nicht, wie ein abgetrennter Kopf in seine Tasche kam – er hat einen Filmriss. Offenbar hängt der Kopf mit dem Mordfall zusammen, in dem er und Joan derzeit ermitteln: Es geht um Victoria Garvey, die bei einem Brand starb, nachdem sie eine Gewebespende erhalten hatte. Der abgetrennte Kopf musste einem Organspender gehört haben, denn die Hornhäute waren entnommen. Als schließlich noch ein Transplantationspatient bei einem Brand umkommt, ergibt sich eine Spur.
Der Ex-Yakuza Ando Azuma wurde ermordet. Außerdem stahl der Killer seine Fingerprothese. Wie sich herausstellt, ist das künstliche Körperteil ein USB-Stick, der offenbar belastende Informationen über einen gewissen Go Shinura enthält, ein Yakuza-Mitglied. Diese Fährte erweist sich allerdings als Sackgasse. Doch schon bald tut sich eine neue Ermittlungsrichtung auf: Azuma war Sicherheitsberater der Air Force, die mitten in New York ein geheimes Militärgelände unterhält …
Hannah findet ihre ermordete Mitbewohnerin Maddie im gemeinsamen Apartment. Die Art und Weise, wie der Mörder sie drapierte und ausstaffierte lässt darauf schließen, dass er den Kontakt zur Polizei sucht. Sherlock hat schnell einen Verdacht, wer der Täter sein könnte: Michael, ein Mitglied seiner Therapiegruppe. Er wusste nicht nur merkwürdig viel über Maddies Verbleib, sondern lieferte auch weitere Hinweise. Allerdings erweist sich Michael als ziemlich gerissener Widersacher …
Sherlock geht es nach den drei Monaten Pause, in denen er isoliert in einer Berghütte gelebt hat, deutlich besser. Wieder zurück bei Joan lernt er die schwangere Kelsey kennen, deren Neugeborenes Joan adoptieren möchte. In seinem nächsten Fall geht es um Lauren Wexler, deren Leiche in einem neu gegossenen Betonboden gefunden wurde. Ihr Beruf hatte mit der Entwicklung von speziellen Meeresreinigungsgeräten zu tun und führt Sherlock bis zur indischen Sandmafia.
Ein junges Paar findet nach den Semesterferien den Biologie-Professor tot in seinem Labor – er wurde vergiftet und von Ratten bereits teilweise gefressen. Von einem Drogendealer erfahren Gregson und Bell, dass der Professor an einem geheimen Projekt arbeitete, das ihn vermutlich das Leben kostete. Sherlock wird derweil von seinem Suchtbetreuer Alfredo um einen illegalen Gefallen gebeten, um dessen kriminellem Bruder zu helfen.
In einem abgelegenen Bunker wird die Leiche einer Frau gefunden, die der flüchtige Täter offenbar nach einem alten Ritual mumifizieren wollte. Sherlock und der Experte Professor Hausmann glauben, dass er vorhatte, die Tote als Fälschung einer ägyptischen Pharaonin an Museen teuer zu verkaufen. Wie sich herausstellt, war der Mörder kein Einzeltäter. Sherlock versucht derweil, angesichts des Todes seines Bruders Mycroft das schwierige Verhältnis zu seinem Vater zu reparieren.
Nachdem er der Fusion zweier Tabakkonzerne seinen Segen gegeben hat, wird der Vertragsanwalt Gilbert Pham ermordet. Scheinbar ist er bei seiner Prüfung der Firmen dem illegalen Treiben zweier ATF-Agenten auf die Spur gekommen, die einen der Konzerne wegen Schmuggels im Visier hatten. Sherlock und Joan finden bald heraus, was die Agenten im Undercover-Deckmäntelchen für ein Spiel spielen, doch dann kommt es zu einem tödlichen Showdown
Ein Bekannter von Joans Schwester bittet um Hilfe: Seine Internet-Freundin Maria wurde offenbar gekidnappt, sie hat sich bereits mehrere Tage nicht gemeldet. In Marias Apartment finden Joan und Sherlock allerhand seltsame Hinweise, die einigen Aufschluss darüber geben, wie Maria ihren Lebensunterhalt verdient – sie lässt sich von Online-Verehrern mit Gutscheinen überhäufen, ein sexueller Fetisch. Offenbar hatte nun eine ihrer Cash Cows die Nase voll …
Der ermordete Umzugsunternehmer Leland Frisk war sehr geschickt darin, sein eigentliches Betätigungsfeld zu verbergen: Tatsächlich arbeitete er als Auftragskiller, wie Sherlock bei seinen Ermittlungen herausfindet. Da Frisk für jeden seiner Auftraggeber eine Akte angelegt hatte, fällt es dem Detektiv nicht schwer herauszufinden, wer nun seinerseits den Killer ins Jenseits befördert haben könnte. Alles deutet auf den Pharmaunternehmer Cal Medina, doch bald bröckelt der Verdacht.
Detective Bell ist Opfer eines Giftgas-Anschlages geworden, nachdem er eine herrenlose Tasche auf dem Revier fand. Da die Rauchbombe genau in dem Moment via eines Handy-Signals freigesetzt wurde, als Bell die Tasche untersuchen wollte, geht er davon aus, dass er vom Täter beobachtet wird. Ob noch Schlimmeres verhindert werden kann?
Bei der Fahndung nach einem gestohlenen Huhn findet die Polizei eine männliche Leiche, die statt des eigenen Kopfes einen Hühnerkopf trägt. Alles deutet auf einen Ritualmord hin, da der Tote Religionslehrer und Okkultismus-Experte war. Sherlock und Joan gehen dieser Spur nach, stellen aber bald fest, dass hinter dem Mordfall eine hochprozentige Angelegenheit steckt, deren Ursprung in Guatemala liegt.
Ein Roboterentwickler, der aufsehenerregende Entdeckungen im Bereich der Teleportation gemacht hat, wird tot aufgefunden. Homes und Watson gehen davon aus, dass der Mord an ihm mit seinen zukunftsführenden Erfindungen zu tun haben könnte …
Der Zoologieprofessor Dr. Velnik, ein Spezialist für Würmer, wird tot in einer Tonne aufgefunden – ausgerechnet von Würmern zerfressen und mit einer Stichwunde am Hals. Handy und Festplatte seines Computers sind verschwunden und auch die Überwachungskameras liefern keine brauchbaren Infos. Diese ließ er nämlich ausschalten, als er mal wieder Damenbesuch von Studentinnen, Assistentinnen oder Kolleginnen erwartete. Ob eine seiner Affären etwas mit seinem Verschwinden zu tun hat?
David Horowitz übermittelt Sherlock mysteriöse Nachrichten: So soll sein verstorbener Bruder Norman Horowitz, ein Anhänger der Simulationshypothese, Todesanzeigen für noch lebende Personen geschrieben haben, von denen sich drei bereits bewahrheiteten. Auch Sherlock steht in der Todesliste und soll in drei Tagen sterben …
Als die Doktorandin Lily Zavala nicht zur mündlichen Verteidigung ihrer Arbeit erscheint, bittet ihr Mathematikprofessor Harlan Emple seine Freunde Sherlock und Joan um Hilfe. Nicht ganz ohne Hintergedanken: Harlan empfindet nämlich mehr für seine Doktorandin, als eigentlich erlaubt ist, was auch der Universität nicht verborgen blieb …
Bei einer Selbsthilfegruppe wird Rachel Garner erdrosselt auf einem der Stühle gefunden – Sherlock und Joan erinnert dieses Szenario an die grausamen Taten des Serienkillers Michael Rowan, den sie wieder in der Stadt vermuten. Der Verdacht spitzt sich zu, als Michael plötzlich im Revier auftaucht und mit Sherlock sprechen möchte …
Dr. Watson ist die Hauptverdächte in dem Mord an einem Serienkiller. Denn kurz nachdem sie von Michael, dem Killer, angegriffen wurde, wird er tot aufgefunden. Da das FBI ihr selbst nach dem Verhör noch nicht glaubt, müssen sie und Sherlock die Initiative ergreifen und nach Beweisen für ihre Unschuld suchen, leider führen sie in die falsche Richtung …