Zwei Jahre nach der Niederlage von Empire gegen Eddie Barker sind Cookie und Lucious immer noch dabei, die Trümmer einzusammeln. Die Familie ist nun vollständig verstreut und bewältigt die unvorstellbare Tragödien auf ihre eigene Weise. In der Zwischenzeit richtet Cookie ihre Aufmerksamkeit auf eine talentierte neue Sängerin und Rapperin namens Treasure, um durch sie die Position der Anführerin der Musikindustrie zurückzugewinnen.
Cookie und Lucious lernen die Schwierigkeiten kennen, einen Künstler ohne die Ressourcen von Empire Entertainment zum Durchstarten zu bringen. Damit steht auch die Zukunft von Treasure mit auf dem Spiel. Als sie zwei interessante Angebote erhalten, die sie wieder an die Macht der Musikindustrie bringen könnten, treffen sie eine überraschende Entscheidung. In der Zwischenzeit beschließt Jamal, seine Familie an die erste Stelle zu setzen und nach New York zurückzukehren, so dass Kai einige harte Entscheidungen treffen muss.
Cookie und Lucious drängen darauf, wieder in die Musikindustrie einzusteigen. Dazu benötigen sie aber die Unterstützung der ganzen Familie und einiger alter Verbündete. Auch müssen sie sich darüber im klaren sein, dass das auch heißen kann, ernsthafte Opfer zu bringen. In der Zwischenzeit findet Andre einen riskanten Weg, sich bei seinen Mitgefangenen einen Namen zu machen.
Die Lyon Familie arbeitet daran ihren Schwung wiederzufinden und startet ein brandneues Projekt. Cookie und Portia versuchen Devon zu verpflichten, der genau den Sound hat, den sie wollen. Andre versucht sich als nützlich für Lucious' Geschäft zu beweisen. Jamal gerät in Panik, als er nichts von Kai hört, und erinnert sich an seine gemeinsame Zeit mit ihm. Bei Empire trifft das neue Management ein paar gefährliche Entscheidungen.
Lucious und Cookie bereiten ihren neuesten Künstler Devon auf eine spezielle Premierenparty vor, jedoch machen sie sich auch Sorgen, dass dieser dem Druck einer solchen Veranstaltung noch nicht gewachsen ist. Hakeem möchte Tiana derweil beweisen, dass er reifer geworden ist. Sie hat aber Probleme, ihm diese Entwicklung abzunehmen, waren die letzten Jahre zwischen den beiden doch alles andere als einfach. Cookie macht sich andernorts ebenfalls ihre Gedanken über Jamal.
Cookie und Lucious gehen die Künstler aus, also starten sie einen kleinen Wettbewerb, wer von ihnen zuerst ein neues, vielversprechendes Talent unter Vertrag nehmen kann. Lucious macht sich Hoffnungen, bei einer Pokerrunde einen jungen Rapper davon überzeugen zu können, sich seinem Label anzuschließen. Cookie schaut sich derweil auf der Straße um, indem sie ein großes Vorsingen veranstaltet. Hakeem weigert sich indes, das Studio zu verlassen, und aus seiner Wut speist sich plötzlich die beste Musik, die er jemals produziert hat. Jamal findet sich andernorts an einem Scheideweg wieder, als Becky behauptet, dass er zu viel Zeit mit Kai verbringt.
Um die Kluft zwischen Lyon Family Management und Empire zu überbrücken, muss Lucious mit Jeff Kingsley auskommen, damit die zwei Firmen zusammen der Girl Group TBD wieder zur Berühmtheit verhelfen können. Währenddessen ist Jamal frustriert über Cookies Verhalten, als sie ihm einen seiner Künstler, Wynter, stehlen will. Andre hilft der Mutter eines Freundes, die ihren unschuldigen Sohn aus dem Gefängnis befreien will. Cookie erkennt, dass ihre Schwester in Gefahr ist.
Die Führung von Lyon Family Management wirkt sich negativ auf Cookies und Lucious' Beziehung aus. Nachdem ein Machtspielchen von Kingsley Lucious viel Geld kostet, denkt Cookie an ihre anfänglichen Schwierigkeiten zurück. Kai ist sauer als Jamal ihre Verlobung live im Fernsehen verkündet und Tiana steht mit Hakeem an einem Wendepunkt als dieser sich weigert, den Streit mit Blake beizulegen. Candace fühlt sich von Cookie betrogen und will sich rächen.
Die finanzielle Sicherheit der Lyons steht auf dem Spiel als ihre LFM-Show ansteht. Kais Recherche bringt einige schmutzige Machenschaften innerhalb der Firma ans Licht und verursacht Konflikte mit Jamal. Hakeem und Tiana erreichen endlich eine Einigung, wie sie am besten in ihrer Beziehung weitermachen. Andre hat Schwierigkeiten mit seiner Entscheidung, einen neuen Schwarm in sein Leben zu lassen. Inzwischen schließt Kingsley einen Deal mit Giselle.
Da die Kontrolle über Empire wieder in Reichweite ist, müssen die Lyons alle Register ziehen, um die Unschuld von Lucious und Becky im Data-Mining-Skandal zu beweisen. In der Zwischenzeit kämpft Cookie mit Lucious' Vergangenheit und Jeff Kingsleys Rolle darin, Jamal und Kai versuchen herauszufinden, wo sie stehen und ein Geheimnis wird offenbart.
Als der Ruf des Familienunternehmens auf dem Spiel steht, suchen die Lyons nach einem Weg, Kingsleys Chaos zu beseitigen und ein neues, verbessertes Empire auf die Beine zu stellen. Während Lucious und Cookie einen alten Bekannten anheuern, um das von Eddie gestohlene Geld zu finden, versucht Andre Devons Plattenfirma zu überreden, ihn mit Empire aufnehmen zu lassen. Treasure und Tiana kämpfen für eine Sängerin, die in Jamals neuem Song mitsingen soll.
Cookie bekommt ein Jobangebot, das ihre Zukunft im Familienunternehmen enorm gefährden würde. Jamal arbeitet hart, um Tiana und Treasures Song zu einen Erfolg werden zu lassen, während Lucious, Cookie und Giselle an Zukunftsplänen für Hakeem und den Rest der Künstler bei Empire arbeiten. Thirsty wird unterdessen von der Polizei wegen seiner Verbindung zu Lucious und Damon Cross unter Druck gesetzt und Andre erhält verblüffende Neuigkeiten.
Als Empire seine nationale Tournee in Philadelphia startet, wird es hitzig und die Egos prallen aufeinander. Jamal und Kais Beziehung wird kompliziert und Treasure hat einen peinlichen Unfall auf der Bühne. Cookie ringt mit ihren Gefühlen für Damon, während das FBI Ermittlungen gegen Empire aufnimmt.
Nachdem sie Neuigkeiten über Andres Gesundheit erhalten haben, tut die Familie alles in ihrer Macht stehende, um ihn zu unterstützen, während sie die Tour fortführen. Cookie und Lucious diskutieren ihre Missetaten und Kai steht Jamal bei seinem Prozess bei. Maya arrangiert sich mit ihrer Beziehung zu Blake und den anderen und der Rest von Empire muss sicherstellen, dass die Tour weitergeht.
Während die Behörden Empire weiter auf den Fersen sind, sucht Jeff Kingsley nach der Wahrheit über die Geschehnisse zwischen Lucious und Tracy Kingsley. Teri und die Lyons beten für Andres Gesundheit und Cookie stellt sich ihrer Beziehung mit Damon Cross. Jamal und Kai treffen eine Vereinbarung, während Hakeem herauszufinden versucht, wo er in seinen Beziehungen steht.
Es ist ein besonderer Tag für Jamal und Kai, der vielleicht ruiniert werden könnte, denn Meghan Conway versucht noch immer die Lyons um jeden Preis dran zu bekommen. Inzwischen taucht Damon auf und droht, Cookies Geheimnis zu enthüllen. Teri vertraut sich Cookie an und Andre bittet Lucious um Hilfe bei einer lebensverändernden Angelegenheit.
Conway hat es auf Cookie abgesehen während Lucious von seiner Vergangenheit eingeholt wird. Becky, Hakeem und Andre planen Empire mit einer Show zu retten. Außerdem sucht Andre Hilfe bei der letzten Person, die die Lyons erwarten würden. Cookie könnte Lucious das, was er getan hat, vielleicht nie vergeben.
Während Cookie und Lucious sich mit ihren gegenseitigen Betrügereien auseinandersetzen, überlegen sie, ob dies das Ende ihrer Beziehung sein wird. Andres Leben hängt am seidenen Faden und die Zukunft von Empire steht auf dem Spiel als die Behörden näher kommen. Außerdem wird enthüllt, wer im Sarg liegt.