Tom Mason hat sich von Karen in die Skitter-Zentrale führen lassen in der Hoffnung, mit den Verantwortlichen eine Einigung herbeiführen zu können. Doch diese Hoffnung wird enttäuscht.
Alle sind froh, dass Tom Mason wieder zurück ist, aber Tom selbst fühlt sich nicht wohl in seiner Haut. Er glaubt, dass die Aliens ihn irgendwie infiziert hätten. Aber er kann nicht sagen, wie das aussehen könnte. Doch dann macht Anne eine grausige Entdeckung.
Ben ist mit Jimmy zusammen auf Patrouille. Beides sind von dem Willen beseelt, so viele Skitter und Mechs wie möglich zu töten und entfernen sich weit von ihrem Patrouillen-Gebiet - zum Glück von Tom.
Matt droht seinem Vater zu entgleiten. Der kleine Junge fühlt sich immer mehr dazu berufen, gegen die Skitter zu kämpfen und lässt sich auch auf waghalsige Manöver ein. Währenddessen machen seine Brüder auf einem Patrouillengang eine interessante Entdeckung.
Bei einem Patrouillengang entdecken Weaver und seine Leute Rick, der schwer verletzt mitten unter getöteten Aliens liegt. Zunächst können die Männer sich keinen Reim darauf machen, aber offenbar kam es zu einem Gemetzel zwischen den Aliens. Und Rick ist merkwürdig verändert.
Hal und Maggie kommen einfach nicht zusammen, weil Maggie sich nicht auf eine Beziehung einlassen kann. Während sie Hal das erklärt, entdeckt der zufällig einige Kinderleichen, die im Laub vergraben sind, aber auch noch ein lebendes Mädchen: Karen.
Ben wird von jemandem, dem er glaubte trauen zu können, in Gefahr gebracht. Captain Weaver bietet Matt einen Job an, um den Jungen aufzumuntern und ihm eine sinnvolle Aufgabe zu übertragen. Ein paar Mitglieder einer Widerstandszelle geraten in einem Keller in eine Falle. Ihre Lage scheint aussichtslos, als sie sich mit einem neuen Feind konfrontiert sehen.
Auf der Fahrt nach Charleston laeuft Tector, der mit Captain Weaver im Wagen faehrt, ein Maedchen vors Auto, Jenny. Da sie verletzt ist, beschliesst Waever sie mitzunehmen, auch wenn sie eine Steuerung traegt.
Die 2nd Mass trifft auf neue Leute und Tom sieht seinen früheren Mentor und Professor Arthur Manchester wieder. Doch es wird immer schwieriger zu entscheiden, wem man trauen kann. Maggie vermutet, dass Pope die Gruppe bald verlassen könnte.
Im Finale der zweiten Staffel spitzt sich der Aufstand der Skitter zu: Redey und eine Gruppe von Gefolgsleuten machen die menschlichen Überlebenden in Charleston auf ein lohnendes Ziel aufmerksam, dessen Zerstörung die feindlichen Aliens in große Verwirrung stürzen könnte. Doch unter den Überlebenden ist man sich uneins, ob man den Skittern trauen kann.