New York im Ausnahmezustand: Nach einer Bombenexplosion in einem Wohnhaus gehen Maggie Bell und OA Zidan von einem Konflikt verfeindeter Banden aus. Doch dann eröffnet sich durch die Bauart der Bomben eine weitere, grauenvolle Möglichkeit: Derselbe Zündmechanismus wurde vor einiger Zeit bei einem Anschlag auf eine Synagoge benutzt. Ob der verantwortliche Rassist Robert Lawrence versucht, Unruhe zwischen den verschiedenen Ethnien zu stiften?
Als plötzlich etliche Menschen scheinbar wahllos zusammenbrechen und sterben, steht das Team um die Special Agents Bell und Zidan zunächst vor einem Rätsel. Klar ist, dass die Opfer vergiftet wurden. Eine Spur führt die Ermittler in einen Delikatessenladen – und tatsächlich zeigen Aufnahmen der Überwachungskamera, dass ein junges Mädchen die Speisen mit Gift versetzt hat. Allerdings ist eine Befragung der Täterin nicht mehr möglich, denn auch sie liegt vergiftet im Krankenhaus.
Der Schock sitzt tief, als die Besitzer eines Strandhauses einer jungen Frau die Tür öffnen, die mehr tot als lebendig scheint. Sie hat mehrere Stichwunden und konnte sich mit letzter Kraft zu dem Haus schleppen. Die Ermittler verfolgen ihre Spur zurück. Am Tatort angekommen, bietet sich ihnen ein Bild des Schreckens: Etliche Gräber liegen dort verborgen. Erste Untersuchungen ergeben, dass es sich um weibliche Opfer handelt, die alle mit einem Brandzeichen markiert wurden.
Ein mutmaßlicher Scharfschütze tötet von einem Hochhaus aus drei Menschen. Kurze Zeit später schlägt er erneut zu - und dieses Mal müssen sechs Passanten sterben. Der Attentäter war jedoch unvorsichtig und hinterlässt Spuren. Die Special Agents können keine Verbindung zwischen den Opfern herstellen. Dem Killer muss es also um etwas anderes gehen. Agent Bell vermutet, dass die Tatorte eine besondere Rolle für den Schützen spielen.
Nahe eines Atomkraftwerks entdeckt ein Mitarbeiter des Sicherheitsdienstes eine Leiche. Es handelt sich bei der Toten um die Inspekteurin Cameron Porter, die die Sicherheit des Kraftwerks überprüfen sollte. Befragungen des Personals ergeben, dass die Frau erst kürzlich eine Auseinandersetzung mit einem Angestellten hatte. Die Ermittler finden heraus, dass ein Saboteur sein Unwesen in dem Werk treibt. Wurde dieser von Cameron enttarnt oder steckte sie mit ihm unter einer Decke?
Die kleine Tochter von Gary Lynch und dessen Frau Alexis wird entführt. Kurze Zeit später meldet sich der Täter und verlangt Lösegeld. Gary ist Senator. Daher nehmen die Agenten zunächst an, dass er sich im Job Feinde gemacht hat, die sich nun an ihm rächen wollen. Die Ermittlungen führen dann aber in eine andere Richtung: Garys Affäre mit einer Frau namens Nicole Sousa eröffnet einen ganz neuen Blickwinkel auf die Tat.
Drei Männer rauben einen Geldtransporter aus und fliehen mit ihrer Beute. Die Ermittler vermuten, dass ein Maulwurf innerhalb der Transport-Firma ihnen mitgeteilt hat, wann der Wagen am einfachsten überfallen werden kann. Durch die Auswertung der Videos verschiedener Überwachungskameras findet Chazal heraus, dass der Bruder des Designers Jack Salerno in die Sache verwickelt sein muss.
Das FBI ermittelt im Fall einer Entführung: Ein Mann namens Viktor Beniov wurde vor dem russischen Konsulat gewaltsam verschleppt. Er ist Chemiker und dadurch in der Lage, gefährliche chemische Waffen anzufertigen. Zudem ist er der Autor eines umstrittenen Buches, in welchem er die Politik Russlands kritisch unter die Lupe nimmt. Die russische Regierung leugnet, für die Entführung verantwortlich zu sein, doch Dana zweifelt an der Glaubwürdigkeit ihres Informanten.
Ein Mann wird erschossen, obwohl er unter Begleitschutz durch zwei US-Marshals stand. Das FBI übernimmt den Fall, denn bei dem Opfer handelt es sich um Damon Cruz, der im Rahmen des Zeugenschutzprogrammes eine neue Identität erhielt. Offenbar wurde er jedoch enttarnt und von seinen einstigen Kartellgenossen ermordet. Zumindest ist das die erste Annahme der beiden Agents Zidan und Bell.
Agent Zidan wird von der SIU, einer Spezialeinheit des FBI, um Hilfe gebeten. Er hat große Ähnlichkeit mit einem Informanten, den die Unit bei einem der weltweit größten Waffenhändler positioniert hat. Der Maulwurf wurde kurz vor einem wichtigen Deal, bei dem die Ermittler den Waffen-Boss festsetzen wollten, ermordet. Nun soll Zidan dessen Rolle einnehmen und die Mission doch noch zum Erfolg führen.
Danas Bekannte Leslie Chapman wird zusammen mit ihrer Tochter ermordet. Chapman war Bundesrichterin und schien nach Aussage ihres Mannes Mike keine offensichtlichen Feinde gehabt zu haben. Doch eine Zeugin gibt an, kurz vor der Tat ein Telefonat gehört zu haben, bei dem die Richterin scheinbar in einen Streit mit ihrem Gesprächspartner geraten ist. Daraufhin hat Chapman angeblich ganz plötzlich ihr Büro verlassen. Omar und Maggie gehen dieser Spur nach und erfahren Brisantes.
Nathaniel Bain wird nach seiner offenkundigen Rede auf einer Veranstaltung rechtsradikalen Hintergrunds ermodet. Für die Beteiligten geschah dies jedoch nicht unvorhergesehen: Das Opfer erhielt aufgrund bisheriger Stellungnahmen schon oft Morddrohungen.
Maggie und OA sind hinter einem Pärchen her, das bei ihren Raubüberfällen eine brutale Spur der Gewalt hinterlässt. Bei ihrem jüngsten Coup wurde ein Polizist, der gerade außer Dienst war, getötet.
Nach dem Mord an einem investigativen Journalisten, stellen die FBI-Ermittler fest, dass es Verbindungen zu früheren Fällen gibt. Besonders Maggie geht der Fall äußerst nahe. Er weckt Erinnerungen an den Tod ihres Ehemannes, der ebenfalls Journalist war.
Mehrere Bombenanschläge treffen prominente Wall Street-Banker. Handelt der Täter aus Rache, weil er einst bei einem Investment Geld verloren hat? Maggie und OA gehen von dieser Theorie aus und nehmen die Spur auf. Zeitgleich kümmert sich Dana um Spencer Briggs, einen Profiler, der mit einer recht eigentümlichen Einstellung seinen Fall verfolgt
Die Tochter einer reichen Familie wird entführt. Doch anstatt um Lösegeld, scheint es den Tätern eher um Aufmerksamkeit im Internet zu gehen. So stellen Maggie und OA bei ihren Ermittlungen den ganzen Umfang des perfiden Plans fest, der weit über die Entführung hinaus geht
Maggie und Dana untersuchen den Fall eines Serienkillers, doch der Bürgermeister behindert die Ermittlungen um Kosten zu sparen.
OA und Maggie arbeiten mit ihren FBI-Kollegen des „Fugitives Department“ zusammen. Gemeinsam verfolgen sie die Spur eines Täters, der zu den zehn meistgesuchten Verbrechern Amerikas zählt.
Ein Ring von Drogenschmugglern gerät ins Visier der FBI-Ermittler, nachdem ein amerikanischer Diplomat grausam ermordet wird. Zeitgleich versuchen Jubal und OA Freunden bei der Bewältigung ihrer Traumata und ihrer Suchtprobleme zu helfen.
Ein kontroverser Politiker aus Ägypten kommt für eine Herztransplantation nach New York. OA kann seine persönliche Abneigung gegen den Mann nur schwer unterdrücken, als er zum Schutz des Staatsmannes abkommandiert wird.
Ein hochdekorierter FBI-Agent wird ermordet. Die Ermittlungen führen das Team zur Erkenntnis, dass der Mann lange Zeit ein Doppelleben geführt haben muss. Dadurch hat Maggie mit einem moralischen Dilemma zu kämpfen: Welche Details ihrer Ermittlungen offenbart sie seiner Witwe, mit der sie auch persönlich befreundet ist?
Eine Zeugin im Mord an Maggies Ehemann Jason wird selbst ermordet. Die Frau hatte sich kurz vor seinem Tod mit Jason getroffen. Die Ermittlungen führen das Team schließlich zu einem mexikanischen Drogenkartell, das im großen Stil Geldwäsche betreibt. Dana riskiert ihre eigene Karriere, in dem sie Maggie erlaubt, an dem Fall zu arbeiten. Später trifft Dana eine schwerwiegende Entscheidung.