Es ist Schulfest an der Samezuka-Academy. Haruka und seine Freunde von der Iwatobi-Highschool statten ihrem Freund Rin einen Besuch ab. Dieser fordert sie prompt zu einem Battle Royale à la 'Free!' heraus, wobei via Los entscheiden wird, wer dem blauen, und wer dem roten Team angehört. Jedes der Teams, aber auch jeder der Spieler, verfolgt dabei seine eigene Taktik, um zu gewinnen und das Match für sich zu entscheiden.
Haruka Nanase fühlt etwas besonderes, wenn er Wasser berührt. Das medley relay war der letzte Wettbewerb der Grundschule, an dem er teilnehmen konnte. Haruka sah gemeinsam mit Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki und Rin Matsuoka etwas, was sie niemals zuvor sahen. Im Herbst, wo die Kirschblüten in voller Blüte standen. Haruka zog genauso wie Makoto zur Iwatobi Mittelschule und begann sein neues Leben. Beide wurden Teil des Schwimmteams und planten, zusammen mit Asahi Shiina und Ikuya Kirishima am medley relay teilzunehmen. Alle vier Schüler haben verschiedene Ziele, Denkweisen und Sorgen, so kam es, dass ihr Training für den Wettbewerb nicht gut lief. Was wird benötigt, um ein Team zu bilden? Was denkt Haruka, dessen Herz im medley relay der Vergangenheit eingeschlossen ist, über dieses Event? High Speed! -Free! Starting Days- bildet die Jungs auf ihrer Suche nach einer Antwort ab und entdeckt neue Ideen des Schwimmens. Die funkelnde Jugend der Jungs sowie die Zukunft die sie aufs Schwimmen setzen, beginnt.
Obwohl er nach den dramatischen Ereignissen in seiner Vergangenheit eigentlich die Finger vom Schwimmen lassen wollte und die Schwimmbrille an den Haken gehängt hat, beschliesst Haruka Nanase (Stimme im Original: Nobunaga Shimazaki) als er auf die Oberschule kommt: Er muss wieder ins Wasser! Zu stark ist für ihn der Lockruf des Schwimmbeckens, zudem ist er auf alte und neue Freunde getroffen, unter anderem Makoto (Tatsuhisa Suzuki), Nagisa (Tsubasa Yonaga) und Rei (Daisuke Hirakawa), mit denen gemeinsam er den Iwatobi Schwimmklub gründet. Doch dann taucht noch ein weiteres Gesicht aus seiner Vergangenheit auf: Rin Matsuoka (Mamoru Miyano). Aus den Freunden von damals sind mittlerweile aber Rivalen geworden, so dass Rin Haruka zu einem Schwimmduell herausfordert, was er locker gewinnt ...
Rin Matsuoka (Stimme im Original: Mamoru Miyano) hat einen grossen Traum: Er will Profischwimmer werden und hängt sich dafür im Schwimmbecken richtig rein. Sein grosses Talent und sein aufopfernder Einsatz haben ihm mittlerweile die Position des Teamkapitäns des Samezuka Schwimmklubs eingebracht. Doch da kommt sein alter Freund Sousuke Yamazaki (Yoshimasa Hosoya) neu an Rins Schule, was schnell dafür sorgt, dass die Freundschaft zu den Mitgliedern des Iwatobi Schwimmklubs, unter anderem Haruka Nanase (Nobunaga Shimazaki), Makoto (Tatsuhisa Suzuki), Nagisa (Tsubasa Yonaga) und Rei (Daisuke Hirakawa), auf die Probe gestellt wird - schon wieder! Doch hinter Sousukes arroganter, angeberischer Art steckt mehr, als man auf den ersten Blick sieht ...
Haruka und Makoto starten ihr Studentenleben in der Großstadt Tokyo, wo sie alte Bekanntschaften und neue Herausforderungen erwarten. Dort bahnt sich auch ein Wiedersehen mit ihrem Kindheitsfreund Ikuya an, der unter großem Leistungsdruck zu stehen scheint. Obwohl sie ihm nur helfen wollen, scheint sein neuer Freund Hiyori etwas gegen ihre „Einmischung“ zu haben. Nagisa und Rei hingegen versuchen den Neulingen des Iwatobi Schwimmklubs zu zeigen, was Schwimmen für sie bedeutet, ehe sie selbst die Schule verlassen müssen. So stürzen sich alle kopfüber in den reißenden Strom der Geschehnisse, um ihre Träume zu verwirklichen, die aus ihren gemeinsamen Banden entsprungen sind…
