Durch die Brücke, die Peter zwischen den Welten geschlagen hat, sind die beiden Universen nun verbunden. Die Fringe-Division will sogar zusammenarbeiten, um die entstandenen Wunden zu heilen, aber noch fehlt das gegenseitige Vertrauen. Als eine neue Art von Gestaltwandlern eine Mordserie begeht, werden Olivia und Walter misstrauisch. Gibt es wirklich Frieden? Oder treibt die "andere Seite" doch ein falsches Spiel? Währenddessen wird Walter von mysteriösen Erscheinungen geplagt.
Die Fringe-Division jagt einen Serienmörder, der den Menschen ihre glücklichsten Erinnerungen raubt. Allerdings ist in "unserem Universum" ausgerechnet dieser Mann ein Psychologie-Professor, der bei der Jagd nach seinem Doppelgänger helfen soll. Doch Olivia versucht ihrem Helfer zu verheimlichen, dass es die andere Welt und sein böses Ich überhaupt gibt. Als dieser dahinter kommt, droht die Sache außer Kontrolle zu geraten ...
Ein kleiner, einsamer Junge namens Aaron ist in mysteriöse Todesfälle verwickelt. Ursache scheint ein riesiger Pilz zu sein. Der schnell wachsende Organismus und das Kind haben eine merkwürdige Verbindung zueinander. Wird der Pilz gestoppt, wird auch Aaron sterben - eine dramatische Situation für das Fringe-Team. Walter kommt dem Jungen während des Falls näher und vertraut sich ihm sogar an. Der Wissenschaftler erzählt ihm von seinem toten Sohn ... Peter.
Eine unheimliche blaue Wolke bedroht Olivia. Bei den ständigen Angriffen, werden sämtliche metallischen Gegenstände von der Energiewolke angezogen. Das Ergebnis sind schreckliche Verwüstungen. Als das Fringe-Team die Erscheinung untersucht, erinnert Walter sich an einen Jungen mit außerkörperlichen Erfahrungen. Steckt wieder einmal eines seiner ehemaligen Cortexipan-Versuchskindern hintern den unerklärlichen Ereignissen? Olivia macht sich auf die Suche nach dem jungen Mann ...
Peter muss sich damit abfinden, dass seine Vergangenheit, an die er sich erinnert, für alle anderen nicht existiert. Für Walter und auch Olivia ist er ein vollkommen Fremder. Trotzdem entschließt er sich, die Fringe-Einheit zu unterstützen. Diese macht Jagd auf einen Gestaltwandler, der es anscheinend auf einen Wissenschaftler von Massive Dynamic abgesehen hat. Werden sie das Schlimmste verhindern können?
Für das Ehepaar Green ist die Zeit stehengeblieben. Immer noch leben sie im Jahr 2007. Nachdem bei Kate Green Alzheimer diagnostiziert wurde, haben sie und ihr Mann sich in eine Zeitkapsel verkrochen. So ist das Paar immer noch glücklich und muss nicht mit der furchtbaren Krankheit leben. Doch die Erfindung hat unerwünschte Konsequenzen: Zeitsprünge, die auch das Leben von Menschen bedrohen. Als sich eine schreckliche Katastrophe anbahnt, muss das Fringe-Team handeln.
Eugene ist mit einem Gendefekt geboren worden, an dem er fast gestorben wäre. Dank einiger Wissenschaftler von Massive Dynamic hat er überlebt. Doch bei den Experimenten wurden seine Zellen verändert. Nun ist er praktisch unsichtbar, da er sich perfekt seiner jeweiligen Umgebung anpasst. Allerdings kann er für kurze Zeit sichtbar werden und so endlich am normalen Leben teilnehmen. Nur braucht er dafür die Pigmente seiner Mitmenschen - für die Spender bedeutet das den Tod ...
Peter möchte unbedingt sein altes Leben zurück und einen Weg finden, um wieder in die ihm bekannte Zeitlinie zurückzukehren. Doch Walter weigert sich, ihm zu helfen. So wechselt er gemeinsam mit Lincoln Lee ins andere Universum, dieser soll sich dort als Agent Lee ausgeben. Die beiden möchten nach Liberty Island, dem Sitz des Verteidigungsministeriums. Allerdings geht der Plan furchtbar schief und plötzlich stehen Peter und Lee unter Mordverdacht ...
Wer steckt hinter den neuen Gestaltwandlern? Dieses Geheiminis ist endlich gelüftet: David Robert Jones hat in beiden Universen Gestaltwandler eingesetzt, um ein Mineral in seinen Besitz zu bringen. Damit würde eine ungeheure Energiequelle in seine Macht gelangen - stark genug, um beide Universen zu vernichten. Als das Fringe-Team diese schreckliche Bedrohung entdeckt, sind beide Seiten gezwungen, nun tatsächlich zusammen zu arbeiten. Nur so können die Welten gerettet werden ...
Emily, ein junges Mädchen, sieht anscheinend in die Zukunft. Ihre Visionen hält sie in Zeichnungen fest und immer wieder erfüllen sich ihre schrecklichen Vorahnungen. Denn eines haben ihre Bilder gemeinsam, immer geht es um den Tod. Als Emily ein furchtbares Bombenattentat in einem Gerichtsgebäude vorhersieht, wird das Fringe-Team aktiv. Olivia und Peter versuchen alles, um zu verhindern, dass sich auch diesmal die Prophezeiung erfüllt ...
Der ehemalige MIT-Professor Neil hat einen Weg gefunden, die Vergangenheit, die Gegenwart und die Zukunft gleichzeitig wahrzunehmen. Mit diesem Wissen offenbaren sich ihm allerdings auch die Fehler, Missgeschicke und Unfälle seiner Mitmenschen. Aufgrund seines eigenen tragischen persönlichen Schicksals - er hat Vater und Bruder bei einem Autounfall verloren - ist er der Meinung, die Menschen vor einem ähnlichem Schicksal bewahren zu müssen ...
Das Team wird nach Westfield gerufen, um einen Flugzeugabsturz zu untersuchen, der offensichtlich durch einen Komplett-Ausfall der Elektronik verursacht worden ist. Zur gleichen Zeit sind auf dem Highway mehrere Autos aufgrund ähnlicher Probleme liegen geblieben. In Westfield wollen sich Peter, Olivia und Walter mit einem Kaffee und einem Stück Rhabarberkuchen stärken, doch auf dem Rückweg zu der Unfallstelle müssen sie feststellen, dass sie die Stadt nicht mehr verlassen können.
Sean hört Stimmen. An sich nichts Außergewöhnliches, doch der junge Mann muss einen Mord an einem Journalisten mithören. Die Ermittlungen führen das Team zu Dr. Frank, der in einer Einrichtung für betreutes Wohnen lebt und früher eine Klinik für künstliche Befruchtung betrieben hat. Bald stellt sich heraus, dass er dabei an den eingepflanzten Embryonen genetische Manipulationen vorgenommen hat. Indes verhält sich Olivia immer seltsamer: Sie hat Erinnerungen der anderen Olivia ...
Olivia wurde entführt und sitzt, gefesselt an einen Stuhl, in einem Verlies. Dort trifft sie Nina Sharp, die offenbar schon seit Wochen gefangen gehalten wird. Olivia erfährt, dass alle Kontakte, die beide in dieser Zeit hatten, in Wirklichkeit mit der Doppelgängerin von der anderen Seite stattgefunden haben. Schon bald stellt sich heraus, dass David Robert Jones hinter diesem perfiden Spiel steckt, der Olivia besondere Fähigkeiten aktivieren will ...
Ein Serienkiller hat es auf glückliche Paare abgesehen: Er dehydriert die Männer und stellt aus der dadurch gewonnenen Flüssigkeit ein Parfum her. Später besucht er die Frauen der Toten und verführt sie mithilfe des Dufts. Olivia und Lincoln sind dem Mörder bereits auf den Fersen. Unterdessen beschließt Olivia, sich nicht länger gegen die Verwandlung in ihr anderes Ich zu wehren - die Erinnerungen ihres Alter Egos erscheinen ihr wie eine bessere Version ihrer selbst ...
Das Team bekommt es mit einem heimtückischen Virus zu tun, das Menschen zu Monstern mutieren lässt. Peter und Olivia ist schnell klar, dass es Parallelen zu einem Fall aus der anderen Zeitlinie gibt. Allerdings erlaubt das FBI nicht, dass sich Olivia in ihr Alter Ego verwandelt - somit sind Peter und Lincoln bei der Lösung des Falls auf sich allein gestellt. Sie machen sich auf die Suche nach Daniel Hicks, der im früheren Fall das zweite Opfer des Virus war ...
Um Informationen über David Robert Jones zu bekommen, begibt sich Lincoln auf die andere Seite. Dort angekommen, stößt er auf einen Gestaltwandler, der es auf Kriminelle und Drogensüchtige abgesehen hat. Es stellt sich heraus, dass es sich um einen Gestaltwandler von Jones handelt, der außer Kontrolle geraten ist und "sozialen Abschaum" einfach verschwinden lässt. Als der Gestaltwandler aufgegriffen wird, müssen Jones und Nina Sharp handeln ...
Als im Paralleluniversum drei Menschen bei einem Flugzeugabsturz ums Leben kommen, sterben auf der hiesigen Seite die Alter Egos dieser Menschen an denselben Verletzungen. Um bei der Aufklärung des Falls zu helfen, wird Walter auf die andere Seite geschickt. Wenig später stirbt auf beiden Seiten gleichzeitig eine Frau an den Folgen eines Autounfalls. Schnell ist klar, dass Jones hinter den mysteriösen Vorfällen steckt ...
Boston, 2036: Schon vor Jahren haben die Beobachter die Macht an sich gerissen und die Menschheit brutal unterdrückt. Die meisten Menschen leben als angepasste Loyalisten, doch im Geheimen regt sich immer noch Widerstand. Als die immer noch bestehende Fringe-Division an den in Bernstein eingeschlossenen Walter Bishop gerät, keimt neue Hoffnung auf. Doch schnell ist klar, dass Walters Gehirn stark in Mitleidenschaft gezogen worden ist ...
Zahlreiche Erdbeben erschüttern zeitgleich beide Welten. Das Fringe-Team geht davon aus, dass David Robert Jones hinter den Geschehnissen steckt. Offenbar versucht er, beide Universen zu synchronisieren, um sie anschließend zu zerstören. Olivia hat Kontakt zu einem von Jones' Männern, den sie für ihre Zwecke einsetzen will. Schon bald steht das Fringe-Team vor einer schwierigen Entscheidung.
Fälle von spontaner Selbstentzündung halten das Fringe-Team in Atem. Um den Geschehnissen auf die Spur zu kommen, ist Walter gezwungen, sich mit seiner schmerzvollen Vergangenheit auseinanderzusetzen. Unterdessen kommt es zum Showdown zwischen dem Fringe-Team und David Robert Jones - den Welten droht der Untergang ...
Fälle von spontaner Selbstentzündung halten das Fringe-Team in Atem. Um den Geschehnissen auf die Spur zu kommen, ist Walter gezwungen, sich mit seiner schmerzvollen Vergangenheit auseinanderzusetzen. Unterdessen kommt es zum Showdown zwischen dem Fringe-Team und David Robert Jones - den Welten droht der Untergang ...