Das neue Schuljahr an der McKinley High School beginnt mit alten Problemen: Direktor Figgins kürzt das Budget von Sues Cheerleadern und Wills Glee Club zu Gunsten der Football Mannschaft. Außerdem soll eine neue Trainerin das Team auf Vordermann bringen. Es ist die knallharte Shannon Beiste. Um ihr jeweiliges Budget zu retten, verbünden sich die Erzfeinde Sue und Will gegen die neue Kollegin. Doch je hinterhältiger Sue Coach Beiste mitspielt, desto mehr öffnet Will sein Herz für sie. Derweil sucht der Glee Club nach neuen Mitgliedern und findet tatsächlich Verstärkung - in Form der philippinischen Austauschschülerin Sunshine und dem blonden Mädchenschwarm Sam. Rachel befürchtet starke Konkurrenz durch das neue, weibliche Talent und schickt sie anstelle zur Chorprobe in ein gefährliches Crack Haus. Derweil kann Sam bei den Glee Mitglieder punkten - bis er nicht zum vereinbarten Vorsingen erscheint?
Während Will seine Schüler gern von "Easy Listening" überzeugen will, zieht es den Glee Club eher zu der Musik von Britney Spears. Aber Will ist davon wenig begeistert, da er mit der Musik der Pop-Ikone nichts anfzufangen weiß. Weil Rachel Finn gerne ändern und vom Footballspielen abbringen würde, kommt es zwischen den beiden zu einer ernsten Beziehungskrise.
Finn gerät in eine existentielle Krise, als er glaubt, das Antlitz von Jesus in seinem gegrillten Käse-Toast zu erblicken. Während Finn dies für ein Zeichen hält und fortan das Leben eines Gläubigen führen möchte, versammeln sich die übrigen Glee-Mitglieder um Kurt, der sich ebenfalls mit einer Krise herumschlägt.
Der Glee-Club lernt gemeinsam für einer schwierigen Aufgabe: Duettgesang ist das Motto der Woche. Finn und Rachel wollen einem neuen Mitglied zu einem respektablen Einstand im Gesangsclub verhelfen und dazu absichtlich die Töne verfehlen - den Gewinnern des Wettbewerbs winkt dabei nicht zuletzt ein romantisches Essen zu zweit.
Will ist eifersüchtig als er erkennt, dass Emma mit ihrem neuen Freund Carl glücklich ist. Der Glee-Club widmet sich einem schaurig schönen Thema: "The Rocky Horror Glee Show" - was Finn vor ein ganz persönliches Problem stellt. Sue versucht erneut, dem Glee-Club zu schaden. Ob sie es diesmal schafft?
Sams Beziehung zu Quinn gerät durch ein unnötiges Missverständnis in eine Krise - doch was hat Trainerin Beiste damit zu tun? Kurt kann die ständigen Anfeindungen von Karofsky nicht mehr ertragen und will aus dem Glee-Club aussteigen. Puck ist aus dem Gefängnis entlassen worden und muss nun seinen Sozialdienst ableisten - ausgerechnet bei Artie.
In der Folge "Ersatzspieler" feiert eine der bekanntesten Schauspielerinnen Hollywoods ihren Einstand bei "Glee": Gwyneth Paltrow übernimmt die Rolle der Lehrerin Holly Holliday und sorgt so für jede Menge Aufregung. Die Ehefrau von Coldplay-Frontmann Chris Martin singt und tanzt unter anderem zu dem Nummer-eins-Hit "Forget you" von Cee-Lo Green und beweist dabei ihr außerordentliches Gesangstalent. Paltrows Auftritt blieb nicht ohne Folgen: Für die anstehenden Emmy Award Verleihung 2011 ist sie in der Kategorie "Bester Gastauftritt in einer Comedy-Serie" nominiert.
Die McKinsey High hat das Hochzeitsfieber gepackt und der Glee-Club ist mittendrin: Kurts Vater und Finns Mutter möchten heiraten. Doch während Kurt begeistert ist, zeigt Finn dafür wenig Verständnis. Auch Sue möchte heiraten und scheint dafür tatsächlich den perfekten Partner gefunden zu haben. Sam hält bei Quinn um ihre Hand an - aus Liebe?
Die Sectionals stehen vor der Tür, doch im Glee-Club läuft momentan alles schief: Finn und Rachels Beziehung gerät in eine Krise. Kurt muss an der Daltons Academy einiges einstecken. Zudem muss seine Lücke im Glee-Club geschlossen werden und Will engagiert ausgerechnet Puck!
Es weihnachtet sehr in der McKinley High, doch von besinnlicher Stimmung kann keine Rede sein: Brittany glaubt noch an den Weihnachtsmann, doch ihren sehnlichsten Wunsch kann niemand erfüllen - erst recht nicht Kurt. Sue hasst Weihnachten, aber liebt Geschenke und geht dabei über Leichen. Rachel bittet Finn, ihrer Beziehung noch eine Chance zu geben.
Sue ist langweilig. Auf der Suche nach neuen Inspirationen für die Auftritte der Cheerios wird sie jedoch schnell fündig: Mit Hilfe einer Zirkuskanone will Sue Brittany über das Footballfeld schießen. Doch Will und Figgins sind von der Idee alles andere als begeistert und verbieten die Aktion. Sue schwört Rache und ahnt dabei nicht, was das für Konsequenzen hat.
Der Valentinstag steht bevor und so lautet das Motto des Glee Clubs natürlich "Liebeslieder". Doch was für den einen Freud, ist des anderen Leid: Tina und Mike sind schwer verliebt und arbeiten mit Feuereifer an einer romantischen Perfomance. Rachel hingegen muss wohl oder übel einsehen, dass Finn und sie von einem Liebes-Comeback weit entfernt sind.
Will hat das Gefühl, sein Leben nach langer Zeit endlich wieder im Griff zu haben: Seine Ex-Frau Terri ist weit weg und auch seinen Kummer über Emmas unerwiderte Liebe hat er überwunden. Sue hingegen kann die Tatsache, dass die Cheerios sich nicht für die nationalen Wettbewerbe qualifiziert haben, nicht verkraften und zieht sich immer mehr zurück. Emma fängt an sich Sorgen zu machen und durchsucht heimlich Sues Büro. Dabei entdeckt sie eine Nachricht, die alle schockiert. Emma befürchtet, dass Sue sich aus lauter Frust etwas antun könnte und macht sich gemeinsam mit Will auf den Weg zu Sues Wohnung. Dort bietet sich ihnen zunächst ein schreckliches Bild: Die sonst so sportliche Sue scheint lustlos und müde. Um ihr wieder eine Perspektive zu geben, schlägt Emma vor, dass Sue Mitglied im Glee-Club werden soll. Eine Katatrophe, findet Will, doch muss er sich nun mit seiner Konkurrentin arrangieren - immer in Angst, dass Sue wieder einmal versuchen könnte, dem Glee-Club zu schaden. Und Wills schlimmste Befürchtungen scheinen wahr zu werden: Kaum hat Sue ihr seelisches Tief überwunden, schmiedet sie bereits teuflische Pläne, wie sie dem Glee-Club in Zukunft wieder die Hölle heiß machen kann. Sam versucht unterdessen alles, um Quinn zu imponieren. Er weiß, dass ihre Beziehung auf der Kippe steht und glaubt, die Krise nur abwenden zu können, indem er sich ein neues Image zulegt. Mit einem neuen Hairstyling und den entsprechenden Klamotten sieht er plötzlich seinem Vorbild erstaunlich ähnlich: Justin Bieber! Nach dem gescheiterten Versuch, ihre Beziehung zu Finn wieder aufzubauen, versucht Rachel einen Neuanfang. Sie möchte ihr Außenseiter-Dasein beenden und endlich auch einmal als Idol für andere gelten. Doch Rachels Plan gestaltet sich schwierig: Sie bezahlt Brittany dafür, ihren Kleidungsstil zu imitieren und allen Mädchen auf der McKinley High zu erzählen, dass Rachel sie dazu inspiriert habe. Aber bereits am ersten Tag macht Brittany einen f
Schulleiter Figgins macht Will auf ein eklatantes Problem an der McKinley High aufmerksam: Alkoholmissbrauch. Immer mehr Schüler kommen betrunken in den Unterricht und auch der Glee-Club ist davon nicht ausgeschlossen - vor allem in berühmten Pop-Songs würde Alkoholkonsum immer mehr beschönigt. Figgins appelliert daher an Will, etwas dagegen zu unternehmen. Er soll mit dem Glee-Club ein Anti-Alkohol-Lied einstudieren und dies im Rahmen der Aktionswoche performen. Nachdem Puck herausgefunden hat, dass Rachels Vater am Wochenende nicht in der Stadt ist, versucht er sie davon zu überzeugen, bei sich zu Hause eine Party für den Glee-Club zu veranstalten. Zwar ist Rachel zunächst skeptisch, doch als Puck ihr vorwirft, langweilig zu sein, stimmt sie schließlich zu. Nun sieht Rachel darin die Chance, ihr "Prinzessin-Image" ein für alle Mal abzulegen. Sehr zum Unmut aller Feierwütigen, bekommt jedoch jeder Gast von Rachel nur zwei Getränkecoupons ausgehändigt, damit ihre Party nicht in einem Trinkgelage endet. Doch schnell wird es vielen zu langweilig und die Stimmung droht zu kippen, bis Rachel Pucks Drängen endlich nachgibt und die Barschränke ihres Vaters öffnet. Beim Flaschendrehen müssen sich Rachel und Blaine küssen. Doch nach dem Kuss ist Blaine plötzlich verunsichert - ist er vielleicht doch nicht homosexuell? Aufgrund des Trinkgelages am Vorabend, gerät die Probe des Glee-Clubs am nächsten Tag zu einem Desaster. Will kann das Verhalten der Schüler nicht verstehen, doch nach Feierabend merkt Will schnell, dass er seiner Vorbildfunktion als Lehrer nicht immer gerecht wird: Er trifft sich mit Trainerin Beiste in einer Kneipe. Schon bald sind beide ebenfalls sehr betrunken und ausgerechnet in diesem Zustand beschließt Will, Emma anzurufen, um ihr seine wahren Gefühle zu gestehen. Doch statt mit ihr sprechen zu können, springt nur der Anrufbeantworter an und Will hinterlässt ihr eine liebestolle Nachricht. Beschämt entschuldigt sich Will am nä
Will bekommt wieder einmal Unterstützung von Aushilfslehrerin Holly Holliday und die hat er auch bitter nötig, als im "Glee"-Club das Thema "Aufklärung" zur Sprache kommt. Während Rachel und Quinn der Enthaltsamkeit frönen, ist Brittany der festen Überzeugung, schwanger zu sein - Artie ist geschockt!
Die "Regionals" stehen an und der "Glee"-Club, die "Warblers" und der "Aural Intensity" Club stecken mitten in den Vorbereitungen. Während der "Glee"-Club und die "Warblers" allerdings mit erheblichen Problemen zu kämpfen haben, stehen bei "Aural Intensity" alle Zeichen auf Sieg. Doch wer wird die Trophäe am Ende mit nach Hause nehmen dürfen?
Dem "Glee"-Club fehlt das nötige Kleingeld, um zu den "Nationals" nach New York fahren zu können - bedeutet dies nun das endgültige Aus? Mercedes und Rachel bekommen Konkurrenz und müssen um ihre Position fürchten. Derweil lässt Sue nichts unversucht, um Will zu schaden.
Finn bricht Rachel beim Tanztraining die Nase und löst damit eine folgenschwere Diskussion aus: Während einige der Glee-Mitglieder lernen müssen, ihre Schwächen zu akzeptieren, nutzen Santana und Lauren diese wiederum, um daraus Profit zu schlagen.
Die Gerüchteküche kocht an der McKinley High und auch der "Glee"-Club bleibt davon nicht verschont: Während Santana unfreiwillig von Brittany als lesbisch geoutet wird, glaubt Finn, dass Quinn ihn heimlich mit Sam betrügt. Und ausgerechnet jetzt erreicht Will ein unschlagbares Angebot - für das er allerdings ein hohes Opfer bringen müsste ...
Die Mitglieder des Glee-Clubs sind im Stress: Die "Nationals" stehen kurz bevor und nun müssen sie auch noch auf dem Abschlussball performen. Dabei hat jeder so sein Päckchen zu tragen: Mercedes ist auf der Suche nach einem Date, Lauren verzweifelt bei der Kleidersuche und Rachel bekommt Besuch von einem alten Bekannten ...
Der ehemalige Sänger von "Vocal Adrenaline", Jessie St. James, steigt beim "Glee"-Club ein, um Will in der Probezeit für die "Nationals" als Berater zur Seite zu stehen. Finn ist darüber jedoch alles andere als erfreut, da Jessie keine Gelegenheit auslässt, um Finn spüren zu lassen, dass er ihn ablehnt. In der Hoffnung, ein Solo bei den "Nationals" singen zu dürfen, tragen sich Mercedes, Santana, Rachel und Kurt in die Liste für ein Vorsingen ein. Doch schnell wird klar, dass Jessie nicht besonders objektiv in seiner Bewertung ist: Mercedes, Santana und Kurt sind geschockt über Jessies harsche Kritik. Er scheint an jedem etwas auszusetzen zu haben - außer an Rachel. Sue verhält sich derweil auffällig komisch. Nicht, dass das etwas Neues wäre, doch dieses Mal hat sie sogar ihre treue Anhängerin Becky aus dem Cheerios-Team geworfen. Will erfährt kurz darauf den tragischen Grund: Sues Schwester Jean ist gestorben. Kurt und Finn bieten sofort an, die Trauerfeier zu organisieren. Die beiden können Sues Schmerz gut nachvollziehen. Auch sie haben bereits einen ihnen nahestehenden Menschen verloren. Auf der Beerdigung scheint für kurze Zeit tatsächlich Frieden zwischen Sue und dem "Glee"-Club zu herrschen. Sues emotionale Rede berührt alle Anwesenden - besonders Finn, der daraufhin einen wichtigen Entschluss fasst.
Endlich ist es soweit: Der Glee-Club macht sich auf den Weg nach New York. Dort angekommen, sind alle überwältigt von der beeindruckenden Metropole. Besonders Rachel fühlt sich beim Anblick des Broadways endlich angekommen. Finn möchte den Ausflug dazu nutzen, Rachel seine Liebe zu gestehen und bittet sie, um ein abendliches Date. Beim romantischen Dinner kommen sich die beiden näher und als dann auch noch Broadway-Legende Patti LuPone am Nebentisch Platz nimmt, wähnt sich Rachel am Ziel ihrer Träume. Trotz des Vorbereitungsstress' nutzt auch Will die Zeit, um seiner Leidenschaft nachzugehen: Er besucht April Rhodes, die an einem neuen Musical arbeitet. Will ist erneut hin- und hergerissen, denn der Broadway ist und bleibt sein absoluter Lebenstraum. Zurück im Hotel muss Will erstaunt feststellen, dass sein kleiner Ausflug nicht unbemerkt blieb. Sein Erzfeind und Coach von Vocal Adrenaline, Dustin Goolsby, hat Wills Abwesenheit genutzt, um böse Gerüchte über Wills Ausstieg aus dem "Glee"-Club zu streuen. Die Schüler sind verunsichert - immerhin hat April Will schon einmal ein Rollenangebot für ihr Musical gemacht. Sie wissen, dass es Wills wahre Leidenschaft ist, selbst auf der Bühne zu stehen - oder irren sie sich da etwa? Trotz der vielen Ereignisse läuft bei den Nationals zunächst alles nach Plan: Rachel und Finn legen einen grandiosen Auftritt hin, bei dem es am Ende jedoch zu einem Zwischenfall kommt, der den Glee - Club nicht nur den Sieg kosten könnte.