Gerade erst hat Detective Jim Gordon seinen Dienst im Gotham City Police Department aufgenommen, da erlebt er seine erste Bewährungsprobe. Das Milliardärs-Ehepaar Martha und Thomas Wayne wird vor den Augen ihres zehnjährigen Sohns Bruce von einem maskierten Killer erschossen. Gordon fühlt sich dem Jungen sofort tief verbunden und verspricht ihm, den Gangster zur Strecke zu bringen.
Weil auf den Straßen von Gotham immer wieder obdachlose Jugendliche verschwinden, ermitteln die Detectives Gordon und Bullock wegen organisiertem Kinderhandels. Eins der verschwundenen Kinder ist die junge Selina Kyle. Zur gleichen Zeit taucht Oswald Cobblepot außerhalb der Stadt wieder auf und hinterlässt jede Menge Leichen.
Gordon und Bullock verfolgen einen selbsternannten Ordnungshüter, der Selbstjustiz an korrupten Bürgern Gothams übt, indem er sie an Wetterballons fesselt. Cobblepot ist zurück in Gotham und hat einen neuen Job in der Unterwelt.
Eine umstrittene Abstimmung, die über die Zukunft von Gothams Stadtteil Arkham entscheiden soll, steht kurz bevor und bringt sowohl Befürworter als auch Gegner in Gefahr. Gordon und Bullock versuchen, den Stadtrat zu beschützen.
Eine neue Droge, die ihre Konsumenten erst in Glückszustände versetzt und sie dann tötet, breitet sich in den Straßen von Gotham aus. Gordon und Bullock wollen ihren Ursprung finden. Unterdessen gelingt es Oswald Cobblepot, immer mehr das Vertrauen von Gangster-Boss Maroni zu gewinnen.
Ein unbekannter Killer hat es auf die Erstgeborenen von Gothams Elite abgesehen. Die Morde konfrontieren Bullock mit traumatischen Erlebnissen aus der Vergangenheit, als er in einem ähnlichen Fall ermittelte. Gordon bereut unterdessen schwer, dass er Penguins Leben verschont hat.
Während sich der Machtkampf zwischen Maroni und Falcone weiterhin zuspitzt, spielt Penguin ein manipulatives Spiel mit den beiden Gangsterbossen. Auch Gordons Leben gerät durch Cobblepots Pläne in Gefahr.
Als die Polizei von Gotham einen toten jungen Mann auffindet, führt Gordon und Bullock die Spur zu einer lokalen Finanzfirma, bei der mysteriöserweise alle Mitarbeiter Verletzungen tragen. Bruce geht unterdessen wieder zur Schule und wird von stärkeren Schülern tyrannisiert. Darum will er mit Alfreds Hilfe lernen, sich besser zu verteidigen.
Der junge Anwalt Harvey Dent hat einen konkreten Verdacht im Wayne-Mordfall und versucht, Gordon auf seine Seite zu holen. Selina Kyle wird als Kronzeugin des Mordes vorrübergehend bei Bruce untergebracht. Penguin durchschaut langsam Mooneys Pläne, als er ihre „Geheimwaffe“ Liza kennenlernt.
Als das Anwesen der Waynes von Killern attackiert wird, müssen Bruce und Selina nach Gotham flüchten. Bei der Jagd auf die Täter wird Gordon von diesen überwältigt und ein wichtiger Zeuge im Wayne-Mordfall mit seiner Dienstwaffe getötet. Gordon wird daraufhin nach Arkham versetzt.
Detective Gordons aktueller Fall führt ihn ins Arkham Asylum, wo er den Mord an einem Wachmann aufklären soll. Bei seinen Ermittlungen lernt er die attraktive Dr. Leslie Thompkins kennen, die in der psychiatrischen Anstalt arbeitet. Indessen hält Oswald Cobblepot die Unterwelt von Gotham City weiterhin in Atem …
Detective Gordon möchte unbedingt seinen alten Job beim Gotham City Police Department zurückgewinnen, indem er sich auf die Jagd nach dem entflohenen Jack Gruber macht. Das manische Genie ist ihm jedoch immer einen Schritt voraus. Indes versucht Falcone fieberhaft, sein bröckelndes Imperium zusammenhalten, doch Fish Mooney holt bereits zu ihrem nächsten Schlag aus.
Nach dem Mord an einem Drogen-Dealer hoffen Gordon und Bullock auf schnelle Aufklärung. Denn schon kurz nach der Tat meldet sich ein Zeuge. Doch dann wird dieser auch getötet – auf dem Polizeirevier, mit derselben Waffe wie der Dealer. Für Gordon ist klar: Der Täter muss ein Cop sein, der in Drogengeschäfte verwickelt ist. Um seinen misstrauischen Kollegen zu beweisen, dass er Recht hat, geht Gordon ein hohes Risiko ein.
In Gotham treibt ein Serienmörder sein Unwesen. Die Getöteten haben eine Gemeinsamkeit: Alle leiden unter einer Phobie. Bullock findet heraus, dass es eine Phobiker-Selbsthilfegruppe gibt. Jeder dort könnte das nächste Opfer sein – auch die attraktive Scottie. Mooney hat sich unterdessen, nachdem sie die Stadt verlassen musste, auf ein Schiff geflüchtet. Von dem vermeintlich sicheren Rückzugsort aus versucht sie, Rache an Penguin zu nehmen ...
Gordon und Bullock kommen bei ihrer Suche nach Dr. Crane dem Ziel immer näher. Doch als sie den verrückten Wissenschaftler endlich erwischen, ist es zu spät: Er hat an seinem Sohn ein furchtbares Experiment vollendet. Fish Mooney wacht derweil in einem Verlies auf – und übernimmt schon bald das Kommando über die anderen Gefangenen. Erst als eine schwer verletzte Frau in den dunklen Keller gebracht wird, realisiert Mooney, welch grausamen Zweck sie und die anderen dienen.
Eigentlich sind Gordon und Dr. Thompkins ganz privat im Zirkus. Doch schnell wird aus dem romantischen Date beruflicher Ernst. In der Manege kommt es zu einer wüsten Prügelei zwischen verfeindeten Artisten-Familien. Als Gordon dem Auslöser des Gewaltausbruchs auf den Grund geht, enthüllt er ein schlimmes Verbrechen. Zusammen mit Dr. Thompkins, die nicht von seiner Seite weichen will, nimmt Gordon die Ermittlungen unter den misstrauischen und eigenwilligen Zirkusleuten auf.
Eine Bande von Bankräubern hält Gotham in Atem. Das Markenzeichen der Kriminellen: rote Sturmhauben. Gordon und Bullock nehmen die Ermittlungen auf. Während Bullock auf einen schnellen Ermittlungserfolg aus ist, glaubt Gordon, dass die Sache komplizierter ist ... Unterdessen bekommen Bruce Wayne und Alfred späten Besuch. Der Überraschungsgast ist sehr unterhaltsam – aber auch gefährlich.
Gordon hat genug von den Intrigen von Commissioner Loeb. Er will endlich die berüchtigten Akten finden, die der Chef als Druckmittel über jeden Polizisten führt. Wie sich zeigt, sind die geheimen Unterlagen extrem gut versteckt. Gordon sieht nur einen Weg, an sie heranzukommen: Er muss mit Penguin zusammenarbeiten. Auf der Suche nach den Papieren kommt allerdings ein ganz anderes, dunkles Geheimnis ans Tageslicht. Seit Jahrzehnten hat Loeb es mit allen Mitteln gehütet ...
Gotham City ist in Alarmbereitschaft: Gordon und Bullock sehen sich mit einem alten Fall konfrontiert, bei dem es ein perfider Serienkiller namens Ogre auf junge Frauen abgesehen hat. Schon bald stellt sich heraus, dass sich Ogre vor allem Angehörige von Polizisten aussucht, die in seinem Fall ermitteln.
Jim Gordon und sein Kollege Harvey Bullock sind weiterhin auf der Suche nach dem als Ogre bekannten Serienmörder. Der ist gerade dabei, sich in Gordons Umfeld einzuschleichen. Bei Barbara Kean stößt er jedoch an seine Grenzen ...
Barbara Kean befindet sich weiter in der Gewalt von Serienkiller Ogre. Langsam, aber sicher wird sein zerstörerischer Einfluss auf sie immer stärker. Schließlich lässt sich Barbara auf einen grausamen Deal ein ... Währenddessen sind Jim Gordon und Harvey Bullock Ogre und seinem Opfer dicht auf der Spur. Doch die Zeit wird knapp. Kommen sie noch rechtzeitig, um einen weiteren Mord zu verhindern?
Auf den Straßen von Gotham City erreicht der Krieg zwischen den verfeindeten Mafia-Gangs seinen Höhepunkt. Mitten drin: Fish Mooney - sie ist zurückgekehrt, um die Herrschaft über die Stadt doch noch an sich zu reißen. Mit diesem Wunsch ist sie nicht allein. Auch Penguin und Maroni wollen die Kontrolle übernehmen. Im Machtkampf um Gotham ist kein Leben mehr sicher ...