James Gordon hat die Befürchtung, dass Jonathan Crane noch immer am Leben ist und Gotham weiterhin unsicher macht. Daneben trägt eine Reihe neuer Banküberfälle die Handschrift von Scarecrow. Für den Pinguin läuft allerdings nicht alles nach Plan. Zwar verteilt er in der Stadt Lizenzen für die Begehung von Straftaten, die Eröffnung seiner „Iceberg Lounge“ gerät allerdings recht bald außer Kontrolle.
Scarecrow gelingt es, Gordon mit seinem Angstgift in Berührung zu bringen. Mit aller Macht versucht er, gegen die dadurch hervorgerufenen Illusionen anzukämpfen. Derweil sucht Barbara Selina und Tabitha auf, um sie von einer Kooperation zu überzeugen. Ivy hätte daran ebenfalls Interessen – doch Tabitha macht ihr einen Strich durch die Rechnung …
Gordon hofft darauf, gemeinsam mit Falcone seinen Feind Pinguin zur Strecke zu bringen. Doch Falcone weigert sich – im Gegensatz zu seiner Tochter Sofia, die nur zu gerne wieder nach Gotham reisen würde. Pinguin erwartet unterdessen eine wertvolle Lieferung, an der auch Barbara interessiert ist. In der Zwischenzeit gelingt es Myrtle, ihr Idol Nygma zu befreien, doch die Gefangenschaft im Eis hat deutliche Spuren hinterlassen.
Bruce hat bei einer illegalen Versteigerung das Messer von Ra’s Al Ghul erworben. Zusammen mit einem Kurator will er die Geschichte des wertvollen antiken Stücks in Erfahrung bringen. Ra’s Al Ghul will das jedoch nicht zulassen. Er nimmt jedes Opfer in Kauf, um wieder in den Besitz seines Messer zu gelangen. Währenddessen versucht Nygma, sich an Pinguin zu rächen. Er entwirft verschiedene Rätsel, um seinen Erzfeind in die Falle zu locken, doch das geht gründlich schief.
Bruce ist verzweifelt: Ra’s al Ghul kann aufgrund seiner politischen Immunität nicht für den Mord an Alex zur Rechenschaft gezogen werden – zumindest nicht auf legalem Weg. Währenddessen erwacht Butch, der einfach im Sumpf abgelegt wurde, aus dem Koma. Der Giftmüll, der in diesen Sumpf geleitet wird, hat ihn allerdings in ein merkwürdiges Wesen verwandelt. Als er in Gotham per Zufall auf Nygma stößt, schließen sich die beiden zusammen.
Der verzweifelte Nygma will seine einstige Intelligenz zurück und sucht Thompkins auf, die ihm helfen soll. Derweil haben es Bullock und Gordon mit einem mysteriösen Fall zu tun: Die Opfer sind bestechliche Polizisten, die alle mit einem aufgesetzten Schweinekopf gefunden werden. Offenbar haben die Ermordeten etwas gemeinsam: Sie waren für Pinguin tätig. Auch Bullock gerät ins Visier des Killers. Indessen kümmert sich Pinguin lieber um seine aufkeimende Freundschaft mit Sofia.
Pyg ist noch immer hinter der Polizei her. In seinen Augen ist jeder vom GCPD bestechlich – bis auf Gordon. Pinguin will natürlich verhindern, dass seinen Anhängern unter den Polizisten etwas zustößt, und so hilft er ihnen auf seine Art. Bruce kämpft unterdessen mit Gewissensbissen. Nachdem er Ra’s al Ghul aus Rache umgebracht hat, will er sich ablenken. Seine Lösung, um die Sorgen zu vergessen: Party machen.
Der Bürgermeister ist der Meinung, dass Bullock seine Aufgaben als Captain des GCPD nicht mehr zufriedenstellend erfüllt und will Gordon für die Position anwerben. Nach ersten Bedenken nimmt Gordon das Angebot an. Derweil hilft Pinguin Tabitha, Barbara und Selina aus der Klemme, doch nicht etwa aus Gefälligkeit, sondern weil die Damen daraufhin in seiner Schuld stehen. Als Ausgleich verlangt er von ihnen die Auslieferung von Nygma – doch der wird von Butch beschützt.
Pyg ist zurück und hat eine neue Mission: Er will als moderner Robin Hood auf die gesellschaftlichen Klassenunterschiede aufmerksam machen – und dafür hat er sich ausgerechnet Sofias Spendengala ausgesucht. Derweil zweifelt Pinguin langsam an Sofias Loyalität. Er lässt sie auskundschaften und muss wütend feststellen, dass sie und Gordon sich nähergekommen sind. Bruce übertreibt es unterdessen mit seinen ausschweifenden Partys und gerät dadurch mit Alfred aneinander.
Gordon ist weiterhin hinter Pyg her. Allerdings weiß er noch immer nicht, wer sich hinter der Schweinemaske verbirgt. Offenbar hat sich der skrupellose Verbrecher so oft unters Messer gelegt, dass von seinem ursprünglichen Aussehen nicht mehr viel übrig ist. Der Disput zwischen Pinguin und Sofia geht derweil so weit, dass er sie bei sich festhält und foltert. Als ihr die Flucht gelingt und sie auf Barbara trifft, findet Sofia in ihr eine neue Verbündete.
Pinguin hat der Verrat durch Sofia schwer getroffen, und so kennt er nur noch ein Ziel: Rache. Zu diesem Zweck benutzt er sogar Sofias Vater. Doch dann wird Pinguin inhaftiert, weil er Martin getötet haben soll. In der Zwischenzeit versucht Tabitha, Butchs Gedächtnis auf die Sprünge zu helfen. Und Bruce gerät derart außer Kontrolle, dass er Alfred vor die Tür setzt.
Gordon findet durch seine Nachforschungen heraus, dass Thomkins hinter dem Pseudonym „Doc“ steckt. Sie will große Veränderungen für die Bewohner in den Narrows anstoßen und bringt sich dadurch selbst in Gefahr. Alfred macht derweil Bekanntschaft mit der netten Kellnerin Tiffany. Als diese jedoch von ihrem brutalen Freund umgebracht wird, fällt der Verdacht auf Alfred. Indes erwacht Ivy mit neuem Aussehen und noch mehr Kraft wieder zum Leben.
Ivy will wissen, was hinter dem sogenannten Projekt M. steckt und bedient sich dafür ihrer Fähigkeit zur Hypnose: Unter diesem Einfluss stehend, erzählt ihr Bruce alles Wesentliche darüber. Anschließend versetzt sie ihn mithilfe eines Gifts in einen Rausch – mit schwerwiegenden Folgen. Unterdessen wächst Jeromes Armee in Arkham. Pinguin hat allerdings wenig Interesse daran, zu Jeromes Anhängern zu zählen und freut sich daher über die Kontaktanfrage des Riddlers.
Sofia schlägt Thompkins ein schier unerfüllbares Ultimatum vor, um ihren eigentlichen Plan zu verfolgen und die Narrows Sampson zu überlassen. Indes verliert Ed den Kampf mit dem Riddler – mit der Konsequenz, dass sein Wille nun von diesem gesteuert wird. Mithilfe des Lazarus-Wassers hat Ivy eine lebensbedrohliche Giftpflanze kreiert und will alle Bewohner von Gotham infizieren. Dabei hat sie es besonders auf Harvey abgesehen, weil der ihren Vater getötet hat.
Pinguin macht gemeinsame Sache mit dem Riddler, um Sofia zu schnappen. Thompkins soll sie dabei unterstützen. Sofia hetzt derweil Pinguin ihre Anhänger auf den Hals. Bullock und Gordon wollen ihrerseits Sofia das Handwerk legen und stellen sie in einem Spa. Die Situation gerät jedoch außer Kontrolle, und Sofia ist kurz davor, Gordon umzubringen. Aber Hilfe naht von unerwarteter Seite.
Tetch hat einen diabolischen Plan: Er will Gothams Einwohner per Radio hypnotisieren, um sie alle in den Suizid zu treiben. Gordon muss schnell handeln, um dieses schreckliche Verbrechen zu vereiteln. Bruce versucht derweil, Jerome aufzuspüren, der aus Arkham geflohen ist. Obwohl Bruce die Möglichkeit hatte, ihn auszuschalten, hat er diese nicht genutzt. Daraufhin fühlt er sich zwar an Jeromes Verbrechen mitschuldig, aber er rettet ihm dennoch erneut das Leben.
Jerome versammelt die Bösewichte der „Legion der Schrecklichen“ und schießt auf der Suche nach Xander Wilde wahllos in der Firma Wayne Enterprises um sich. Bruce folgt seiner Spur und gerät in Gefahr. Er hilft Bullock und Gordon, den mysteriösen Wilde zu finden und sein Geheimnis aufzudecken. In den Narrows eröffnet Nygma eine Bar und veranstaltet ein Rätselspiel. Thompkins fordert ihn heraus und gewinnt mit einer List.
Die ausgebrochenen Insassen aus Arkham nehmen den Bürgermeister und weitere einflussreiche Einwohner Gothams gefangen. Jerome tötet eine Geisel nach der anderen, während er darauf wartet, dass Gordon ihm seinen Zwillingsbruder Jeremiah und Bruce ausliefert. Jeromes Gefolgschaft besorgt indes mehr Halluzinationen hervorrufendes Lachgas, um die Stadt in ein Irrenhaus zu verwandeln. Barbara findet sich derweil immer besser in ihre Funktion als Führerin der Liga der Schatten ein.
Tabitha lockt Selina und Bruce zu Ra’s al Ghuls Grab. Dort zwingt sie Bruce, mithilfe seines Bluts den Gründer der Liga der Schatten wiederzubeleben. Als sich Barbara daraufhin weigert, Ra’s den Dämonenkopf zurückzugeben, greift er sie an. Indes kümmern sich Gordon und Bullock um eine Serie von Banküberfällen, die der Riddler gemeinsam mit Lee begangen hat. Als diese die Beute in den Narrows verschenken, fordern auch Pinguin und Grundy ihren Anteil.
Jeromes Anhänger graben die Leiche ihres Anführers auf dem Friedhof aus, nachdem eine mysteriöse Unbekannte ihnen diesen Auftrag in Jeromes Namen erteilt hat. Bullock will derweil Gordon überreden, Thompkins freizulassen – dieser ist jedoch angesichts der von ihr verübten Banküberfälle anderer Meinung. Also beschließt der Riddler, Thomkins zu retten. Gordon erhält eine Videokassette mit Jeromes letztem Willen, der absolutes Chaos auslöst.
Jeremiah übernimmt Jeromes Armee und plant, eine neue Stadt zu errichten. Dazu will er alle Gebäude Gothams mithilfe von Bomben zerstören. Er gibt Bullock sechs Stunden Zeit, die Bewohner der Stadt zu evakuieren. Um auch Bruce zu manipulieren, bringt Jeremiah Alfred als Lockvogel in seine Gewalt und schießt auf Selina. Während Gordon der Explosion im Bunker entkommt, überzeugt Lee Nygma, ihn bei der Entschärfung der Bomben zu unterstützen.
Selina wird schwer verletzt in Begleitung von Bruce ins Krankenhaus gebracht. Derweil hält die Polizei Jeremiah gefangen, der ein Gespräch mit Bruce fordert. Anderenfalls droht er mit weiteren Bombenexplosionen in der ganzen Stadt. Indes unterstützen Tabitha und Oswald Butch dabei, sich wieder in einen Menschen zu verwandeln. Ed ist dagegen eifersüchtig auf Gordon und entführt ihn, um ihn als vermeintlichen Konkurrenten um Lees Herz loszuwerden.