Als Danny Steve hinter Gittern besucht, bringt er einen weiteren Gast mit: Commander Joe White. White ist Steves ehemaliger Ausbilder beim Militär. Er will Danny, Chin, Kono und Jenna Kaye dabei helfen, Steve aus dem Gefängnis zu holen. Steve wird unterdessen von seinem Widersacher Hesse niedergestochen und nutzt den Krankentransport zur Flucht. Es gelingt ihm tatsächlich, sich mit White zu treffen, der alle Hebel in Bewegung setzt, um Steves Unschuld zu beweisen.
Steve wird zu Gouverneur Denning gerufen. Denning hatte Steve bereits prophezeit, dass er streng auf die Einhaltung seiner Regeln achten werde, und so weist er dem Team eine neue zu: Lori Weston, die früher als Profilerin für FBI und Heimatschutz gearbeitet hat. Und es dauert nicht lange, bis sie ihr Wissen unter Beweis stellen kann, denn die Ermittler werden mit einem Entführungsfall betraut: Die 15-jährige Jen - frisch gekürte Paddleboard-Weltmeisterin - wurde gekidnappt ...
Ein Navy SEAL, mit dem Joe befreundet war, hat angeblich Selbstmord begangen. Steve und Joe bezweifeln diese Theorie und versuchen herauszufinden, was wirklich passiert ist. Schon bald ist klar, dass es sich um Mord handelt. Als ein weiterer SEAL bei einem Autounfall getötet wird, findet das Team heraus, dass der Boss eines Drogenkartells hinter den Morden steckt. Er ist fest entschlossen, alle Mitglieder von SEAL Team 9 aus dem Weg zu schaffen ...
Der Bergungstaucher Blake Spencer wird ermordet, und Steve bemüht sich mit seinem Team um die Aufklärung des Falles. Zuerst vermuten sie, dass Blake ein Wrack mit wertvollen Goldmünzen gefunden und sich damit in Gefahr gebracht hat. Doch die Wahrheit sieht ganz anders aus. Während der Ermittlungen lernt Danny Dr. Asano, eine Museumskuratorin, kennen. Sie gefällt ihm auf Anhieb, und er lässt sich von Steve dazu überreden, sie um ein Date zu bitten ...
Ein beliebter Volleyball-Coach wird ermordet aufgefunden. Die erste Spur führt Steve und sein Team zu dessen Vermietern, Karl und Trisha Joyner. Karl ist in Geldwäschegeschäfte verwickelt. Als er erschossen wird, flüchtet Trisha. Kono scheint indes mit Gangsterboss Delano unter einer Decke zu stecken. Doch es stellt sich heraus, dass sie von Fryer zu einem Undercover-Einsatz überredet wurde. Steve muss Kono in die Höhle des Löwen ziehen lassen, um das Leben von Trisha zu retten.
Der erfolgreiche Geschäftsmann Jake wurde ermordet. Die Spur führt zu einer Stiftung, die Jake ins Leben gerufen hat: Die Stiftung holt Jugendliche von der Straße und ermöglicht ihnen das Kampfkunst-Training in Sporthallen. Dort hofft das Team auch den Täter zu finden. Unterdessen taucht Wo Fat in Joes Wohnung auf, es kommt zu einem spektakulären Kampf. Joe warnt Steve daraufhin noch einmal vor den Folgen weiterer Ermittlungen, doch Steve will einfach nicht aufgeben ...
Die Dokumentarfilmer Christian und Kat wollen auf einem alten Friedhof Geister von hawaiianischen Kriegern filmen. Wenig später wird das Team zu dem Friedhof gerufen, da dort eine Hand aus einem flachen Grab herausragen soll. Die Durchsuchung des Geländes erweist sich jedoch als schwierig, da es sich um heilige Erde handelt, und ein Priester erst die Erlaubnis erteilen muss. Danny, der keinen Respekt vor der fremden Kultur hat, begibt sich auf eigene Faust auf Spurensuche ...
Ein kleines Privatflugzeug stürzt in Küstennähe ins Meer. Gerichtsmediziner Max stellt noch am Tatort fest, dass die einzige Insassin bereits vor dem Aufprall tot war. Bei der Toten handelt es sich um die Zollbeamtin Monica Jennsen. Ihr Chef Morrison steht dem Ermittlerteam mit Rat und Tat zur Seite, um diesen Mord aufzuklären. Offiziell war Monica Jennsen damit beschäftigt, Frachtbriefe zu kontrollieren. Doch offenbar war sie einer größeren Sache auf der Spur ...
Bei der Verfolgung von Autodieben, die sich auf Muscle Cars spezialisiert haben, wird im Kofferraum eines der gestohlenen Wagen eine Leiche gefunden. Steve und sein Team können den Toten nicht identifizieren, da sein Gesicht kürzlich bei einem plastischen Eingriff verändert wurde und zudem seine Fingerkuppen abgeschliffen wurden. Als sich herausstellt, dass die gesuchten Autodiebe nicht die Mörder sind, nehmen sie eine neue Spur auf ...
Jenna Kaye taucht bei Steve auf und bittet ihn um Hilfe: Sie will ihren Verlobten aus der Hand von Rebellen in Nordkorea befreien, und er soll sie begleiten. Während das restliche Team den Mord an einer Journalistin untersucht, finden Chin und Kono heraus, dass Jenna mit der ermordeten Journalistin Kontakt hatte - doch Steve ist bereits in Nordkorea in der Gewalt von Wo Fat, für den Jenna arbeitet. Das Team macht sich unter Leitung von Joe White auf, um ihren Freund zu befreien.
Dem Ermittlerteam gelingt ein Schlag gegen das Drogenkartell. Dank eines anonymen Hinweises werden am Hafen Drogen im Wert von 80 Millionen Dollar sichergestellt und die Kuriere festgenommen. Während der öffentlichen Pressekonferenz wird ein Bus mit Privatschülern entführt. Doch den Entführern geht es nicht etwa um Lösegeld, sondern um das Kokain von der Razzia. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt, denn das Team hat nicht die geringste Spur von den entführten Kindern.
Drei Jungs finden einen leblosen Mann in einem alten Kriegsbunker. Als sich Max und Steve zu dem Opfer abseilen, stellen sie überrascht fest, dass der vermeintliche Tote noch lebt. Die Identifizierung des Verletzten fällt zunächst schwer, da er die Brieftasche eines anderen bei sich trägt. Das Five-O-Team findet aber schließlich heraus, dass es sich bei dem Gefundenen um einen Touristen aus Arizona handelt. Aber was macht der Mann auf Oahu und warum trug er eine Waffe bei sich?
Steve untersucht mit seinem Team den Mord an der 17-jährigen Emily. Zuerst wird Emilys Freund verdächtigt, doch schnell zeigt sich, dass er unschuldig ist. Es stellt sich heraus, dass Emilys Freundin ein Verhältnis mit dem Schulleiter hatte und die beiden mit einem heimlich aufgenommenen Sexvideo erpresst wurden. Der Erpresser, ein Mitschüler aus der Highschool, hatte auch Emilys Computer angezapft. Aber ist er wirklich auch zu einem Mord fähig? Kono hat plötzlich eine neue Spur.
Das Five-O Team ermittelt: Ein Lieferwagen wurde überfallen; Fahrer Carl wurde erschossen, Beifahrer Lee lebt - doch von der Lieferung fehlt nichts! Steve und Danny finde heraus, dass Lee von Unbekannten ein Angebot unterbreitet wurde: Er soll ein bestimmtest Päckchen am Zoll vorbeischmuggeln. Und dieses Päckchen, das er heimlich an Bord des Lastwagens gebracht hatte, fehlt.. Das Päckchen enthielt RFID-Chips: Funketiketten zur Identifikation von Personen, die beispielsweise Pässe fälschungssicher machen. Gefahr im Verzug - da sich im Päckchen 100 Chips befanden, befürchtet das Team eine terroristische Bedrohung. Hinter dem Coup wird Nicky Chang vermutet. Und da kommt Sang Min ins Spiel: Als ehemaliger Komplize und Mentor müsste der scheue Nicky Sang Min vertrauen, was Five-O ausnutzen will, um an Informationen zu kommen. Also wird Sang Min mit Unterstützung von Kamekona als Bodyguard bei Nicky eingeschleust. Doch Nicky wurde selbst übers Ohr gehauen.. Die tatsächlichen Drahtzieher, zwei Osteuropäer, können am Flughafen gerade noch rechtzeitig gestoppt werden. Währenddessen ist Danny als Geburtsbegleiter tätig: Bei Rachel haben frühzeitig die Wehen eingesetzt, ihr Mann ist im Ausland. Joe enthüllt endlich, dass Shelbourne nur ein Deckname war, der Wo Fat von Steves Vater und Joe ablenken sollte, nachdem Joe Wo Fats Vater getötet hatte. Joe verabschiedet sich; er meint, so lange er auf Hawaii bliebe, seien Steve und alle, die ihm nahe stehen in Gefahr, da Wo Fat von Rache getrieben sei.
Ein US-Marshal wird in einem Flugzeug ermordet - wie sich herausstellt, ein ehemaliger Kollege und Freund von Danny. Das Five-O Team findet heraus, dass hinter dem Mord Rick Peterson steckt, Dannys ehemaliger Vorgesetzter, ein korrupter Cop, der vor zehn Jahren durch Dannys Aussage vor Gericht zu einer langen Haftstrafe verurteilt worden war. Peterson hat nun Grace entführt und will sich an Danny rächen, indem er ihm das nimmt, was ihm am wichtigsten ist: seine Familie. Sein perfider Plan: Danny muss Stan erschiessen, sonst stirbt Grace. Doch es gelingt Danny, Peterson zu täuschen, indem er Stan nur in die Schulter schiesst. Und Steve, Kono und Chin kommen gerade rechtzeitig, um Peterson zu verhaften. Dann kann Grace retten.
Das Team vom Five-O wird von Gouverneur Denning zu einer Wohltätigkeitsveranstaltung eingeladen. In einem teuren Hotel gibt es ein erstklassiges Dinner, sowie eine Versteigerung zugunsten der hawaiianischen Meereswelt. Die Feierlaune wird jedoch jäh unterbrochen, als im Wäschekeller eine Leiche gefunden wird. Sie wurde in einem der vielen Stockwerke in den Wäscheschacht geworfen und ist danach im Keller gelandet. Die Überprüfung der Sicherheitskameras zeigt, dass sich die Tote kurz vor dem Mord mit einem Mann in einen Fahrstuhl begeben hat. Dieser kann auch recht schnell ausfindig gemacht werden, doch stellt sich raus, dass er mit der Toten nur zufällig Kontakt hatte. Mit Hilfe eines geliehenen Kleides, das die Tote trug, kann ihre Identität ermittelt werden. Es handelt sich um eine Frau aus einfachsten Verhältnissen, und sofort stellt sich die Frage, wie sich so jemand ein Gala-Dinner für 5.000 Dollar leisten kann. Offenbar war die Tote, kurz bevor sie umgebracht wurde, in einem Zimmer, das von der Firma Garlin International angemietet wurde. Doch auch hier führt die Spur in eine Sackgasse, denn offiziell war niemand dieser Firma bei dieser Wohltätigkeitsveranstaltung. Erst die Schwester des Opfers bringt Licht ins Dunkel. Sie hat früher für die Firma Garlin International gearbeitet und hatte eine Affäre mit einem leitenden Angestellten, der ihr übel mitgespielt hat.
Am Rande einer Nachstellung einer historischen Schlacht wird einer der Krieger ermordet aufgefunden. Es handelt sich um den Schiffsbauer Brandon Koruba. Da in seinen Wunden Spuren traditioneller hawaiianischer Waffen gefunden werden, liegt der Verdacht nahe, dass einer der Teilnehmer des historischen Events Brandons Tod wollte. Doch Brandon ist in der Gruppe angesehen und geniesst einen hervorragenden Ruf. Beim Besuch der Schiffswerft des Opfers erfährt das Team vom Five-O, dass eine militante Umweltschutzorganisation die Firma des Opfers im Visier hat. Grund ist der Bau einer Fähre, die durch ein Naturschutzgebiet fahren soll. Doch der Anführer der Umweltschutzorganisation hat ein wasserdichtes Alibi, auch wenn er den Tod von Brandon Koruba herbeigesehnt hat. Stellt sich die Frage, ob der Mitbesitzer der Schiffswerft Dennison nicht doch davon profitieren würde, wenn sein Geschäftspartner nicht mehr da ist.
Der berühmte Radiomoderator Bobby Raines wird während einer Sendung Opfer eines Bombenanschlags. Steve und sein Team machen sich auf die Suche nach dem Bombenleger und bekommen dabei unerwartete und zunächst auch unerwünschte Hilfe vom New Yorker Ex-Cop Tony. Der Privatdetektiv war mit Bobby befreundet und bedient sich recht unkoventioneller Ermittlungsmethoden. Als Danny und Steve noch falschen Spuren hinterherjagen, ist Tony schon längst dem wahren Täter auf den Fersen ...
Detective Steve McGarretts Schwester Mary kommt überraschend zu Besuch nach Hawaii. In ihrem Hotelzimmer wird sie von einem Mann bedroht, der von ihr verlangt, auf dem Rückflug nach New York Diamanten zu schmuggeln. Sollte sie sich weigern, muss ihre Freundin Angela sterben. Also spielt Mary mit und wird prompt erwischt. Steve und Danny ermitteln im Wettlauf gegen die Zeit, denn sind die Steine nicht binnen neun Stunden in New York, ist Angela tot. In ihrer Not wenden sie sich an den früheren Diamantenschmuggler August March, der soll sie in einer verdeckten Operation unterstützen.
Danny findet einen Abschiedsbrief von Steve, in dem steht, dass er sich um eine persönliche Sache kümmern muss. Danny ist also vorerst auf sich allein gestellt. Prompt wird auf einem Ananasfeld eine Frauenleiche gefunden. Alles deutet darauf hin, dass dieser Mord auf das Konto des sogenannten Müllmann-Killers geht, doch der sitzt bereits im Gefängnis. Max, der die Müllmann-Morde seit Längerem untersucht, bittet das Team, die alten Fälle des Serientäters noch einmal zu überprüfen ...
Ein mit Pocken infizierter ehemaliger Soldat wird tot aufgefunden. Man vermutet, dass er sich die Krankheit in Afghanistan geholt hat. Doch offenbar handelt es sich bei dem Virus um eine schmutzige Waffe und der Rumäne Dracul Comescu scheint damit in Verbindung zu stehen. Dracul ist ein guter Bekannter von Sam Hanna und Callen vom NCIS Los Angeles, die sich sofort ins nächste Flugzeug setzen, um den Kollegen vom Five-O tatkräftig zur Seite zu stehen.
Kono hat ein heimliches Verhältnis - ausgerechnet mit Adam Noshimuri. Der schwört ihr, dass er die Familiengeschäfte in anständige Bahnen lenken will - doch so ganz traut Kono ihm nicht. Chin glaubt, er könnte mit den Yakuza unter einer Decke stecken. Steve ist in Japan, um Wo Fat bei einem Überraschungsangriff zu verhaften. Während die Verhaftung seines Erzfeindes erstaunlich reibungslos verläuft, gestaltet sich seine Überführung nach Hawaii kniffliger als gedacht ...
Steve und sein Team untersuchen den Mord an Polizeichef Fryer. Bei den Ermittlungen stoßen sie auf einen alten Fall, den Fryer damals mit seinem Kollegen Frank Delano untersucht hatte. Der korrupte Delano, der mittlerweile im Gefängnis sitzt, kann wichtige Hinweise zur Klärung des Falls geben - doch es gelingt ihm auch, Chin dazu zu verleiten, ihn aus dem Gefängnis zu holen ... Inzwischen ist Steve mit Joe wieder nach Japan gereist. Er soll endlich erfahren, wer Shelbourne ist.