Ein Jahr ist seit dem Terroranschlag vergangen, der Odessa dem Erdboden gleich gemacht hat. Damals wurden Menschen mit außergewöhnlichen Fähigkeiten für das Unglück verantwortlich gemacht. Viele von ihnen sind untergetaucht und leben versteckt, doch die Wege von alten Bekannten und neuen Helden kreuzen sich immer wieder.
Noah Bennet will die Hintergründe aufdecken, die vor einem Jahr zur Zerstörung der Stadt "Odessa" führten. Er glaubt nicht, dass die sogenannten Evos dafür verantwortlich waren, die seitdem gejagt werden.
Erica Kravid, die mächtige Frau hinter dem globalen Konglomerat Renautas, zeigt, wie weit sie gehen würde um die Welt vor Evos zu schützen. Tommy tröstet es, dass er seine Fähigkeit mit Emily teilt. In der Schule genießt er eine neue Popularität. In Japan stößt Mikos Rettungsaktion auf unerwartete Widerstände. Noah Bennet arbeitet weiter gemeinsam mit Quentin um die Wahrheit zu finden. Malina wird von einer unsichtbaren Macht geleitet. Inzwischen setzen Luke und Joanne ihre tödliche Mission fort und Carlos' sucht nach Antworten.
Noah sucht nach jemanden aus seiner Vergangenheit und bricht dafür bei Renautas ein, um Antworten auf seine Fragen zu finden. Während Miko ihre Rettungsmission weiter fortführt, muss sich Luke einigen Hindernissen in der Beziehung mit seiner Frau stellen. Carlos macht unterdessen große Fortschritte bei der Bewältigung seiner heroischen Aufgabe.
Noah Bennet und Quentin nehmen sich Renautas vor während Mikos Plan, ihr Schwert zurückzugewinnen, sie in Bedrängnis bringen könnte. Malinas Reise bringt sie näher an die Wahrheit. Luke kehrt nach Hause zurück um sich seiner Vergangenheit zu stellen. Die Schlinge zieht sich um Tommy zu. Unterdessen könnte Carlos einen unerwarteten Alliierten gefunden haben.
Nachdem Tommy eine alarmierende Entdeckung gemacht hat, bricht er mit Emily zu einer Reise auf. Luke hingegen muss damit fertigwerden, dass er zu jemandem geworden ist, den er selbst früher gejagt hätte. Miko versucht ihren Vater zu retten, aber Erica will das unbedingt verhindern. Carlos findet heraus, was es mit EVOS wirklich auf sich hat, während Noah endlich versucht, seine dringend benötigten Antworten zu bekommen.
Auf der Suche nach Antworten schliesen sich Noah und Hiro zusammen, um zum Tag der tragischen Ereignisse zurückzukehren, die alles in Bewegung setzten. Kurz bevor Mohinder eine Rede anlässlich des Ereignisses halten will, erhält er eine Nachricht von Angela über Ericas wahre Motive.
Erica ist kurz davor ihren diabolischen Plan in die Tat umzusetzen. Währenddessen werden Angelo und Hiro mit einer Aufgabe betraut, die von existenzieller Bedeutung für die gesamte Menscheit sein könnte.
Tommy, dessen Gedächtnis gelöscht worden ist, erfährt von seinem Großvater Noah von seinen Fähigkeiten und seiner Bestimmung, die Welt zu retten. Detective Dearing bringt Carlos, als EVO getarnt, zum Anwesen Sunstone Manor, wo Carlos seinen Neffen und Pater Mauricio vermutet. Carlos wird jedoch von Matt Parkman gefasst. In Mo's Eiscafé löscht Caspar Emilys Erinnerungen an ihre Begegnung mit Tommy, gerade als die mordlustige Joanne dort erscheint.
Noahs und Lukes Schicksale kreuzen sich, während Malina versucht, die ihr nahestehenden Menschen zu retten, indem sie alle ihre Kräfte entfesselt. Derweil sieht sich Tommy dazu gezwungen, möglicherweise mit einem seiner Feinde zusammenzuarbeiten. Carlos stellt sich seiner Vergangenheit und wird dabei von Matt begleitet. Gleichzeitig sucht Ren andernorts nach Miko.
Carlos und Farah kämpfen auf Sunstone Manor gegen Matt, um dessen Gefangenen zu befreien. Matt muss derweil feststellen, dass er nicht auf Ericas Liste der Personen steht, die gerettet werden sollen. Allerdings erfährt er auch, dass Taylor schwanger ist, und glaubt, diese Information bei Erica als Druckmittel verwenden zu können. Gegen Ericas Plan kämpfen auch Tommy und Miko mit vereinten Kräften.
Als das Ende der Zivilisation gekommen zu sein scheint, hilft Tommy Erica bei der Durchführung ihres umstrittenen Rettungsplans. Luke hat zwar Phoebe verloren, Quentin vertraut ihm aber trotzdem. Also begleiten die beiden Malina, die zu Tommy zurück will. Matt verlässt sich nicht auf die anderen. Um seine eigene Familie zu retten, wird er erfinderisch und entwickelt einen eigenen Plan. Damit setzt er aber leichtfertig das Leben von Taylor aufs Spiel.
Während Tommy vor der größten Herausforderung seiner Existenz steht, geht Erica bis zum Äußersten, um ihrem Plan zum Erfolg zu verhelfen. Luke und Quentin helfen Malina dabei, die Prophezeiung ihres Urgroßvaters zu erfüllen, während Emily und Ren nach Miko suchen, und Carlos gezwungen ist, eine gute Gelegenheit zu nutzen, die sich ihm überraschend bietet.