Nach dem Attentat auf Nathan verfolgt Matt den Schützen. Aber als er erkennt, um wen es sich dabei handelt, kann er es kaum fassen. Bevor er reagieren kann, wird er von dem Schützen jedoch mitten in eine Wüste teleportiert. Gleichzeitig dringt Sylar bei Claire zu Hause ein, um sich auch ihre Fähigkeit zu sichern. Claire versucht sich zu wehren, aber gegen Sylar scheint sie chancenlos zu sein. Hiro sucht nach einer neuen wichtigen Aufgabe für sich und wird fündig, als er den Safe im Büro seines verstorbenen Vaters öffnet. Mohinder entdeckt indessen die Formal für ein Serum, das normalen Menschen Superkräfte verleiht, und testet es an sich selbst...
Sylar will sich die Fähigkeiten der Gefangenen in Sektion 5 aneignen. Dabei gerät er aber in einen heftigen Kampf mit Elle, durch den sie unbeabsichtigt zwölf Gefangenen die Flucht ermöglichen. Darunter ist auch Jesse, in dessen Körper Peter fest sitzt. Mohinder ist von seinen neuen Kräften begeistert, merkt aber bald, dass sie gefährliche Nebenwirkungen haben. Hiro und Ando versuchen Daphne die Formel wieder abzujagen, und Matt trifft in der Wüste auf Usutu, der alles über ihn zu wissen scheint. Claire leidet noch unter den Auswirkungen von Sylars Angriff, aber auch Sylar erfährt etwas, das sein Leben verändern wird...
Hiro und Ando folgen Daphne nach Berlin, wo sie den anderen Teil der Formel stehlen will. Doch dann taucht plötzlich der Haitianer auf und lähmt die Kräfte von Hiro und Daphne. Claire ist nach Sylars Attacke stark verunsichert und bittet daher ihre leibliche Mutter, ihr zu zeigen, wie man kämpft. Angela Petrelli setzt indessen Noah auf die entflohenen Gefangenen aus Sektion 5 an und stellt Noah zur Unterstützung ausgerechnet Sylar zur Seite. Vier der Flüchtlinge haben inzwischen eine Bank überfallen und Geiseln genommen. Peter, der noch immer in Jesses Körper festsitzt, versucht verzweifelt das Schlimmste zu verhindern...
Als Peter sieht, dass in der Zukunft fast alle Menschen Superkräfte besitzen und die Zerstörung der Welt somit unausweichlich scheint, geht er ein großes Risiko ein, um die drohende Katastrophe abzuwenden. Hiro und Ando setzen ihre Suche nach der Formel fort. Aber um herauszufinden, wer Daphne mit dem Diebstahl beauftragt hat, brauchen sie ausgerechnet die Hilfe eines alten Feindes. Claire versucht indessen einen Mann aus den Akten ihres Vaters aufzuspüren, und Matt erfährt mehr über seine Zukunft. Mohinder Suresh kämpft derweil gegen die immer stärkeren Auswirkungen des Serums...
Peter wird klar, wie sehr ihn die Reise in die Zukunft verändert hat und zu was er plötzlich fähig ist. Auch Mohinder droht die Kontrolle zu verlieren, denn durch das Serum wird er immer mehr zu einer ernsthaften Bedrohung für seine Umgebung. Angela eröffnet indessen Nathan und Tracy, wie diese wirklich zu ihren besonderen Fähigkeiten gelangt sind, und Hiro und Ando befreien Adam, weil sie hoffen, dass er ihnen bei der Suche nach der Formel hilft. Doch Adam trickst sie aus und flieht. Claire spürt einen der Ebene 5-Flüchtlinge auf, der über ungeheure Kräfte verfügt. Sie ahnt nicht, dass auch ihr Vater und Sylar nach ihm suchen...
Daphne und Knox sind von Hiros plötzlicher Skrupellosigkeit beeindruckt und bringen ihn zur Firma Pinehearst, wo er einen neuen Auftrag erhält. Peter erfährt indessen von Sylar, dass seine Mutter in Gefahr ist und dass diese Gefahr von Pinehearst ausgeht. Daher stattet auch er der Firma einen Besuch ab. Aber er ist total entsetzt, als er erfährt, wer Pinehearst gegründet hat. Claire und Sandra wollen Meredith aus Doyles Gewalt befreien, geraten aber in Schwierigkeiten, weil Doyle Menschen mental und physisch kontrollieren kann. In großer Gefahr schweben auch Nathan und Tracy, die Mohinder bitten wollen, ihnen ihre Kräfte zu nehmen. Sie ahnen nichts von seiner Wandlung...
Geschockt über den total veränderten Mohinder, versucht Nathan sich, Tracy, Maya und die anderen zu befreien, die Mohinder zu Testzwecken gefangen hält. Claire trifft zu Hause überrascht auf die verzweifelte Elle, deren Kräfte völlig außer Kontrolle sind. Die beiden beschließen zu Pinehearst zu fahren, um sich dort von ihren Kräften befreien zu lassen. Peter wurden dort indessen von seinem Vater Arthur alle Fähigkeiten genommen, doch er weigert sich, Arthurs Pläne zu unterstützen. Plötzlich taucht Sylar auf, der von Angela gebeten wurde, Peter zu retten. Aber auch Sylar ist nicht immun gegen Arthurs Manipulationskräfte...
Hiro hat eine Vision von der Vergangenheit, die ihm zeigt, wie die Schurken Arthur, Sylar und Flint zu dem wurden, was sie sind. Thompson nahm Meredith gefangen und zwang sie Agentin für die Firma zu werden. Angela Petrelli fand die Wahrheit über Arthur und Lindermans Pläne heraus. Noah und Elle spürten Sylar auf und halfen ihm zu einem Monster zu werden.
Ando versucht Hiro zu helfen, seine Erinnerungen wieder zu erlangen, nachdem Arthur sie ihm genommen hat. Nathan und Tracy begegnen Arthur. Knox und Flint verfolgen Peter und Claire und hoffen Claire für Pinehearst rekrutieren zu können. Sylar vereinigt sich wieder mit Elle und lernt eine erstaunliche Wahrheit über seine Fähigkeiten. Matt und Daphne versuchen Angela aus ihrem Koma zu wecken.
Arthur klammert sich an etwas, das er nicht kontrollieren kann. Peter und Nathan suchen nach dem Haitianer. Sylar und Elle werden geschickt den Katalysator wiederzuholen. Eine Sonnenfinsternis hat ein ungewollte Wirkungen. Hiro und Ando setzten ihre Suche fort, um Hiros Erinnerungen wieder herzustellen. Matt erfährt etwas über Daphne.
Die Sonnenfinsternis endet. Noah spielt Katz und Maus mit Sylar und Elle. Hiro möchte nicht Erwachsen werden. Mohinder rebelliert gegen Arthur. Peter und Nathan helfen dem Haitianer sich Baron Samedi zu stellen. Matt hilft Daphne sich mit ihrem Vater zu versöhnen.
Im Jahr 1991, sehen Claire und Hiro zu, wie Kaito Nakamura Noah Baby Claire übergibt und finden mehr über den Urprung des Katalysator heraus. Nathan übernimmt die Kontrolle über Pinehearsts Operationen und Tracy hilft ihm dabei. Sylar besucht einen lebenden Lügendetektor, um die Wahrheit über seine Eltern herauszufinden. Peter und der Haitianer gehen zu Pinehearst um sich seinem Vater zu stellen. Matt, Daphne und Ando suchen nach Isaacs letzter Ausgabe von 9th Wonders.
Nach dem Tod ihres Vaters streiten sich Nathan und Peter wegen der Formel. Matt, Daphne und Ando versuchen Hiro zu retten, indem sie Ando eine Fähigkeit verleihen. Sylar, der Informationen über seine Eltern erfahren möchte, nimmt Angela, Claire, Noah und Meredith bei Primatech gefangen. Mohinder heilt endlich seine Fähigkeit.
Nach der kompletten Zerstörung von Primatech und Pinehearst versuchen unsere Helden endlich normale und ruhige Leben zu führen. Dies ist ihnen nicht lange Zeit vergönnt, denn Nathan beginnt mit der Verwirklichung seines Plans, alle Menschen mit Fähigkeiten einzufangen. Währenddessen nimmt Sylar die Suche nach seinen wahren Eltern auf.
Eine Reihe von unerwarteten Ereignissen zwingt weiterentwickelte Menschen, vor Nathan und dem Jäger zu fliehen. Währenddessen begegnet Sylar einem Ausgestoßenen, der selbst Fähigkeiten, und noch dazu Information über den Aufenthaltsort von Sylars Vater besitzt.
Nathan ist in Sorge, dass seine Pläne enthüllt werden, als er von der Heimatschutzbehörde befragt wird. Unsere Helden erhalten Hilfe von einem mysteriösen Individuum mit dem Decknamen "Rebell." Sylar begibt sich auf die Reise, um mit der Hilfe von Luke seinen Vater zu finden, doch die beiden ahnen nicht, dass die Männer des Jägers bereits hinter ihnen her sind.
Peter, Mohinder und Matt nehmen Noah gefangen und befragen ihn telepathisch. Es wird enthüllt, wie Nathan Noah überzeugen konnte, bei den Operationen der Regierung mitzumachen. Noah und Danko treffen eine Vereinbahrung über ihre Zusammenarbeit.
Dank eines Hinweises von "Rebell" können Peter und Matt Daphne aus dem Gebäude 26 retten, und gleichzeitig Pläne zur Enthüllung von Menschen mit Fähigkeiten entdecken. Claire erhält in ihrem Unternehmen, Alex aus der Stadt zu schmuggeln, Hilfe von unerwarteter Seite. Währenddessen entdeckt Sylar verloren geglaubte Erinnerungen an seinen Vater, die ihm die Wahrheit über seine Mutter offenbahren.
Sylar findet seinen für lange Zeit verschwundenen Vater wieder, doch die Wiedervereinigung verläuft anders als geplant. Claire muss mit ihrem Gewissen ringen, was die Hilfe für Eric Doyle angeht. Der Jäger versucht, die Geheimnisse der Familie Petrelli zu enthüllen, um endlich die Oberhand über Nathans Unternehmen zu erhalten.
Die Identität des "Rebellen" wird enthüllt, was eiskalte Folgen für Tracy mit sich bringt. Angela wendet sich auf der Suche nach Hilfe an eine alte Freundin. Hiro und Ando folgen weiter ihrer Mission, den kleinsten unter unseren Helden zu beschützen.
Danko, neuer Anführer der Regierungsgeschäfte, findet einen unerwarteten Gleichgesinnten. Claire und Nathan suchen Schutz in Mexiko. Angela und Peter tun in einer Kirche Buße und arbeiten an ihrer Mutter-Sohn-Beziehung.
Jemand, der Danko sehr nahe steht, gerät unter Beschuss. Hiro und Ando haben eine spezielle Lieferung an Matt zu überbringen. Angela gräbt die Dämonen ihrer Vergangenheit aus.
Während Nathan, Claire, Peter und Noah Angela dabei helfen, ihre Vergangenheit auszugraben, berichtet sie ihnen von den dunklen Geheimnissen, die sie seit Jahren schon verfolgen. Währenddessen erfährt Mohinder, dass sein Vater in ein längst vergessenes Regierungsprojekt verwickelt war.
Ursprünglich begeistert von seiner Fähigkeit zum Annehmen anderer Persönlichkeiten entdeckt Sylar mehr und mehr Nebenwirkungen. Teilweise verwandelt er sich ohne Vorwarnungen. Danko fordert noch mehr Einsatz von ihm und auch mit seiner toten Mutter scheint er noch nicht komplett im Reinen zu sein... Matt bringt inzwischen das Kind zurück zu seiner Mutter. Er möchte mit Janice und dem Kind gerne ein neues Kind beginnen. Doch grade als die beiden sich aussprechen wollen, werden sie gestört... Ando und Hiro planen, das Hauptquartier von Danko zu infiltrieren. Zusammen schmieden sie schon Pläne als Superhelden-Duo, doch Hiro hat andere Pläne, wie Ando schon schnell merken wird... In Coyote Sands sehen die Petrellis und Bennets die Live-Übertragung einer Ansprache von Sylar in der Figur des Senator Petrelli. Nathan macht sich auf, um sein falsches Ebenbild zur Rede zustellen und findet ihn schneller als ihm lieb ist...
Dankos Versuch, Sylar loszuwerden scheitert. Dieser rächt sich sogleich, indem er als Danko getarnt bei seinen Agenten Amok läuft. Während Sylar verschwindet, wird der echte Danko festgenommen. In der Haftzelle trifft er auf Noah. Durch Hiros Hilfe können beide fliehen. Noah versucht Claire zu warnen, doch diese ist schon längst mit dem als Nathan getarnten Sylar in Washington. Erst Peter und der echte Nathan können die Lage klären...