Ein Jahr, nachdem die Veröffentlichung des Codes dazu geführt hat, dass alles Synths ein Bewusstsein erlangen, müssen diese nun um ihren Platz in einer Welt kämpfen, in der sie gefürchtet und gehasst werden. Auch Familie Hawkins muss sich in ihrem neuen Leben zurechtfinden, nachdem sich Joe und Laura getrennt haben. Doch am Ende birgt eine erneute Katastrophe Gefahren für das Leben der Menschen ebenso wie das der Synths.
Nachdem die Polizei bei den Synths eingefallen war, muss Max mit den Konsequenzen seiner Taten klarkommen und sich fragen, ob er seiner Führungsposition damit geschadet hat. Mattie steht Leo bei, doch seine Genesung nimmt eine überraschende Wendung. Agnes will eine Kampagne gegen die Menschen starten und bringt Max damit in eine Lage, welche die Beziehung zu seiner Familie zerstören könnte.
Laura ist fest entschlossen, die Wahrheit um die Operation Basswood zu enthüllen und sucht Hilfe bei Dr. Neil Sommer. Doch schließlich nehmen die Dinge einen anderen Lauf als erwartet. Mia hebt ihren Kampf für Integration auf ein anderes Level und zieht in eine Menschen-Stadt. Unterdessen erhält Niska eine mysteriöse Nachricht auf der Jagd nach dem Terroristen. Die Synths-Flüchtlinge, die von Mia gerettet wurden, kommen derweil am Railyard an.
Der langerwartete Besuch der Dryden Commission steht bevor und aus Angst, Agnes könnte den Hass der Menschen weiter schüren, sperrt Max sie weg. Zunächst misstrauisch, zeigen sich die Besucher schließlich doch begeistert von dem Zusammenleben im Railyard. Doch der Erfolg des Besuches ist in Gefahr als Agnes flieht und versucht, Lord Dryden zu attackieren. Max ist gezwungen, sie zu bestrafen, doch was wird er tun?
Nach den Ereignissen in Waltringham flieht Joe mit Sam zurück in sein altes Zuhause. Die Ankunft eines Synth-Kindes könnte zeitlich nicht unpassender sein, macht Laura doch gerade Fortschritte mit der Dryden-Kommission. Derweil erfährt Mia ein gut gehütetes Geheimnis und Max entscheidet, wieder Zusammenhalt mit den Menschen zu zeigen. Im Railyard werden jedoch gefährliche Pläne geschmiedet.
Nachdem Stanley und Anatole ihr wahres Gesicht gezeigt haben, geraten Laura und ihre Familie in ernsthafte Gefahr. Als Mia bei der Commission vorspricht, muss Laura alle Hebel in Bewegung setzen, um einen schrecklichen Angriff zu verhindern. Derweil führt Niskas Suche sie nach Wales, wo sie eine folgenschwere Entscheidung treffen muss, um zu überleben. Wird sie dazu einem Menschen Vertrauen schenken?
Max muss einem zum Feind gewordenen alten Freund gegenübertreten. Doch wie wird Anatole reagieren, wenn Max die Wahrheit über den Tag Null enthüllt? Als Leo und Mattie von Lauras Entscheidung erfahren, müssen sie sich trennen, um ihre Familie zu schützen. Doch mit wem wird sich Leo verbünden? Mattie versucht derweil, Laura dazu zu bewegen, weiterzukämpfen. Unterdessen nimmt Niskas Reise eine unerwartete Wendung.
Es ist ein Rennen gegen die Zeit, um Basswood zu stoppen muss Laura all ihre Kräfte sammeln, wenn sie die Synths doch noch retten will. Aber ist sie wirklich bereit, ihre Familie und ihre Freiheit dafür aufzugeben? Mia begibt sich auf schnellstem Wege zurück zum Railyard, doch das Gebiet ist umzingelt. Kann Max seine Gemeinde davon überzeugen ruhig zu bleiben oder droht die Eskalation?