Auf Stans (Paul Ben-Victor) Befehl hin muss Mary (Mary McCormack) ihren geliebten Mustang bei Petes (Joshua Malina) Autohaus zurückgeben. Dabei erfährt sie, dass ihre Schwester Brandi (Nichole Hiltz) jetzt Teil von Petes Sales Team ist. Als Pete jedoch sechs Luxuskarossen geklaut werden, gerät Brandi schnell in den Kreis der Verdächtigen der Polizei. Damit nicht genug: Petes Eltern machen klar, dass sie ihrer Schwiegertochter in Spe nicht vertrauen. Um ihre Schwester zu entlasten und der Sache auf den Grund zu gehen, konsultiert Mary einen ihrer Zeugen, der Erfahrung mit Diebstahl hat.
Marys (Mary McCormack) neuer Zeuge Adam Wilson (Bradley Whitford) leidet unter heftigen Paranoia: Er ist überzeugt, dass sein ehemaliger Arbeitgeber hinter dem Unfalltod seiner Frau steckt und hat nun panische Angst um seinen Sohn Joey (Evan Peters). Adam merkt nicht, wie sehr Joey unter den Angstzuständen seines Vaters leidet. Mary weiß sich nicht anders zu helfen, als Adam in die Psychiatrie einweisen zu lassen. Als Joey aber das Zeugenschutzprogramm verlässt, um seine Freundin zurück zu erobern, eskaliert die Situation. Ist Adam doch nicht verrückt?
Amor lässt grüßen: Jimmy Hart (John Asher) findet heraus, dass die Au Pair Firma, für die er arbeitet, in Wirklichkeit Menschenhandel betreibt. Um jeden Preis will er helfen, die Verantwortlichen zu stellen. Doch als die Staatsanwaltschaft seine beste Freundin und heimliche Jugendliebe Winnie Kirsh (Dahlia Salem) in die Mangel nehmen will, weigert er sich auszusagen. Um nichts in der Welt würde er die Liebe seines Lebens belasten. Trotz ihrer Abneigung gegenüber Liebesangelegenheiten, muss Mary (Mary McCormack) zwischen den beiden verhandeln.
Überraschend bekommt Mary (Mary McCormack) einen Anruf von einer Zeugin, die schon lange im Programm ist und noch nie Probleme bereitet hat. Sharon Harris (Judith Hoag), früher Drogendealerin - heute liebende Mutter, wendet sich hilfesuchend an Mary, da ihre Tochter Beth (Meredith Hagner) ihrem Geheimnis auf die Spur gekommen ist. Mary hilft der verstörten Jugendlichen mit der schockierenden Tatsache umzugehen, dass sie ihr ganzes Leben im Zeugenschutzprogramm verbracht hat. Doch dann sorgt Beths Vater zusätzlich für Schwierigkeiten.
Was ist schlimmer als ein gewissenloser Betrüger? Wenn man mit einem zusammenarbeiten muss. Eigentlich hatte Mary (Mary McCormack) gehofft, einen von Marshalls (Frederick Weller) Zeugen, einen angeblich geläuterten Trickbetrüger, aus dem Zeugenschutzprogramm werfen und ihn ins Gefängnis bringen zu können. Doch dann kommt alles ganz anders, denn für das FBI muss sich Mary mit dem Fiesling verbünden und Undercover gehen, um einem gefährlichen Waffenhändler das Handwerk zu legen. Dann steht auch noch ihr Ex-Mann Mark (Bryan Callen) nach 20 Jahren wieder vor der Tür ...
Nachdem Sarah Petershwim (Ashley Johnson), eine Amisch aus Pennsylvania, Zeugin eines Mordes wird und gegen die Täter aussagt, begeben sie und ihr Mann sich wiederwillig ins Zeugenschutzprogramm. Mary (Mary McCormack) und Marshall (Frederick Weller) haben alle Hände voll zu tun, dem weltfremden Paar das moderne Leben zu erklären. Doch wie sich bald herausstellt, haben die beiden ein größeres Probleme als den Umgang mit Fernsehgeräten und Handys: Sie hüten ein tödliches Geheimnis. Unterdessen stellt Mary schockiert fest, dass sie schwanger ist.
Mary (Mary McCormack) und Marshall (Fred Weller) versuchen, die zerstrittene Familie des Zeugen Ben Kulpak (Gordon Clapp) zu versöhnen. Wütend über die Fehler ihres Vaters haben sich seine beiden Kinder geweigert, mit ihm ins Zeugenschutzprogramm zu gehen. Doch als die litauischen Gangster, die hinter ihrem Vater her sind, die beiden aufspüren, ändern sie ihre Meinung. Das Wiedersehen in Albuquerque verläuft jedoch schlechter, als erwartet. Wie sie im Krankenhaus erfahren, hütet ihr Vater auch noch ein anderes Geheimnis: Er ist unheilbar krank.
Eine indische Familie kommt nach Albuquerque und sorgt für Chaos. Frisch im Zeugenschutzprogramm will sich Sudha Kumar (Sarayu Rao) von ihrem herrschsüchtigen Mann scheiden lassen. Zwischen dem traditionsbewussten Ehepaar bricht ein erbitterter Sorgerechtsstreit um die gemeinsamen Kinder aus. Ein arroganter Staatsanwalt sieht den Rosenkrieg als Gefahr für die Sicherheit der Familie und verlangt, dass die Streithähne unter Kontrolle gebracht werden. Während Mary (Mary McCormack) Eheberaterin spielt, lernt sie einiges über die Hindu Tradition.
Zwei Brüder, wie sie unterschiedlicher nicht sein können: George Stone (David Norona) ist ein gestandener und verantwortungsvoller Mann. Sein Zwillingsbruder Billy (Ramses Jimenez) das genaue Gegenteil. Nach Verstrickungen mit einer Bande von Betrügern kommt Billy ins Zeugenschutzprogramm. In Folge einer verhängnisvollen Verwechslung wird auch sein Bruder George ins WITSEC-Programm gezwungen. Jetzt müssen Mary (Mary McCormack) und Marshall (Fred Weller) sie nicht nur vor den Gangstern beschützen, sondern auch verhindern, dass die beiden sich die Köpfe einschlagen.
Um dafür zu sorgen, dass Mary (Mary McCormack) aus der Stadt rauskommt, schicken sie Marshall (Fred Weller) und Stan (Paul Ben-Victor) in die Wüste von New Mexiko: Sie soll einem von Marshalls Zeugen eine Nachricht überbringen. Der spirituell-veranlagte Alpaka Farmer gibt der schwangeren Agentin im Gegenzug auch eine wichtige Botschaft mit auf den Weg. Stan und Marshall kümmern sich unterdessen um Marys Zeugen, einem ehemaligen Teenage-Rockstar und ihrer überfürsorglichen Mutter.
Der Army Sergeant John Shears (Jake McLaughlin) kommt ins WITSEC-Programm, nachdem er Zeuge wurde, wie seine Vorgesetzen Waffen an den Feind verkauft haben. Der Veteran leidet unter dem posttraumatischen Belastungssyndrom und sein labiler psychischer Zustand bringt ihn und seine Frau in große Gefahr. Dann kommt der Militäranwalt Major Lucas Provo (Joel Gretsch) nach Albuquerque, um sich persönlich um Johns Fall zu kümmern. Zunächst geraten Mary (Mary McCormack) und Provo heftig aneinander, doch dann sprühen erstaunlicherweise die Funken.
Mary (Mary McCormack) und Marshall (Fred Weller) statten der Zeugin Grace Haddik (Kelly Overton), einen Besuch ab und entdecken dabei etwas, das niemand bemerkt hatte: Die ehemalige Mafia-Geliebte ist hochschwanger. Grace wird nun von einem Gangster bedroht, der der Vater ihres Babys ist. Während Mary und Marshall Grace beschützen, setzen ihre Wehen ein. Als sei es nicht genug für Mary, so kurz vor ihrer eigenen Entbindung einen Geburtsprozess hautnah mitzuerleben, befürchtet sie auch noch, dass Grace einen hinterlistigen Plan ausheckt.
Ausgerechnet kurz vor der Hochzeit ihrer Schwester Brandi (Nicole Hiltz) muss Mary (Mary McCormack) nach Miami fliegen, um dort für ihren Zeugen Ronnie (Maury Sterling), der nicht gerade zu ihren Lieblingen gehört, auszusagen. Während Brautjungfer Mary mit Marshall (Fred Weller) und Stan (Paul Ben-Victor) im Gerichtssaal in eine bedrohliche Schießerei verwickelt werden, bekommt die Braut kalte Füße. Wie wird dieser schicksalhafte Tag für die beiden Shannon Schwestern ausgehen?