Im Herzen von Wien, auf der Terrasse des Haas-Hauses gegenüber dem Stephansdom explodiert eine Bombe. Ein hoher KGB-Offizier und Beamter des russischen Handelsministeriums wird bei dem Anschlag sechs Stockwerke in die Tiefe geschleudert und getötet. Wie sich später herausstellt, ist er nach Wien gekommen, um dort deponierte Schwarz- und Schmiergelder abzuholen. Bei der Verfolgung des Attentäters über die Dächer von Wien kommt es zu einer Schießerei. Der Hundeführer und Besitzer des Polizeihundes Rex wird bei dem Einsatz erschossen, Rex selbst wird schwer verletzt. Kommissar Richie Moser von der Mordkommission kann Rex retten, aber nach dem Tod seines Herrchens verfällt der Hund in Apathie und verweigert die Nahrungsaufnahme. Wie in solchen Fällen üblich, soll der Hund nun eingeschläfert werden. Aber Rex bricht aus seinem Zwinger aus. Richie Moser glaubt zu wissen, wo er Rex finden kann...
In einem renommierten Heurigenlokal stirbt der lebenslustige Wirt Hans Felsner scheinbar an Herzversagen. Wie Kommissar Moser gemeinsam mit Gerichtsmediziner Dr. Graf herausfindet, handelt es sich dabei jedoch um einen besonders raffinierten Mord, der nur durch Zufall entdeckt wurde. Der Verdacht fällt zunächst auf Helga, die Ehefrau des Wirts, und dessen Schwägerin Gerda, mit der der Tote ein Verhältnis hatte. Als dann noch ein zweiter Mord - geschickt als Selbstmord getarnt - geschieht, beweisen Moser und Rex ihr ganzes Können ...
Auf einem entlegenen Parkplatz am Stadtrand von Wien wird in einer Mülltonne eine Leiche gefunden – ohne Ausweispapiere. Moser und sein Team vermuten, dass es sich bei dem Mann um einen illegalen Einwanderer handelt. Mit Rex' Hilfe stößt Moser auf eine Organisation, die mehr als Menschenhandel betreibt: Sie ermordet Immigranten aus dem Osten, um ihre Nieren auf dem internationalen Schwarzmarkt zu verkaufen. Bei dem Versuch, die Bande zu verhaften, wird Moser angeschossen und gefangengenommen. Rex findet den schwerverletzten Moser in einem Keller, in den ihn die Verbrecher gesperrt haben. Er versucht, sein Herrchen zu befreien – ein Wettlauf mit der Zeit beginnt...
Allein stehende ältere Damen verschwinden spurlos in einem Wiener Nobelbezirk. Wie Kommissar Moser herausfindet, waren sie alle Kundinnen eines Feinkostladens, der auch Hauszustellungen vornimmt. Auch in der Wohnung der verschwundenen Johanna Gebauer deutet alles auf ein Gewaltverbrechen hin. Während Moser die Nachbarin Elfriede Kopetzky befragt, freundet sich Rex mit einem Kind, dem wichtigsten Augenzeugen, an. Mit einem Sender am Halsband verfolgt der Hund die ehemalige Besitzerin des Feinkostladens und führt Moser so zum Täter...
Der polnische Untersuchungshäftling Borek wird von einem Komplizen gewaltsam befreit. Gemeinsam wollen sie gestohlenes Plutonium aus einem früheren Coup außer Landes bringen. Der Plan schlägt fehl: Der Komplize wird lebensgefährlich verletzt, Borek selbst dringt auf der Flucht vor der Polizei in eine Ballettschule ein und nimmt dort eine Unterrichtsklasse samt Ballettlehrerin als Geiseln. Moser hat eine Idee, wie er die Mädchen aus der Gewalt des Verbrechers retten kann. Er macht Rex ein Stockwerk tiefer mit den räumlichen Gegebenheiten vertraut, indem er ihm den Weg zu dem Ballettsaal zeigt. Moser demonstriert Rex genau, wie er den Kidnapper überwältigen soll. Bei der Freilassung einiger Geiseln, die Moser nach harten telefonischen Verhandlungen mit Borek endlich erreicht hat, schlüpft Rex in den Ballettsaal...
Im Park des Schlosses Schönbrunn wird eine nur mit Dessous bekleidete Tote gefunden. Kommissar Moser übernimmt den Fall und sieht sich gleich mit zwei möglichen Tätern konfrontiert: Dr. Fuchs, ein bekannter Frauenarzt, der mit der Ermordeten ein Verhältnis hatte, und der Tierpfleger Karasek, der in der Nähe des Tatortes gesehen wurde. Obwohl Gerda Fuchs ihrem Mann ein Alibi verschafft, findet Moser heraus, dass sich der Arzt zur Tatzeit ebenfalls im Park aufhielt, um seine Geliebte zu treffen. Die Ermittlungen gehen langsam voran, bis Rex in einem Laubhaufen die Tatwaffe findet: einen Ast. Dank Rex' ausgeprägtem Geruchssinn kann der Täter schließlich überführt werden...
In der psychiatrischen Klinik am „Steinhof“, einer weiträumigen Jugendstilanlage, kommt es zu mysteriösen Todesfällen unter den Patienten. Der Klinikpathologe wendet sich vertrauensvoll an seinen Kollegen Dr. Graf und bittet ihn um Hilfe. Alle Patienten starben auf die gleiche Weise: Sie ertranken in einer Badewanne. Graf informiert Moser, der die Ermittlungen aufnehmen will. Doch die Anstaltsleitung lehnt eine polizeiliche Untersuchung ab. Moser beschließt, sich als „Alkoholiker“ in die Anstalt einweisen zu lassen. Rex vertraut er seinem Assistenten Stockinger an. Doch bevor er sich versieht, flieht Rex und versteckt sich auf dem Klinikgelände. Dadurch bringt er Moser in große Schwierigkeiten, denn wo soll er Rex verstecken? Inzwischen spitzt sich die Situation dramatisch zu, Prohaska, der Stationspfleger, will Moser ausschalten. Mit einem gewagten Sprung durch ein geschlossenes Fenster rettet Rex das Leben seines Herrn...
Auf dem Dachboden eines gutbürgerlichen Reihenhauses wird am Neujahrsmorgen eine Frau erhängt aufgefunden. Kein Selbstmord, wie sich herausstellt: Die Kiste, auf der die Tote angeblich gestanden haben soll, ist zu klein. Bei den Vernehmungen geben sich die Bewohner des Hauses alle Mühe, sich als „feine Leute“ zu präsentieren. Aber die heile Welt ist nur vorgetäuscht: Rex findet auf dem Dachboden einen gefesselten und geknebelten Mann, der in einem Kühlschrank eingesperrt ist. Es handelt sich um einen Obdachlosen, der auf der Suche nach seinem Freund von zwei Hausbewohnern niedergeschlagen worden war. Der Gesuchte wird kurz darauf tot aufgefunden. Was hat sich in der Silvesternacht tatsächlich in dem „feinen Haus“ zugetragen?
Stefan Lanz, ein junger erfolgreicher Börsenmakler, ist Mitglied einer Yuppie-Clique, die sich regelmäßig auf einem Schloss in der Nähe von Wien zu Gruppensex-Wochenenden trifft. Als Lanz im Krankenhaus kurz vor einer harmlosen Knieoperation zum zweiten Mal Blut abgenommen wird, wird er misstrauisch. Er verschafft sich Einsicht in sein Krankenblatt und muss zu seinem Entsetzen feststellen, dass unter der Rubrik HIV das Wort „positiv“ eingetragen ist. Lanz zieht daraus den Schluss, dass ihn jemand aus seiner Clique infiziert hat. Er beschließt, sich an jedem einzelnen zu rächen und flüchtet aus dem Hospital. Kurz darauf muss sich Kommissar Moser mit zwei Morden beschäftigen, die scheinbar nichts miteinander zu tun haben. Doch dann fällt auf, dass sie mit der gleichen Tatwaffe begangen wurden. Er kommt dahinter, dass sich die Opfer gekannt haben müssen, denn beide kannten einen Mann: Stefan Lanz...
In einem Gebüsch der Praterauen findet man die Leiche eines 12-jährigen Mädchens, das nach dem Besuch einer Klaviermatinée nicht nach Hause gekommen war. Wenig später verschwindet die kleine Christl Strobl, die gerade einen Preis bei einem Klavierwettbewerb gewonnen hatte. Moser und Stockinger finden heraus, dass beide Mädchen denselben Klavierlehrer hatten. Es stellt sich heraus, dass der Klavierlehrer Hoffmann kein Alibi hat. Als die beiden im mehrstöckigen Keller seines Hauses die Leiche von Christl finden, scheint der Fall gelöst: Hoffmann wird festgenommen. Zu Mosers Überraschung präsentiert der jedoch plötzlich ein Alibi. Die Suche nach dem wahren Täter führt wieder in die unterirdischen Keller des Wohnhauses von Hoffmann...
Im Schaufenster eines Spielwarengeschäftes explodiert eine Bombe, die in einem Teddybären versteckt war – schon der zweite Anschlag innerhalb kurzer Zeit. Beide Male handelte es sich um Teddybären der Firma Neuwirth. Kommissar Moser, der durch ein Gipsbein gehandicapt ist, vermutet, dass mit diesen Anschlägen die Firma geschädigt werden soll. Von der jungen, attraktiven Chefin Diana Neuwirth erfährt er, dass es viele Leute mit Rachemotiven gibt: Nach dem Tod ihres Vaters musste Diana einige Mitarbeiter entlassen. In Verdacht geraten der Mechaniker Gerhard Böck, der bei einem Werksunfall seine rechte Hand verloren hatte, und Paul Steger, mit dem Diana ein Verhältnis hatte und von dem sie sich nun bedroht fühlt. Als Paul Steger in der Fabrik niedergeschlagen aufgefunden wird, nimmt der Fall eine überraschende Wendung. Auf der Jagd nach dem Täter geraten Richie Moser und Rex in tödliche Gefahr: Eine dritte Bombe droht in die Luft zu gehen...
Der Steinmetz Franz Nemec betätigt sich zusammen mit seinem Komplizen Gruber auf dem Wiener Zentralfriedhof als Grabräuber. Von dem Antiquitätenhändler Kronhauser bekommt er die Order, den Kopf von Beethoven aus dessen Gruft zu besorgen. Nemec führt den Auftrag aus und wird wenig später erschlagen aufgefunden. Kommissar Moser übernimmt den Fall und entdeckt, womit Nemec sein Geld verdient hat. Um an die Täter zu kommen, lässt Moser in der Presse verbreiten, dass der Kopf von Beethoven schon längst zu Staub zerfallen ist. Sein Trick scheint zu funktionieren: Der Auftraggeber von Kronhauser, ein gewisser Strasser, verlangt von dem Antiquitätenhändler sein Geld zurück. Er vermutet, dass Kronhauser ihn betrogen und ihm einen falschen Kopf verkauft hat...
In der Wiener Kanalisation entdecken Arbeiter eine angeschwemmte Sporttasche mit Leichenteilen. Moser findet heraus, an welcher Stelle des gigantischen Wiener Kanalnetzes die Tasche ins Abwasser gelangt sein muss. Wenig später meldet sich eine Zeugin, die den Ausstieg eines Mannes aus einer Litfasssäule beobachtet hat, durch die man ins Kanalsystem hinabsteigen kann. Rex zeigt Moser den genauen Ort, an dem sich die Leiche befunden hat. Wenig später wird eine zweite Tasche gefunden, diesmal mit dem Rumpf der Leiche. Dr. Graf entdeckt auf dem Körper eine Tätowierung, die Rückschlüsse auf die Identität des Unbekannten zulässt: Es handelt sich um Josef Hartmann, der wegen Bankraubs im Gefängnis saß. Moser vermutet, dass Hartmann an einem kurz vorher stattgefundenen Banküberfall beteiligt war. Um seine Vermutung zu bestätigen, wird die Kassiererin Erika Reichel erneut befragt. Der Fall nimmt eine überraschende Wendung, als Frau Reichel gesteht, dass ihr Freund und Hartmann sich kannten...
In Wien sind innerhalb kurzer Zeit zwei Nachtclubbesitzer ermordet worden. Kommissar Moser ist dem vermeintlichen Täter, dem Profi-Killer Oleg Karenin, auf den Fersen. Er wird Zeuge eines Telefongespräches zwischen Karenin und seinem Auftraggeber Matzner. Das, was er mithört, reicht aus, um den Killer zu verhaften. Doch Matzner gibt nicht auf und lässt Rex entführen. Er fordert von Moser: Entweder er nimmt seine Aussage zurück und Karenin kommt frei oder Rex muss sterben. Moser setzt alles auf eine Karte: Er nimmt seine Aussage zurück und versucht, Rex zu finden bevor Karenin das Land verlassen kann. Als einziger Anhaltspunkt für den Aufenthalt seines Partners dient ihm das Geräusch eines landenden Flugzeugs, das beim Anruf der Erpresser im Hintergrund zu hören war...